从万历十四年到四十二年（1586～1614），万历朝围绕确立太子的“争国本”斗争历时近30年。东林党就是在这场党争中涌现出来的地主阶级内部的反对派。
万历二十二年（1594），吏部郎中顾宪成力主册立朱常洛为太子，因此颇遭神宗嫉恨。在推举阁臣时，顾宪成又推举因拥立朱常洛而被解职的原首辅王家屏，最后被神宗削职罢官。
顾宪成被削职罢官后，带着“忤旨”罪回到原籍无锡。顾宪成孜孜国事，反而获罪罢官，朝野许多人士为朝中失去这样一位正直无私的官员扼腕叹息。正是因为顾宪成在学界政界都有很高的声望，所以慕名来请教他的人很多。于是他和弟弟顾允成将家乡的东林书院重新整修，集合志同道合的朋友高攀龙、钱一本等在这里讲学，不管其贫富贵贱，一视同仁，热情欢迎接待。
“东林书院”旧址顾、高等人重视社会政治，关心世道人心，以天下为己任。这时正值明末社会矛盾日趋激化，宦官当权，政治腐化。东林人士要求廉正奉公，振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪赃枉法，提出反对矿监税吏掠夺、减轻赋役负担、发展东南地区经济等主张，得到当时社会的广泛支持，同时也遭到宦官及各种依附势力反对。
天启初年，东林党由于在“移宫案”中扶持熹宗即位有功，一大批东林党人被重新起用。东林党人竭诚坦荡，贏得了朝中一些正直官员的支持，这样就形成了一股较大的政治势力。当时的首辅刘一璟、叶向高，吏部尚书赵南星，礼部尚书孙慎行，兵部尚书熊廷弼，都是东林党人或东林党的支持者，成为主持朝政的主要力量，《明史》记述此时也说：“东林势盛，众正盈朝。”
魏忠贤曾想笼络东林党人，遭到严厉拒绝，从此魏忠贤便与东林党形同水火。后来，魏忠贤窃据了司礼监秉笔太监兼掌东厂事等职，且与熹宗乳母客氏狼狈为奸，开始对东林党人实行血腥镇压。
天启四年（1624），东林党人杨涟首先发难，上疏魏忠贤“专权乱政，欺君藐法”等二十四大罪被捕，与左光斗、魏大中等数十人同被杀害。魏忠贤杖死工部郎中万燎，先后罢斥大学士叶向高、吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙、吏部侍郎陈于廷等人，又在中央内阁、六部以至地方遍置死党。他向全国颁示《东林党人榜》，公开逮捕迫害大批东林党人士。
天启六年（1626），魏忠贤杀害了高攀龙、周起元、周顺昌、缪昌朗、周宗建、黄尊素、李应升七人，又借红丸、梃击、移宫三案，打击东林党。魏忠贤还指使党羽新都御史王绍徽编纂《东林点将录》，仿照水浒故事中的“三十六天罡”和“七十地煞”，尽列东林党名单。魏忠贤又迁怒于讲学，矫旨拆毁全国各地书院，禁止讲学活动。曾经掌握朝政的东林党，仅三年时间内，几乎被赶尽杀绝。被残酷杀害的有数十人，下狱遣戍者达数百人，其他被革职、蒙冤、株连、打击者有几千人以上。
十三陵神道石刻（石象）明天启六年（1626）二月，魏忠贤下令逮捕“东林后七君子”前左都御史高攀龙，吏部员外郎周顺昌，苏松巡抚周起元，谕德缪昌期，御史李应升、周宗建、黄尊素。
高攀龙是东林党魁，官至高位，在位时处处与魏忠贤抵牾。魏氏手下干将崔呈秀曾吃过高氏大亏，对他最为痛恨。
周顺昌也是令魏忠贤头痛的人物，杨涟弹劾魏忠贤“二十四大罪”的奏疏就是由周顺昌起草的。他赴湖广任乡试考官时，又在题目中提到历史上的太监赵高、仇士良，魏忠贤自然不悦。高攀龙、赵南星被解职返乡时，周顺昌公然相送至郊外，还与他们执手叹息。周顺昌虽掌管人事大权，极清廉正直，关注民间疾苦，这种人必为阉党所不容，被魏忠贤列名《东林点将录》。魏忠贤指使内阁将周顺昌削职回乡，只有“行李一肩，都门叹为稀有”。天启五年（1625），被迫害的“六君子”之一的魏大中被捕路过苏州，周顺昌激于大义，竟与魏大中同起同卧三天，还许诺把自己的女儿许嫁给魏大中的孙子。
周宗建是文武大臣中第一个弹劾魏忠贤的，甚至敢于公开指责魏忠贤目不识丁，大揭其短，李应升、黄尊素等人也积极追随杨涟攻击魏忠贤。李应升在奏疏中严厉斥责魏忠贤：“忠贤之罪千真万确，无可复辩。千罪万罪，又不胜辩。臣为陛下计，莫若听忠贤亟自引退，以全旦夕之命。为忠贤计，又莫若早自引决，以乞帷盖之恩。不然，恶稔贯盈，他日欲保首领而不可得！’尽管魏忠贤人在京师，但对这几位乡居江南的宿敌并没有放松警惕，他派人时时监督，定期向魏忠贤汇报。后来，魏忠贤干脆找来一份空白奏疏，令心腹李永贞，用李实的假名填写上奏，弹劾周起元私吞钱粮，图谋不轨，并把周顺昌等人的名字写了进去，然后魏忠贤又矫旨逮此七人，下诏狱。
天启六年（1626）三月，魏忠贤与苏州巡抚毛一鹭、织造太监李实等勾结，派锦衣卫缇骑到苏州逮捕为官清廉、刚正不阿的周顺昌。激起苏州民愤，数万人市民怀愤而起。
高攀龙在家乡无锡得知消息后，知道在劫难逃，便先去道南祠拜谒先贤，为文以告，然后回家与两位学生饮酒于后花园中的水榭之上，算是诀别。到晚上，高攀龙给皇上写下《遗表》，然后整好衣冠，自沉水池，以死相抗。他的《遗表》称：“臣虽削夺，旧为大臣。大臣受辱则辱国。”高攀龙真正实现了“士可杀而不可辱”的古诫。
周顺昌被捕之日，全城几万人不约而同举着香为周吏部请命。执行逮捕的缇骑见此情形，十分生气，大声斥骂道：“我们东厂逮人，你们这些鼠辈竟敢如此！”当时另一支准备赴浙江逮捕黄尊素的人马也正好泊船在苏州胥门之外，被苏州入围住痛打，船也被击沉。缇骑跳水而逃，才活下命来，但把捕人的凭据驾帖弄丢了。
十八日宣诏，“市人”颜佩韦、杨念如、周文元、马杰、沈扬等五人为伸张正义，率领群众，呼声震天，蜂涌突袭公堂击杀缇骑李国柱等。魏忠贤以吴民乱为由，派兵镇压，颜佩韦等五人仗义执言，后以首乱者被捕，同年七月惨遭杀害。五义士于刑场“颜色不改”，慷慨就义。事后，为了抗议杀害五人，苏州市民曾倡议拒用天启钱达十个月之久。群众斗争的威力惊得气焰嚣张的魏忠贤“逡巡畏义”，从此“不敢复有株治”。
《张溥墓志铭》拓片（局部）明黄道周魏忠贤垮台后，苏州人追念五义士恩德，在虎丘旁为他们造了很有气派的合葬墓，并由复社领袖张溥写下了那篇著名的《五人墓碑记》。