世间的人雄人杰莫不具有龙马精神。蔡元培的书房中挂着一幅刘海粟为他绘制的画像，上面的题词是：“其为人也，发愤忘食，乐以忘忧，亦不知老之将至。”
世间的人雄人杰也莫不是至情至性之人。罗家伦等多位蔡门弟子都曾忆及一件往事：在“七七”事变前两年，强邻虎视眈眈，战争的阴霾日益浓厚。蔡元培到南京，国民政府行政院长兼外交部长汪精卫请他共进晚餐，用的是西膳。蔡元培苦口婆心，劝汪精卫改变亲日立场，收敛亲日行为，表明严正态度，将抗战的国策确立不拔。蔡元培说：“关于中日的事情，我们应该坚定，应该以大无畏的精神抵抗，只要我们抵抗，中国一定有出路。”言犹未毕，蔡元培的眼泪脱眶而出，滴到了酒杯中，他旋即端起那杯掺泪的葡萄酒，一饮而尽。听其言而观其行，举座动容，无不肃然起敬，汪精卫则如坐针毡，神情尴尬，只好顾左右而言他。爱国，有可能彰显为叱咤风云，也有可能表现为温言规劝。汪精卫若能听从蔡先生的忠告，不复一意孤行，日后又何至于堕落成汉奸，身败名裂呢？
凡师长、朋友、同事、门生，都众口一词地肯定蔡元培是难得的忠厚长者，与人无忤，与世无争，但也不约而同地认为蔡元培临大节而不可夺，坚持原则，明辨是非，“柔亦不茹，刚亦不吐”，绝对不是那种只知点头如公鸡啄米、堆笑如饿汉盛饭的好好先生，更不是那种八面玲珑的水晶球。蒋梦麟是蔡元培的早期弟子，且与蔡元培共事多年，最知乃师之性格，他在回忆录《西潮·新潮》中写道：“他从来不疾言厉色对人，但是在气愤时，他的话也会变得非常快捷、严厉、扼要——像法官宣判一样的简单明了，也像绒布下面冒出来的匕首那样的尖锐。”蔡元培应小事以圆，处大事以方，他“躬自厚而薄责于人”，态度极和蔼，使人如坐春风。凡是了解蔡先生的人都清楚，他所讲求的“和”，不是和稀泥的“和”，而是“君子和而不同”的“和”，不可通融的事情他一定不会通融，不该合作的事情他一定不会合作。
蔡元培是古风犹存的君子，“可以托六尺之孤，可以寄百里之命，临大节而不可夺也”，“可亲而不可劫也，可近而不可迫也，可杀而不可辱也”，“可以欺以其方，难罔以非其道”。这样浑朴的君子，德操、器量、才学、智慧完备，四项整齐，无一项是短板。
禅家为使弟子顿悟猛省，或不免使用棒喝甚至用木叉叉脖子之类的极端手段。教育家则有别于此，他们通常都要循循善诱，诲人不倦。黄炎培就读于南洋公学特班时，蔡元培是他的老师，他记忆中的情形是：“全班四十二人，计每生隔十来日聆训话一次。入室则图书满架，吾师长日伏案于其间，无疾言，无愠色，无倦容，皆大悦服……吾师之深心，如山泉有源，随地涌现矣。”
教育家胡元倓曾用八个字形容蔡元培：“有所不为，无所不容。”有所不为者，狷洁也，非义不取，其行也正。无所不容者，广大也，兼收并蓄，其量也宏。蔡元培是一位对事有主张、对人无成见的长者。他一生从善如流，却未尝疾恶如仇，有容乃大，真可谓百川归海而不觉其盈。
最有说服力的例子应数辜鸿铭对蔡元培的尊重，这位脑后垂着长辫的满清遗老不仅精通数门外国语文，而且天生傲骨，目中无人，袁世凯是何许强梁？辜鸿铭却将此公与北京街头刷马桶的老妈子等同视之。但古怪之极的辜老头子特别信服一个人，这人就是蔡元培。辜鸿铭曾在课堂上对学生宣讲：“中国只有两个好人：一个是蔡元培，一个是我。因为蔡元培点了翰林之后，不肯做官，就去革命，到现在还是革命；我呢？自从跟张文襄（张之洞）做了前清的官员以后，到现在还是保皇。”1919年6月初，北大教授在红楼开会，主题是挽留校长蔡元培，众人均无异议，问题只是具体怎么办理，拍电报呢？还是派代表南下？大家轮番讲话，辜鸿铭也登上讲台，赞成挽留校长，他的理由特别与众不同——“校长是我们学校的皇帝，非得挽留不可”，这么一说就显得滑稽了。好在大家的立场和意见一致，才没人选择这个时候跟辜老头子抬杠。有趣的是，梁漱溟后来也称蔡元培好比汉高祖，他本人无须东征西讨，就可集合天下英雄，共图大事，打了败场总能赢回来。
