为了扭转战局，尼米兹亲自前往太平洋视察，之后便决定将南太平洋地区的三军指挥权交给哈尔西。当尼米兹的手令送到哈尔西的手里时，哈尔西正前往南太平洋访问。哈尔西接过任命，不无惊讶地说：“耶稣基督和杰克逊将军：这是他们交给我的最热的番薯！”他发出这样的感慨不仅因为他从来没有指挥过陆军，也没有指挥过任何一支盟军，更何况，他接替的是他40年的老友——戈姆利中将。尽管如此，他还是坚决地执行尼米兹的命令。
哈尔西接过指挥权之后，很快组织了美国军事史上的第一个真正的三军联合指挥部，迅速展开了对三军协同作战的指挥。他首先召见了手下的陆海空三军首长并询问他们是准备撤退还是苦撑下去。地面指挥官告诉他，只要能够比过去获得更多的海上支援，他可以撑下去。哈尔西对此肯定地回答：“我答应给你我所能获得的一切东西。”
哈尔西是实践者，他的行动比言语更积极。他到处搜集不能使用的旧船只，拆卸武器和零件来补充已经受损的舰艇。为了确切地掌握瓜达卡纳尔群岛的实际情况，哈尔西冒着巨大的风险亲自前往该岛视察、部署兵力和研究对策。这是他的前任从来没有做过的事。他的到来使前线的美国官兵兴奋不已。
1942年10月23日，日本正准备从陆、海、空同时向防守亨德森机场的美军发起进攻。哈尔西从侦察机报告的情况中分析出：日军总攻即将发动。在研究对策的最高司令官会议上，地面指挥官反复强调，必须给予强有力的支援。哈尔西肯定地回答：“我会把我的全部家底统统调给你的。”人们都知道，哈尔西向来说话算数。在哈尔西许诺后，地面指挥官放心地返回了阵地。
10月24日，日军总攻开始。哈尔西立即投入一支由两艘航空母舰为核心的舰队，用来对抗自中途岛海战以来最强大的敌方舰队。
哈尔西在指挥所发出的只是一项简单的命令：“攻击再攻击。”
经过几小时的战斗之后，瓜达卡纳尔岛的关键会战爆发，这就是海战历史上有名的圣克鲁兹海战。
此战之后，哈尔西又指挥自己的舰队，与山本五十六在所罗门海域再次交锋。在联军的大力支持下，哈尔西击沉了日本战列舰和其他一些船只。从此以后，山本再不敢冒险派遣他的部队进入瓜岛海域。持续半年之久的瓜达卡纳尔战役终于以日本的惨败告终。
1943年2月10日，瓜岛美国海军陆战队指挥官告诉哈尔西：“瓜岛上已经没有‘东京快车’的终点站了。”
得到消息的哈尔西满怀喜悦，他立即向尼米兹发出了捷报。为了庆祝美军的胜利，美国总统罗斯福、海军部长诺克斯·金和尼米兹纷纷发来贺电。哈尔西立刻向那些实际战斗人员转达，并在贺电中添上一句结束语：“向战斗中光荣牺牲的人们致敬，愿这些英灵魂归天堂！”
鉴于哈尔西在瓜岛的卓越战功，罗斯福总统建议，打破美国海军只有4位上将的惯例，将哈尔西提升为四星上将。
爪岛的胜利极大地鼓舞了美军的士气，打破了日本人不可战胜的神话，所以将哈尔西晋升为四星上将绝对是众望所归。
5.攻占所罗门群岛
1943年6月，攻打所罗门群岛的战事又排上了美军的议事日程。
为了使这一战役能够顺利进行，尼米兹大大加强了哈尔西指挥的第3舰队的实力。在具体的作战过程中，哈尔西只对科隆邦加拉岛予以封锁，听其“自生自灭”，而将主力越过该岛挺进到防守薄弱的韦拉拉韦拉岛上去。这为尼米兹制定“越岛作战”的方针提供了一个成功的例证。而且因为哈尔西采取这一战术，迫使日军主动地撤出了科隆邦加拉岛和韦拉拉韦拉岛的守备部队。
当所罗门战役的炮声还在隆隆作响的时候，一个新的越岛进攻的战役计划又已在酝酿制定之中，其攻击目标是希干维尔岛。由于哈尔西在所罗门战役中采用的越岛进攻已初见成效，因此，美军参谋长联席会议授权哈尔西攻占希干维尔岛。
希干维尔岛是所罗门群岛中最大的岛屿，位于该群岛最北部。岛上拥有多处机场，沿海一带多良港锚地，是日军俾斯麦防线东南侧的重要屏障，战略地位十分重要。岛上驻有日军3.3万人。
