万历第二大征：播州之役！
播州，自唐杨端之后，杨氏世代统治播州，接受中央皇朝任命。明初，杨铿内附，明任命其为播州宣慰司使。万历初为播州宣慰司使，骄横跋扈，作恶多端，并于万历十七年公开作乱。明廷对杨应龙之乱举棋不定，未采取有力对策。因此杨应龙本人一面向明朝佯称出人出钱以抵罪赎罪，一面又引苗兵攻入四川、贵州、湖广的数十个屯堡与城镇，搜戮居民，奸淫掳掠。播州位于四川、贵州、湖北间，山川险要，广袤千里。自唐杨端之后，杨氏世代统治此地，接受中央皇朝任命。
隆庆五年（1571年），生性雄猜、阴狠嗜杀的杨应龙世袭了父亲杨烈的播州宣慰司一职。万历十四年（1586年），杨应龙升任都指挥使，因从调有功，加封为骠骑将军。万历十四年，因向朝廷进献大木美材70棵，受赐飞鱼服与都指挥使职。
杨氏历代统治播州，势力盘根错结，早有不臣之心。杨应龙认为四川官军弱不经战，非常轻视，久欲占据整个四川，独霸一方。他的居所雕龙饰凤，又擅用阉宦，俨然是一个土皇帝。他为人狡诈多疑，好以诛杀立威，结怨甚深，所辖五司七姓不堪其虐，纷纷叛离。杨应龙听信宠妾谗言，杀妻及岳母，妻叔张时照向明廷告其谋反。
万历十八年（1590年），贵州巡抚叶梦熊也上奏杨应龙不法诸事，力主勘问。此时，松潘地区动乱不安，播州壮兵不断受调到外地协防，四川巡抚李化龙奏请暂免勘问。黔蜀两省意见不一。万历十九年（1591年），叶梦熊重议勘问，奏请播州改派流官治理。李化龙与之相左，遭致怀疑与斥责。
朝廷诏命黔蜀两省会勘，杨应龙当然愿赴蜀而不赴黔。万历二十年（1592年），杨应龙赴渝受审，依法当斩。时倭人进犯朝鲜，杨应龙请求献金赎罪并带兵征倭，朝廷允准。继任四川巡抚王继光坚持严提勘结，杨应龙抗命不出，朝廷下令进剿。
万历十一年（1583年）正月，巡抚都御史王继光至重庆调查，杨应龙公开对抗。王继光遂与总兵刘承嗣、参将郭成等议分三军，全力进剿，并檄请贵州兵北上增援。两军战于娄山关（今贵州遵义北）一带，官军死伤大半，被迫撤兵。
李化龙（1554～1611年），字于田，号霖寰。明直隶大名府长垣县（今属河南）人。是长垣最出名的人物，文武全才，一生为官清廉，治世有方，有平辽、平播、治河之功，被评为中州爱国名人。万历二十二年（1594年）三月，兵部侍郎邢玠总督贵州，主抚之议又起。明廷因朝鲜战争吃紧，无力分兵攻剿，遂暂缓对播州的征讨。杨应龙趁机攻城略地，扩充实力。
万历二十七年（1599年）二月，贵州巡抚江东之令都指挥使杨国柱等率兵3000，进剿播州。杨应龙遣子杨朝栋等迎战于飞练堡（今贵州翁安东北）。官军夺占三百落（今地不详），叛军佯败设伏于天邦囤（今地不详），官军中计，全军覆没。明廷罢江东之之职，命郭子章代之，同时命都御史李化龙兼兵部侍郎，总督川、湖、贵三省军事，决意进剿。时朝鲜战事已结束，明廷急调东征诸将南征，并增调浙、滇、闽、粤之师前往会剿。五月，李化龙驰至四川，一方面檄调总兵万鏊自松潘（今属四川）移师重庆；一方面加紧征调土、汉官兵加强防御。他令镇雄（今属云南）、永宁（今四川叙永西）一带官军阻敌西向；令南川、合江、泸州（今属四川）诸军阻敌北上，待大军毕集，即全线出击。
六月中旬，杨应龙趁官军大军未至，先发制人，率军8万，一举攻克川东重镇、重庆南大门綦江（今属四川），继而退屯三溪（今綦江东南），企图划界自治。
十一月，杨应龙屯兵官坝（当在今务川、凤冈一带），破坏湖广、贵州入川通道，企图阻止两省的增援，继又占据偏桥（今贵州施秉），出攻兴隆（今贵州黄平）、镇远（今属贵州）、龙泉（今贵州凤冈）、婺川（今贵州务川）等地。二月初，各路增援官军相继进入川、贵、湖广三省交界地区。十二日，李化龙在重庆大会各路文武官员，誓师进兵。官军兵分8路，计24万人，分进合击，压逼播州。其部署是：四川方面兵分4路，一路由总兵刘綖率领，参将麻镇等隶属，参政张文耀监军，由綦江南下；一路由总兵马孔英率领，以参将周国柱、宣抚冉御龙等隶属，佥事徐仲佳监军，由南川（今属四川）南下；一路由总兵吴广率领，游击徐世威等隶属，参议刘一相监军，由合江（今属四川）南下；一路受吴广节制，由副将曹希彬率领，参将吴文杰、宣抚奢世续等隶属，参议史旌贤监军，由永宁东进。李化龙则率所属亲兵来回策应。贵州方面兵分3路：一由总兵童元镇统率土知府陇澄、知州岑绍勋等军，从乌江关（今贵州遵义南）北上；一由参将朱鹤龄统率宣慰安疆臣等军，从沙溪（今金沙东北）北上；另一路由总兵李应祥统率宣慰彭元瑞等军，从兴隆入播州北进，参议张存意、按察司杨寅秋为监军。湖广方面，集中于偏桥卫为一路，分两翼推进：一由总兵陈璘率宣慰彭养正等军，从白泥（今贵州余庆）；一由副总兵陈良王比率宣抚单宜等军从龙泉，同时西进。副使胡桂芳、参议魏养蒙为监军。
