谁知朱元璋听后却龙颜大怒，当即下令将刘三吾赶出皇城，将副主考官白信蹈停职罢官，又下令翰林院侍讲张信主持会试复查。经过20多天的锁院查卷后，张信向朱元璋如实禀告复查结果：“臣已认真查核，发现南北考生成绩相差确实悬殊，就连最后一名的刘子信，也比北方的优秀者高出许多。而且以文章定优劣，以才华定名分，是国家的一贯制度。现在北方人的试卷，仅能列为第53名，但名额有限，不能重新更动。”
朱元璋听后则认为是张信故意把成绩差的试卷拿给他看，勃然大怒，随即安排刑部调查刘三吾等人的案情。刑部先将刘三吾、张信、白信蹈等统统入狱，严刑逼供，但毫无结果，于是又抓了三方的家人几百，在严刑逼供下终于查出了一个涉及600多人的大型“徇私舞弊”集团，上报给了皇帝。
朱元璋明明知道是冤案，但为了平息北方士人的愤怒，于是御笔朱批道：刘三吾、白信蹈是蓝党，张信是胡党，有谋逆之心。将白信蹈、张信以及同科的试官二十多人，全部凌迟处死。刘三吾因年事已高，流刑充军，所选贡士全部罢黜，其中名列榜首的考生陈某也以行贿的嫌疑问斩，至于受牵连者不下数百人。这年的四月底，将这二十多位考官绑赴刑场执法。
于五月初，朱元璋又亲自阅卷评点出61名贡生，第一为河北韩克忠，第二为山东任伯安。61名贡生中竟无一名南方举子。黄榜张出，北方举子欢呼雀跃，“南北榜”公案至此了结。
这就是有名的“南北榜之争”案。为了避免此类事情的再次发生，明仁宗洪熙元年(1425)，大学士杨士奇提出南北分卷的设想。两年后，这一设想成为现实，南北卷制度正式实施，以南北文化水平高低不同，规定南北取士分配比例为，南人十之六，北人十之四。
■厂卫的兴起
“厂卫”是锦衣卫和东厂、西厂的合称，它是明代特有的特务统治机构，它们最初是为加强专政集权而设立的，后来反而成了乱政的根源。纵观整个明朝，死于锦衣卫和东厂、西厂酷刑之下的正直人士不计其数，它间接导致了明朝的覆亡。
明朝建立后，朱元璋怕大臣对他不忠，为了加强监视，洪武十五年（1382），朱元璋“改仪鸾司为锦衣卫”，锦衣卫的首领称为指挥使（或指挥同知、指挥佥事），一般由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任。其职能是：“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，成为他加强集权统治的重要手段。
但由于明朝前两代皇帝朱元璋、朱棣出身的特殊性，他们对皇权的维护有其他朝代所没有的强烈欲望，这就使得锦衣卫“巡查缉捕”的职能后来被无限度地扩大了，以至于到后来，锦衣卫又拥有了自己的监狱，可以自行逮捕、刑讯、处决犯人，不必经过司法机构和正常司法程序。
锦衣卫因穿橘红色服装，骑马，又被称为“缇骑”。缇骑的数量，最少时为1000，最多时多达60000之众。锦衣卫官校一般从民间选拔孔武有力，无不良记录的良民入充，之后凭能力和资历逐级升迁。同时，锦衣卫的官职也允许世袭。
朱元璋设置锦衣卫的目的就是要监视群臣，杜绝营私舞弊、结党乱政。据说，有一天，大臣钱宰下朝回家作了一首诗：“四鼓冬冬起着衣，午门朝见尚嫌迟。何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”谁知，第二天在文华殿宴会结束时，朱元璋就对他说：“你昨天作了首好诗。但我什么时候嫌过你呢？你不如把‘午门朝见尚嫌迟’改为‘午门朝见尚忧迟’。”钱宰听后大惊失色。类似的事例还有很多，吓得大臣们都提心吊胆，人人自危。