对哈尔西来说，这是一次非常艰难的作战行动。而且，当时吉尔伯特群岛战役即将开始，哈尔西的许多舰船和部队被调给了斯普鲁恩斯。哈尔西费了好大的劲才结集了3.4万余人，其中包括海军陆战第3师、步兵第37师和1个新西兰旅，这3支部队合编为两栖作战第1军。
为了赢得胜利，哈尔西对攻占希干维尔岛进行了缜密地布置，并拿出了周密的计划。当时日本的主要兵力大都集中在希干维尔岛南部的卡希利·希因地区及其附近岛屿，还有一些部署在北部的希喀岛和悟尼斯地区。根据韦拉拉韦拉岛作战的经验教训，哈尔西计划绕过日军兵力集中的南部要地，而在岛屿中部防御薄弱的地区登陆。登陆后，在这里建立一道坚固的防线，并修建机场。日军要想进行反击，必须越过群山连绵、地势险峻的地区，并穿过原始森林才能到达这里。
为了迷惑敌人，哈尔西采取了声东击西的策略。正当日军晕头转向、顾此失彼时，哈尔西的部队出其不意地在希干维尔岛腰部的奥古斯塔皇后湾登陆。等到日军反应过来时，美军已有4万余人登陆。虽然后来陆上战斗持续了很久，但美军一直处于很主动的地位，并且取得了重大胜利。
所罗门战役的胜利为哈尔西赢得了第2枚“优异服务勋章”。勋令中有这么一句话：“一位坚强有力和精神旺盛的将领，能够将其本身的战斗精神和坚强意志灌输给他的部下。”
此时已是1943年12月底，南大平洋战争日益沉寂，日本的南进计划也化为泡影。
6.莱特湾海战大捷
所罗门战役结束后，哈尔西并没有使自己闲下来，他开始策划下一步的作战计划。
但这时在指挥关系上出现了一种错综复杂的情况：哈尔西既要自行制定周密的作战计划，又要接受来自两个方面的领导。一方面，在全局性的战略问题上，要接受麦克阿瑟将军的领导；另一方面，执行作战计划所需要的舰船、地面部队和飞机等，又必须请求尼米兹将军予以调遣。这一双重身份给哈尔西的日后工作带来了麻烦。很快，“蛮牛”哈尔西和倔强的麦克阿瑟就发生了冲突。
事情的经过是这样的：
哈尔西在制定下一步作战计划时，因攻占新几内亚和菲律宾的需要，要在靠近新几内亚的马努岛上开设海军基地。尼米兹知道这一情况后，便草拟一份电文发给海军作战部，建议把哈尔西的作战区域适当扩大，使马努斯处于哈尔西的直接指挥下。发文前，尼米兹以副本形式通知了麦克阿瑟。
在权力问题上格外敏感和计较的麦克阿瑟因此得出了这样的结论：哈尔西和尼米兹等人篡取了他的权力。于是他下令：在马努斯的管辖权确定之前，工程只限于他直接指挥下的部分舰只所必需的设施。
麦克阿瑟的话音刚落，哈尔西就断然地说：“你错了，将军，我不同意你的意见！不仅如此，我还要告诉你，如果坚持你的命令，那将阻碍战争的进程！”在进一步阐述自己的观点后，哈尔西这样结束了发言：“我对马努斯的指挥权并不在意，我所关心的只是迅速地建好那个基地。我只要求，当我的部队开始进攻新几内亚或菲律宾时，这个基地业已竣工交付使用！”
哈尔西的态度如此直率不仅使麦克阿瑟一怔，也使其他参谋人员感到惊讶。随后，哈尔西与麦克阿瑟还发生了激烈的争论，但哈尔西仍寸步不让。面对比自己更为倔强的哈尔西，麦克阿瑟也只有认输了。
“蛮牛”哈尔西果然名不虚传。
1944年6月15日，哈尔西接收了斯普鲁恩斯指挥下的第5舰队，使之并入自己的第3舰队，从而将第3舰队的阵容大大扩展，成为一支以4艘航空母舰群为主体的、拥有5000余艘舰船的庞大舰队。虽然这时他和尼米兹都主张直接进攻菲律宾，但他们的主张没有被接受。尽管如此，哈尔西还是在8月24日率领他的第3舰队浩浩荡荡地开向加罗林群岛。
加罗林战役中，哈尔西的部队在很短的时间里就歼灭日机480架，击败敌舰近百艘，炸毁了许多岛上设施，而美军只损失39架飞机。美军已以压倒优势的海空军兵力，使加罗林群岛成了囊中之物。