此外，郭子章驻贵阳（今贵阳市）、湖广巡抚支可大移驻沅州（今湖南芷江），分别指挥贵州、湖广各军的进攻。是日，明军分道并发。李化龙指令各路约期进抵娄山等关。十五日，綦江刘綖一路大举南下，连破楠木山、羊简台、三峒等（当在綦江南、东溪一带）隘，大败叛军穆照部。
三月初，杨朝栋率数万叛军分道迎击，企图阻止四川军南下。刘綖与各路官军左右夹击，大败叛军，杨朝栋仅以身免。同时，各路官军接连告捷。南川一路，初八日破桑木关（今贵州绥阳东北）；乌江一路，于十二日克乌江关；偏桥一路夺取天都、三百落诸囤。叛军连败，乃出奇兵，乘隙突攻乌江，诱败官军童元镇部。参将杨显、守备陈云龙、阮士奇、白明逵、指挥杨续芝等战死。二十九日，刘纟延攻破九盘（今贵州桐梓南），夺占娄山关。娄山关是播州宣慰司的门户天险，杨应龙拚死夺关。
四月一日，官军与叛军在娄山关大战。杨应龙一面正面迎击，一面派部将杨珠等抄后山夺关，企图四面合围官军。刘纟延亲率骑队冲击，另以游击周敦吉、守备周以德分两翼实施夹击，叛军大败。刘纟延乘势追至养马城（今地不详），与南川、永宁两路官军会合。继而官军连破龙爪、海云等险囤，将杨应龙压逼至海龙屯（今遵义西北）一隅。十三日，湖广方面的陈璘所部克青蛇囤（今地不详）；十六日，贵州方面的安疆臣部攻克落蒙关（今遵义西南），形成对海龙囤叛军合围之势。
娄山关，原名娄关，亦称太平关，位于遵义、桐梓两县交界处，北距巴蜀，南扼黔桂，为黔北咽喉，兵家必争之地。五月十八日，八路官军齐集海龙囤下，筑长围，轮番进攻。杨应龙督队凭险死守。李化龙鉴于海龙囤地势险峻，势难飞越，遂令总兵马孔英率劲卒抄击后囤。
六月五日，刘纟延身先士卒，进克外城。杨应龙欲散数千金募死士拒战，无应者。
六月初六日，杨应龙见败局已定，与爱妾周氏、何氏关门自缢，儿子杨朝栋、弟杨兆龙被俘。战役前后历时114天，斩杀杨应龙的部队2万人。
万历二十八年（1600年）十二月，李化龙班师回朝，并将杨朝栋等69人押解到京师，磔于闹市。至此，平播一战以完胜结束。
万历的六准和六不准
万历中后期长达30年不上朝，有非常有名的六准和六不准。
万历不上朝主要原因是皇权与文官制度发生了剧烈冲突，皇权受到压抑，万历用消极方式对抗。但是有两点万历仍然值得肯定：其一，万历皇帝并没有因大臣与之作对甚至漫骂贵妃而杀掉一人，是相当宽仁的；其二，不上朝并不是不办公，万历年间的国家大事小情都是万历处理的，大的比如万历三大征，特别是明、日的壬辰战争一直在万历指导下进行，小的比如利玛窦进京传教，建立教堂，月供乃至墓地都是在万历过问下得以顺利进行的。西方传教士对万历充满敬意好感，东西方文明得以交流，万历是起到了相当大的作用的。
此外，派太监设立矿监、税监敛财。万历下旨从此天下可以开矿了，初衷并非与民争利，由此才派出矿监。问题是太监把经念歪了，闹得乌烟瘴气。这段弊政大概有四年。四年后万历终止太监出宫敛财，但是矿禁却取消了，无疑从此促进资本主义经济萌芽的发展。各国历史上封建国家都对工商业攫取的过多利润加以剥夺。明王朝所为只是巧立名目，加大征税比率。没有出现汉武帝时期命令商人拿出一半家产以佐官府导致“商贾中家以上大率破”。但是明代工商业者已经成为相当强大的社会力量，对于这种加税也不能忍受，于是出现大规模的反对矿监，税使的民变不断发生。（参见《儒家文明》）从新事物的成长角度来看，有适当的冲突和矛盾是有利于其成长壮大的。
但这种消极对抗并不能解决问题，统治阶级内部更加矛盾重重。由于他不理朝政，大臣的奏章，他的谕旨，全靠内侍传达。册立太子的大事久拖不决，导致官僚集团各派之间互相火并，党争也愈演愈烈。东林党人与邪党的斗争水火不容，持续了很久，明王朝到了崩溃的边缘。万历四十八年（1620年），朱翊钧在内外交困、风雨飘摇中死去，谥号范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝，庙号为神宗。