九月，辛亥，窦武出宿而归府。典中书者先把此事告诉乐部五官史（主管太后宫中五个女尚书），朱瑀盗走窦武的内奏并将它发布出去，大骂着说：“禁中之官有放纵者，自可诛杀，而我们这些人有什么罪，都要遭受如此灭族的罪名！”又因此大呼说：“陈蕃，窦武禀太后要废除皇帝，实为大逆！”朱瑀因此于当夜召集平素比较亲近且健壮之人如长乐从官史共普、张亮等十七人，歃血共盟，预谋诛杀窦武等人。曹节也禀奏皇帝说：“外间情势急迫，请出御德阳前殿。”说得皇帝拔剑踊跃，并让乳母赵娆等拥卫左右，取棨（古代官吏出行时用来证明身份的东西，用木制成，形状象戟）信，关闭各个禁门，召集尚书官属，胁以白刃，用作诏板，拜王甫为黄门令，持节到北寺狱，逮捕尹勋，山冰。山冰心有怀疑，不受诏书，王甫杀了山冰，并杀了尹勋；救出郑飒，还兵劫走太后，夺取皇绶。曹节又令掌守门户者守南宫，闭门断绝复道（洛阳南宫，北宫有复道相通）。派郑飒等持节及侍御谒者逮捕窦武等人。窦武不受诏书，驰入步兵营，与其兄的儿子步校尉窦绍共同射杀使者。召集北军五校士兵数千人屯居都亭（洛阳都亭），并向军士下达命令说：“黄门，常侍反叛，有尽力平叛杀敌者封侯重赏。”陈蕃闻难，率官属诸生八十多人，并拔刃突入承明门，又到尚书门，并振臂大呼说：“大将军精忠卫国，黄门反叛，为何却说窦氏不道呢！”王甫这时出来正好与陈蕃相遇，听到陈蕃这一番话，而斥陈蕃说：“先帝新弃天下（灵帝刚刚即位），山陵未成，而窦武有何功绩，却兄弟父子连封在侯（窦武的儿子机封渭阳侯，武兄之子绍封鄠侯，绍之弟靖封西乡侯）！又饮酒作乐，多取掖庭宫人，旬日之间，家财巨万计，大臣若此，难道是尽忠吗？陈蕃为宰辅，却相互附益阿党，这样为贼人辩护。”王甫让剑士捕陈蕃，陈蕃拔剑阿叱王甫，面色更加严厉。王甫遂抓陈蕃，押送北寺狱。黄门从官骑士蹋踩陈蕃说：“你这老不死的妖怪！看你还能不能损我曹员数。夺我曹禀假！”当日就把陈蕃杀掉。这时护匈奴中郎将张奂征还京师，曹节等以张奂刚到，不知事情原尾，就捏造诏书以少府周靖行车骑将军事、加节、与张奂率五营士兵讨伐窦武。天微明时，王甫将虎贲、羽林等兵合千余人，出屯朱雀掖门（北宫南掖门），与张奂等合兵一处，已而悉军阙下，与窦武对阵。王甫兵势渐盛，让其士兵大声向窦武的士兵呼喊：“窦武反叛，而你们都是禁兵，应当保卫宫廷，为什么要随窦武反叛呢？先投降者定给厚赏！”营府兵（五营校尉府）平素就畏惧服中官。于是窦武军士开始有归降王甫的，从早到吃午饭时，窦武军基本上全投降。窦武、窦绍逃走，各军追击围攻他们，后窦武、绍皆自杀，被枭首洛阳都亭；同时收捕宗亲宾客姻属，全部处以死刑，以及侍中刘瑜，屯骑校尉冯述，全被夷其族。宦官又譖虎贲中郎将河洞刘淑、故尚书会稽魏朗，说他们与窦武是同谋，因而也皆自杀。迁皇太后于南宫，徙窦武家属于日南；自公卿以下曾为陈蕃，窦武新举荐者，以及门生故吏，皆免官禁锢。议郎勃海巴肃，当初曾与窦武等同谋。曹节等人不了解真情，因而巴肃就只被禁锢。后来曹节查知此事就要把巴肃逮捕归案。巴肃自己到县衙门，县令见到巴肃，即解去巴肃的印绶，县令欲押巴肃一同前往。巴肃说：“为人臣者，有预谋不敢隐瞒，有罪就更不敢逃避刑罚，既然已经承认自己是同谋，那么又怎么还会逃避刑罚呢！”巴肃后来遂也被杀掉。
