如果说前两征都是平定内乱的话，下一战却是抵抗外侮。
万历第三大征：抗倭援朝！
明万历二十年（公元1592年），结束日本战国时代的一代枭雄丰臣秀吉，为了满足国内封建主和商人贪财牟利的欲望以及他自己骤然膨胀的野心，便开始了对外扩张。他趁朝鲜李氏王朝耽于党争内讧，朝纲紊乱之时，决定通过武力征服朝鲜入侵中国，进而称霸东亚。
丰臣秀吉，日本战国时代末期封建领主，是继室町幕府之后，完成近代首次统一日本的日本战国时代大名，1590～1598年期间日本的实际统治者。此役日本共出动十九万陆军，其中主力部队分为七个军，一共14万人。后备部队包括宇喜多秀家等人率领的三个军5万余人。同时还有九鬼嘉隆的4万水军和700艘舰船。另外还有德川家康、前田利家、上杉景胜、蒲生氏乡、伊达正宗统率的10万人马驻在九州的名古屋作为预备队，可以说是日本当时最强将领与部队的集结。而在战略上，日军采用的是德川家康的提案，确定了“陆海并进”、“以强凌弱”、“速战速决”的战法；以水军保证陆军的战略物资供应，陆军分三路齐头并进，一举占领朝鲜。在一切工作准备就绪后，秀吉于1592年4月正式开始了侵略朝鲜的战争。
朝鲜军队望风而溃，国王李蚣逃奔平壤，后又奔义州（今新义州东北）。日军进占王京后，毁坟墓，劫王子、陪臣，剽掠府库，又攻入开城、平壤，朝鲜八道沦陷七道。他们一路烧杀抢掠，仅晋州一地，军民被屠杀者竟达6万之众。朝鲜人民纷纷组织义兵群起抗战，其中南部李舜臣发明龟船战舰，领导的朝鲜水军进行多次战斗，击沉敌舰300余艘，打乱了日本水陆并进的计划。
另一方面，朝鲜国王遣使向大明告急，要求出兵援助。明朝政府深知：“关白之图朝鲜，意实在中国”，“而我兵之救朝鲜实所以保中国”，决定立即派兵援朝。
万历二十年（1592年）七月，明朝派将领史儒率兵2000人出征，祖承训率兵3000人继后。史儒进到平壤附近，因道路不熟，适逢大雨，误中埋伏，力战牺牲。
万历二十年十二月，明朝政府得到败讯之后，以宋应昌为经略、李如松为东征都督，增派4万兵力渡过鸭绿江，大举援助朝鲜。李如松会合朝鲜士兵，经过周密部署，于万历二十一年（1593年）初进军平壤。李如松亲率敢死队冲锋陷阵，与日军的精锐部队3万人遭遇，战斗非常激烈，劲弩齐发，火焰蔽空，中朝将士奋勇当先。神机营参将骆尚志冒险登城，腹部被滚石打伤，仍然屹立不动。60多岁的游击将领吴惟忠，胸部中弹洞穿，犹奋呼督战不已。李如柏的头盔中弹，李如松的坐骑被炮击毙，都置之不顾，愈战愈勇。激战到近中午，日军纷纷逃窜，中朝军队凯旋入城。此战共消灭敌人1万余人，俘虏无数，逃散日军不及总数的十分之一，从根本上扭转了朝鲜的战局。
神机营，为明代京城禁卫军中三大营之一，是明朝军队中专门掌管火器的特殊部队。神机营担负着“内卫京师，外备征战”的重任，主管操练火器及随驾护卫马队官兵，是朝廷直接指挥的战略机动部队。明成祖在亲征漠北之战中，提出了“神机铳居前，马队居后”的作战原则，神机营配合步兵、骑兵作战，发挥了重要作用。丰臣秀吉不甘心失败，妄图以议和诱使明朝撤兵。自万历二十一年（公元1593年）起，和谈持续三年，却最终破裂。
万历二十五年（1597年）七月十五日，被日本人称为“海贼大名”的九鬼嘉隆，率领庞大的日本舰队，偷袭了停泊在漆川岛（世济岛北端西）的朝鲜海军。时因朝鲜党争，李舜臣被贬，朝鲜海军一战几近全军覆没。丰臣秀吉此时才宣布正式攻朝，又集合14万人，包括3万海军，水陆并进。
八月初日军展开进攻，日军的攻势起初还是比较顺利的。左路军连克泗川、南海、光州，最后进攻南原。明军副总兵杨元率领3000明军和3000余朝鲜军镇守南原，坚守数日后被日军攻破，守城将士绝大部分阵亡。攻破南原后，付出很大伤亡代价的日军屠城一日。这时驻全州的明将陈愚忠因南原失陷立即撤退，这样加藤清正的右路军便兵不血刃地拿下了全州。之后日军又分别攻陷黄石山、金州、公州等地。汉城的屏障尽失，再一次濒临险境，朝鲜局势再度危若累卵。
