崇祯皇帝并不是一个大度的人，相反，因为年轻，他对大臣的态度总是充满了矛盾——既信任，又怀疑。他可以因为年轻的袁崇焕的一番话，将辽东大权尽付之；也可以因为别人的计谋，将自己曾完全信任的人凌迟处死。
在崇祯二年（1629年）十月二十七日，皇太极率领满兵十余万，以蒙古兵为前导，从喜峰口窜入长城，攻陷遵化。这些地方都属蓟辽总督刘策管辖（总督比督师低一级），与袁崇焕无关，袁于二十八日闻警，即与祖大寿、何可纲率兵入援，沿路经过的抚宁、永平（都在河北东北）等地逐路置防，逐城设守，计划截断满兵的归路。十一月初十，袁军到达蓟州，与满兵交锋，满兵没有料到会在这里遭遇袁军，大惊，于半夜越过蓟州向通州退兵，渡北运河，直逼北京。袁崇焕率5000骑兵急速追赶，士不传餐，马不再秣，两天两夜急行军300多里，竟比满军早到北京三日。崇祯见袁军赶到，大喜，召见袁崇焕，赐御馔和貂裘，但袁崇焕要求让士兵入城休养，却没被批准，只得驻扎在广渠门外。满兵一路上攻来，到高密店时侦知袁军已在北京，无不大惊失色，以为袁军从天而降。二十日，两军在广渠门会战。袁军后来又到了4000骑兵，合起来也不过9000人，以这9000人大战10万满兵，以一挡十，从早打到晚，满兵终于不支败退，连退十几里才稳住了阵脚。本身并不会武功的袁崇焕因为这一仗关系重大，披上了甲胄亲自上阵督战，把满兵一直往北追到了运河。
这一仗，与宁锦大捷大不相同，并非据城固守，而是硬碰硬的野外作战，连明军最为倚重的红夷大炮也未能派上用场，在军事形势上并无优势可言，而能击败十倍于己的敌军，靠的是誓死保卫京师的高昂士气，赢得十分侥幸。气二鼓而衰，三鼓而竭，士气是不可长期依赖的，作为一个高明的军事指挥官，袁崇焕深深知道这一点。即使是这一仗，他也并不想打，而是不得不打，侥幸以少胜多，他也没有给胜利冲昏了头脑，而是按兵不动，等待随后就会赶到的大批步兵和各地勤王兵。崇祯一再催促他出战，他都以兵困马乏，等待援兵为由加以推迟。其实即使援兵赶到，他也未必就愿意立即跟满兵决战，因为打野战，明军不是能骑善射的满兵的对手。袁崇焕对满兵的战略向来是“战虽不足，守则有余；守既有余，战无不足。”这一次皇太极以倾国之师深入大明腹地，本来极其冒险，拖得越久，对他们越是不利。袁崇焕的计划便是截断满兵退路，把满兵围困住，等到各路勤王兵云集，时机成熟，再四面合围，进行决战，毕其功于一役。即使不能在此役全歼满兵，也当能给以重创，自己先前向崇祯夸下的“五年全辽可复”的海口，隐隐有了希望。这时有两路勤王兵赶到，袁崇焕并未把他们留下守卫北京，而是一路派去昌平保卫皇陵，另一路退至三河截断满兵后路。他自己的主力预计十二月初三、初四日即可赶到，可以开始实施合围计划了，不料初一日自己被捕下狱，使历史因之改写！
对袁崇焕的这一番部署，生性多疑的崇祯越想越不对头：为什么他能料敌如神，说满兵要来就真地来了？为什么打败敌军后不乘胜追击，反而按兵不动？为什么勤王兵赶到他反而把他们驱散？而这时朝中、城中的舆论对袁崇焕也非常不利。这是满兵首次打到北京城外，北京的官民何曾见过这种阵势，巴不得早点把满兵赶跑；高官贵族大多在城外置有家产，现在惨遭满兵蹂躏，自然心疼得狠，见袁崇焕按兵不动要打持久战，官民们便把怨气都发泄到了袁崇焕头上，骂他“纵敌”。国人历来喜欢用顺口溜抨击时事，历代统治者对这种民谣也很重视，把他们当成预言看待，而这时候也出现了这么一条民谣：“投了袁崇焕，鞑子跑一半。”这时的民心竟然认为要赶跑满兵，必须先逮捕（“投”）袁崇焕。这些舆论，自然也通过各种渠道传到了崇祯耳里，更加深了他的疑虑。终于，有两个被满兵俘虏的太监逃了回来，向崇祯报告了他们在敌营偷听来的重大机密：原来袁崇焕通敌，与满兵有密约，二十日满兵并非战败，而是有意退兵，以便让袁崇焕实施他的逼和计划。崇祯至此恍然大悟，觉得所有的谜团都一一解开了，立即召见袁崇焕，就在殿上命锦衣卫把袁崇焕逮捕下狱。
