新地皇四年，更始政权迁都洛阳后，派史招抚赤眉军，樊崇当即屯兵濮阳，亲带首领二十多人赴洛。刘玄封樊崇等人为列侯，而未安置其部下大军。樊崇因大军无着落，为了团聚部众而逃回军营，赤眉军与更始政权分裂。此后，赤眉军自濮阳转入颍川。分兵两路，一路由樊崇、逢安率领；一部由徐宣、谢禄、杨音率领，向西挺进，这一行动立即引起了从更始政权中分裂出来的刘秀的注意。刘秀预感到赤眉军必能攻下关中，便令邓禹、冯等参预夹攻。刘玄更始二年（24年），樊崇与徐宣分击武关和陆浑关。次年正月会师于弘农，击败苏茂，自立牧童刘盆子为帝，徐宣任丞相，樊崇任大司马。三月，再败更始丞相李松军与蓩乡。东汉军邓禹趁机攻杀更始大将樊参，又打败了王匡，成丹所部，尽夺河东之地。七月间，王匡、张印等投入赤眉。九月，赤眉军攻入长安，刘玄投降，绿林军溃散。汉建武二年（26年），关中营保兵长看到赤眉军只代表农民利益，并不是他们的依靠对象，便采取坚壁清野之术与其相抗，致使长安粮尽。赤眉军再度西行，转战于安定，北地一带，又攻陇西不入而转回长安。邓禹率东汉军摄其后。年底，长安大饥，赤眉军二十万人开始东撤，归途已被刘秀所切断。建武三年初，赤眉军于崤底被冯异所率汉军击破，东向宜阳又陷入刘秀所设下的重重包围，终因饥寒交迫无力再战，十余万大军被刘秀所收编。
至此为止，曾经声威大振，浴血奋战，推翻王莽政权的绿林、赤眉两支出色的农民武装，终于在内部分裂，失策，以及东汉政权的镇压和地主势力的反对面前，全部瓦解，只留下了他们的历史英名。
昆阳之战
汉更始元年（23年）春，刘等所率起义军败严尤、陈茂等部之后，兵力增至十几万人，遂进围宛城（今河南南阳）。当时据守宛城的是王莽枣阳守长岑彭，及前队副将严说二人。正当围攻宛城之际，绿林军内部突然分成两派。以李通兄弟及新市、下江、平林诸军的多数派，想拥立刘玄为帝，以号召天下；以刘为首的所谓南阳豪杰是少数派，则想先联合赤眉军攻王莽，然后再称尊号。实际上这一派想拥立刘。但少数派终究势弱，争之不得，刘玄遂于是年二月初一被拥为更始皇帝，即位于淯水岸边的沙坝。随后，刘玄封其族父刘良为国三老，新市兵帅王匡为定国上公，王凤为成国上公，朱鲔为大司马，平林兵帅陈牧为大司空，刘为大司徒，其余诸将皆封为九卿，将军。从此，两派开始暗中争斗。
刘玄被立为更始皇帝之后，遂以灭新复汉为号召，一面以主力约十万人围攻宛城，另派平林兵之一部攻新野；一面于是年遣约2万人，由王凤率领，以及廷尉大将军王常、五威将军李轶、太常偏将军刘秀等人，向颍川（今河南禹县）、洛阳等地进击。是月，王凤等人即连克昆阳（今河南叶县）、定陵（今河南偃城西北）、偃（今河南偃城）等地。此时，青州、徐州方面的赤眉军，听说刘玄称皇帝号，也纷纷自称将军，声势益壮。王莽听说后，大为恐惧，一面遣其太师王匡、国将哀章等率军进讨青、徐；一面派司空邑、司徒王寻等人赶赴洛阳，征发各州郡精兵，成立讨伐军，进讨绿林军。除了由各州郡牧守自己率军之外，还征用了自称懂得兵法之人36家，以备军吏。又以长人（巨人）巨无霸为垒尉，并带了许多猛兽，像猛虎、豹、犀牛和大象之类，以助军威，企图一举消灭绿林军。到夏初，各州郡到达洛阳集中的精兵已达43万人，号称百万，并立即开始南进。其余在道者，旌旗、辎重，千里不绝，声势浩大，自古出兵之所未有。五月，王邑、王寻军进抵颍川，与严尤、陈茂军会合。此时，汉军王凤所部刘秀所率数千人也已进抵阳关（今河南禹县西北），欲进窥洛阳。及闻王邑大军南下，便闻风而退。