面对文化宝藏，一心想化缘修“功德”的王道士立即想到了这些古董可以换钱。他很快从中选出了一些精美的绢画和完整的写经奉献给了当时的敦煌县令汪宗瀚和安肃道道台满人廷椽等衙门要人。但这些饱读诗书的“文人雅士”却没有真正认识到这些经籍文书的学术价值，而是和王道士一样将它们视为古董，一再转赠他人。
从而使敦煌文物作为一种书法艺术品在中国西北地区流传开来，藏经洞发现文物的消息自然也不胫而走。
光绪二十九年(1903年)十一月，县令汪宗瀚将他得到的几件藏经洞出土的唐碑拓片和绢画、写经等送给了清末着名金石学家，当时正任甘肃学台的叶昌炽。叶昌炽判明是唐物，建议甘肃省藩台衙门将藏经洞所出古物运往省城兰州保存。昏聩的地方官以筹集不到七辆大车和五六千两运费为由置之不理，仅于光绪三十年(1904年)三月由汪宗瀚派人对经卷和画像做了一次简单调查，便责令王道士原地照旧封存。同时调查的清单也放在了王道士手中，为他日后监守自盗提供了方便条件。着名学者叶昌炽也因学台巡行的范围在肃州以东，没有亲自到莫高窟查看宝藏，未能认识到藏经洞文物的全部价值，而没有再做进一步的努力，终与这些文物失之交臂，给他自己和后人都留下了莫大遗憾。
另一个最先得到藏经洞文物的满清官吏廷栋将他手中的几件经卷送给了当时正任职于嘉峪关税务司的一个比利时人。此人后来于归国途中路过新疆。又将经卷转赠给满人长庚将军和道台潘某。莫高窟发现文物的消息随之流传到了新疆地区，再加上王道士偷出来让人估价求售的经籍在社会上的流散，很快就引起了当时正在新疆中亚考察盗宝的外国探险家和考古学者的注意。他们立即争先恐后地赶往敦煌骗劫宝物，致使这一宝藏的3/4都流出了国门。
第一个来敦煌大量盗劫藏经洞文物的外国探险者是英籍匈牙利人斯坦因(M.A.Stein)。他于1907年3月到达敦煌，从一个乌鲁术齐商人口中得到了藏经洞发现文物的消息，迅即赶往莫高窟，却逢王道士外出化缘。
于是斯坦因一边等待一边盗掘了敦煌西北的长城烽燧遗址，获得了大批汉简，并发现了他自认为是玉门关的小方盘城。5月21日斯坦因再次来到莫高窟，在与王道士周旋过程中，受敦煌壁画《唐僧取经图》的启发，遂哄骗王道士，以唐僧玄类的崇拜追随者自饰，用少量银钱和一个严守秘密的承诺换得了24箱写本和5箱绘画、刺绣等艺术品。以后这些文物按照资助他探险的英国博物馆和印度政府之间的协议，分别入藏于英国博物馆、印度事务部图书馆(设于伦敦)，和印度新德里中亚古物博物馆。
接踵而至的是法国汉学家伯希和(P.Pelliot)。他在新疆得知藏经洞出土文物的消息，并看到了部分写本，当即改变行动计划，于1908年2月25日赶至莫高窟。
在与王道士交涉过程中，伯希和对所有洞窟进行编号、测量、拍照和抄录题记，记录下了20世纪初期的莫高窟状况。一个星期之后，伯希和的交涉获得了成功，于3月3日进入藏经洞，用3周时间，以每天1000卷的速度，将尚存洞中的全部文书翻检一遍，选出了数千精华。
伯希和精通汉语和多种中亚语言，具有丰富的中国古文化知识，又是唯一获准在藏经洞中逐一挑选文书的西方盗宝者，这些得天独厚的条件使他选出的精品几乎囊括了尚余洞中的全部珍本、孤本，学术价值远远高于斯坦因劫品。以后这些经籍入藏于法国国立图书馆，为敦煌文书中质量最高的大宗馆藏。
1909年5月，伯希和在他劫得的敦煌文物已运抵巴黎之后又来到北京，将少量藏经洞文物出示中国学者。
罗振玉、蒋伯斧、王仁俊、董康等着名学者至此方知敦煌出土了大量文物，并有相当一部分已落入外人之手，皆大为震惊！他们立即上书清朝学部，督促清廷电令敦煌地方清点藏经洞文献，不得卖与外人，并责令新疆巡抚何彦升将剩余文物押运京师。按理说这次本该把劫余的藏经洞文物全部收归国有，可狡猾的王道士似有先见之明，在官府清点之前私自藏掖了大量经卷。而负责清理押运的清朝官吏又未尽职守，未将洞中遗物收捡干净，并在押送途中遗失了不少。抵京后更将经卷先运至自家宅院，伙同亲友李盛铎、刘廷深等偷选私窃，并将较长的卷子一撕为二，以充8000之数，然后才交给学部，入藏京师图书馆(今中国国家图书馆的前身)。
王道士私藏的经卷后来分作几部分流散四方。一部分于1912年和1914年分两批卖给了来敦煌盗宝的日本大谷探险队队员桔瑞超和吉川小一郎，合计数百卷。这些经卷先集中收藏于大谷光瑞的别墅二乐庄，以后辗转漉散到旅顺、汉城、京都等地，今分藏于中国国家图书馆、旅顺博物馆、韩国汉城国立中央图书馆、日本龙谷大学图书馆、东京国立博物馆等处，也有一些下落不明。
王道士私藏的另一部分经卷约600卷，于1914年3月送给了第二次来敦煌的斯坦因，后也入藏于英国博物馆。斯坦因成了劫走藏经洞文物最多的人。
还有一部分约80余件文书和32张残片，1944年8月30日被敦煌艺术研究所的工作人员于莫高窟中寺后园土地庙残塑中发现，今藏敦煌研究院(其前身为敦煌艺术研究所)，这也是敦煌研究院拥有敦煌文书之始。
藏经洞中剩余的碎片被1914至1915年间来敦煌的俄国佛教艺术史专家鄂登堡劫得，今收藏于俄罗斯联邦科学院东方学研究所圣彼得堡分所，编有1万多号。除文书外，鄂登堡此行还劫走了三四百件绢画、纸画、彩塑等艺术品，今藏圣彼得堡艾尔米塔什(即冬宫)博物馆。
另外，鄂登堡还在莫高窟绘制了大量平面图，拍摄了两三千张照片，并临摹了若干壁画。可见他们来得虽晚，收获却并不少。
何、李二家偷盗的文书，后来大部分转卖到了日本，藏于京都藤井氏有邻馆。也有一部分辗转流传，今分藏于台北图书馆及北京大学图书馆等处。
藏经洞文物本是中华民族的瑰宝，但一经发现便惨遭劫难，今分藏于英、法、中、俄、日、韩、印等十来个国家的数十个机构及个人手中，有些甚至不知去向，这实在是敦煌史和中华文明史上极为不幸的一页。诚如我国着名学者陈寅恪先生所说：“敦煌者，吾国学术之伤心史也！”