和其他大陆一样，南极洲也分布有众多的淡水湖和咸水湖。对在南极进行科学考察的人们来说，淡水湖有着非常重要的意义，它能够使科考人员的生活更加方便。但是，绝大多数的考察站附近没有淡水湖，所以他们的生活用水不是融化坚硬的冰雪就是海水淡化，这样，不但成本很高，而且队员用水还要受到很大的限制。
在南极洲上，咸水湖或盐湖多处可见。唐胡安湖是南极的咸水湖中最有名的一个。其湖水含盐度非常高，每升含盐可达270多克，而且味道特别咸。另外，即使在当地零下70℃的条件下，湖水也不结冰。
另一种咸水湖是南极大陆独有的神秘湖泊，它们就是东南极洲维多利亚地赖特符中的范达湖和泰勒谷中的邦尼湖。这种湖的特点是，湖水上淡下咸。湖表面冻结着一层2～3米厚的冰，冰下湖水清澈，浮游生物极少，湖水含盐量随深度增加而增加，形成分层次现象，湖底水的含盐量往往可以高出海水的10倍；湖水温度亦随深度增加而升高，在全年平均气温零下20℃的环境中，湖底水温可高达25℃。
在其他大陆，这种表面结冰、湖底高温高盐的湖是非常罕见的。对于这种奇异的现象，科学家们到现在还不能做出合理的解释。他们提出种种假说，主要包括：火山或热泉活动；从局部基岩渗出的蒸发盐；风把附近的海盐吹来；来自下陷海盆的蒸发和浓缩；基岩和沙子的化学风化作用。
到目前为止，倾向最后一种说法的占大多数。根据许多无冰区冻裂的事实，水无疑是岩石风化或崩解的巨大动力。即使在南纬85°的地方，气温只有0℃时，太阳光也能把岩石表面晒到15℃，在岩石表面上，积雪很快可以融化，水滴进入附近的岩石裂缝。太阳落山后，进入裂缝的水就结成冰，体积膨胀，从而使岩石受到破坏。这样年复一年的物理风化作用，不仅使岩石受到破坏，而且使其中所含的矿物质分解，于是，大量盐分汇集于湖底，出现湖底高盐现象。至于湖底高温，据认为是太阳辐射的结果。在一般情况下，如果湖水升温则比重减小，于是必然升到湖面，散发掉热量。但在干谷中的这些湖中，湖底含盐极高，故受热升温后也不致产生上述的对流现象。另外，因湖水清澈透底，即使很弱的阳光透入湖底，也能使水温提高，从而形成如今湖底高温的现象。
对世界各大洲来说，河流就像动脉，但是在南极大陆，河流就显得有些不同。冬季，无处不是冰天雪地，没有流水的河流。到了夏季，冰雪融化的少量水流汇集成一些不入海的内陆水系，其中怀特岩的奥尼克斯河是南极大陆最大的河流，但其水深也不过膝，它是范达湖湖水的主要来源。只有在大陆周围的一些岛屿上，夏季融化的雪水往往汇集成短促的季节性溪流，然而一到冬季，它们就消失了。