其后慈禧带着光绪自西安回宫，光绪又在瀛台孤单寂寞地度过了七个年头，他苦苦地等待着老佛爷撒手西归。1908年11月14日傍晚，38岁的光绪帝躺在冰凉寂静的瀛台涵元殿里，满含悲恨离开了人间，时隔不到一昼夜，慈禧太后也驾崩于皇宫仪鸾殿，终年74岁。
新政措施存废
政变后两三个月，清室君臣关于维新措施存废颁行谕折上百条。政变之初，明令取消废止有关政治改革方面的措施，诸如裁撤衙门、允许士民上书、开设报馆及集会结社等等。同时则反复申谕：“通商惠工厘农育材，以及修武备，浚利源诸务，有关国计民生者，无论新旧，均须次第实行，不得因噎废食，择善从之，次第举办。”并饬令六部、总理各国事务衙门和各省督抚详加核议，据实奏明，分别办理。
经济方面，铁路矿务总局并未因政变而裁撤，因原任督办之一的张荫桓被处分而委任刑部左侍郎赵舒翘会同王文韶继续办理，并批准了胡1？所奏铁路公共章程二十二条。同时任命荣禄、张之洞督办芦汉铁路，胡1？、张翼督办津镇及山海关外一带铁路，粤汉、宁沪、苏浙、广九等近干要支均由盛宣怀承办。总理衙门议定矿务章程并要各省将军督抚饬各该地方官于所辖境内察访勘查矿产绘图帖说，六个月内咨报总局，“以凭核办”，均“如所议行。”并批准了山西巡抚胡聘之所请设立纺纱织布厂、火柴厂、榨油轧花厂，任命张翼督办直隶全省及热河矿务，并准其成立公司。十分明显，该局奏设于“百日维新”期间，活动却开展于政变之后。谕令裁撤了设于京城的农工商总局，同时“责成各督抚在省设局，分门别类，详加考核，裨有实际”。并要直隶总督选派妥员督率办理，“以为各省之倡。”接着批准了张之洞、刘坤一在汉口、上海“试办”的商务局，谭钟麟在广州成立的农工商总局，令其“加意讲求，认真经理”，“务期中外流通，确有成效。”山西1896年成立的商务总局亦饬未撤销前的农工商总局“查照。”邓华熙在安庆设立了蚕桑公司，并设蒙学馆，教农家子弟，得到慈禧等的认可。尽管农学会被废，兴农学，讲劝农仍在贯彻执行。“百日维新”期间经总理各国事务衙门奏准颁行的《振兴工艺给奖章程》政变后则付诸实施，对促进科学技术的发展起了积极作用。
谕折再三强调：“今日时势，练兵为第一大政，练洋操尤为练兵第一要著。”故军事方面措施不特基本未废，而且在朝旨严饬下切实推行。各省裁营腾饷，改练洋操。北洋各路防军裁汰后“不过一万数千人”，减去半数。湖北、陕西、四川等省份均奏报裁旧练新情况。清廷命北南各省分别由新建陆军和自强军酌拔营哨之学成者任教，推行西洋规制。上谕公开揭露指责旧军积弊，要求各领兵大臣“激发天良，以身报国”，“激励兵丁，认真训练”，“务期规模日新，悉成劲旅。”与此同时，三令五申各省编查保甲兴办团练。为了培养军事人才，进行新式军事教育，朝旨允准安徽、江南、陕西等省设立武备、陆师、随营等学堂。武科试虽然恢复了，但同时宣布各省营所用武进士及投标武举，悉令练习枪炮，要求所有未经入伍之武生均就近挑入学堂，学习格致舆地等学及炮队、枪队、马队、工程队诸科，“以备折冲御侮之用。”显然，新旧之间兼有变通，并非全依武科旧制。当刘坤一对上述懿旨提出异议，上谕则答以“著毋庸议”，仍令其“懔遵”前旨。
文化教育方面，诏谕恢复科举考试，取消经济特科等新政措施之外，则宣布：“大学堂为增植人才之地，除京师及各省会业已次第兴办外，其各府、州、县议设之小学堂，著该地方官察酌情形，听民自便。”慈禧采纳了礼部申明取士旧制的建议。对其“各省书院照旧办理，停罢学堂”的奏请，懿旨则指出：“书院之设，原以讲求实学，并非专尚训诂词章，凡天文舆地兵法算学等经世之务，皆儒生分内之事，学堂亦不外乎此。是书院之与学堂，名异实同；本不必定须更改。现在时势艰难，尤应切实讲求，不得谓一切有用之学非书院所当有事也。”尽管有“申明旧章”之意，但却给旧式书院赋予了新式教育的若干内容。书院之名未改，但亦非昔日面目了，刘坤一奏报办理学堂情形时公开申明执行了“百日维新”期间有关旨谕，将原储才学堂改为江南学堂，把钟山、彝经、惜阴、文正、凤池、奎光六书院改为府县学堂，并因“经费不敷”各地书院拟在一年内逐步改为学堂，湖北、山西、奉天等省所设和创办学堂仍然得到朝廷首肯。
