由于荷兰人干扰中国海外贸易，郑成功禁止大陆人去台湾做生意。荷兰人见岛内物资缺乏，就备了厚礼，命通事（翻译）何廷斌与明军讨论通商之事。何廷斌对荷兰人非常痛恨，请求明军赶走侵略者。他将自己绘制的台湾地图送给明军，还提供了荷兰军队的部署情况。
公元1661年2月，郑成功率领两万五千名将士，乘坐几百艘战船，渡过台湾海峡。明军到达澎湖列岛后，遇上暴风雨。郑成功歇兵数日，天气仍不见好转，他命令士兵迎着风暴前进。荷兰人在港口弄沉了许多旧船、破船，企图阻止明军上岸。
何廷斌熟悉台湾地形，趁涨潮的机会，引导明军通过鹿耳门，强行登陆。仅仅用了一个多小时，明军就完成了登岸的任务。台湾百姓听说明军到了，像迎接亲人那样迎接他们，还时常到军营送茶送水。
这时，荷兰派出三艘战船攻打明军。他们的船只高大坚固，在浅水中却行动不便。郑成功调集六十艘小船，集中火力攻击，结果荷兰一艘战船被炸沉。另外两艘敌船掉头逃跑，一艘逃往东南亚，一艘退至赤嵌城。郑成功追至赤嵌城，将城池团团围住。
这时，荷兰军队派人求和。他们说，只要郑军退出台湾，就能得到十万两白银的犒劳。郑成功义正词严地说：“要让我们放弃台湾，真是痴心妄想。台湾自古以来就是我国的领土，被你们无理侵占。如果你们再不撤退，别怪我们不客气。”
一位台湾百姓对郑成功说：“赤嵌城非常坚固，敌军力量较强，硬攻不是上策。但此城的饮水是从城外供给的，只要切断水源，就能使敌人不战自乱。”郑成功大喜，立即切断赤嵌城的水源。
台湾城被围了八个月，城内的粮食吃完了，又流行疾病，使得荷兰人丧失斗志。郑成功见时机已到，就动用大炮攻城。荷兰驻台湾总督揆（音kuí）一打不过明军，只好出城投降。宝岛台湾又回到祖国的怀抱。
那时候，云南明军立桂王为帝。在清军的进攻下，桂王兵败如山倒，逃入缅甸。清兵命缅甸人把桂王交出，吴三桂为了斩草除根，用弓弦将桂王勒死。此时，明朝各地多被清兵占领，只有郑成功还坚持着反清斗争。
■智擒鳌拜
公元1661年正月，顺治帝逝世。年仅八岁的太子玄烨即位，他就是清圣祖，又称康熙帝。根据遗诏，索尼、苏克萨哈、遏必隆和鳌（音áo）拜担任辅政大臣，掌管国家事务。
在四大臣中，鳌拜是清太祖重臣费英东之侄，骁勇善战，他成为辅臣后骄横跋扈，想攫取更大权力。索尼虽功高盖世，但年纪老迈，不与他人争斗。遏必隆为人懦弱，遇事多附和别人，不是鳌拜夺权的障碍。而苏克萨哈不把鳌拜放在眼里，深为鳌拜所恨。
苏克萨哈是正白旗人，鳌拜是镶黄旗人。当时，满洲贵族往往将汉人及其土地据为己有，名为“圈地”。为将斗争矛头指向苏克萨哈，鳌拜让镶黄旗与正白旗交换圈占土地，想挑起两旗的矛盾。正白旗官员果然对此事非常反感，产生不满情绪。
康熙帝听说此事后，向祖母孝庄太后禀报，孝庄太后大怒，对正白旗、镶黄旗严加责备。当时，户部尚书苏纳海、河南总督朱昌祚向康熙上疏，认为“圈地”已不适应现实需要，请求撤销这种苛政。
鳌拜是“圈地”制度的支持者，再加上苏、朱二人是正白旗官员，因此决定处置他们。康熙对鳌拜说：“苏、朱二人没有罪过，你如果定要惩办他们，只恐后人非议。”可是，鳌拜不顾康熙的意见，仍将苏、朱二人斩首。此后，鳌拜经常与苏克萨哈争执。
1667年，康熙帝过了十四岁生日。这一年，首辅大臣索尼逝世，康熙举行亲政大典。苏克萨哈在鳌拜的斗争下处境艰难，因此在大典结束的次日递上一份奏章，要求辞去辅政之职，去顺治皇陵守卫。康熙不知道苏克萨哈的用意，命诸王、大臣就此事进行讨论。
