所谓调查方法，就是指审查人员通过观察、查询、函证、专项调查、专案调查等方式深入实际，对账内账外某些客观事实所进行的内查外调，以便判明真相或查找新的线索的一种审查方法。这种方法有利于查明问题，寻找线索，尤其对于贪污盗窃，严惩违法乱纪等专案审查，具有重要的作用。很多隐蔽复杂的案情，往往都是由于调查方法的配合，才能得以查证，水落石出。
调查方法主要包括有观察法、查询法、函证法、专用项审查调查法和专案审查调查法。
1.观察法
2.查询法
3.函证法
函证法，就是指审查人员为了弄清某个问题，通过发函与有关单位或个人进行查对，并向对方取得证明材料的一种调查方法。审查人员在审查过程中，对于外埠往来账款，外来凭证和购销业务不能确认或有疑问的情况下，都可以采用函证法。
函证法运用范围较广，包括以下内容：函证往来账款；向被审查单位的开户银行询问其存款与银行借款的种类和数额，抵押和贴现的情况；向被审查单位的法律顾问询问有无未决定的法律诉讼案件的情况；向保险公司询问保险情况以及向其他单位询问委托保管的商品、物资情况；等等。但运用最多的还是函证往来账款，特别是函证应收账款。
在函证应收账款时，按照答复方式的不同，分为肯定式（亦称积极式，答复式）与否定式（亦称消极式，默认式）两种。肯定式询证函是函询债务人，要求其答复所欠金额是否正确，无论“对”与“不对”，均需函复审查人员。函证上的欠款金额应按业务内容、发票号码、结算方式、欠款日期、购货金额、还款日期、已还金额、尚欠金额等明细项目，详细填列在对账单中。肯定式询证函及其回单的参考模式。
询证函
致：
本公司聘请的××会计师事务所正在对本公司会计报表进行审查，按照《中国注册会计师独立审查准则》的要求，应当询证本公司与贵公司的往来账项，下列数额出自本公司账簿记录，如与贵公司记录相符，请在本函下端“数额证明无误”处签章证明；如有不符，请在“数据不符及需加说明事项”处详为指正。回函请直接寄至××会计师事务所。
地址
邮编
电话
传真
（本函仅为复核账目之用，并非催款结算）
截止日期
贵公司欠
欠贵公司
备注
若款项在上述日期之后已经付清，仍请及时函复为盼。
（公司印鉴）数据证明无误签章
日期
数据不符需加说明事项签章
日期
致：
本公司聘请的××会计师事务所正在对本公司会计报表进行审查，按照《中国注册会计师独立审查准则》的要求，应当询证本公司与贵公司的往来账项，下列数额出自本公司账簿记录，如与贵公司记录相符，请在本函下端“数额证明无误”处签章证明；如有不符，请在“数据不符及需加说明事项”处详为指正。回函请直接寄至××会计师事务所。
地址
邮编
电话
传真
1.存款户
截至年月日
银行账号
账户性质
原币金额
备注
2.贷款户
截至年月日
贷款性质
担保或抵押
贷款起止期
利率
贷款金额
备注
（公司印鉴）数据证明无误签章
日期
数据不符需加说明事项签章
日期
×××会计师：
询证函件已悉，兹经核对结果，我方截止××年×月×日结欠余额为18320元，与你方对账单所列不符，其中不符事项：本公司已于××年×月×日偿付1000元。
×××公司启
××年×月×日
否定式询证函只要求债务人在其所欠金额有差错时，才由债务人回函答复的一种询证函。如果所欠金额无误，则可不予回函。否定式询证函的参考格式。
×××公司：
敬请详阅所附对账单所列金额，如有不符，请告本厂聘请的会计师事务所。为便于贵公司函复起见，附上回邮信封壹份。
此致
×××公司启
××年×月×日
使用否定式应收账款询证函，具有较高的风险。因为受询单位可能因忽略了查询函，以致没有回复，这就可能被发函单位误解为对方默许。而使用肯定式应收账款询证函，将会收到债务人函复有关债务的证据，其风险较低。因此，对于账户金额较大的、长期结欠的、存有疑问的应收销货款，一般采用肯定式询证函。相反，除重点客户外，对于户数较多、余额较少、往来不多的账项，为简化手续，可用否定式询证函。
4.专项审查调查法
专项审查调查法，简称为专项调查，指各级审查机关对某一行业，或某一地区，或全国范围内选择一些专项问题进行的一种大量调查方法。为了适应宏观调控的需要，各级审查人员需要对经济生活中出现的一些新情况、新问题，进行专项审查调查，及时反映情况提出建议，为政府制定决策服务。随着经济的发展，改革的深入，专项审查调查越来越显示它的重要作用。
例如：某省审查机关对本省88家股份制改组企业进行了专项审查调查，调查结果除表明企业面貌发生了深刻变化的种种情况外，也发现了股份制改组中的一些严重问题。如没有建立完整的组织机构；未符合公司法有关规定；改组前没有全面清产核资，等等。专项审查后，要根据调查结果，写出专项报告，并提出改进建议或控制办法，向政府反映，并建议政府采取措施。
审查要在宏观监督和促进政府加强宏观调控方面发挥更大作用，就必须重视这种专项的大量调查。
5.专案审查调查法
专案审查调查法，简称专案调查，是指在财务审查或群众举报的基础上对被审查单位或个人严重侵占国家资财，严重损失浪费，严重贪污行为和其他违反财经法纪的案件所进行的调查。对一些手段隐蔽，错综复杂的经济犯罪，要根据审查或群众举报取得的线索，进行深入地实地调查，顺藤摸瓜、跟踪追寻，哪怕蛛丝马迹也不错过，多方调查，取得论据和新的线索，再在新线索的基础上深入分析比较，调查取证，直至案情真相大白。