朱元璋封王建藩的做法，同样出身卑微的汉高祖刘邦也采用过。刘邦建立汉朝后，立即分封同姓诸侯王，作为刘家天下的屏障。而诸侯王们野心勃勃，与中央分庭抗礼。汉景帝接受晁错“削藩”的主张，引起了藩王的反叛——吴楚七国之乱，他们的借口就是“请诛晁错，以清君侧”。历史常有惊人的相似之处。明太祖朱元璋去世后，由于太子朱标早逝，便由太孙朱允炆继位，是为惠帝，年号“建文”。建文帝即位后，时时感受到有皇叔身份的藩王们的威胁，他们个个拥兵自重，根本不把这个年轻的侄皇帝放在眼里。于是，建文帝与亲信齐泰、黄子澄、方孝孺等商量削夺藩王的权力。周、齐、湘、代、岷几位藩王相继被削，同时命令在北平周围部署兵力，派人监视燕王动静。燕王朱棣是朱元璋的第四个儿子，他势力最大，野心也最大。朱元璋死后，他一面偷偷训练士兵，命人日夜赶造兵器，一面却假装生病，疯子一样成天胡言乱语，有时候还躺在地上，几天不起来。建文帝派人前去探病，正值盛夏，燕王却坐在火炉边烤火，嘴里还不停地叫冷，以欺骗朱允炆的耳目。
建文元年（1399）六月，朱允炆认为准备充分了，密令向燕王动手。不料，北平都指挥使张信向燕王告密。燕王得到消息，把王府里充当建文帝内应的官员全抓了起来，宣布起兵。燕王援引藩王可以统领自己的军队征讨朝中奸臣的“祖训”，打着“清君侧”的旗号，在他的封地起兵，发动了“靖难之役”，所谓“靖难”就是平定内乱的意思，其实他是以声讨齐泰、黄子澄为名，矛头直指建文帝。
燕王起兵后，一路南下，很快攻占了很多地方，声势浩大。而朝中，当时功臣宿将被太祖朱元璋杀了个干干净净，建文帝竟派不出个能打仗的大将，无奈只好起用幸存的老将耿炳文，任命他为大将军，统率南军十三万伐燕。但第一场大仗——滹沱河之战耿炳文就失败了。此时，建文帝听信黄子澄的一面之词，让纨绔子弟李景隆取代了耿炳文任大将军，临阵换将，这犯了军事上的大忌，之后南军屡战屡败。而黄子澄又让李景隆隐瞒战败消息，被蒙蔽的建文帝还给本来战败逃回京师的李景隆予以奖励，继续让他统率南军。建文二年（1400），白河沟之战，南军因将帅们不专心作战，下达的政令不统一而再次大败。但燕军攻至济南时，受到山东参政铁铉的坚决抵抗，双方相持了三年之久。后来燕王得宦官的密报，知京师空虚，便于建文四年（1402）六月挥师渡江，而守卫金川门的李景隆竟开门迎降，于是燕王攻陷京师（今南京）。朱棣取建文帝而代之，是为明成祖，年号“永乐”。齐泰、黄子澄、方孝儒等建文旧臣被杀，还灭了他们满门，这就是历史上所谓的“靖难之变”。
京师被朱棣攻陷后，建文帝却在混乱中失踪，下落不明。有的说他在宫中自焚而死，还有的说建文帝从地道逃出城外，当了一名和尚。究竟如何，众说纷纭，建文帝失踪成为明代迷案之一。
迁都北京
成祖朱棣是以藩王起兵夺取政权的，他自然深知藩王权势过重的祸害。但他刚刚登临皇帝宝座，地位尚未巩固，因此，恢复藩王制实际上是他采取的欲夺先予的策略。永乐元年（1403），朱棣先恢复了被建文帝贬削的诸位藩王的地位，并赏赉有加。但一待地位稳定，朱棣就继续了削藩政策。他先后把北部要塞的藩王迂至南方，有的藩王被以各种理由废为庶人，或者削其护卫，夺其兵权。就这样逐步实现了削藩的目的。同时，朱棣大封靖难功臣，使得中央政权有了可靠的武力保证。