1922年，蔡元培以北大校长的资格考察欧美教育，乘船到纽约时，纽约的中国留学生去码头迎接他，发现他只有很少的行李，没带秘书，也没带随从，竟然是孤身一人，独往独来，其本身就像一位老留学生。他没去惊动中国驻纽约的领事馆和大使馆的外交人员，就住在哥伦比亚大学的小旅馆里。杨荫榆看到大家众星捧月的情景，不禁感叹道：“我算是真佩服蔡先生了。北大的同学都很高傲，怎么到了蔡先生的面前都成了小学生了。”在那次欢迎会上，蔡元培先讲故事，一个人学到了神仙的法术，能够点石成金，他对自己的朋友说，往后你不必愁苦了，你要多少金子，我都点给你。那个朋友却得寸进尺，他说，我不要你的金子，我只要你的那根手指头。全场哄然大笑。蔡元培讲这个故事，用意是要启发中国留学生，学习专门知识固然重要，掌握科学方法才是关键，他说：“你们掌握了科学方法，将来回国后，无论在什么条件下，都可以对中国做出贡献。”老校长的这番谆谆教导已足够大家欢喜受用了。
唯仁者能爱人，这话是不错的。蔡元培心地善良，平生不知道如何拒绝别人的求助。晚年，他为人写推荐信，每日总有数封，多则十余封，几乎到了有求必应的地步。傅斯年在《我所景仰的蔡先生之风格》一文中揭示了蔡先生的仁者心法：“大凡中国人在法律之应用上，是先假定一个人有罪，除非证明其无罪；西洋近代法律是先假定一个人无罪，除非证明其有罪。蔡先生不特在法律上如此，一切待人接物，无不如此。他先假定一个人是善人，除非事实证明其不然。凡有人以一说进，先假定其意诚，其动机善，除非事实证明其相反。如此办法自然要上当，但这正是孟子所谓‘君子可欺以其方，难罔以非其道’（君子可以拿合乎情理的事去欺骗他，却不可以用不合情理的事去蒙蔽他）了。”
九一八事变后，南京学潮骤然形成巨浪狂涛，身为特种教育委员会委员长，蔡先生尝到了“自由之精神”的苦头。1931年12月14日，蔡元培在国府做报告时提醒学生，国难期间，开展爱国运动决不能以荒废学业为代价，他强调：“因爱国而牺牲学业，则损失的重大，几乎与丧失国土相等。”这样的话，左派学生是不爱听的。翌日，数百名学生齐集国民党党部门口请愿，蔡元培和陈铭枢代表中央与学生交涉，结果话不投机，蔡元培先生还没说上两句话，即被学生拖下台阶，陈铭枢则被学生团团围住，木棍击头，当场昏厥。对于当天的突发事件，报纸上是这样记载的：“蔡年事已高，右臂为学生所强执，推行半里，头部亦受击颇重。”其后蔡元培被警察解救，旋即送往医院，所幸并无大碍。一位是杏坛元老，一位是国军上将，当众受此折辱，在乱哄哄的20世纪30年代，这并不是孤立的个案，国民政府外交部长王正廷还曾被冲进办公室的学生连抽两记耳光，为此他愤然辞职。蔡元培对局势深感忧虑，但学生运动已经失控，他爱莫能助，三天后，“珍珠桥惨案”死伤学生三十余人。
抗战初期，蔡元培因病滞留香港，有位素不相识的青年不嫌路途遥远，竟从重庆寄来快信，自称是北大毕业生，在重庆穷困潦倒，无以为生，请求蔡元培伸出援手，将他推荐给适当的用人单位。蔡元培当即致函某机关负责人，称那位青年学有所成，这封推荐信不久即发生效力。然而那位青年到差时，所出示的毕业证书并非北大签发。某机关负责人赶紧写信询问蔡元培，是否真的了解那位青年的底细。蔡元培回复对方：不必在意那位青年是不是北大生，只要看他是不是人才。如果他徒有北大毕业证书而不是人才，断不可用；如果他没有北大毕业证书而是人才，仍当录用。你有用人之权，我尽介绍之责，请自行斟酌。结果那位青年得到了这份差事，他来信向蔡元培道歉，感谢蔡元培对他的再造之恩。蔡元培回信时，没有只字片言责备对方蒙骗欺罔，反而勉励对方努力服务于社会。从这件事情，我们不仅能见识蔡元培恢弘的器局，也能见识他善良的心地。当年，外间议论蔡元培的推荐信写得太滥，有的官员收到他的推荐信后，一笑置之。殊不知蔡元培助人为乐，体现了一种难得的服务于社会的精神。
