蒋梦麟励精图治，渴望实现“新北大”的梦想，这就注定要经受几番波折。九一八事变之后，中国北方的局势急剧恶化，日本侵略者觊觎华北的狼子野心路人皆知，战云笼罩之下，北平岌岌可危。蒋梦麟曾加入“低调俱乐部”，虑及中国军力不济，财力不足，“忍痛求和”（放弃东三省，承认伪满州国）是当时蒋梦麟和胡适共同的想法。他们主张与日本和谈，避免国家一朝瓦解和玉碎的危险局面。蒋梦麟代表北方知识精英与英国公使蓝浦生多次会晤，请后者居中斡旋。结果由于国民政府外交部长罗文干出面阻止而使整个计划胎死腹中。此举并不证明蒋梦麟是媚日的软骨头，毕竟在战前（哪怕是最后一刻）寻求和平的愿望和努力都是值得尊重的。蒋梦麟是北大校长，北大是中国的精神堡垒，众耳所闻，众目所视，其一言一行牵动甚广。日本人怎么会不清楚蒋梦麟的地位、名望和价值？若能拉拢他，建立“深厚的友谊”，必定收得攻心为上的奇效。然而蒋梦麟对日方暗示和明示的种种“美意”嗤之以鼻，弃若腐鼠。在文化方面，蒋梦麟认为日本人过分迷信神佛，学习中国传统文化很不彻底，因而只知忠，不知恕，弄成瘸腿跛足，变为偏执狂。曾有一位日本学者到北大侃侃而谈中日文化关系，结果蒋梦麟告诉对方：“除了日本的军事野心之外，我们可看不出中日之间有什么文化关系的存在。”这句话将那位日本学者的假面具一把撕了下来。对于中国，日本在文化上不能反哺，在军事上却要反噬，蒋梦麟清醒地认识到，日方大唱赞歌的“东亚共荣圈”被美化为“珍珠项链”，实则是勒紧中国脖颈的绳索。
1935年秋，由蒋梦麟领衔，北大教授发表宣言，誓死反对华北的“自治运动”，痛斥这一卑劣行径“脱离中央，乃卖国的阴谋”。这篇宣言义正词严，在全国上下赢得广泛的响应，蒋梦麟因此被誉为“北平正气的代表者”，成为日本军方的眼中钉和肉中刺。
1935年11月29日，日本宪兵登门造访，“敬请”蒋梦麟去东交民巷日本大使馆武官处“谈话”，迫蒋就范的真实意图昭然若揭，此行的凶险程度则不言而喻。
关公单刀赴会是小说家刻意编造的情节，蒋公只身入营，则是真实的故事。家人和朋友为他担心，他却若无其事，神色从容淡定，将虎穴狼窝视为酒吧茶室。
蒋梦麟在回忆录《西潮·新潮》中对此行有极具现场感的描写，不比任何小说情节逊色。
我走进河边将军的办公室之后，听到门锁咔嚓一声，显然门已下了锁。一位日本大佐站起来对我说：“请坐。”我坐下时，用眼睛扫了旁边一眼，发现一位士官拔出手枪站在门口。
“我们司令请你到这里来，希望知道你为什么要进行大规模的反日宣传。”他一边说，一边递过一支香烟来。
“你说什么？我进行反日宣传？绝无其事！”我回答说，同时接过他的烟。
“那末，你有没有在那个反对自治运动的宣言上签字？”
“是的，我是签了名的。那是我们的内政问题，与反日运动毫无关系。”
“你写过一本攻击日本的书。”
“拿这本书出来给我看看！”
“那末，你是日本的朋友吗？”
“这话不一定对。我是日本人民的朋友，但是也是日本军国主义的敌人，正像我是中国军国主义的敌人一样。”
“呃，你知道，关东军对这件事有点小误会。你愿不愿意到大连去与坂垣将军谈谈？”这时电话铃声响了，大佐接了电话以后转身对我说，“已经给你准备好了专车。你愿意今晚去大连吗？”
“我不去。”
“不要怕，日本宪兵要陪你去的，他们可以保护你。”
“我不是怕。如果我真的怕，我也不会单独到这里来了。如果你们要强迫我去，那就请便吧——我已经在你们掌握之中。不过我劝你们不要强迫我。如果全世界人士，包括东京在内，知道日本军队绑架了北京大学的校长，那你们可要成为笑柄了。”
他的脸色变了，好像我忽然成了一个棘手的问题。“你不要怕呀！”他心不在焉地说。
“怕吗？不，不。中国圣人说过，要我们‘临难毋苟免’，我相信你也一定知道这句话。你是相信武士道的。武士道绝不会损害一个毫无能力的人。”我抽着香烟，很平静地对他说。
电话又响了，他再度转身对我说：“好了，蒋校长，司令要我谢谢你这次的光临。你或许愿意改天再去大连——你愿意什么时候去都行。谢谢你。再见！”门锁又是咔嚓一响。大佐帮我穿好大衣，陪我到汽车旁边，还替我打开汽车门。这时夜色已经四合了。我独自到日本兵营，也有朋友说我不应该去的，听日本人来捕好了。他们敢么？
第二天下午，宋哲元将军出于好意，派一位少将到北大来劝蒋梦麟尽快离开北平，从长计议，他怕日本人还有更狠更黑的后手，而他爱莫能助。蒋梦麟表示谢忱之后，告诉来使，这回他将留在北平负起自己的责任，哪儿都不去。
不久，陈诚将军北上，代表蒋介石委员长慰问蒋梦麟。古人有所谓血勇、脉勇、骨勇、神勇之别，蒋梦麟无疑是神勇之人，赢得世人的敬意实在情理之中。
到台湾后，蒋梦麟继续担任“中国农村复兴联合会”主任，孔席犹暖，墨突不黔，极力推动农村社会改革，以期实行“公平分配”，体现“社会公道”。有件事特别值得一提，蒋梦麟对节制人口极尽宣传和推动之力。1957年，马寅初发表《新人口论》，在海峡两岸，北大的老校长和新校长都想到一块儿去了，这是不是巧合？蒋梦麟曾经对力主节育的性学家张竞生缺乏好感，他的思想转变很大。当时，谁若主张节育，就好像变着法子要使大家断子绝孙，会招惹不少愤怒的咒骂和恶毒的攻讦。某些无知的人认为节育是“基于极端个人快乐主义之邪念”，是“主张性交自由，而以人为的方式或性交技术以遂其快乐”。更有甚者，直斥蒋梦麟比秦桧、汪精卫更可恶，更可耻，更可恨，疯狂叫嚣要“杀蒋梦麟以谢国人”。面对众口铄金的汹汹之势，蒋梦麟不变其言，不辍其行，不易其理。1959年4月13日，他在记者招待会上公开表示：“我现在要积极地提倡节育运动，我已要求政府不要干涉我。如果一旦因我提倡节育而闯下乱子，我宁愿政府来杀我的头，那样太多的人口中，至少可以减少我这一个人。”事实胜于雄辩，蒋梦麟做了一桩十分正确的事情。国民党元老王世杰称赞蒋梦麟提倡节育是“一件最不平凡的功业……将来影响一定是很深远的”。
蒋梦麟有种，也有谋，他不是蛮干的人，而是在顺境和逆境都能有所作为的智者。做正确的事情，辅之以血性和头脑，如果还不成功，那就真叫天意难违了。