曹节后迁长乐卫尉，封育阳侯。王甫迁中常侍，黄门令如故。朱瑀、共普、张亮等六人皆列侯，十一个人为关内侯，于是形成小人得志，士大夫皆气丧而被压的局面。
陈蕃被杀以后，他的友人陈留人朱震为其收尸并以安葬，把陈蕃的儿子陈逸藏匿起来，后来此事被曹节这帮人发觉，朱震下狱，全家也因此而受牵连治罪。朱震被敌人刑讯考掠，但朱震誓死不说出陈逸的下落，曹节等终查不出，而陈逸得幸免于难。窦武等的尸首由桂阳胡腾收敛安葬，并发丧，胡腾因此而受牵连被禁锢。窦武的孙子窦辅，年方二岁，胡腾谎称是自己的儿子，与令史南阳张敞一起把他藏在零陵界中，因而也得幸免于难。
张奂迁大司农，并因功被封侯。张奂却深深痛恨被曹节等人所出卖，因而被封却固辞不受。司徒胡广为太傅，从而代替陈蕃，录尚书事。陈蕃、窦武等合谋诛宦官，结果却反被宦官所诛，并株及家族姻属，悲惨之至，从此也足以看出宦官势力之强盛决非少数人所能扭转。
黄巾大起义
东汉末年，宦官专政，吏治废弛，民不聊生，农民起义连绵不断，中平元年（184年）爆发了大规模的黄巾军起义。黄巾军领袖张角，钜鹿（今河北鸡泽县东北）人，起义之前，张角自称大贤良师，尊奉黄、老之道，蓄养弟子。用神道符水为人治病，病人跪拜首过，病或痊愈，颇得百姓信任。张角分别派遣他的弟子周行四方，发动百姓，十余年间徒众达十万人，青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八州之人，没有不响应的。有的变卖家产，流移奔赴，堵塞道路。郡县不解其意，反而说张角是以善道实行教化，而为民所归。张角把徒众设置三十六方，方即大将军的称号。大方一万多人，小方六七千人，各设立渠帅。提出“苍天已死，黄天当立。岁在甲子，天下大吉。”用白土书写京城城门及州郡官府府门，皆作甲子字。中平元年大方马元义等先收荆、扬数万人，与张角同时举事。马元义数次往来于京师洛阳，以中堂侍封諝，徐奉等为内应，约好在三月五日，内外俱起，皆包黄巾作为标志，因此当时人称为黄巾，也有称为蛾贼（意思是人数众多）。张角称天公将军，张角的弟弟张宝称地公将军，张宝的弟弟张梁称人公将军。所到之处，焚烧官府，攻打城邑。州郡官吏大多仓惶逃之。旬日之间，天下响应，京师震动。汉朝廷遂拜卢植为北中郎将，持节，以护乌桓中郎将宗员为副将，率领北军五校士兵，又发天下各郡之兵共同征讨黄巾军。张角军连战失利，败走广宗（今河北威县东）。卢植筑围挖壕，并制造云梯，正当要攻下广宗时，灵帝派遣小黄门左丰视察军队，有人劝卢植以物贿赂左丰，卢植不愿这样做。左丰因一无所获而回归上言灵帝说：“广宗之贼极易攻破，但卢中郎固垒息军，而等待天诛贼。”