虽然与其父朱元璋不同，朱棣没有杀戮功臣，但同样嗜杀的性格使朱棣在一段时期内对建文帝的亲信大臣，如齐泰、黄子澄、方孝孺等，展开了一场又一场的屠杀，并株连同族乡里。比如，建文时期的御史大夫景清，本来成祖仍让他继任原职，但一日早朝，景清却怀揣匕首，预谋刺杀朱棣。成祖盛怒下令将景清处以分肢之刑，而其族人无一幸免，均株连被杀，继而又牵连他原籍乡里，使得整个村子成为一片废墟，这次大屠杀被人称为“瓜蔓抄”，其残酷的程度可与朱元璋惩处胡蓝党案的手段相提并论。好在不久，成祖就刹住了这股镇压之风，对原来建文帝时的官员，除了坚决反对的以外，愿意为本朝服务的，朱棣都量才录用，从而稳定了当时的政局。
然而，被刺杀的恶梦却就此挥之不去地纠缠着朱棣。加之朱棣觉得南京的血流得太多了，在当时宫殿的广场上，近自朝廊，远及附近的雨花台，无不是血迹斑斑，这使得朱棣对屠杀的惨景总是历历在目而内心不安。在这种种刺激下，朱棣更加思念自己的藩地北平，那里是自己的发祥地，那里有自己稳固的根基，于是便动了迁都的打算。永乐元年（1403）正月，升北平为北京，北京之名即由此始。二月，改北平府为顺天府。永乐五年，皇后徐氏（开国名将徐达之女）死去，朱棣经过慎重考虑，没有在南京建陵安葬，而是派礼部尚书及“江西派”风水大师廖均卿等人去北京寻找“吉壤”，也就是通常说的风水宝地。这些都是为迁都打下的伏笔。
当然，更重要的是军事原因。自从北方藩王被撤除后，边防空虚，蒙古鞑靼、瓦剌不断南下侵扰。为了有力地抵御蒙古的进犯，经营东北，以控制全国，显然将北京作为全国的政治中心，比南京更为合适。于是，永乐四年（1406），朱棣下令迁都。朱棣派大臣宋礼等到四川、湖广、江西、浙江、山西等地采木备料。次年征调了23万名工匠，上百万名民夫及大量兵士开始营建北京城，到永乐十八年（1420）基本竣工。
永乐十九年（1421）正月，朱棣将国都从南京迁到了北京，而南京成为留都。
营建北京宫殿、迁都，不只是为了显示个人的威严，朱棣在建成的宫殿中仅仅生活了四年，而这四年中又几乎有两年的时间是在军旅中度过的。元朝灭亡后，其残余势力退至塞外，但仍不时南下骚扰。成祖为消除边患，在永乐年间，曾五次亲征漠北。就在迁都的当年，鞑靼的阿鲁台屡次兴师来犯，次年三月朱棣统军出征，这已是朱棣第三次亲征漠北。阿鲁台间讯将马匹、辎重全部丢弃在阔滦海（今呼伦湖）向北逃走。朱棣命人将其辎重烧毁后挥师征讨暗中帮助阿鲁台的兀良哈人，全胜而归。后又于永乐二十一年秋和二十二年春，两次亲征阿鲁台，阿鲁台不敌成祖大军都逃跑了。永乐二十二年（1424）七月，当大军撤回至榆木川（今内蒙古多伦西北），年逾六十五岁的成祖，终因长时间以来身患痛风之病而溘然长逝。
明成祖朱棣肇建北京城和迁都的初衷主要是要以“天子守边”取代“藩王守边”。而迁都的措施也确实对后来巩固北方的边防和加强对全国的管辖起到了积极的作用。
制衡三角
明初，太祖朱元璋废除三省制、丞相制而将国家大权全部抓在自己手中，对于像他这样文治武功的皇帝尚可应付一时，但日子一久，就是整天废寝忘食地批答奏章，还是忙不过来。而遇到重大问题时，也没有了可以商量的人。于是洪武十五年（1382）朱元璋仿效宋朝制度，设置了殿阁大学士，来帮助自己处理一些文字事务。但这些大学士不过是五品小官，他们只是帮助皇帝阅看各部门送来的奏章，再根据皇帝的意图草拟处理意见，既不能参与重大政务的研究，又不能独自处理什么问题。这就是后来内阁制的雏形。
