在使用抗甲状腺药物治疗甲亢时，除应正确掌握其适应证和注意事项外，还需掌握具体的治疗方法。目前，临床上最常用的药物治疗方案有长程疗法和短程疗法。
1.长程方法
全疗程一般分为初治、减量和维持三个用药阶段，根据病情轻重和甲状腺激素水平来调整药物剂量，抗甲状腺药物治疗总疗程约需一年半至二年，一般认为二年左右较好，当然也要因人而异。
（1）初治阶段。以初剂量治疗直至临床症状得以控制，甲状腺功能恢复正常。此阶段需4～8周。
（2）减量阶段。需将初剂量逐渐减至维持量，以保持甲状腺功能平衡。减量原则为每2～4周减量1次，丙基硫氧嘧啶（PTU）每次减少50～100mg；他巴唑每次减少5～100mg。此时期需4～8个月。
（3）维持阶段。以最小维持量使甲状腺功能及甲状腺自身免疫稳定，以达到长期缓解的目的，需时一年至一年半。
2.短程方法
短程疗法即每日1次给药法，疗程短则4～6周，长则3～6个月不等，一般不超过1年。该法适用于长程疗法缓解率不理想，或每日分次服药不便且患者难以坚持长期治疗者。由于缩短疗程，治疗后复发者可早日选用其他方法治疗，易被患者接受。
用药方法：每日顿服他巴唑15～45mg，治疗4～6周后如症状不缓解，可酌情增加剂量即每日达60mg，一次内服，直到症状和体征恢复正常后停药。
在药物治疗过程中，不管哪种疗法，除非有较严重反应，一般不宜中断，并应定期随访，以观察疗效和反应。
如果症状缓解而甲状腺肿大或突眼反而恶化时，抗甲状腺药物可酌情减量，幅度不宜过大，并可加用甲状腺片40～60mg/d。
在抗甲状腺药物治疗过程中，如症状复发或甲状腺功能指标（T3、T4等）异常，则需重新加大抗甲状腺药量，并延长疗程。
减量期间或维持期间可少量应用甲状腺片（20～60mg/d），既可防止因药物过量而引起的甲状腺功能减退症，又对治疗甲状腺肿大与突眼有好处，能提高治愈率。