哈尔西用事实证明了他的想法，美军可以迅速直捣菲律宾的心脏地区。
这时，哈尔西还发现，日军在菲律宾西岸的防务十分薄弱。于是，他再次提出进攻菲律宾的建议。此时，英美两国参谋长正在魁北克开会。他们讨论哈尔西提出的建议，又用无线电征求麦克阿瑟的意见，哈尔西的建议最终得到批准。
参谋长会议决定：10月20日在莱特岛登陆，这样比原定计划提早了两个月。
1944年10月，哈尔西率领第3舰队开赴菲律宾战场。在战役打响之前，哈尔西不遗余力地进行了大规模的空中轰炸，致使马尼拉当地的日本基地和港口瓦砾飞扬，火光冲天，日军损失惨重。10月12日，日美双方爆发了一场“台湾近海航空战”，日本飞机遭到重创。10月14日，哈尔西亲自挥师南下菲律宾。10月20日，美军大举登陆莱特岛。
1945年9月2日，日本向盟军投降仪式在东京湾“密苏里”号军舰上举行。对日本来说，菲律宾至关重要。一旦失守，日本与东南亚各地的海上交通线路将被切断，所以为了保住菲律宾，日本决定孤注一掷进行死拼。但日军由于航渡组织不严密，空中掩护无力，突击也没有做到出其不意，而且各舰队之间的通讯联络也很差，因此日本的各编队在海空战中被各个击破。20日黄昏，6万名美军官兵和10多万吨物资已经上岸。莱特湾海战大捷，在第二次世界大战中具有深远的战略意义，因为美军占领莱特，意味着向菲律宾的大门已经打开，而日本从海上通往东南亚的通道被切断。太平洋战争已接近尾声了。
7.“密苏里”号上的受降仪式
莱特湾海战虽然取得了重大胜利，但也暴露了很多问题，美军由于没有组成统一的作战指挥部，参战的两个舰队仍属两个战区统辖，因此协调很差。战斗中出现了一些险情，而这种状况几乎使美军处于不利态势。这种态势的造成在某种程度上说也与哈尔西作出的决定有直接关系。
海战结束后，哈尔西为此遭到激烈批评。但尼米兹和金上将拒绝对哈尔西作出处分，并以哈尔西在这次大海战中获得的战果为其辩解。当时麦克阿瑟也起劲为哈尔西护短，他说：“不要对‘蛮牛’再说长道短了。在我的名册上，他仍然是一个善战的海军将领。”
罗斯福在1945年1月的国情咨文中也这样说：“哈尔西将军报告说对莱特岛的直接进攻……加速了菲律宾的解放和最后的胜利，同时也保住了许多人的生命。否则为了攻占那些现在已被占领的和留在我们战线后方的岛屿就要死不少人。”
由于这么多头面人物的支持，才使风波平息下来。而且，为了表彰哈尔西在菲律宾战役中的贡献，罗斯福总统还亲自将第3枚“优异服务勋章”挂在哈尔西的胸前。
1945年1月26日，哈尔西把指挥权交给斯普鲁恩斯。5月18日，又披挂上阵，以“密苏里”号为旗舰。7月1日，哈尔西率舰从莱特湾启程，发动太平洋战争中最后的海军攻势。
8月6日，美军在广岛投下第一颗原子弹。8月15日，日本宣布投降。9月2日举行日本投降签字仪式。签字仪式在一艘以海军部长福莱斯特家乡命名的战列舰上举行，这艘舰恰巧是哈尔西的旗舰“密苏里”号。说来也巧，40年前哈尔西在“密苏里”号开始自己的海军生涯，现在他又要在“密苏里”号上迎接他一生中最光荣的时刻，他感到无比的欣慰。
哈尔西费尽心思安排了这次举世瞩目的仪式。尼米兹代表美国政府签字时，哈尔西则站在他的身后，并得到尼米兹签字的3支笔中的1支。至此，第二次世界大战结束。
1945年10月15日，哈尔西回国受到举国上下的热烈欢迎。一位战地记者报道：“战争中最着名的海军部队——哈尔西的第3舰队，今天回家了！”回国后，哈尔西官升五星上将，并且获得第4枚“优异服务勋章”。
哈尔西在二战中的经历令世人瞩目，他从“密苏里”号开始他的海军历程，至二战结束，他的事业达到了顶峰，代表美国政府参加了日本政府的投降签字仪式，与历史一起定格在带给他起点又带给他辉煌的“密苏里”号战舰上。