二日后，王莽军先头部队已进抵昆阳城郊。王凤等诸将见王莽军声势浩大，都向后撤退，急忙入据昆阳城，惶怖不安，怀念妻子，并想散归诸城。刘秀说：“如今兵谷既少，而外寇强大，只有并力作战，方可希望成功。如果分散据守，势无俱全。而且宛城还未攻破，其势不能相救。昆阳若被攻破，一日之间，我军各部便会被消灭。如今不同心共胆，共举功名，反而想守保妻子财物吗？”诸将大怒，说：“刘将军何敢如是？”刘秀笑着站到了一边去。这时，探马来报：“王莽大军快要到达城北，军阵数百里，不见其尾。”诸将平时很轻视刘秀，此时形势危急，手足无措，只好说：“再请刘将军谈谈怎么办？”刘秀便又为他们图画成败，诸将听后，皆许诺听从。当时，城中汉军只有八九千人，刘秀让王凤和迁尉大将军王常坚守昆阳，自己乘夜和五威将军李轶等十三骑从南门冲出，到外面去调集援兵。当时已有一部分王莽军进至城下，刘秀他们几乎出不去。
王寻和王邑率军进至昆阳城下，立即挥兵将昆阳城包围起来。严尤劝王邑说：“昆阳城小而坚，如今假号称帝者在宛。若我军大军急进，他们抵敌不住，必然败走。宛败，昆阳城可不战自下。”王邑说：“我过去围困翟义，因未能活捉他，让皇上责备我。如今率百万之众，遇城而不能下，非所以示威也。当先屠此城，喋血而进，前歌后舞，这样难道不快活吗？”便未听严尤的建议，挥兵将昆阳城包围了数十层，列营以百数，征鼓之声闻数十里。挖地道，或用冲车撞城；积弩乱发，矢下如雨，城中人皆负门板而行走。王凤等人恐惧，请求投降，王寻和王邑则不允许，自以为功在漏刻之间，不并以军事为忧。严尤又建议说：“兵法云：‘围城要留一个缺口’。应让他们逃出一部分，以恐惧宛下之军。”王邑又不听。
这时，王莽棘阳守长岑彭和前队将军严说共守宛城数月，内无粮草，外无救兵，不得已而向汉军投降。但这个消息尚未传到昆阳前线。刘秀等人到偃、定陵等县将在那里的绿林军全部调出，得到一万余人。六月，刘秀与诸将连营而进，刘秀自率步骑千余为前锋，进至距王莽大军四五里的地方摆开阵势。王寻、王邑见状，也派出数千人迎战。刘秀单骑率先突入敌阵，斩杀数十人。诸将高兴地说：“刘将军平时见到小股敌人十分胆怯，如今遇到大敌，反而勇敢起来，真是奇怪！”刘秀继续向前突进，诸将率军紧随其后，大败王莽军，杀敌一千余人。初战小胜，绿林军士气大振，无不以一当百。刘秀便率敢死士3000人从城西水上高处居高临下，冲击王莽军的中坚。这时，王寻和王邑仍然十分轻敌，自率万余人出营列阵，而下令军中各部没有命令不得妄动。及两军交战，绿林军奋勇向前，王邑所率莽军被打得大败，而莽军其他各营眼见王邑军败，却不敢擅自发兵相救。汉军乘锐冲击，遂将王寻杀死。城中王凤、王常等将领见状，也率军打开城门，鼓噪而出，内外夹击，喊杀声震天动地。拥挤在昆阳城外狭小地区的王莽数十万大军因而陷于大乱，自相惊扰践踏，伏尸百余里，死伤不计其数。恰在此时，天色大变，狂风骤起，雷声震天，屋瓦皆飞，雨下如注。昆阳城外的滍川水（今之沙河）暴涨，虎豹皆股战不已。王莽军入溃水中被淹死者以万计。王邑、陈茂、严尤等见大势已去，率一部分骑兵踏着遍地的死尸渡河逃跑。余下的王莽军士卒各自奔还本郡。王邑只率数千人退还洛阳。绿林军将王莽军的辎重全部缴获，运了几个月才运完。
昆阳之战，王莽军的主力被彻底击溃，关中震恐。于是，海内豪杰翕然响应，皆杀其牧守，自称将军，用汉之年号以待诏命，旬月之间，遍于天下。
献帝本纪