然而，朝野上下，并没有太多大奸大恶之人，但锦衣卫的官校们为了表功，往往捕风捉影、滥杀无辜，制造冤狱，逐渐形成一种靠构陷他人作为自己晋升跳板的风气。纵观整个明朝的锦衣卫，尽管也出过袁彬、牟斌这样比较正直的指挥使，但总的来说，其职能主要还是为明朝的极端专制制度充当帮凶。
锦衣卫的肆意滥行激起民情沸腾，以致怨声载道。洪武二十年（1387），胡惟庸之案快要接近尾声，朱元璋认为自己的皇权已经十分牢固，不再需要一种特殊的机构来巩固自己的势力，便下令焚毁锦衣卫的刑具，所押囚犯转交刑部审理，同时下令以后一切案件归三法司审理，锦衣卫被废除。
但到了明成祖朱棣继位时，他不但恢复了锦衣卫，又创立了东缉事厂（简称东厂，因位于东安门北侧而得名）。朱棣是靠发动“靖难之役”夺取皇位的，他登位之初，国内政局还不稳定，为了巩固政权，他迫切需要一个强有力的专制机构，但他觉得设在宫外的锦衣卫使用起来并不是很方便，于是决定建立一个新的机构，这就是东厂，由宦官统率。东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势。”
后来，由于东厂的首领东厂掌印太监身处大内，与皇帝的关系密切，更容易得到皇帝的信任，这就使得东厂的权势渐渐凌驾于锦衣卫之上。他们可以不经司法机关批准，随意监督缉拿臣民，甚至连普通百姓的日常生活，柴米油盐的价格，也在东厂的侦察范围之内。
成化十三年（1477），明宪宗朱见深成立了一个新的内廷机构——西厂，西厂厂址设在灵济宫前，以太监汪直统领。明武宗即位后，大太监刘瑾掌权，他又自建了一个内行厂，由本人直接统领，比东、西厂尤为酷烈。正德五年（1510），随着刘瑾的倒台，西厂和内行厂作为一个临时机构，也在历史上消失了。而锦衣卫和东厂，则直至明朝覆灭才被废除。
■建文帝削藩
明太祖非常喜爱皇太孙朱允炆，命太常寺卿黄子澄为东宫侍读，作为皇太孙的老师。此时，明太祖的二十六位皇子都当了藩王，在各地镇守。一天，朱允炆在东角门约见黄子澄，说道：“我年纪很轻，叔叔们对我非常傲慢。等到祖父仙逝，我该怎么办呢？”
黄子澄说道：“藩王虽然统帅军队，但皇帝统辖的军队更多。如果他们造反，您就调动各地军队，一定能把他们打败！西汉时吴楚七国造反，其势惊人，但仍被景帝所灭。如今的形势正与西汉时相同。”
公元1398年，明太祖逝世，朱允炆即位。他的年号是建文，所以被称为建文帝。建文帝做了皇帝后，对各路藩王的威胁有更深的体会。他召见黄子澄，屏退左右，但欲言又止。黄子澄说道：“陛下有什么事情，请对为臣说明，臣一定为主分忧！”
建文帝说道：“先生还记得在东角门说过的话吗？”黄子澄知道建文帝有削藩的念头，立即说道：“现在正是多事之秋，臣怎么敢忘记当年的话！”黄子澄出宫后，就去找尚书齐泰商量削藩之事。
齐泰对黄子澄说：“诸王之中，燕王朱棣力量最强，野心最大。咱们应该削去他的爵位。如果制服燕王，其他藩王必不敢轻举妄动！”黄子澄说：“我不这样认为。燕王势力雄厚，要削除他的领地谈何容易，不如先对付周王，翦除燕王的羽翼。”
黄、齐二人上奏建文帝，派曹国公李景隆到开封削藩。李景隆调动一支军队，将周王府团团围住，捉获周王及其世子、爱妃。建文帝命人彻查，发现周王做了很多违法之事，就将他贬为平民，迁往云南。
不久，建文帝又将岷王、齐王、代王废为平民。因为代王罪行太大，被囚禁在大同。建文帝听说湘王劣迹斑斑，下了一道旨意，对他严加责备。湘王非常害怕，带领全家在宫中自焚。建文帝虽然将五位王爷迅速解决，但打草惊蛇，使燕王更加警惕。