综上所述，可见慈禧在政变后对“百日维新”期间所颁新政措施废止、保留、修改、实施兼而有之，所谓除京师大学堂外一概废弃的说法是不符合史实的，也不是慈禧其人本意。其存废修改，去舍之间，我们认为有如下几个原因。
首先，当时形势使然。甲午战败和此后越来越严重的民族危机，震动社会各阶级各阶层。资产阶级维新派高举救亡旗帜，把维新变法迅速推向高潮，“百日维新”就是在列强掀起的瓜分狂潮中进行的。政变把维新派没入血泊，却没有改变民族危亡的总形势。在维新图存的潮流面前，政变发动者也不敢放弃变法自强的旗帜，政变后一再诏告中外：“近因时事多艰，朝廷孜孜图治，力求变法自强”，筹办一切新政。因为当此时局冀为国家收揽人心，不论对统治阶级内部，还是对其他阶级，这样做都是合乎逻辑的。
其次，出于巩固封建统治的需要。慈禧也承认：“前因中外积弊过深，不得不因时制宜，力加整顿。”一再指出吏治的因循、军事的衰疲、财用的艰窘等等弊端，而“整顿”的措施，则是对新政措施存废修改，因而用之。光绪所颁新政措施尽管没有全部采纳资产阶级维新派的建议，但仍具有浓厚的维新色彩。经过慈禧废弃和修改，阉割了新政措施“有碍治体”的灵魂，就肢解了维新措施的整个体系，许多经济、军事、文化上的具体措施，对于封建统治者来说，非但无害，而且“有裨于国计民生”。慈禧就说：“泰西各国，风俗政令与中国虽有不同，而兵农工商诸务，类能力致富强，确有明效。苟能择善而从，次第兴办，自可日起有功。”
再次，为当时社会变化的状况所决定。经济上，中国资本主义已经产生，民族资本在甲午战后民族危机刺激下有一定发展。农业状况却不景气。军备废弛，清室所依赖的湘淮军在甲午战争中溃败相循，北洋水师全军覆没，引起统治者极大恐慌。裁旧练新，推行洋操，几乎成为朝野一致呼声，开端亦非自“百日维新”始。战费、赔款，国库空虚，债台高筑。教育上，传统的书院培养腐儒学究，空疏迂阔的士风积习，远远不能适应统治需要。因此，政变后上谕说：“所有一切自强新政，胥关国计民生，不特已行者亟应实力举行，即尚未兴办者亦当次第推广。”这些正是当时社会经济、军事、文化发展变化状况的反映，也是隐藏在能够较多地保留这些方面措施主观动机后的经济必然性。
最后，为了调整统治阶级内部关系，稳固慈禧的权位。当时主张变革的不只是以康、梁为首的资产阶级维新派，统治集团中也存在着不同体系的变革主张。
第七节 六君丹心化碧，康梁亡命天涯
门外远处已隐隐约约地传来了一阵阵人骑杂乱、吆喝呼号之声。
谭嗣同一想到自己年近70的老父也将由于他的获罪而遭到株连，蒙受刑辱时，他的心就颤栗起来。
刘光第叹了口气道：“我辈一死，正气尽矣。”
下午3时，六人被押到北京宣武门外菜市口刑场。
看着这悲壮的场面，许多人禁不住掉下泪来。
那英国官员便将康有为引进特等舱中的一间室内，并取出一帧照片，问他道：“这是你的相片吗？”
康有为听了，万分惊奇，摇头笑道：“我怎会谋害皇上？先生何故出此奇言？”
康有为站起身来，抓住船舷，想要蹈海而死。
戊戌六君子
如果说戊戌年的变法由于多属纸上谈兵而略显黯淡，那么“六君子”的血却给中国近代历史划上了一道长久难以愈合的伤痕。这些逝者的冤魂将追逐着腐败的专制统治者厉鸣：“爱国何罪！变法何罪！”对于康、梁的流亡我们无话可说，只有借用流血者谭嗣同的一句话：“不有行者，何以图将来！”
慈禧太后把光绪帝幽禁瀛台后，就对维新派和某些帝党分子进行镇压。首先以“结党营私，莠言乱政”的罪名，命令统领崇礼逮捕康有为，但康有为已于初五离京前往上海，“步军”就将康有为之弟康广仁捕去。
