曲阜孔庙为九进院落，皇家规格。地方文庙，普遍为三进院落，即万仞宫墙至大成门为第一进；大成门至大成殿为第二进；大成殿至崇圣祠为第三进。
在中国孔庙组群中，有一个重要因素支配着组群形式，即庙学合一思想，或庙学并存的思想。古代礼制规定：“凡始立学者，必设奠于先圣先师。”因而出现了因学立庙或因庙立学的格局。故在孔庙的组群上，出现了明伦堂、书院、国子监等学宫（校）的配套建筑。布局上大致有四种形式：（1）左庙右学；（2）左学右庙；（3）前庙后学；（4）中庙两学。如山西省现存最早的文庙、建于金代的平遥文庙，与东西两学并列成三组建筑排列在横轴线上。
孔庙具有祭祀孔子的功能，又具有推崇文人致教和推伦传道的作用。从名称上看，曲阜自始至终称孔庙，而各地却不一，有先师庙、圣庙、文庙、夫子庙、学宫等名称。其中，最普遍的名称是文庙。
文庙，即“文宣王庙”。此称始于唐玄宗开元二十七年（739），因这年封孔子为“文宣王”，故各地孔庙一般都称文庙。《明史》中有一段话，将地方文庙与曲阜孔庙的功能作了区别，说：“天下文庙，推伦传道以列位次，阙里家庙（曲阜孔庙），宣正父子以叙彝伦。”
中国孔庙以其精美的建筑艺术、悠久的历史渊源、科学的组群结构，充分显示出它是人民群众勤劳智慧的结晶。下面依次简述孔庙主要建筑名称的由来及其功能：
【万仞宫墙】位于孔庙之南始端。其名出自《论语·子张》：“夫子之墙数仞，不得其门而入，不见宗庙之美，百官之富，得其门者或寡矣。”仞，指高度，古时八尺或七尺为一仞。万仞宫墙，形容孔庙庙墙高大雄伟。
【棂星门】为孔庙第一座门。《后汉书》记载，灵星，天田星，汉高祖祭天祈年，命祀天田星。袁枚在《随园随笔》中说：“后人以汉灵星祈年与孔庙无涉，又见门形为窗棂，遂改为棂。”无论如何解释，孔庙建棂星门，象征祭孔如同尊天。宋代称“乌头门”。有的学者在论及此门时，认为该门具有显示尊贵和表彰性质，后成为坛庙等重要祭祀场所专用。
【泮池】是官学的标志，位于棂星门与大成门之间的第一进院落中央。有的学者认为，宋代即可能有“泮池”，但无文献记载。古代“诸侯不得观四方，故缺东以南，半天子之学，故曰泮宫”。泮池与明清科举制有关。明清时，解经者皆以泮宫为学宫，考生须进孔庙拜孔子，新生入学因此又叫入泮。孔庙修建泮池，大约据此而来。
【大成门】又称“戟门”，是孔庙的第二座门。出自《孟子·万章下》中“孔子之谓集大成者”一语。大成门只逢祭孔大典时开启，平时以两掖门出入。
【大成殿】孔庙的主殿，位于第二进院正北。名称由来同大成门。唐代称“文宣王殿”，宋徽宗时改“大成殿”。殿内供孔子、四配、十二哲像。明代以前为泥（或木等）塑像，明代以后改为木牌位。
【崇圣祠（启圣殿）】位于孔庙最后。清雍正二年（1724），追封孔子以上五代祖先为王，崇圣祠便成为祭孔子祖先叔梁纥及配位、从祀位的场所。
【东西庑】位于大成殿东西两侧，是奉祀配享孔庙的先贤先儒牌位的地方。太原文庙的东西庑各二十一间，俗称“东二十一间”、“西二十一间”。另在崇圣祠西侧有“三立阁”（现为文物库），供奉乡贤、名宦。