建文帝意识到燕王可能作乱，就调动军队，派到燕国附近的开平、临清、山海关驻守，将燕王的领地围了起来。
燕王朱棣是明太祖的第四子，驻守在燕京（今北京），地区广阔，人马众多。僧人姚广孝是个多谋之人，法号道衍，深得燕王赏识。他对朱棣说：“我第一眼见到您，就知道您必能君临天下。”
相士袁拱也对朱棣说：“殿下快四十岁了。据我观察，您一过四十，会具备天子之相。如果我说得不准，您就把我的双目刺瞎。”朱棣本来对建文帝不满，受到姚、袁二人的煽惑后，造反的念头更加坚定。
1399年2月，燕王朱棣进京朝见。他进宫之时，在皇帝的专用御道上行走，见了建文帝也不参拜。户部侍郎卓敬写了一道秘密奏章，写道：“燕王非常聪慧，驭兵有术，是陛下大患。您应该把他改封到南昌，防止他起兵造反。”
建文帝将奏章放于袖中，犹豫不定。第二天，卓敬参拜建文帝，建文帝说：“卿所言有理，但燕王是孤王之叔，未必造反。”卓敬说道：“杨广是隋文帝的亲生之子，尚且夺取皇位。”建文帝想了一阵，说道：“此事休要再提。”3月，朱棣平安地回到燕京。
这年4月，正是明太祖逝世一周年，朱棣派儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧去南京，代替他祭奠先皇。建文帝召见三人，与他们谈话。三人中仅朱高煦面带骄矜，其他两人都表现出谦恭的态度。建文帝终于放心。
齐泰对皇帝说：“燕王久有谋反之心，应当将他三个儿子扣留，作为人质！”黄子澄却说：“如果扣留燕王之子，燕国必定戒备森严，咱们要想进兵就困难了。”建文帝正在犹豫，燕王的书信到了，信上说，自己得了重病，要三位王子速归。建文帝不愿与燕王决裂，终于将朱高炽三人放走。
燕王朱棣派三子入朝后，非常后悔，害怕三个儿子有什么意外。三位王子回到燕京时，朱棣格外兴奋，说道：“咱们父子能够团圆，真该感谢神明！有你们辅佐，孤的霸业必定成功！”
■靖难之役
公元1399年夏，黄子澄、齐泰对皇帝说：“燕王的图谋非常明显，陛下应该削去他的权柄！”建文帝始终拿不定主意。黄子澄、齐泰说：“先发者制人，后发者制于人。现在情况非常危急，您不能再犹豫了。”
建文帝说道：“好吧，可以派人逮捕燕王的官吏，清除他的爪牙。”三人反复商议，派张昺、谢贵到燕京，分别担任布政使、都指挥使之职，对付燕王的属下。朱棣听说建文帝派人前来，极为恼怒。
张昺、谢贵上任以后，不但监视朱棣，还将燕王府校尉于谅、周铎骗走，送入京城斩首。这时，朱棣准备不足，不敢贸然起事，于是采取装疯的策略。
他将头发弄乱，穿上一件破衣服，在街上嬉笑不止。小孩见燕王竟是这种样子，都在后尾随。朱棣一路狂奔，感到身体疲倦，就走进一家小饭馆。他也不付钱，抓起肉来就吃，提起酒来就饮，并把食物分给追他的小孩。
到了晚上，朱棣跑到街边的沟渠中就寝。他的亲人坐着车来接他，朱棣非但不回去，反而对亲人连踢带打。
张昺、谢贵知道了这事，就去燕王府看个究竟。当时正是夏季，非常炎热，燕王却在府中摆了一座火炉，将火烧旺。他身穿羊皮袄，坐在火炉旁，大声喊着：“冷，冷。”张、谢二人与朱棣说话，朱棣语无伦次，胡言乱语。
张昺、谢贵对朱棣的疯癫病半信半疑，这时，建文帝的密令到了，命他们解除燕王的武装。张昺与燕王府长史葛诚、指挥卢振关系很好，让他们作为内应。
建文帝还给北平都指挥张信下了一道密令，让他协助张昺。张信却向燕王告密。朱棣大怒，将张昺、谢贵诱入王府杀掉。7月，朱棣正式起兵。他向将士们表示，自己出兵是要“清君侧”，即除掉黄子澄、齐泰，绝无称帝野心。所以这次战争被称为“靖难之役”。