第二天清早，梁启超就跑到谭宅，焦急地问道：“听说西太后已经回宫，降谕抄捕南海馆，幼博也已被捕入狱了。京城内兵卫森严，缇骑四出，大势已去，狂澜既倒，我等也都已落在敌人魔掌中了，奈何奈何？”
谭嗣同正色答道：“事已至此，也没有别的什么良策了。数年来，我等大声疾呼，南北奔走，冒天下之大不韪，而力倡变法维新之业者，宁有他愿？惟愿救我国家黎民耳！现救国不成，反陷君国于危难之中，皇上受厄，先生逃亡，所有维新之举，前功尽弃。我已无事可为了。此刻寸心尽灰，惟待一死而已，更复何言！不过，你正在英年，才学淹通，实为我维新党人中难得之人才，何不暂时到日本使馆中去，请伊藤侯爵相助；只要能逃脱虎口，去上海佐南海先生重整旗鼓，集合同志，誓将维新大业推行到底，使我神州故国，能够顺应时代之潮流，以日新又新之雄姿，屹立于世界各民族之林，与东西列强并驾齐驱，也就是我中华民族四百兆黄帝子孙之一大幸事了。”
梁启超听了，默想了片刻，点点头道：“兄言甚是。今日事急，迫在眉睫，别无他法，也惟有去日使馆这一条路了。不过，要走，我们就一起走，岂有留下你一个人的道理。日本使馆我是熟悉的。事已至此，不如我俩一同前去，到日使馆暂避。清廷畏日如虎，是决不敢去日本使馆8嗦的。然后，我俩再乘日本军舰，或南下上海、广州，或东去日本三岛，另展雄图，更谋大举，岂不甚好？”
谭嗣同听了，连连摇手道：“不！我志已决，决不再走了。今日皇上情况不明，幼博等生死未卜，朝政危极险极，我岂能撒手就走？贤弟雄才大略，又无官职在身，一自由人耳，出走是应该的。不有行者，何以图将来！我则不同，既入军机，参与新政，重任在肩，自当负责到底，临难岂可苟免，惟有一死以酬国家耳！”说罢双眦欲裂，声泪俱下。
这时，门外远处已隐隐约约地传来了一阵阵人骑杂乱、吆喝呼号之声。家人急匆匆地走进来，附耳对谭嗣同道：“七爷，听说荣禄已经带兵入京，发兵三千，闭城门，断铁路，大捕新党，户部侍郎张樵野也已被捕下狱了。他们都很着急，要我劝您多多留神，早点回避才好。”
谭嗣同听了，点了点头，忙催梁启超快走。梁启超依依不舍，还要苦劝。谭嗣同断然道：“卓如快走！大难当头，非同儿戏！且各国变法，无不从流血而成。今我中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之请自嗣同始！”
梁启超见他神情坚决，知道他的志向已定，是不可动摇的了；而且形势急迫，又不便多言，只得含泪相向，一抱而别。
送走梁启超，谭嗣同知道形势非常危险，不但不害怕，反而积极与其知交侠客大刀王五筹划，决定迅即密召“京津健儿”，并日夜等待着唐才常率领哥老会骨干来京，配合这些健儿把被幽禁的光绪帝劫出。但当时唐才常接到谭嗣同的急电后，虽往汉口与哥老会首领接洽，但尚需做好必要的准备工作，不能于仓促之间，“贸然道途”。同时也没有估计到会突然发生“宫廷政变”。谭嗣同考虑到不能再延缓起事时间，就要王五等暗中侦察瀛台情况，结果大失所望，因为瀛台“禁垣外每处增设兵丁二十名，往来巡查，日夜不息，门禁亦较往常严紧”。这样劫出光绪帝的计划落空了。王五劝谭嗣同出逃，并愿充当他的保镖，但谭坚决不同意，遂将随身佩带的“凤矩”宝剑赠王五作为纪念。随后闭门不出，坐以待捕。
谭嗣同在享有自由的最后一刻想起了自己的父亲，湖北巡抚谭继洵。在他短促的一生中，他和他父亲在一道生活的时间是不多的。小时候，父亲在外省做官，他自己却跟着母亲，和两位哥哥一道，住在京城里读书，整年累月，见不到父亲一面。后来，他刚刚成年，母亲就去世了，父亲娶了继母，父子之间的来往也就更加稀少了。他的生活费用是由父亲按月汇寄的。他们父子二人经常都是相距在千里之外，很难有聚首的机会，即使年节期间相会一下，也都是来去匆匆，短短几天就分手了，好像连认真长谈一次的机会都没有。过去，他对这些情况都是很少考虑的。他一生鄙视官僚。他总觉得，父亲的年纪虽然渐渐老了，但是，这些年来，他的生活道路倒还比较顺畅，官居湖北巡抚，身为封疆大吏，地位已不算低了，起居饮食，也算得是安富尊荣的了。这一切都用不着他操心，有时甚至还令他感到一种莫名的愤懑。所以，平时他是很少考虑到这些的。然而，今天，他却突然感到了一种由衷的愧怍。他感到，30多年来，父亲还是深深地爱着他这个天涯飘零的孤儿的。为了他的生活、学业和仕进，父亲真是操碎了心，耗尽了力！现在，当他自己的生命就将要结束的时候，他才第一次感到了愧对自己这个生命的给予者，愧对他那白发苍苍的老父；特别是为他父亲今后的命运，感到焦心。