蔡元培不惮烦劳，为青年人写推荐信，除了爱惜人才，也因为他有一个定见：“希望在中年人青年人身上。为这些人挺身请命，披荆斩棘，是老年人的义务！”然而，有大力有高位的人与蔡元培同调的并不多，“坎坎伐檀”者倒是不少。
在那个时代，最难做到的无疑是男女平等，对此一端，蔡元培颇为留意。早在1901年冬，蔡元培与知书达理的黄仲玉女士在杭州结为伉俪，举行文明婚礼。正堂设孔子的神位，代替普通的神道，如果说这还算中规中矩，那么以演说会代替闹洞房，就着实有点新鲜了。首先，由陈介石引经证史，阐明男女平等的要义，然后由宋平子辩难，他主张实事求是，勿尚空谈，应以学行相较，他的原话是：“倘若黄夫人的学行高出于蔡鹤卿，则蔡鹤卿当以师礼待黄夫人，何止平等呢？反之，若黄夫人的学行不及蔡鹤卿，则蔡鹤卿当以弟子视之，又何从平等呢？”在场的人觉得很有兴味，都想听听新郎倌的高见，于是蔡元培折衷两端：“就学行言，固然有先后之分；就人格言，总是平等的。”此言一出，皆大欢喜，举座欣然。蔡元培平日给夫人写信，信封上从来都是写明夫人的姓字，绝对不写“蔡夫人”，或在夫人姓字上加一个“蔡”字。世上多有新派言论、旧派做法的大人先生，蔡元培主张男女平等，乃是言行如一。1920年底，黄仲玉不幸病逝。其时，蔡元培在欧洲考察，他含泪写下祭文《祭亡妻黄仲玉》，一往而情深：“呜呼仲玉，竟舍我而先逝耶！自汝与我结婚以来，才二十年，累汝以儿女，累汝以家计，累汝以国内、国外之奔走，累汝以贫困，累汝以忧患，使汝善书、善画、善为美术之天才，竟不能无限之发展，而且积劳成疾，以不能尽汝之天年。呜呼，我之负汝何如耶！”蔡元培一生有三段婚姻，与王昭的结合是包办婚姻，彼此能够相敬相惜，与黄仲玉和周峻的结合是自由婚姻，彼此能够相爱相知。蔡元培的家庭教育非常成功，他赞成儿女各自发展个人兴趣，崇尚实学，不以做官为目标，他的儿女多有出息，女儿蔡威廉是国内有名有数的画家，儿子蔡无忌是畜牧兽医专家，儿子蔡柏龄是物理学家，女儿蔡睟盎是社科院上海分院的研究员。
蔡元培有一种超然的态度，平日集会，其言讷讷，如不能出诸口，但与人交接，则侃侃如也，他最爱谈论的话题并非时事，而是教育、思想和文化。当教育部长也好，当北大校长也好，当大学院院长也好，当中央研究院院长也好，蔡元培偏于理想，始终只负责确立宗旨，制定方针，他并不羁縻[jīmí，束缚]于行政。很显然，蔡元培知人善用，他总能擢选到好搭档，如范源濂、蒋梦麟、杨杏佛、丁文江、傅斯年，个个都是治学的高才，治事的能手，为他打理实际事务，充当大护法。对此，胡适在1935年7月26日致罗隆基的信中有一段恰如其分的评价：“蔡先生能充分信用他手下的人，每委人一事，他即付以全权，不再过问；遇有困难时，他却挺身负全责；若有成功，他每啧啧归功于主任的人，然而外人每归功于他老人家。因此，人每乐为之用，又乐为尽力。亦近于无为，而实则尽人之才，此是做领袖的绝大本领。”诚然，蔡元培无为而治，治绩有目共睹。原因只有一个：那些大名鼎鼎的学者无不发自内心地敬重蔡元培，乐于为他效命，他的凝聚力和向心力是最大的。无论在哪儿，蔡元培都能聚拢人才，提携人才。
蔡元培唯一受到外界诟病和攻讦的就是他在1927年至1931年这四年间立场坚定地反共，甚至是“清党运动”的前台主将。一个向来主张“兼容并包”的蔼蔼仁者怎么会旗帜鲜明地反共清共呢？对于这个问题，蔡元培的女儿蔡睟盎提供了一个非常接近事实的答案：“苏联共产党派来的鲍罗廷说，中国要完成社会主义革命，需要付出五百万人的生命。我父亲认为中国是个很虚弱的国家，经受不起大吐大泻，所以他反对暴力革命。”但蔡元培反共与强硬派代表吴稚晖不同，他并不主张以暴易暴，以杀人的方式铲除异端，这从来都不是他心目中的优选方案。大陆出版的《蔡元培全集》有意为贤者讳，将蔡元培这四年的反共言论悉数剔除，这就未免违反了全集“兼容并包”的原则。