灵帝大怒，以槛车惩治卢植，减死罪一等；随即又派遣东中郎将陇西董卓来代替卢植，结果董卓在下曲阳（今河北晋县西）被黄巾军打得大败。这时皇甫嵩为左中郎将，领命持节，与右中郎将朱俊共发五校、三河骑士，又招募精兵勇士，共有四万多人，征讨颍川的黄巾军。后来又派遣骑都尉遭曹操带兵前往助战，黄巾军被打得大败，曹操乘胜追击，进讨汝南、陈国的黄巾军，二郡也被曹操攻下，曹操连占三郡，名声大震。东汉又进击东郡（今河南濮阳县南），诏皇甫嵩讨伐张角。
中平元年冬十月，皇甫嵩与张角的弟弟张梁在广宗发生激战，张梁兵精士众，皇甫嵩不能攻克；到第二天，就闭营休兵以观黄巾军的变化，当得知黄巾军的意志稍为松懈，就连夜布兵，天将拂晓之时，驱兵直赴黄巾军的阵地，战斗持续到午后四时，黄巾军失败，张梁被敌人斩首，黄巾军被敌人杀死者三万多人，而赴河死者五万多人。在此战斗之前，张角已经得病而死，敌人仍不放过他，就开棺戳尸，把首级取到京师，悬挂示众。十一月，皇甫嵩又向下曲阳的张角的弟弟张宝进攻的同时，东汉朝廷又选拜王允为豫州刺史，征讨黄巾军的其他分支，黄巾军相继被打败，士兵共被俘获者达数十万人。
南阳黄巾军张曼成起兵，自称神上使，兵众数万人，杀郡太守褚裒，声势很大。后来张曼成被后任太守秦颉杀害，黄巾军就推举赵弘为帅，黄巾军又逐渐强盛，兵众遂达十多万人，占据宛城（今湖北荆门县南）。朱俊与荆州刺史徐璆及秦颉合兵围攻赵弘，敌人从六月到八月围城，一直攻克不下；有司上奏弹劾朱俊，主张对朱加以惩治，司空张温上疏灵帝为朱俊辩解：“昔秦用白起，燕任乐毅，都经过旷年历战，才得以克敌。朱俊在讨伐颍川的黄巾军时已立有战功，引师南指，方略已定；临军易将，为兵家之大忌，应该宽限时日，责其成功”。灵帝听从张温之言而没有惩治朱俊。朱俊开始向赵弘发动进攻，并杀死了赵弘。黄巾军的将帅韩忠又重新占据宛城，以抗拒朱俊。朱俊采取声东击西的办法，一方面鸣鼓攻打城的西南角，黄巾军以全力抵抗来自西南方向敌人的进攻，使黄巾军的兵力受牵于此；一方面朱俊自己率领精锐将士潜到城的东北角，乘虚而进入宛城。韩忠率兵退入小城，被敌人层层围困，韩忠意觉不能破敌，准备投降。但朱俊却认为黄巾军投降只是迫于目前的窘势，不完全出于真心，他说：“兵固有形同而势异者。过去秦、项之际，民无定主，因而对来归附给予赏赐，对未归附者施以规劝、招降。而现在天下一统，唯有黄巾叛逆。纳降不足以劝善，讨伐却足以惩恶。如果受黄巾投降，更升逆意，使黄巾有利则战，无利则降，纵长敌寇，决非良计！”因此继续对黄巾发动紧急攻势，连战仍攻克不下。朱俊登高望城，对他的司马张超说：“贼人现在外围坚固，内营逼急，乞降不受，欲出不得，所以必会决一死战。万人一心势尚不可挡，又何况有十万多人呢！我们不如先撤围，把军队合并入城，韩忠看到撤围，肯定会自动出来，一旦出来士兵的意志就会涣散，而这正是破敌之道。”随即敌人撤围，韩忠果然出战，朱俊进而发动攻击，斩杀黄巾军万余人。太守秦颉因对韩忠恨之入骨，因而杀了韩忠。