他知道，一人获罪，株连九族。当他一想到自己年近70的老父也将由于他的获罪而遭到株连，蒙受刑辱时，他的心就颤栗起来了。此刻，在他自己面对着死亡的时候，他心中想到的惟一的愿望，就是要把他那白发苍苍的老父从屈辱的死亡中拯救出来！
他沉思了一会儿，终于想出了一条妙策。他决定立即写一封给父亲的决裂信，故意在信札中忤逆地痛斥父亲的守旧思想。他想，只要有这样一封书信，让旧党抄查了去，落入他们的手中，父亲就有救了。他们就会因为父亲与自己的政见不合，久有龃龉，而原宥他父亲，赦免他父亲教子不严的罪行。
九月二十四日，一名步兵衙门的翼尉带领十几名缇骑气势汹汹地冲进谭宅，大声喝道：“请谭军机到提督衙门接旨！”同时，那些缇骑捕快，也都冲进书房去，动手查抄起来。
谭嗣同精神上早有准备。他十分镇静，毫无畏惧，任凭他们去搜索。他首先从容地走到穿衣镜前，整了整仪容；又从衣橱中拿出了一卷早已准备好的换洗衣服，准备带到狱中去换用；然后，又找了几本书籍，装在箧中，准备带到狱中去观看。等到众缇骑搜查完毕后，便押着谭嗣同离去。
在谭嗣同、康广仁被捕的同时，军机四卿中的另三位林旭、刘光第、杨锐也被捕。
政变发生后，一班朝廷大臣躲避惟恐不及，而御史杨深秀却马上写了一份吁请慈禧撤帘归政的奏折递了上去。慈禧一看这份奏折，火冒三丈，立刻下令将杨深秀也革除职务，让步军统领捉拿交刑部治罪。
谭嗣同对于被捕，早有准备，他被关进刑部监房之后，神色自若，捡起地上的石块，在牢房墙壁上题了一首诗：
望门投止思张俭，
忍死须臾待杜根；
我自横刀朝天笑，
去留肝胆两昆仑。
诗的大意是：
在这生命将尽的时刻，我想到了汉朝的张俭和杜根。张俭因为弹劾朝中权贵而被追捕，逃亡在外。尽管人们都收留他，但为什么要像他那样逃来逃去呢？应该做一个杜根那样的人。杜根为劝邓太后将政权还给皇帝，受尽酷刑，死去活来，但一息尚存，便要反抗。我手持钢刀朝着苍天大笑，早已把生死置之度外。南海先生（指康有为）啊，我们是肝胆相照，像昆仑一样的巨人，我留在这里，望你还要担负起救中华危亡的重担。
随后，他又分别给梁启超和康有为写了遗书，抒发自己的愤懑之情和誓死的决心。
谭嗣同等被捕后，慈禧太后下谕要军机大臣会同刑部“严行审讯”，但兵部掌印给事高嗣同、刘光第等，大逆不道，著即处斩！燮曾和福建道监察御史黄桂，上奏折，却主张早日处决，谓恐“张荫桓勾串西人”，特别是恐康有为“铤而走险，勾结外洋，致生他变”。“宜早决断，将已获之犯，速行处治，以绝他望。”“即外人欲来干预，而事已大定，无所施其术矣。”而刑部尚书赵舒翘在慈禧太后召见时，谓“此辈无父无母之禽兽，杀无赦”，是不必“讯问”的。这些顽固派的话，迎合了慈禧太后的心意，于是未经审讯，九月二十八日，一道“上谕”下发了――“康广仁、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等，大逆不道，著即处斩！”
就在这一天，他们六人被带出刑部监狱的西门。在刑部做事多年的刘光第，谙熟清朝狱中的规矩，他知道凡是出东门的罪犯，可以赦免，出西门的，必死无疑。他叹了口气道：“我辈一死，正气尽矣。”
到了刑部大堂上，主审官命令他们跪下。刘光第嚷道：“祖宗惯例，临刑呼怨者，即使是盗贼，提牢官也应代陈堂上官复讯。未讯而诛，对我们倒没什么，可你们把祖制国体扔到哪去了？”