当时在场的大学士成基命算是头脑比较清醒的人，叩头请崇祯务必慎重，不要轻信流言，目前敌军兵临城下，局势危急，非平时可比（即不应该像平时那样想抓谁就抓谁）。崇祯自以为证据在手，慎重即是因循，不理。在兵临城下之时，把自己的最高军事指挥官逮捕下狱，不仅在中国历史上，大概在世界历史上也是空前绝后的创举了。
祖大寿是一起被召见的，见主帅被捕，战栗不知所措。崇祯派了个太监向城外袁军宣读圣旨，宣布袁崇焕罪状，三军放声大哭。初三日，祖大寿与何可纲悲愤之余，决定不再为皇帝老儿卖命，率袁军往东向锦州奔去。正南下赴援的袁军主力在途中听说主帅被擒，自然也掉头就走。
祖大寿（1579～1656年），字复宇，袁崇焕手下最得力的大将，宁远保卫战、宁锦大捷、北京保卫战中都立下了汗马功劳。虽两次降清，但都是在孤立无援、弹尽粮绝、发生人吃人的惨剧的条件下要求皇太极对天宣誓，不杀将吏兵民之后，才开城投降。除了给自己的外甥吴三桂写过一封不咸不淡的劝降信外，史书再难找到祖大寿的“汉奸”记录。崇祯这下子才慌了起来，便接受余大成的建议，派全体内阁和九卿到狱中求袁崇焕写信劝祖大寿回来。等到信使追上袁军，已在山海关外了。祖大寿读毕，下马捧信痛哭，全军也跟着痛哭，惊动了在军中的祖大寿母亲，问清是怎么回事后，劝大家回去奋勇杀敌：“所以至此，为失督师耳。今未死，何不立功为赎，后从主上乞督师命耶？”。于是袁军个个争先恐后，即日回兵入关，收复了永平、遵化一带。这一件事，即使是铁石心肠如崇祯也不能不稍被打动，也因此闪过让袁崇焕复出的念头，但也仅仅是一闪之念而已。
加在袁崇焕头上的罪名，是擅主和议，专戮大帅。擅主和议，是指他跟皇太极的议和。皇太极与明军每打完一仗，都要主动议和，这并非如金庸在《袁崇焕评传》中所认为的那样是诚心诚意的议和，多半是带有欺骗性的缓兵之计。袁崇焕对此并非不知道，但是在军事上处于劣势的明军更需要有一段和平的时间用于休养兵马，巩固城池，因此对皇太极的每次议和他都积极响应，两人书信往返不断。这一切并非背着明廷干的，而明廷对议和虽然不以为然，却也并不怪罪。在袁崇焕给崇祯的奏疏中也指明了他的治辽战略就是“守为正着，战为奇着，和为旁着”，对此崇祯本来也很赞赏。当袁崇焕“擅主议和”之时，崇祯甚至还加了他的官，给了他太子少保的头衔，这时候却翻起了历史老账。
明朝的士大夫鉴于南宋的教训，无不以与满人和谈为耻，对于南宋向金是称臣纳款的求和，而袁崇焕与皇太极对不带任何屈辱性甚至还是高一等的议和这种明显的区别都看不出来，敢于议和便被视为秦桧式的卖国贼，而不管议和的目的何在，所谓书生误国，莫过于此。这也就是程本直所说的“举世所不得不避之嫌，袁公直不避之而独行也”。
专戮大帅，是指袁崇焕在半年前以阅兵为名，乘舟至双岛，祭出尚方剑，斩镇守皮岛的左都督毛文龙于帐前。金庸对此颇有微词，认为毛文龙不该杀，杀的方式也不对头。袁崇焕历数毛文龙的十二罪状，确有凑数之嫌，但不服节制、虚报兵额、中饱关银、擅开马市私通外番这几条，在当时确实都是死罪。
