近亲结婚由于体内相同的基因较多，男女双方所携带的隐性致病基因相同的可能性大，所以造成相同的隐性致病基因相遇的概率也高，后代容易成为显性遗传性疾病或隐性遗传性疾病携带者的概率明显增加，后代患先天性畸形的概率增加，其新生儿期的死亡率明显增加。据统计其所生子女先天畸形及死亡的概率比一般群体高出3～4倍。近亲结婚使遗传性疾病和先天性身体、智力障碍的发生率大为增加。这是因为，有些遗传性疾病是不外显的，在随机的婚配下，夫妇双方即使一方有病态遗传基因，也会被另一方的正常基因掩盖，使后代不显现异常。而近亲结婚就不同了，夫妇有共同的祖先，有若干相同的基因（包括病态基因），于是双方的病态基因相遇，容易使得后代的先天性缺陷或遗传性疾病显现出来。
非近亲与近亲结婚对后代的影响差别是极为显著的。近亲的子女出生死亡率比非近亲结婚者增加两倍多，像肝豆核变性在一般婚配的后代中，患病机会仅仅是四百万分之一，而在表兄妹结婚的后代中，竟高达1/64。近亲结婚时遗传发病率比非近亲结婚高150倍，对后代危害非常大。
温馨提示：
男女婚前一定要做婚前检查，婚检有利于男女双方建立美好幸福的家庭，有利于生育健康聪明的后代以及提高民族素质。有许多人可能携带某些遗传性疾病的基因，而不表现出来，成为“隐性遗传性疾病携带者”；如果他和有相同血缘的、带有遗传性疾病基因的近亲结合，那么，他们的子代就会将父母隐性遗传性疾病外显出来而成为显性，在临床上表现为疾病，所以遗传性疾病的机会就增加了；如果他和非相同血缘的人结合（携带同一遗传性疾病基因的机会很小），那么，他们的子代得遗传性疾病的概率就减少了。