九月六日，麻贵命副总兵解生等率军2000人，奔赴稷山北部，巩固汉城的前沿阵地。七日于稷山北与日本战国名将黑田长政和伊达政宗率领的日军第三军团一部发生遭遇战。明军的后续部队杨登山率军赶到，大败黑田长政，黑田长政退守稷山闭门不出。此时攻打青山的日军也被参将彭友德率领的中朝联军重兵包围，死伤惨重。这时从海上也传来捷报，重新复职的李舜臣，于九月十六日率领朝鲜海军残余战船12艘，在鸣梁附近与日海军一支由133只战船组成的舰队发生激战，击沉日军指挥舰及其他31只战船，击毙日军主将来岛通总。
此时的战争形势对日军大大不利。日军盘踞在几处孤立的据点，互相不能支援，面对联军8万以上的兵力毫无对策，只好苦守度日。海上的军事力量对比也开始倾向于联军，李舜臣的舰队实力已经恢复了不少。大明水师出动了数百艘战船，13000余水军，在陈璘的率领下进入对马海峡。日本海军“及见璘舟师，惧不敢往来海中”。在联军水师的压力下，日军的后勤补给也成了问题。而明军的粮食、军火、后续兵员不断开往前线，双方军事实力的差距渐渐开始拉大。
日军驻顺天之小西行长部第二军于万历二十六年（1598年）十一月十一日起开始撤退。然后驻泗川、南海、固城之日军，依次到巨济岛集结，候船回国。当时联军封锁了出海路，日军第二军无法撤走。此时，驻泗川、新城之日军第五军主力，在岛津义弘率领下，与从南海开来之宗智义部船队会合。两支船队会合后，共有兵力1万余人，舰船五百余艘，于午夜开始通过露梁海峡。陈璘、李舜臣获悉日援军西进的情报后，立即命老将邓子龙驾三艘巨舰为前锋，埋伏于露梁海北侧。陈璘率明朝水师主力为左军，泊昆阳之竹岛与水门洞港湾内正面阻击日军，待机出击；以李舜臣率朝鲜水师为右军，进泊南海之观音浦，待机与明军夹击日军。
神机营与明初创编的卫所驻军的编制不同，其最高编制级别为营，营编提督内臣2人、武官2人、掌号头官2人；营下编中军、左掖、右掖、左哨、右哨五军，各设坐营内臣1人、武臣1人，除中军下领四司外，其余各领三司；每司设监枪内臣1人、把司官1人、把牌官2人。营专习神枪、神炮。稍后，又得都督谭广马5000匹，称五千下营，附于神机营，设官如神机营以下各军，营下编四司，每司设把司官2人。十一月十二日午夜战斗打响，联军三面合围，在露梁海域与日军展开东亚近古时代规模最大的海战。及至天亮，日军死亡人数以万计，第五军主力几乎全部被歼，舰船也几乎全部被击毁击沉。岛津义弘后只率50余艘战船突围而去。这一战中，联军也付出了相当大的代价。李舜臣、邓子龙皆战死。
大明万历二十七年四月（1599年），明军班师回朝，神宗皇帝陛下升座午门，接受都督邢玠等献上的日本俘虏61人，都“付所司正法”，砍下来的敌人的头颅传送天下。同日，神宗皇帝接受百官朝贺，祭告郊庙，把献祭祖先的果酒都分赐给了内阁官员们。
万历二十七年（1599年）八月十七日，丰臣秀吉在日本郁郁死去。他留下一首辞世歌：“随露珠凋零，随露珠消逝，此即吾身。大阪的往事，宛如梦中之梦”，再也没有那种占据朝鲜进攻明朝甚至称霸东亚的嚣张气焰。
海禁
海禁是指中国古代政府为了整顿沿海治安，清理走私，保障社会安定，采取的一种禁阻私人非经过官方许可，私自出洋从事海外贸易的政策。
明初，出于政治上防范日本的需要和经济上重商主义的考量杜绝贵金属外流，明太祖朱元璋在对外贸易上除允许部分国家或部族通过“朝贡”的方式进行贸易外，其他私人海外贸易一律禁止。永乐以后，随着中国海防的巩固和社会的稳定，禁令渐弛。
明中叶倭寇活动剧烈，嘉靖元年（1522年），给事中夏言认为倭寇起于市舶，建议罢市舶，厉行海禁。朝廷接受了他的建议，封锁沿海各港口，销毁出海船只，断绝海上交通以断绝倭寇的补给。凡违禁的沿海官民，依法处以极刑。
随着明军剿灭倭寇，隆庆初年，朝廷开放海禁，“准贩东、西二洋”，以征收商税，增加财政收入。开放海禁后东南沿海地区商品性农业和手工业有所发展，为资本主义萌芽的成长提供了有利条件。海禁的开放也采取了科学管理措施，不再是过去无序原始的形态，表现在每位出海贸易者都须经海防同知批准，领取政府颁发的“引票”，到指定地区贸易，并在规定的期限回港。对前往贸易的国家和地区也有一定限制，日本即在禁止通商之列。另外处于军事技术和民用科技保护考虑，对出口货物的品种也有所限制，凡是泄露中国军用民用工艺和技术的一律禁止。这类规定虽然在某些方面束缚着海外贸易，但因管理科学，促进了海贸的正常发展。