承包经营合同双方当事人发生纠纷时，应该协商解决。协商不成时，任何一方当事人均可以向承包合同管理机关申报仲裁；也可向人民法院直接起诉。
承包经营合同的任何一方当事人对仲裁机关的裁决不服，均可在接到仲裁书之日起十日内向上一级仲裁机关申请复议；上一级仲裁机关作出的复议裁决或逾期未申请复议发生法律效力的仲裁决定，均为终局裁决。
承包经营合同的一方当事人在规定期限内执行已发生法律效力的调解书、裁决书的，另一方可以申请人民法院强制执行。