东汉献帝名刘协，是汉灵帝的儿子，刘协的母亲王美人被何皇后杀害。中平六年四月，少帝刘辩即位，封刘协为勃海王，后又迁封为陈留王。
九月甲戌日，刘协即帝位，当时才九岁。把皇太后迁到永安宫。他大赦全国犯人。改年号昭宁为永汉。丙子日，董卓杀死皇太后何氏。
献帝开始规定侍中、给事黄门侍郎各六名，赐给公卿以下至黄门侍郎每家一人作郎，用来补充宦宫所领管的各个部门，并在殿上侍奉。乙酉日，献帝任命太尉刘虞为大司马。董卓自封为太尉，外加鈇钺仪仗、虎贲卫士。丙戌日，太中大夫杨彪升为司空。甲午日，把豫州牧黄琬升为司徒。派遣使臣到祠庙祭吊已故太傅陈蕃、大将军窦武等。冬季十月乙巳日，献帝为灵思皇后举行葬礼。白波贼侵犯河东，董卓派遣他的将领牛辅前去攻打。
十一月癸酉日，董卓自封为相国。二十月戊戌日，司徒黄琬升为太尉，司空杨彪升为司徒，光禄勋荀爽升为司空。并裁去扶风都尉，设置汉安都护。献帝颁布诏书除去光熹、昭宁、永汉三个年号，仍然恢复中平六年的年号。
初平元年春正月，崤山以东各州郡起兵讨伐董卓。辛亥日，献帝大赦全国犯人。癸酉日，董卓杀死了弘农王。白波贼又侵犯东郡。
二月乙亥日，献帝罢免太尉黄琬、司徒杨彪。庚辰日，董卓杀死城门校尉伍琼、督军校尉周珌。任命光禄勋赵谦为太尉，太仆王允为司徒。丁亥日，献帝将都城迁到长安。董卓驱赶京城内的百姓全部向西迁移入关内，自己却留在毕圭苑屯驻。壬辰日，白色长虹穿过太阳。
三月乙巳日，皇帝御驾驶入长安，进入未央官。己酉日，董卓放火焚烧洛阳城内的宫殿，庙宇及民房。戊午日，董卓杀害了太傅袁隗、太仆袁基，并诛杀了他们的族人。
夏五月，司空荀爽去世。六月辛丑日，献帝任命光禄大夫种拂为司空。大鸿胪韩融、少府阴修、执金吾胡母班、将作大匠吴修、越骑校尉王安聚集在关东，后将军袁术，河内太守王匡分别将他们逮捕并杀害，唯独韩融幸免。董卓废除五铢钱，改铸小钱使用。
冬季十一月庚戌日，镇星、荧惑、太白三颗星在苍龙七宿的第六宿尾相汇合。
这一年，有关部门奏报献帝，和帝穆宗、安帝恭宗、顺帝敬宗、桓帝威宗四位皇帝因为没什么功德，称号为宗不适合，又因为和帝母亲恭怀皇后、安帝的祖母敬隐皇后、顺帝母亲恭愍皇后并非嫡妻，称为皇后也不适宜，请求将他们的尊号都除去。刘协批示：“可以”。孙坚杀死荆州刺史王叡，又杀死南阳太守张咨。
初平二年春正月辛丑日，献帝大赦全国犯人。二月丁丑日，董卓自封为太师。
袁术派遣大将孙坚与董卓的大将胡轸在阳人大战，胡轸的军队大败。于是董卓挖了在洛阳诸帝王的陵墓。夏季四月，董卓进入长安。六月丙戌日，发生地震。秋季七月，司空种拂免官，光禄大夫济南淳于嘉升为司空。太尉赵谦免职，太常马日升为太尉。
九月，蚩尤旗星出现在苍龙星角、亢星中。冬十一月壬戌日，董卓杀死卫尉张温。十一月，青州黄巾军侵犯太山，被太山太守应劭打败。黄巾军转而侵犯渤海，与公孙瓒大战于东光，再次被打败。这年，长沙有一个人死了一月后又复活。
初平三年春正月丁丑日，献帝大赦全国犯人。袁术派遣大将孙坚到襄阳攻打刘表，孙坚战死。袁绍与公孙瓒在界桥相战，公孙瓒的军队大败。
夏四月辛巳日，献帝杀死董卓，并诛杀了他的三族。司徒王允总领尚书事，掌管朝政，派遣使臣张种去崤山以东安抚慰问百姓。
青州黄巾军攻打兖州，在东平杀死兖州刺史刘岱。东郡太守曹操在寿张攻打黄巾军，黄巾军投降。
五月丁酉日，献帝大赦全国犯人。丁未日，征西将军皇甫嵩升为车骑将军。
