8时20分，哈尔西又收到一份要求救援的电报。这是克利夫顿·斯普拉格海军少将发来的。第7舰队有3个护航航空母舰大队在莱特湾担任警戒任务，斯普拉格是其中一个大队的指挥官，他的大队正在萨马岛附近水域活动，栗田的中央编队突然出现了，并对他进行突击，因而发报向哈尔西求援。在此之后，哈尔西又相继收到金凯德的数份电报，而且其中有一份是明码电报。电报称：情况危急，请求派快速战列舰和航空母舰大力支援。
几个高级司令部都听到了这些呼救。在珍珠港，一向安详的尼米兹在屋里来回踱着步。在华盛顿，金将军也在踱步，并且骂骂咧咧。
上述电报激怒了哈尔西，他说："保护第7舰队并非我的使命。我的任务是进攻，是率领第3舰队实施突击，去突击那种不仅对金凯德和我们有严重威胁，而且对整个太平洋战局都有重大影响的敌人海上兵力。"他电令正在东南海域补给燃料的麦凯恩特混大队急速支援斯普拉格。然后，率领第34和第38特混舰队继续北进，离莱特湾越来越远。
坐卧不安的尼米兹从作战图上注视着战斗的进展情况。往来于第3舰队和第7舰队之间的电报使他心急如焚。奥斯汀以为将军仍然不知道第34特混舰队现在何处。他建议："将军，你可否问哈尔西一个简单问题：第34特混舰队现在何处？"
尼米兹认为这是一个好主意，它包含暗示，那就是：第34特混舰队应该在何处？它是不是最好尽快赶到那里去？他认为哈尔西应该能够领会其中的含义。尼米兹现在认为，这是一个特殊情况，他有理由干预现场指挥官了。
于是，一份带有强调语气的电文发向哈尔西："向水边跳火鸡舞。GG第34特混舰队现在何处？现在何处？RR全世界都想知道。"
尼米兹亲自干预海战指挥，且措辞如此激烈，这使哈尔西十分恼火，他认为这是对他极大的讽刺，使他在金和金凯德面前出丑。他后来回忆说："我好像重重地挨了一记耳光，被打得晕头转向。我抓下帽子，摔到甲板上。麦克·卡尼跑进来抓住我的手臂说："你怎么啦？冷静些！"我把电报递给他，转过身去，气得连话都说不出来。我真不相信切斯特·尼米兹会发这样的电报来侮辱我。"
其实，用"GG"、"RR"这两个没有意义的字母，分隔开前后莫名其妙的短句，是通信官为迷惑敌人而加的混码。而哈尔西不知其中奥妙，恼怒之中足足磨蹭了一个钟头，才下令米切尔继续攻击小泽舰队，自己率舰返回莱特湾救援，用他自己的话，就是"屈从了压力，挥师南下"。
11时15分，第34特混舰队改变航向，向南航进。当编队从第38特混舰队旁边通过时，哈尔西命令博根率航空母舰特混大队随他同行，以便提供空中保护。
米切尔率领谢尔曼、戴维森的两个航空母舰特混大队和杜博斯的水面舰艇群继续向北追击。将近中午，米切尔派出200余架舰载机组成的突击机群，袭击了残存的日航空母舰。结果，"瑞凤"号被重创，但仍浮在水面，"瑞鹤"号被3条鱼雷击中而沉没。在参加袭击珍珠港的几艘日本航空母舰中，"瑞鹤"号航母是最后被击沉的一艘，除中途岛海战外，它参加了太平洋战争中历次航空母舰之间的交战。午后，又一组突击机群终于击沉了奄奄一息的"瑞凤"号航空母舰。
