清朝时，敦煌经济文化落后，又远在甘肃通新疆的交通要道之南，早已失去了丝路重镇和边防要塞的地位，根本不受清廷重视。但到清朝末年时敦煌却再度引起了时人的极大关注，这与莫高窟藏经洞的发现大有关系。
清朝末年，一个名叫王圆篆的湖北麻城人从肃州巡防军退役后出家当了道士。他的文化水平不高，道教知识也很有限，于化缘途中来到佛门圣地莫高窟后，认此地为栖鹤伏龙之所，在窟区北段清理打扫出几洞佛窟，办起了“三清道观”。那时敦煌民间佛道不分，常常混同信奉，王圆篆又能说会道，远比当地不精汉语的红教喇嘛更能接近俗人。因而他到敦煌不久便聚集起了一大批信徒，香火很盛。王道士便开始用化缘得来的钱在莫高窟“广修功德”：雇人抄写道经，将某些佛像改朔为道教灵官，打通洞窟之间的隔墙，修建通道，清理底层洞窟内的积沙，等等。这些“功德”正引发了敦煌，乃至中国与世界学术史上的一件大事。
光绪二十六年(1900年)孟夏的一天，一个在今编第16窟干活的诀工杨某，工间休息时用芨芨草引火点燃了一支旱烟，然后随手将燃剩的草茎插进了16窟甬道北壁的裂缝中，却发现这根长长的芨芨草怎么也插不到头，再用毛敲墙壁，里面有空空回声，当晚夜深人静时，王道士遂带着杨某打通墙壁，找到并开启了密室的封口，这个密室就是后来震惊中外的今编第17窟藏经洞。
第17窟原本是第16窟的一个耳室，最初约为第16窟窟主，吐蕃占领时期的敦煌佛教团都教授，和张氏归义军时期的都僧统洪巩坐禅修行的地方。洪巩去世后便被改为他的影堂(纪堂)，并做了一番布置：在洞窟后部居中设立床座，座上端置洪巩塑像，像后北壁绘画枝叶相交的菩提双树及侍立树侧的比丘尼、近侍女，窟室西壁镶嵌唐大中五年(851年)洪巩告身碑等。
大约在11世纪时，出于某种政治或宗教原因，莫高窟的僧人将洪巩塑像移到了其他窟内，将第17窟改造成了一个图书文物贮藏室，在窟内堆积码放了数万件佛经、道经、社会文书、绢画、纸画、香炉、法铎等经籍文物，然后封严洞口，在封闭处抹上了一层泥，并请人将第16窟全窟，特别是雨道北壁重绘了一层壁画，从而把封堵17窟的痕迹巧妙地遮掩了起来。
至王道士发现藏经洞时，窟中文物安然保存了近900年，已成无价珍宝。但愚昧无知的王道士和腐败无能的清政府却浑然不知它的真正价值，终于给宝藏带来了厄运。