朱棣攻打服从中央的城邑，他连克怀来（今河北怀来县东北）、密云、遵化，军队很快扩充到四万人。8月，长兴侯、平燕大将军耿炳文率三十万大军北上，进驻真定府，他的先锋杨松占领了雄县。
朱棣乘杨松立足未稳，于中秋节夜晚袭击雄县，将杨松属下九千将士一举全歼。燕军很快抵达真定城下，耿炳文列阵对抗。朱棣命部将张玉与敌人正面交锋，自己率一支人马绕到敌人后面袭击。耿军大败，三万人被歼，驸马李坚被俘。
建文帝调回耿炳文，拜李景隆为帅，命他统率五十万军队。消息传到燕京，朱棣笑道：“耿炳文还算一员好将，李景隆根本不懂兵法。小皇帝用他为帅，真是害他！现在我去支援永平（今河北卢龙），李景隆必攻燕京，那时我再回来，一定能把敌军打败！”
10月，李景隆果然袭击燕京。燕国世子朱高炽紧守城池，但李军实在太多，城门几乎攻陷。燕王妃徐氏带领妇女上城助战，由于军民一心，燕京防线才转危为安。不久，燕王大军回师，朱高炽也从城中杀出。疲惫不堪的李军全线崩溃，趁夜退往山东德州。
“靖难之役”打了三年，燕军占领江北各地，威震江南。公元1402年6月，朱棣拒绝建文帝“南北分治”的提议，从瓜洲渡江。李景隆贪生怕死，竟然打开南京城门投降。朱棣大军开进城内，黄子澄、齐泰趁乱逃走。
这时，皇宫中着了一把大火，建文帝神秘地失踪了。人们在火场中找到一具烧焦了的尸体，认为是建文帝。朱棣虽然不信，但仍把他当作小皇帝，说道：“小子无知，引来杀身大祸！”朱棣想继承皇位，命大臣方孝孺起草即位诏书。
燕军将方孝孺从狱中带出，他上殿之后，放声痛哭。朱棣逼他草诏，方孝孺将笔扔在地上，边哭边骂：“大不了就是一死，要我草诏万万不能！”朱棣大怒，命人将方孝孺的嘴巴割破，直至双耳。
朱棣说：“先生虽不怕死，难道不顾你的九族吗？”方孝孺答道：“就是诛我十族，又能如何！”朱棣将方孝孺的学生也算一族，实行“诛十族”的刑罚，共杀掉八百多人。方孝孺见自己的亲人被杀，仍不屈服，引颈就义。
■郑和下西洋
公元1402年，朱棣在南京即位，他就是明成祖。明成祖认为北方民族仍是国家的心腹之患，决心把都城迁到北方。1403年，他改燕京为北京，命人在那里修建宫室。1421年，朱棣迁都北京。从此以后，北京一直是明朝的都城。
但建文帝的去向也令明成祖忧虑不已。有人说建文帝逃到国外，明成祖担心建文帝杀回国内，吃起饭来总是不香。1405年6月，他命令宦官郑和率领一支船队出海，出使西洋各国，顺便打探建文帝的下落。
郑和本姓马，名三保，属于西域部族，出生于云南昆阳（今云南省普宁县）。他的家庭世代信仰伊斯兰教，其祖父、父亲曾经不远万里，到麦加朝圣。明军夺取云南后，十岁的马三保被送到燕王府当宦官，从此与燕王建立了深厚的感情。
在“靖难之役”中，马三保立有大功，威震三军。1404年，明成祖赐马三保姓郑，名和，称他为三宝太监。郑和备受宠信，威望越来越大。本来到外国出使属于重大任务，不应该由宦官承担，但由于郑和深孚众望，明成祖还是让他前往。
郑和率领船队出海，目的地是西洋。那个时候，“西洋”并不指欧洲，而是南海以西，印度洋沿岸各国。郑和的船队人多势众，共有两万多人。
他们乘坐的大海船共有六十二艘，这些船长四十四丈四尺，宽十八丈，被称为“宝船”。此外的中型船只还有很多。船队成员除了士兵、海员以外，还有很多翻译、医生、技术人员。他们从南京带走了许多丝绸、瓷器、纸张和珠宝，准备送给西洋贵族，扩大明朝的影响。
郑和的船队从刘家港（今江苏太仓县浏阳河）出发，经过占城（今越南南部）、爪哇(今属印度尼西亚)，来到旧港(今苏门答腊岛的巨港)。郑和来到占城时，该国国王乘着大象来迎接。郑和不敢怠慢，急忙上前参拜。