尽管哈尔西拒绝承认，但实际情况是小泽的北部舰队出色地完成了诱敌任务，取得了出乎意料的成功。小泽不仅使栗田部队免遭全军覆没的下场，而且也使自己率领的"自杀部队"中的大部分舰只除航空母舰外免遭厄运。当时小泽舰队的航空母舰没有舰载机，所以无力进行反击。只是想把哈尔西从莱特湾引开，以便使南路和中路部队进入莱特湾去袭击美军运输舰只。然而，日军未达到所期待的最终目的。由于小泽与栗田的无线电通信联系中断，虽然莱特湾内的美军登陆运输队已经处于日军舰炮有效射程之内，但是栗田突然命令舰队后撤，错过了这一良机。
当时，形势对日本人极为有利：当栗田的舰队挥戈直逼莱特湾的时候，所有大炮、鱼雷都处在一触即发的状态之中。美军斯普拉格的舰队已经后撤，麦凯恩和哈尔西都远水不解近渴。这样，莱特湾内麦克阿瑟的登陆部队以及50余艘运输舰船，只好听凭栗田用巨炮去摧毁。但此时栗田从截获的无线电中得知，美护航航空母舰上的飞机正在莱特岛着陆。这本是由于美航空母舰遭到日军袭击，惊慌中的美军为避免飞机与航空母舰同归于尽而采取的紧急措施，栗田却误认为这是美机要建立一个陆上基地，准备对他进行更集中的攻击。其次，他没有收到小泽发出的已成功吸引了哈尔西舰队这一关键性电报。相反，他从截获到的金凯德的告急电报中，错误地认为哈尔西南下已有3个多小时，从而放弃了进击莱特湾的作战计划。
10月25日晚，在尼米兹寓所举行的晚宴上，人们对当天的战斗进行了激烈讨论，其中一位侃侃而谈的海军少校格外引人注目。他就是尼米兹的儿子，尼米兹·威廉·小切斯特。他刚刚从潜艇艇长的岗位上卸任，路过珍珠港回美国休假。
小切斯特当着各位高级官员的面，毫无顾忌地大声责问他的父亲："为什么不知道第34特混舰队是否在圣贝纳迪诺海峡而空等几个小时？为什么不直截了当地问哈尔西第34特混舰队在什么地方，命令他让第34特混舰队开往它应该去的地方？"尼米兹耐心地解释说：哈尔西和他的参谋人员远在战区几千海里之外，自己是遵循不干预现场指挥官的原则办事。
有人提到如果哈尔西发现有消灭敌军舰队主力的机会，那就应成为他的主要任务。小切斯特对此也感到吃惊，他激动地说，尼米兹将军下达这样一个命令，实际上是已授权哈尔西将军可以放弃滩头阵地，他还说，要哈尔西完成支援莱特岛登陆任务，又要他去完成其他任务，这本身就是一个错误。他最后看着他父亲说："这是你的过错。"
这句话说得太重了，屋子里一片寂静。老尼米兹冷冷地看了他傲慢的儿子一眼，说："这是你的看法。"讨论就此结束。
尼米兹采取谨慎的方法对待哈尔西的问题，他不去公开批评哈尔西，也不许留下任何可能使这件事公之于世的记录。太平洋舰队司令部战况分析组组长拉尔夫·帕克海军上校，在总部的正式作战报告中严厉批评了哈尔西，尼米兹拒绝在报告上签字。他把报告退给帕克，并在附上的一张纸条上写道："帕克，你打算干什么，这样写会不会在海军中引起又一场争论呢？你把调子降低，再修改一下。"
1945年1月，哈尔西当面向金将军汇报。他讲的第一句话是："我在那次战斗中犯了错误。"
金拉着他的手说："不要再说了，你的事已经过去了。"但这不表示金对哈尔西的理解。多年以后，在他的自传中，他对哈尔西和金凯德都进行了批评，他认为"在萨马岛之战中敌人的突然袭击能够得逞，不仅仅是因为哈尔西不在北方，而且还由于金凯德在关键时刻没有使用他的中队进行搜索。"
在战争史上，很少有连续进行的菲律宾海战和莱特湾海战具有的很类似的战术特点，也很少有那么多指挥官对战斗持有如此不同的看法。很久以后哈尔西曾伤感地说，如果菲律宾海战是他指挥，莱特湾战斗是斯普鲁恩斯指挥，那就可能会好些。