董卓的部下将领李傕、郭汜、樊稠、张济等人谋反，攻打京师。六月戊午日，攻陷京城长安，太常种拂、太仆鲁旭、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀都战死，官吏百姓死了一万余人。李傕等人都自封为将军。巳未日，献帝大赦全国犯人。李傕杀死司隶校尉黄琬，甲子日，又杀死司徒王允，将两家族人一并诛杀。丙子日，把前将军赵谦升为司徒。
秋七月庚子日，大尉马日升为太傅，总领尚书事。八月，献帝派遗马日与太仆赵岐，持符节前往全国各地慰问安抚。车骑将军皇甫嵩升为太尉。并罢免司徒赵谦。
九月，李傕自封为车骑将军，郭汜为后将军，樊稠为右将军，张济为镇东将军。张济出兵屯驻弘农。甲申日，司空淳于嘉升为司徒，光禄大夫杨彪升为司空，都总领尚书事。冬十二月，太尉皇甫嵩初免官。光禄大夫周忠升为太尉，参与总领尚书事。
初平四年春，正月禄一甲寅日，出现日食。丁卯日，献帝大赦全国犯人。
三月，袁术杀害扬州刺史陈温，占据淮南。长安宣平城门外有一间房屋自己倒塌。
夏五月癸酉日，天空有雷声但没有阴云。六月，扶风刮起大风，并下雨加冰雹。华山出现山崩现象。太尉周忠被免官，太仆朱俊为太尉，总领尚书事。下邳的贼人阙宣自称天子。这一年天降大雨，派遣御史裴茂审讯奉皇帝命令拘禁的犯人，酌情从轻处理。六月辛丑日，西北部出现天狗星。
九月甲午日，儒生四十余人参加考试，考试成绩最优等的赐为郎中，次一点的为太子舍人，落第者罢免官职。献帝并颁布诏书说：“孔子曾叹息‘所学的不讲习’。不讲习，所学的知识就会逐渐忘记。现在这些老年儒生已年过六十，背井离乡，为生存奔波，不能专心从事所学知识。从幼小时入学，直到头发白了空空而归无所收获，长年地从事田间劳作，断绝了作官的念头，我非常同情他们。依照规定应罢官的人，仍保留为太子舍人。”
冬十月，皇帝到太学巡视，车驾到永福城门，观看太学生们的礼仪，分等级赏赐博士以下的人。辛丑日，京城发生地震，彗星扫过天市星。司空杨彪被罢免，太常赵温升为司空。公孙瓒杀死大司马刘虞。
十二月辛丑日，发生地震。司空赵温被免官。乙巳日，卫尉张喜升为司空。这一年，琅邪王刘容去世。
兴平元年春正月辛酉日，献帝大赦全国犯人，改年号为兴平。甲子日，皇帝举行加冕礼。二月壬午日，追封皇母谥号为灵怀皇后，甲申日，将皇母改葬在文昭陵。丁亥日，皇帝耕种籍田。
三月，韩遂，马腾和郭汜、樊稠在长平观大战、韩遂、马腾战败，左中郎将刘范、前益州刺史种邵战死。夏六月丙子日，献帝分凉州河西四郡为廱州。丁丑日，这一天发生地震；戊寅日，再次地震。乙巳晦，有日食出现，皇帝不去正殿，停止用兵，五天不上朝听政。蝗虫灾害严重。秋七月壬子日，太尉朱俊被免职。戊午日，太常杨彪升为太尉，总领尚书事。
自四月开始，京城周围三辅地区发生严重的旱灾。皇帝不去正殿，请求降雨，派遣使者释放囚徒，酌情从轻处理。这时，一斛谷价值五十万钱，一斛豆麦价值二十万钱，出现人吃人的惨状，四处堆积着白骨。皇帝派侍御史侯汶取出太仓的米豆，给饥饿的人做粥，过了一天死者仍没减少。皇帝怀疑发放的救济有虚假，于是亲自在御坐前叫人量米煮粥，才知果然有假，派遣侍中刘艾责备有关部门。于是，尚书令以下所有官吏到宫中请罪，上奏请拘捕侯汶审问。献帝颁布诏书说：“不忍心将侯汶交大理司治罪，可以杖打五十。”自此以后，多数人得到救济活了下来。八月，冯翊羌叛乱，侵占所属各县，郭汜、樊稠战胜了叛军。九月，桑树又结出桑椹，饥民有东西可吃。司徒淳于嘉罢免。
冬季十月，长安市门自己塌坏。任命卫尉赵温为司徒，总领尚书事务。十二月，献帝将安定，扶风分出划为新平郡。