马歇尔急忙与他的老友、德高望重的政治家伯纳德·巴鲁克商讨对策。马歇尔认为，苏联人封锁柏林，似乎表明他们准备西进，准备发动第三次世界大战。怎样才能劝阻他们不要采取这种自杀性的行动呢？“您是知道的，”马歇尔说，“我们有力量摧毁苏联从波罗的海到黑海的所有目标……我有是否使用原子弹的决定权。”
巴鲁克对马歇尔的话大为震惊，他不敢相信马歇尔是在开玩笑，果真如此，他将建议发动一场先发制人的核战争吗？“我告诉他最好先把事情搞清楚，”巴鲁克后来说，“因为苏联人有自卑感……他们对自己或别人的判断都不相信，在这种情况下，我们要打一场预防性战争是件可怕的事情。”
不久，马歇尔邀请巴鲁克参加一个“智囊会议。”中心议题是讨论欧洲局势；发动一场预防性战争能否摆脱目前的困境；在苏联的原子弹没有问世之前使用原子弹，是否为上策等。与会者相当认真地讨论了这些问题，但大家都感到使用原子弹“这的确是个很难拍板的决定。”经多次讨论后，马歇尔不再谈打预防性战争问题了。
但是，麻烦事并未因此而中断。1948年秋，联合国在巴黎举行会议，再次讨论巴勒斯坦问题。一位事先由联合国派出的瑞典人福克·贝尔纳多特特使向大会报告了中东局势。自巴以分界线划定以来，以色列不仅宣布了独立，而且打退了阿拉伯四国军队的进攻，并进而占领了分界线以外的大片领土。贝尔纳多特坚决主张，按照一年前的分界线在巴勒斯坦实行分治，把以色列非法侵占的土地划归阿拉伯人。但以色列能否以独立国家的名义加入联合国，将由此次会议投票表决。
当时，各国对以色列以独立国家的名义申请加入联合国意见不一，即使在美国代表团中也是如此。共和党代表杜勒斯深信犹太人是巴勒斯坦这片土地的子孙，各国都应承认这一事实，对以色列国应以礼相待。马歇尔的态度却谨慎得多，既然以色列得到了美国的承认，从现在起他们就应当有所克制，不要一味坚持通过联合国得到世界的承认，也不要占住从阿拉伯人手里夺来的土地不放。英国人则坚决反对以色列加入联合国，并主张以色列应交出非法占领的土地。
当以色列人忙于四处游说时，巴勒斯坦却传来坏消息，联合国特使贝尔纳多特被暗杀了，几乎可以肯定是以色列恐怖分子干的。于是，马歇尔对以色列代表的态度变得更加冷淡了。与此同时，贝文则向杜鲁门发起了攻击，他认定是杜鲁门在向马歇尔强压。他用一些侮辱性的语言攻击杜鲁门是一个不诚实的政治家，甚至对马歇尔说，总统“为了拿到100张选票，情愿去舔随便哪个犹太人的屁股。”马歇尔对此大为气恼。
结果，直到投票的前一天晚上，马歇尔还没有给美国代表团下达明确的指示。他说，他要在当天作出决定，但他却病倒了，一副疲惫不堪的样子，有时还呕吐。医生说他的肾脏出了毛病，虽不必立即手术，但必须避免脑力和体力劳累。
杜鲁门得知马歇尔的病情后，立即下达指示，让杜勒斯接替了他的工作，安慰马歇尔好好休息。
马歇尔决定应希腊国王和王后的邀请偕夫人前往雅典疗养。他们到达雅典后不久，联合国投票表决同意接纳以色列为联合国成员国。
此时，杜鲁门正忙于总统竞选，尽管他赢得了犹太人的选票，但国内政治专家们认为，杜鲁门当选的可能性不大，因为民意测验表明，托马斯·杜威将会获胜。大选结果却出人意料，杜鲁门轻而易举地击败了对手。
马歇尔在希腊度过了一段愉快的时光后，回国途中又在伦敦稍事停留，借机看望了玛丽·伯利，并把凯瑟琳介绍给了她。此时，英国却在盛传马歇尔打算辞去国务卿职务。对此，英国人感到不可思议。玛丽·伯利在给他的信中写道：
当前，世界有多么古怪。可别松开您那把握世界脉搏的手指，撒手不管，我恳求您。世界的稳定和正常秩序必须有人来维持。就我所知，只有您能够胜任这项工作。您就是当世的阿特拉斯啊（希腊神话中顶天的巨人）！
马歇尔一心盼望着退出官场。他在给朋友的信中写道：“卸掉责任，自由自在地行事和安享家庭生活，你简直想不出，这对于我将是多么大的乐事。”
与此同时，总统正通过马歇尔的助手洛维特做工作，让国务卿打消辞职的念头。杜鲁门猜想，马歇尔决定辞职与美国政府在联合国投票支持以色列有关。他对洛维特说，他不相信报纸宣传，不要理会那些“该死的政客”和巴勒斯坦问题压力集团的那一套，希望马歇尔先不要作出决定，找个机会谈一谈再说。
马歇尔于12月初回国后不久，随着腰部一阵突发的剧痛他病倒了，被立即送往医院。医生说他的一侧肾脏严重损坏必须切除。
如果手术成功，1948年12月31日他将年满68岁。
8难卸重任
马歇尔的病情，得到世界各地的关注。慰问电来自世界各地，发电人的身份各式各样，包括丘吉尔、戴高乐、斯大林、毛泽东、周恩来、蒋介石、铁托、魏茨曼、艾森豪威尔、蒙哥马利。几十位参议员、众议员寄来慰问信。成千上万普通百姓写来的慰问信多如雪片。