鳌拜颠倒黑白，说苏克萨哈犯有“不愿归政”等二十四款大罪，理应五马分尸。康熙对鳌拜的建议坚决反对，鳌拜竟然捋起袖子，连续几日强奏。遏必隆虽然知道苏克萨哈无辜，却不敢为他说话。
后来，康熙迫于鳌拜一党的压力，只得同意他们的意见。结果，苏克萨哈被绞死，子孙、侄子被处斩、抄家。此后，鳌拜掌握批阅奏章之权，频繁提拔亲信，甚至拦截大臣奏章，擅改皇帝圣旨。
过了两年，鳌拜在家装病不上朝，想借此要挟皇帝。康熙非常气愤，带领侍卫们进入鳌拜府第。鳌拜听说皇帝来到，非常吃惊，连靴子也没脱，就钻进被窝内，装出病情很重的样子。他将一把匕首藏在席子之下，以防不测。
康熙帝进入鳌拜的卧室，鳌拜躺在床上说：“有劳皇上探病！”御前侍卫和公托发现床上的席子鼓起，一把掀起席子，鳌拜的匕首落到地上。康熙将匕首拾起，笑道：“咱们满洲人讲究勇武，自然刀不离身。鳌大人虽然生病，也没忘记满人的习惯，真是朝臣楷模啊！”他把匕首放回原处，带领侍卫回转宫院。
康熙无法容忍鳌拜的专权行为，他挑选了一些少年，组成一支名为“善扑营”的卫队。康熙每日与卫士们练习摔跤，玩玩闹闹。鳌拜虽然时常进宫，见过这些勇士，但以为他们是陪皇帝玩耍的，从不把他们放在心上。
康熙帝知道鳌拜一党势力雄厚，就以各种名义将他们派往外地。在圣旨的调动下，鳌拜的弟弟巴哈、侄子苏尔玛去蒙古处理民族事务，亲信济世去福建巡海。可是，鳌拜对自己的危机却浑然不觉，依旧恣意妄为。
一日，康熙召鳌拜入宫议事。鳌拜不知有诈，欣然前往。康熙历数鳌拜欺君罔上、联结党羽等罪过，说道：“你有如此多的罪行，朕若容了你，岂不被天下人所笑？来人，将逆贼与我拿下！”
善扑营的勇士们冲向鳌拜，有的拧胳膊，有的拽大腿。鳌拜虽然武艺高强，但因为寡不敌众，终于被他们捆绑起来。康熙又宣遏必隆上殿，对他说：“先帝爷用你为辅臣，对你何等信任！你竟然附和鳌拜，助纣为虐。左右将他拿下！”遏必隆当场被擒。
康熙帝将鳌拜、遏必隆关入大牢，命康亲王杰书严加审讯。康亲王审案后，给鳌拜定了三十条大罪，判以斩刑。他还认为，遏必隆有十二条大罪，其罪当绞，鳌拜同党应从严治罪，判处斩刑或绞刑。
康熙将鳌拜宣上金殿，当众进行责备。鳌拜脱去上衣，袒露出身上的伤疤。他说道：“这是为臣随太宗爷征战时留下的，希望皇上念臣立有功劳，饶臣一命。”康熙终于说道：“念你有过战功，可将死刑改为终身监禁。”
康熙又传下旨意，上面写道：“遏必隆对我朝也有功劳，判他死罪太重了些。念他并非甘心助恶，可赦其死罪，让他以公爵之位守卫皇宫。至于鳌拜党羽班布尔善、阿思哈、济世等人，心肠太坏，应予绞杀。鳌拜所推行的‘圈地’之策，立即撤销。”
后来，鳌拜在狱中死去，苏克萨哈得到昭雪，其爵位由后人承袭。朝廷对于依附鳌拜但罪过不大的官员，一律不予追究。康熙帝的威望越来越高，深为朝臣畏服。
■平定三藩
康熙掌握大权后，关心民间疾苦，减轻百姓负担。清朝的经济在清兵入关的大破坏中得到恢复，老百姓安居乐业。
清朝初期，多尔衮拜吴三桂为平西王，把云南、贵州封给他；拜尚可喜为平南王，把广东封给他；拜耿仲明为靖南王，把福建封给他。这三个藩国被称为“三藩”。
在明清的烽火尚未停息之时，三藩对清朝的确立起到一定作用。可是，南明政权被消灭之后，三藩拥兵自重，搜刮民财，破坏了清朝的统一。康熙帝对“三藩”的壮大非常担心，把“三藩”、“河务、“漕运”列为三件大事，写在皇宫柱子上，时时提醒自己。
