水污染的治理包括内环境治理和外环境治理。前者主要是对污染源的治理，如河流、地下水这些庞大的水系，所以难度大、耗资多。后者利用生态自净能力对水污染进行治理。
生物净化是外环境治理的重要手段，地球上到处都有能参与净化的生物种属，通过其特有的新陈代谢活动，吸收积累分解转化污染物，降低污染物浓度，降低毒性，最终达到排放标准。其高效性、简易性使生物净化越来越受到重视。
水是生命之源，对人类极其重要，而污染又是这样厉害。因此我们更应该积极预防水污染，保护并利用好水资源。
那么，我们人类可以采取哪些措施来防治水污染呢？
首先，资金、行政、法律等保障措施是必不可少的。资金支持是污染治理重要的条件之一，没有资金，一切治理措施就无法实施。
其次，政府的支持是后盾。城市水系污染治理涉及面很广，不但涉及到居民，还涉及到外地人员，涉及到部队系统，涉及到少数民族，也会涉及到权利持有者的利益。因此，单靠水利部门是无法解决问题的，即使再加上环保部门，力量依然是苍白无力的。没有一个强大政府的支持，许多强制性措施就难以实施。
再次，污染治理需要法制。法律法规是人们共同遵守的准绳，应制定保护城市水环境的地方性法律，让水系管理部门有法可依，依法行政，这样一些事情做起来会容易一些。
另外，人类还能力争做到的还有减少耗水量。当前我国在水资源利用的过程中，一方面感到水资源紧张，另一方面还变本加利地浪费。同工业发达国家相比，我国许多单位产品耗水量要高得多。耗水量大不仅造成了水资源的浪费，而且是造成水环境污染的重要原因。通过企业的技术改造，推行清洁生产，降低单位产品用水量，一水多用，提高水的重复利用率等，在实践中都被证明是行之有效的方法。
为了控制水污染的发展，工业企业当务之急还必须积极治理水污染，尤其是有毒污染物的排放必须单独处理或预处理。随着工业布局、城市布局的调整和城市下水道管网的建设与完善，人们可逐步实现城市污水的集中处理，使城市污水处理与工业废水治理结合起来。
控制农业面源污染。农业面源污染包括农村生活源、农业面源、畜禽养殖业、水产养殖的污染。要解决面源污染比工业污染和大中城市生活污水难度更大，需要通过综合防治和开展生态农业示范工程等措施进行控制。
同时，产业结构的调整也是必须的。目前水体的自然净化能力还非常有限，合理的工业布局可以充分利用自然环境的自净能力，变恶性循环为良性循环，起到发展经济、控制污染的作用。关、停、并、转那些耗水量大、污染重、治污代价高的企业。对于耗水大的农业结构也需进行适当调整，特别是干旱、半干旱地区要逐步减少水稻种植面积，走节水农业与可持续发展之路。人们还要加强水资源的规划管理，水资源规划是区域规划、城市规划、工农业发展规划的主要组成部分，应与其它规划同时进行。
水资源的合理开发还必须根据水的供需状况，实行定额用水，并将地表水、地下水和污水资源统一开发利用，防止地表水源枯竭和地下水位下降，切实做到合理开发、综合利用、积极保护、科学管理。
最后，重中之重的是开发新水源。我国的工农业和生活用水的节约潜力不小，需要抓好节水工作，减少浪费，达到降低单位国民生产总值的用水量。南水北调工程的实施，对于缓解山东华北地区的严重缺水有重要作用。修建水库、开采地下水、净化海水等可缓解日益紧张的用水压力，但修建水库、开采地下水时要充分考虑对生态环境和社会环境的影响。
利用市场机制和经济杠杆作用，促进水资源的节约化，促进污水管理及其资源化。为了有效地控制水污染，在管理上应从浓度管理逐步过渡到总量控制管理。