马歇尔手下一些人注意到，蒋介石发来的慰问电上没有蒋夫人的签名，而马歇尔肯定更愿得到这位夫人的信息。在中国，国民党军队屡战屡败，国民党的处境每况愈下，她是否把这些惨败归咎于马歇尔？参众两院已有些风言风语，说因马歇尔不主张为国民党提供更多的军事援助，才造成了如此不幸局面，宋美龄是否也这样想呢？
时隔不久，为了寻求美国的支持和争取更多的美援，宋美龄再次飞到华盛顿。她听说马歇尔住院手术，便立即前往探望。随后，她应凯瑟琳邀请去多多纳庄园小住，俩人白天在庄园收拾菜地，晚上闲谈马歇尔将军的事。
宋美龄飞回中国之前，给马歇尔写了一封信。她以诙谐的笔调，描述了马歇尔在医院里“懒卧于丝绸被中”的同时，自己如何在他家的菜地干苦役，充分流露出这位傲慢的中国第一夫人对他的关爱之情。信是这样结尾的：
因此，紧急请求总司令跳出绸被，火速回家！家庭可爱，断不容如此！本签署人祈求上苍为此种非中国式待遇作证。我的良友恒温器亦五内俱裂，因而忽冷忽热。
我竭诚期待国会对我在此自由国度的遭遇予以紧急注意——打倒奴隶劳动！
宋美龄 谨言
蒋夫人是否真的认为马歇尔应对她的丈夫和国民党的垮台负责（反对马歇尔的人后来就是这样说的）不得而知。对蒋夫人持否定的人士说，全中国数她最专横、最傲慢，而这封信不像是出自她的手笔。马歇尔读完信，只是笑笑而已。他回信说，决不把她的信给任何人看，以免损害她那中华皇后的形象。
马歇尔渐归康复，但他感到已无力胜任国务院重任。在庆祝68岁生日的第二天，他告诉凯瑟琳，他已决定辞职。凯瑟琳对他说，这些年来她一直等着这句话呢。1949年1月13日，马歇尔正式向白宫提交了辞呈。四天后，总统写来了回信：亲爱的马歇尔将军：
您1月3日的来信使我深切意识到，由于健康原因，您不得不决定辞退归隐，出于对国家利益的考虑，我本来一直希望此事能迟迟发生。
我们这些从政日久的人深深懂得，不可或缺的人物为数甚少。令人欣慰的是，政府得以保持工作的连续性，是因为不时涌现出才华出众的人，他们由于在某一重要的岗位上获得经验而具备了出类拔萃的素质，能够同时在完全不同的领域履行职责。在我心目中，您就是这类人物的典范。
作为美国陆军参谋长，您曾荣任两位总统的向导和顾问。您的素质和品德曾激励盟国军队赢得了一场有史以来规模最大、涉及问题最多的战争。
当国务卿这一重要职位出缺时，我为由您来担当此任而深感欣慰，尽管当时您完全可以心安理得地告老还乡。事实证明，您的丰富阅历和经验，使您得以愉快地完成指导我国外交政策这一繁重工作——尤其是“马歇尔计划”的制订和实施。
我一直希望，经过治疗、休养和恢复，您能够继续担任国务卿。然而，我决不想使您的健康因此而受损。因此，我同意您辞去国务卿一职，自1949年1月20日起生效。在极其遗憾地作出这个决定的同时，我谨衷心地向您表示友情和敬意。
您最忠诚的
哈里·杜鲁门
马歇尔终于了却了一件心事。他提笔给助手洛维特写了一张便条，让他把便条念给国务院的工作人员听，向他们致谢并道别。洛维特回信说已经照办，并写道：
无论何时，如果我能对您有所帮助——无论什么样的帮助，我将感到极大的荣幸。我的这一请求出自肺腑，要我效命的范围不限，惟有两点保留：其一，我既无精力，也无勇气帮您用死鱼头为您的西红柿上肥；其二，假如您要我一同去特拉维夫帮犹太人搞复国，我恐怕要三思而行。除此两点，其他一切均可听命。谨致最诚挚的爱慕之情。
永远属于您的
罗伯特·洛维特
以后的三个月，他偕夫人在一些疗养胜地度过了有生以来最清闲的时光。他刚能起床走动，请他作报告、讲话、剪彩和发奖的请帖便如雪片般飞来。一些好心人劝他要小心从事，注意保养身体。连希腊王后弗雷德丽卡也来信安慰他，她在信中写道：
我认为，无论今天您掌权与否，您都是当今世界上头脑最清楚、最有远见，同时又最富有人情味的政治家之一。我们每到一地，都能感受到您在起表率作用，只是有人意识到这一点，而有人还没有意识到这一点罢了。正是这种影响，比迄今贵国慷慨给予我们的一切物质援助还要重要得多。
您对这些来自希腊的话也许会发笑，因为就政治领导而言，我们至今还没有真正做到以您为表率！
但是，马歇尔还是抗拒不了责任的召唤。新任国务卿迪安·艾奇逊请他出席参议员外交委员会为北大西洋公约作证，他同意了。丘吉尔来华盛顿，特别要求同他见面。“我一连好几天起不了床，”他对艾奇逊说，“说实话，我最害怕可又无法避免的是，只要我一露面，就会有经济合作法、中国问题和其他许许多多问题等着我。我起码要一个月才能恢复健康，希望你能了解我的大致情况。”