后人查阅清宫档案，更发现毛文龙当时确实与清人私通，足见其死有余辜。至于袁崇焕采用那么戏剧化的手段杀他，也是万不得已。皮岛孤悬海外，如果靠下诏擒拿，只能逼反了毛文龙。朝中大臣并非没有不想除去毛文龙的，只是除不了，不敢除，奈何他不得：“是左右大夫皆曰可杀，国人皆曰可杀也。其不杀也，非不杀也，不能杀也，不敢杀也，是以崇焕杀之而通国快然。”。朝鲜深受毛文龙荼毒，其国王听到文龙被诛的消息，大喜：“为天下除此巨害。”可为毛文龙该杀的佐证。但毛文龙杀敌无能，拍马有方，领来的饷银，倒有一大半没有运出京城，而是用于行贿。私开马市，用战略物资向清人换来的人参、貂皮，也多拿来向朝廷大官上贡，因此朝官喜欢毛文龙的很是不少。袁崇焕把毛文龙杀了，这些朝廷显贵断了一大财路，无不深恨袁崇焕，最恨的是毛文龙的同乡、大学士温体仁。正是这位温体仁，当崇祯闪过复用袁崇焕的念头时，他赶紧连上五疏，请速杀袁崇焕。
杀毛文龙，这时便被拿来作为袁崇焕通敌的证据，因为据说清兵最忌惮的倒不是袁崇焕，而是毛文龙，因此便要袁崇焕杀了他作为议和的条件。袁崇焕既然被当成了秦桧，毛文龙也就被捧成了岳飞，《天启实录》中记载毛文龙的罪恶本来不少，但这时候的文献反而都颂扬起毛文龙来了。
崇祯三年（1630年）八月，明思宗以“袁崇焕咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战。及至城下，援兵四集，尽行遣散。又潜携喇嘛，坚请入城”罪名于三年八月碟刑（分裂肢体）处死于西市，弃尸于市。行刑那天，袁崇焕毫无惧色，他被五花大绑，押上刑场，“刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊”，袁崇焕卒年47岁。
袁崇焕在行刑前，念出了自己的遗言：一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。
袁崇焕轶事
袁崇焕（1584～1630年），明万历中进士，因心系辽疆，关心国家安危，毅然投笔从戎，官至兵部尚书，蓟辽督师，在任辽事期间曾多次击败后金军的进攻，获宁远、宁锦大捷。阻遏后金军南下，但最终被崇祯处以极刑。
史书中记载了两件关于袁崇焕的轶事：其一，天启二年，刚被提拔为兵部职方主事不久，恰好遇到广宁战役中明军大败，朝廷商议派人守卫山海关。袁崇焕得知此事后，单骑前往山海关明察暗访，由于没给兵部首长请假，部里竟然不知道这位主事去了哪里，家里人当然也不知道。过了段时间，袁主事回来向首长表示：给我军马钱粮，我足以守卫此关。其二，努尔哈赤去世时，身为宁远前线最高指挥官的袁崇焕不经朝廷授权，就自作主张派人前往吊唁，虽然究其实质，乃是想借吊唁之机刺探敌情，但后金毕竟是大明多年来的强硬敌对者，没有朝廷命令而擅自与之互通往来，乃大忌。
由这两个细节可以看出，袁崇焕是一个优秀的实干家，一个行动主义者。富于理想和激情，却往往为了理想而置游戏规则于不顾；作为体制内的高级官员，他喜欢独行专断，机杼自出，凭借他的才华和一腔报国激情，他也的确干出了一番成效。但他不明白一个事实：他是个刚愎自用的人，而恰好他的主子崇祯也是一个刚愎自用的人。两个刚愎自用的人成为上下级，当外在形势紧张之时，他们或许可能有合作蜜月，但互相猜忌一定会随着时日的流逝而潜滋暗长，而这种潜滋暗长的猜忌注定有一天会酿出一场不可避免的大悲剧。