那个时候，靖南王耿仲明已经逝世，他的孙子耿精忠继承了王位。平南王尚可喜思念家乡，想把王位传给子孙，自己回乡居住。公元1673年，尚可喜给康熙上了一道奏章，上面写道：“老臣已经七十岁了，身体非常不好，唯恐耽误了国家大事。而我的儿子尚之信功劳很大，在军队中有较高的威信。人老了，就想叶落归根，回转家乡度日。我想带领属下两万四千人口回辽东养老，让尚之信继承王位，留镇广东。希望皇上批准。”
康熙帝正准备削藩，见到这封奏章格外高兴，立即作出批示：“尚可喜想回转辽东，言辞恭谨，很识大体。但平南王尚在，令其子袭爵甚为不妥。如今广东太平无事，可撤销镇南藩国，令尚氏父子一齐迁往辽东。”
吴三桂、耿精忠得知这个消息，非常吃惊，他们向皇帝上奏章，请求撤销他们的藩国。其实，吴、耿二人何尝想放弃王位？他们这种举动，不过是试探皇帝而已。康熙接到二藩的奏章，决定将计就计，索性三藩尽撤，解决朝廷的隐患。
康熙帝在吴、耿二藩的奏章上作出批准意见，然后命议政王会议对此事详加讨论。多数大臣们认为不可尽撤三藩，只有兵部尚书明珠等少数人支持康熙的意见。许多亲贵不怕尚、耿，却怕势力雄厚的吴三桂，只想使云南保持现状。
康熙帝也参加了此次会议，他说：“吴三桂野心勃勃，如果任凭他养成气候，对朝廷不利。撤藩，他要造反；不撤藩，他迟早也要造反。咱们不如先发制人，及早削藩，这是一劳永逸的良策。”
康熙帝还对大臣们说：“既然吴藩试探朝廷，朕即日传旨，令三藩进京朝见。如果三位王爷肯来京城，撤藩之事可以缓办；如果三藩不肯进京，撤藩之事就要急办。”大臣们见皇帝一再坚持意见，也就不再反对了。
吴三桂接到要他进京的旨意，非常气愤，说道：“我当初扶保顺治爷的时候，哪里会想到今日的事情！皇帝只是个小孩子，竟敢这样对待我。”于是，他自称有病，不肯进京朝见。康熙见吴藩抗旨，立即下令撤藩。
吴三桂见康熙步步紧逼，终于杀死云南巡抚朱治国，打着“反清复明”的旗号造反。他自称“兵马大元帅”，跑到桂王的墓前痛哭了一场，表示自己降清是迫不得已，如今要为明朝报仇。可是，桂王是吴三桂所杀，他的惺惺作态又骗得了谁呢？
1674年，吴三桂自称周王，军队向北进攻，夺取湖南。四川巡抚罗森、广西将军孙延龄见吴三桂力量强大，都归顺于他。不久，耿精忠在福州起兵反叛。1676年，尚之信在广东起兵造反，尚可喜于同年逝世。吴、尚、耿的叛乱被称为“三藩之乱”。
当时，吴三桂的儿子吴应熊娶了皇太极之女，仍留在北京。康熙果断地杀掉吴应熊，与吴三桂彻底决裂。他集中兵力，命宁南大将军勒尔锦率领，对付吴三桂的主力部队。当时，吴军已得四川、陕西之地，康熙则派遣得力官员，前去攻取。
对于尚、耿二藩，康熙对他们却表现出宽容的态度。朝廷不但停撤尚、耿二藩，还命令进攻二藩的军队采取抚、征并战的策略。1676年，耿精忠投降。次年，尚之信也率众归顺。虽然二人属于叛复不定之人，康熙还是保留了他们的王位。
此时，吴三桂的军队毫无进展，丧失了军事上的优势与主动。1678年3月，他在衡州称帝，国号“大周”。可是，他的称帝之举并未改变叛军的不利形势。8月，吴三桂得了一场大病，终于丧命。他的孙子吴世璠（音fán）即位，率军退至贵州。
公元1680年，康熙将尚之信赐死，又将耿精忠诱至北京逮捕。第二年，清军兵分三路，将昆明团团围住。周帝吴世璠在无望中自杀，部将开城投降。三藩之乱平定后，康熙传下旨意，将耿精忠凌迟处死。
■夺取台湾