明成祖朱棣登基后，感到有必要修正其父手订的这种辅政体制，要达到既牢牢掌控皇权，又不致使皇帝苦于奏折之中的统治方式。聪明的成祖，画了一个三角形，高高居于顶端的当然是皇帝，而三角形底边的两端分别是内阁和司礼监。这两个辅政机构作为三角形的两条边，互相牵制，此长彼消。而孰长孰短，孰强孰弱，完全视皇帝与其关系的密切和信任程度而定。
首先，成祖朱棣在全国范围内精选了解缙、胡广、黄淮、杨荣、杨士奇、金幼孜、胡俨等七位年轻有才能的士人进入内阁，并对他们放手重用，在诸如有关和战、立储、用人、征调或蠲免赋役等重大军国政务上，都征求他们的意见，有意识地吸收他们参与讨论国家的核心机密。这样，内阁及其大学士的实际职权就发生了实质性的变化。内阁逐渐成为处理机务的实权机构，其中的大学士也成为皇帝左右提供咨询意见的内阁大臣，明朝的内阁制度基本形成。朱棣当政的22年中，内阁大学士虽仍然不过是正五品的官阶，但他们经常能参与重大政务的研讨，也可以在御前进行更高层次的审议，以供皇帝参考，实际上加强了皇权的效能。在内阁制度下皇帝将决策权仍牢牢把持在自己手中，只是将议政权分给了内阁，同时将行政权分给了六部。地方上再分三司，分管司法、军事、行政，三司直接对六部负责。这样，在成祖的掌控下，内阁与六部各司其职，国家最高行政命令从紫禁城发出，通过全国1936处驿站，全长143700公里的驿道，就可以层层下发到帝国每一个角落。
但官僚机构权力的增长是绝对不可以威胁到皇权的，成祖朱棣的办法是重用司礼监的宦官以牵制内阁，达到权力制衡。司礼监设立于洪武年间，最初不过是为皇帝生活起居服务的宦官系统的一个管理机构。成祖在夺得皇位时曾得到宦官的大力支持，因此他十分信任宦官，给予了宦官出使、监军、刺探民情等大权。特别当皇帝授权司礼监负责“掌章奏文书，照阁票批朱”后，司礼监就拥有了更大的权力。具体操作方法是：皇帝阅览后的奏章先发交给内阁，由内阁大学士以皇帝名义拟好批答的文字，提出对政事的初步处理意见，并用一张小票贴在奏章上，连同奏章一起交回皇帝，这个步骤叫“票拟”。皇帝如果同意内阁拟定的意见，就亲自或交司礼监太监用朱笔照抄一遍意见后发给各衙门执行，这个步骤又称为“批红”。内阁拥有“票拟”的权力，阁臣通过草拟对各种奏章的处理意见，来掌握处理国家政事的大权，这是阁臣最大的权力所在；而司礼监的宦官因为可以代皇帝“批红”，进而可以监督和制约内阁的权力。
内阁作为皇帝和政府各部门之间的辅政机构，起到了弥补废除丞相后皇权统治效能下降这一缺陷；而司礼监代表皇权监督、控制内阁和政府机构的施政活动，发挥了稳定和巩固皇帝独裁统治的重要作用。但这两个最重要的中枢权力机构——内阁和司礼监——都不是行政实体，而仅是辅助皇帝处理政务的办事机构。司礼监的宦官是皇帝的家奴，内阁大学士多是选自翰林院的进士，更像皇帝的机要秘书或者顾问。在这种权力结构内，谁都无法逸出皇权控制的轨道而发展成为皇权的异己力量，也不可能形成真正危及皇权的“权相”或者“权阉”。成祖就是通过对这两个机构的改革，“收天下之权以归一人”，“纪纲政令一出于天子”，使皇权得以进一步巩固，建立起历史上空前强大的皇权体系。
永乐大典