历史学家给哈尔西以客观的评价，他们认为，由于哈尔西的建议，使进攻菲律宾的时间提前了，对加快战争进展作出了贡献，他在战术上的小失误比起战略上的远见卓识是不值一提的。
莱特湾战斗是第二次世界大战中最后一次海上主力决战。不过，美国海军在此后支援陆战队以及陆军地面和空中部队完成太平洋战区的作战任务，仍身负重任。
莱特湾战斗后，麦克阿瑟将军曾命令肯尼将军的远东航空兵部队，接替受折损的第7舰队护卫航空母舰担负的支援地面部队的任务。而肯尼将军的陆基飞机对这一任务感到难以胜任，因为莱特岛唯一可供使用的塔克洛班机场和计划修建的其他机场，都因热带雨季的急风暴雨和地基不适于修筑跑道而无法提供保障，日本人却已将飞机分批由日本经台湾飞到他们在吕宋的全天候机场，因而取得了对莱特的制空权，致使麦克阿瑟不得不向尼米兹求助。尼米兹命令哈尔西袭击吕宋机场，不然就去支援莱特岛的美军。同时，他要求麦克阿瑟"在情况允许时尽快把第3舰队的部队调出来"。麦凯恩中将此时接替米切尔中将任第38特混舰队司令；米切尔飞返美国度假。
第38特混舰队飞行员在支援麦克阿瑟部队的一个月时间内，击毁敌人700架飞机，击沉3艘巡洋舰、10艘驱逐舰、许多运输舰和其他辅助舰艇。他们将一个开往莱特岛的日本舰队全部击沉，淹死了日军近1万人。然而，美国人还不能取得莱特地区的全部制空权。日军"神风"式飞机击伤了特混舰队的7艘航空母舰和第7舰队的2艘战列舰、2艘巡洋舰、2艘运输舰和7艘驱逐舰。其中1艘驱逐舰被击沉。在11月25日遭受了一次特别严重的自杀性袭击之后，第38特混舰队撤至乌里锡。这支舰队持续不断地在海上作战已近3个月了。
1944年11月底，尼米兹将军和他的参谋人员，在旧金山同金将军和来自华盛顿及其他地方的军官代表团举行会晤。金与尼米兹一致认为，哈尔西及其部属需回国长期休息。尼米兹说，只要能够解除第38特混舰队和第3两栖作战部队支援麦克阿瑟的任务，他计划立即将这支舰队归属斯普鲁恩斯。这次作战行动比预期的时间要长，因为日本人在莱特的制空权以及该地区的恶劣气候，使进攻吕宋的日期由1944年12月20日改为1945年1月9日。这一改变，意味着进攻硫磺岛的日期必须由1月20日推迟到2月19日，进攻冲绳岛则由3月1日推迟到4月1日。如再有延误，则将使冲绳作战延至台风季节，势必致使支援舰队陷入危险之中。
陆军计划在冲绳岛作战结束后于秋天发动对九州的进攻。金和尼米兹都认为，若对日本发动进攻肯定会有大量伤亡，而且实际上也没有必要。他们确信，实施封锁和轰炸即可击败日本，并确信，为了保证作战行动，在日本对面的中国海岸有一个基地是很有必要的。尼米兹建议，从上海南面的杭州湾附近进入中国。
金将军宣布，一支配备有航空母舰的英国舰队将于1945年驶抵太平洋参加对日作战。舰队司令、海军上将布鲁斯·弗雷泽爵士对该舰队拥有全面的行政指挥权，但下达作战命令则要向尼米兹报告。英国人将与美国人共同使用在马努斯、莱特和乌里锡的前进基地，至于其他有关事宜将由该舰队自行解决。他们将采用美国的战术和通讯联络程序；但由于他们缺乏航空母舰作战的经验，金建议他们应独立作战，而不要与美国舰只共同行动。