三藩之乱平定后，康熙开始解决台湾问题，决定实现国家统一。当初，郑成功驱逐荷兰侵略者后，于一年后逝世。其子郑经继位为延平郡王，成为台湾的统治者。公元1681年，郑经逝世，其子郑克塽（音shuǎng）掌握了政权。
当时，靖海将军施琅（音láng）给康熙上了一道奏章，奏章上写道：“郑克塽继位以来，部将冯锡范专权，官员受贿成风。我朝不可放弃这个用兵良机，应当将郑氏一举扫平。”康熙看了奏章，格外高兴，与群臣商议夺取台湾之事。
施琅本是台湾将领，因为得罪了郑成功，归顺了清朝。郑成功最恨降清之人，将施琅的父亲、弟弟斩首。施琅积极支持统一大业，且与郑氏有仇，所以一再献策，要渡海灭亡郑氏。但清朝的对台政策以招抚为主，对施琅并不重视。
康熙对大臣们说：“施将军的看法颇有道理。多年来本朝与台湾讲和，也没什么成果，不如对郑氏用兵。”大臣们大多支持康熙的看法。可是，福建将军喇哈达却上奏章说：“台湾与咱们隔着大海，渡海作战凶险万分，夺取台湾之策断不可听。”
康熙坚决驳斥喇哈达的意见，封姚启圣为福建总督，施琅为福建水师提督。施琅上任以后，训练水兵，督造战船。一年之后，施琅水军已达两万多人，拥有三百艘战船。姚启圣则准备大批粮草、物资，作为施琅征战之用。
1683年，施琅率领军队从铜山港渡海，准备攻打澎湖。澎湖是台湾属地，守将刘国轩战功赫赫，向来为郑氏倚重。清军很快来到八罩岛（今澎湖望安岛），在那里歇兵数日，然后向刘国轩部队发动攻击。
几日后，清军与刘国轩主力部队展开激战。清军先锋蓝理率七艘战船，杀入郑军战阵，接连取得胜利。郑军损失了十四艘战船，被烧死的士兵共有两千之众。刘国轩在受挫之后不敢主动出击，因此贻误战机。
战斗打了五个时辰，清军大获全胜。郑军有一万二千余人战死，一百多艘战船被击沉、焚毁。刘国轩非常恐惧，率三十艘战船逃往台湾岛。刘国轩的部队是台湾水军的主力军，在这次战斗中几乎全军覆灭，给郑克塽政权带来致命打击。
施琅为尽快平定台湾，对台湾民众进行政治争取。他对于战俘格外优待，赐给他们粮食。战俘伤势痊愈后，施琅又将他们全部释放。这些人回到台湾，广泛宣扬清军的仁义，台湾百姓都对清朝产生好感，愿意归顺。
此时，郑克塽召集文武群臣，商议当前对策。有人主张抵抗到底，有人主张弃岛逃亡，刘国轩则主张归顺清人，避免更大伤亡。郑克塽思虑再三，终于同意刘国轩的看法，并派他向施琅递送降书。不久，施琅由鹿耳门进岛，进驻龙亭。
夺取台湾后，清朝一些大臣说：“台湾土地狭小，没有多少人口。我朝从台湾得不到多少税收，还要派兵镇守，浪费兵饷，这太不划算了。不如将台湾人口迁往大陆，留兵镇守澎湖，放弃台湾岛。”
姚启圣、施琅得知，急忙给皇帝上奏章。他们认为：“如果放弃台湾岛，似乎不用额外增加钱粮，但外国必定占领该岛。那时外国进犯我朝时有了据点，要想驱除他们难上加难。如果此种情况发生，我朝花费的钱财又何止亿万！”
后来，施琅上了一封《陈台湾弃留利害疏》，坚决主张在台湾驻兵。他指出，如果放弃台湾，还有以下几个坏处：第一，台湾人口较多，如果强迫他们迁走，会对他们的生计产生影响。第二，若强迁台湾之民，一定花费几年的时间，劳师动众，没有必要。第三，如果强迁台湾人有遗漏，留下的台湾人可能会啸聚山林，结成反清力量。
康熙皇帝接受了施琅的意见，决定在台湾留驻军队。公元1684年，康熙皇帝传下一道圣旨，将台湾纳入到清朝的行政管辖之中。圣旨中说，在台湾设一府三县，隶属福建省，一府为台湾府，三县为台湾、凤山、诸罗。
■雅克萨之战