现在位于北京海淀区的中国国家图书馆，每天都会有成千上万的读者在这里出入。然而，许多人并不知道，这里有个颇为神秘的地方。这是一个地下宝库，其中存放着一部国家图书馆最为珍贵的馆藏，它就是举世闻名的《永乐大典》。《永乐大典》是一部古今中外罕见的大型类书，是中国古代最成熟、最杰出的“百科全书”。现在馆藏有161册，不到这部卷帙空前浩繁的巨著的4％，还有400册左右流散在世界各地。而《永乐大典》最初编纂完成时的规模是22877卷，11095册。现今《永乐大典》已历经600余年，这个巨大的工程是如何完成的，它在漫长的岁月中，又经历了哪些不幸遭遇呢？
明成祖朱棣在篡得帝位后，为了笼络人心，特别是为了拉拢知识分子，于永乐元年（1403）下令组织编纂一部囊括天下古今事务、百家之书，不避繁多，分类编排的总汇之书，以供皇帝查阅，并指定当时的翰林院学士解缙等人负责此事。起初，解缙等在第二年就编成了一部呈现给皇帝，成祖为它起名《文献大成》。但不久，成祖发现里面的内容还是不够完善，有很多的书籍缺失没有被收集进来。于是，他又下令重修，命解缙和太子少师父姚广志、刑部侍郎刘季篪为总编纂，命翰林院学士王景等人为总裁，翰林院侍讲邹缉等二十人为副总裁，又召集全国知名的学者作纂修，让国子监和各地方学校的生员誊写，一共动用了2100多人，在永乐五年（1407），终于将这部达3．7亿字，2．2万多卷，11095册的巨著编纂完成，明成祖为它赐名《永乐大典》，并亲自为该书作序。
大典内容包罗万象，为方便检索按照音韵收字，各字之下先列出该字的发音、各种词义解释以及该字的楷体、篆体等不同字体。然后分类汇辑与该字有关的天文、地理、人事、名物、诗文词曲等各项记载。被收录其中的记载，全部按照原文照抄，不改一字，完好地保存了大量我国14世纪以前的文学、艺术、史地、哲学、宗教和应用科学等方面的丰富资料。
《永乐大典》编成后，因它的规模太大，一直没能刻版刊印，只是抄了一部，收藏在北京皇宫内的文楼。明世宗即位后，对这部书爱如至宝，一遇到疑难的问题，就按音韵检索到该书中去查找相关内容。嘉靖三十六年（1557），皇宫内奉天、华盖、谨身三大殿起火，明世宗命人先将文楼的《永乐大典》搬出去，一夜之中竟连传四次圣旨命抢救该书。火灾过后，为防不测，世宗命人又完整地誊写了一部副本，将正本藏于文渊阁，副本收藏于皇史宬，即皇宫中专门用来藏书的屋子之中。明朝末年，《永乐大典》的正本已下落不明。
到清雍正时期，《永乐大典》的副本由皇史宬移至翰林院的敬一亭，但此时副本也已经短缺了近两千册。后来不断丢失，到光绪初年仅剩下三千多册了。光绪二十二年（1894），清末著名学者对该书进行过一次查点，那时尚存的仅八百多本了。是什么原因导致如此严重的流失，一直使人困惑不解。《永乐大典》作为国家收藏的珍贵古籍，藏于深宫，普通百姓根本没有机会接触到，那么流失的第一个环节，很可能是宫中侍从和朝廷官员。有史料记载，清乾隆年间《四库全书》修撰完之后，一些官员将《永乐大典》视为多余之物，此后《永乐大典》被束之高阁，给一些官员提供可乘之机，开始进行偷窃，而且偷书伎俩极为巧妙。他们一般选择在冬天进行偷窃，官员们早上进翰林院时随身带一件棉袍，却不穿在身上，而是打成包袱，形状和两本《永乐大典》大小差不多。当夜晚离开的时候，他们将两本大典包入包袱里，把原本包袱里的棉袍穿在身上。看守人员见他早上曾带着包袱而来，晚上带着同样的包袱而去，也就不起疑心了。光绪年间，有一位翰林侍读叫文廷式，仅他一个人就盗走一百多本。文廷式死后，这些书被他的后人卖给了洋人或者古董商。就这样，《永乐大典》就被大量流失出去。