游行主席团几经交涉无效，乃决定到省政府请愿。上午11时，游行队伍到达省政府。这时候，省政府已戒备森严，门前布满了荷枪实弹的宪兵、警察和保安队。学生要求见主席万耀煌，没有得到答复；学生几次想冲进去，由于防守严密，没有成功。双方对峙，气氛十分紧张。下午一点多钟，省政府秘书长出来见学生，他说：“万耀煌主席到鄂北视察去了，有什么意见我可以转达。”学生要求下令复航，他表示无权处理。学生代表说：“省主席外出，秘书长代拆代行，你不能推卸责任！”他无言以对，默默地溜走了。军警与学生又出现对峙局面。当局企图这样拖到天黑，游行队伍也就自然散去；学生前进不得，后退又不甘休，内心十分焦急。
双方僵持好一会儿，武大先修班两个学生急中生智，擎起“武大先修班”大幅横标，缓缓向前移动，一直到队伍的最前面，顶到大门前哨兵的枪尖上。他们趁哨兵不注意的时候，突然把那幅又宽又长的横标向门前的哨军劈头盖脑地蒙了过去，并高喊：“同学们，冲呀！”当哨兵正忙着撕扯横幅时，学生像决堤的洪水，一下子拥进省政府，军警被冲到一边，束手无策。
学生冲进省政府时，省政府大小官员早已逃之夭夭，少数没走的，学生就向他们宣传，有的官员表示同情学运。学生在墙壁上、门窗边、屏风上写了不少标语：“打倒独裁”、“反对内战”“争取和平”“打倒官僚资本”……在朱红油漆柱上，用油墨写了对联一副：“朱门酒肉臭，路有冻死骨”。雪白的粉墙上更是琳琅满目，最引人注目的是一幅“打倒好战分子”的标语，还配了一幅漫画，为一胖一瘦两人，旁边大书：“民瘦官肥”。秩序一度混乱，少数学生击破玻璃窗两片，经纠察和多数学生制止，秩序恢复正常。主席团一再呼吁学生不要破坏东西。
在僵持过程中，武大训导长朱萃046赶到，向学生讲了话，他说站在学校的立场，希望同学能够渡江，因为这样方能完成游行，早日恢复上课。他表示愿竭力交涉轮渡复航。到下午4时，仍无动静，学生有点焦躁。这时，训导长又来到，说电话不通，交涉没结果。此时，学生觉得这次游行虽没能游成，足见国民党当局连渡江的自由亦不给予人民，这不能不使他们提高警惕，遂一致决定，暂时回校。事后，三青团湖北支团部秘书田秉德召集武大三青团、青年军骨干分子在饭店聚餐，他得意洋洋地说：“今天虽然没有抓他们，但他们也没游行成。”
武大学生自治会于5月23日晚召开紧急代表大会，讨论游行善后事宜。大会接到500多同学的建议书，要求继续罢课；其中90多人还要求继续游行。大会议决，通电抗议国民党当局剥夺人权，摧残自由之紧急措施办法；抗议武汉当局封闭轮渡；电慰平、津受伤同学；请国民党当局严惩“五一八”“五二”事件凶手，并彻底追究责任；抗议武汉日报歪曲报道（该报报道五二二游行人数只200多人），责成其更正、道歉；征求是否罢课意见，如决定罢课，在罢课期间，组织讲演队、歌咏队下乡宣传，由教授主持反内战、争和平专题演讲，举行时事座谈会、文艺晚会等；关于“六二”反内战大游行，到5月底再征求意见决定，继续发动武汉中等以上学校学生参加反内战、争和平运动；―内战不停，我们工作一日不止。武大学生自治会征求意见结果：自5月24日起继续罢课三天。
为了响应“六二”反内战总罢课大游行，武大学生自治会紧张地做了准备工作。在5月28日至30日晚上，举行了反内战、争温饱的时事座谈会和文艺晚会，会上缪朗山、朱君允、金克木、梁园东、刘颖等教授相继发言，强烈谴责国民政府不顾人民死活，发动内战。晚会上，学生还演出活报剧《凯旋》以及《茶馆小调》《古怪歌》等节目。
与此同时，武汉当局按照中央党政军联席会报（“官邸会报”）的密令，为了镇压学生“六二”总罢课大游行，多次召开军警宪特和三青团、青年军骨干分子的秘密会议。会上，武汉警备司令部副司令作了指示：“尽量从各方面阻挠学生的游行，如果游行得逞，则准备以武昌伤兵同游行队伍相冲突，政府乘混乱时捕捉首恶分子。”还成立联络中心小组，由警备司令部和各校三青团代表一人组成，每三天汇报一次，特别强调进一步调查黑名单。会后，武大三青团公开组织反罢课、反游行的签名活动，并向特务机关汇报了黑名单。5月31日下午10时，稽查处密召军警宪特开会，由稽查处长胡孝扬主持，进行到深夜，行动科长陈肇鸣宣布命令：今夜出动逮捕武大、华中大学共党学生，分两股出发，一股到武大，由胡孝扬任总指挥，带领步兵一个连、宪兵一个连和警总一个分队，全副武装，用汽车八辆；另一股到华中大学。
在这过程中，武汉地下党派了不少同志，通过各种关系和渠道与各大专院校，特别是武大的进步学生建立了联系。先是徐远（当时化名李子固）与武大进步社团“文谈社”负责人夏雨亭建立了联系，接着刘实在武大找到他的中学同学贾道恒；刘锦找到他的陕西同乡袁宽寿，李昌伧通过党的外围组织“姊妹团”骨干在武大发展郭祖斌为团员。依靠这些进步学生，武汉地下党对武大学运情况能随时掌握并提出建议。“六一”惨案前两天，地下党派徐远到武大对夏雨亭说：“从我们得到的各方面的消息来看，国民党当局可能要下毒手，我们的意见是最好取消游行或改期举行。”夏雨亭把这个建议告诉了武大地下党员王尔杰（现名王一平，当时他的组织关系还在钱瑛那里，没转到武汉地下党）。他们商量后，认为准备工作已经就绪，取消游行或改变计划已经来不及了。但是，还是决定对第一线积极分子采取保护措施。
武大“六一”惨案
6月1日凌晨3时，武汉行辕和警备司令部调动了七一旅、八二旅、宪后十二团、汉口警总、武昌警总和武汉警司稽查处等单位的军警宪特1000余人，除一部分布置在街道口、杨家湾、洪山、农学院、东湖边等地布防外，包围了武大，封锁了学生住宿的整个斋舍和教员住宅。他们在制高点架设机关枪、迫击炮，仅男生宿舍就有机关枪阵地五处以上，斋舍内每条走廊也实行戒严，不许自由走动，逐室进行搜捕。教授住宅和女生宿舍也遭到同样的搜捕，梁园东、缪朗山、金克木、刘颖、朱君允教授在睡梦中被叫起抓走。武大就这样被他们蹂躏到清晨。
天亮前，军警用两辆汽车载走了两批被捕学生。当东方发白，他们正打算“胜利”地“凯旋”，准备用第三辆汽车载走最后一批被捕的学生，这些学生大多数赤足光背，在麻绳裹腿的牢牢捆绑下，悲痛地站在车上。在斋舍里的学生再也忍不住了，怒火与同情在每个人的内心燃烧着。一个学生大声疾呼：“冲出去，营救我们的同学！”学生纷纷冲出斋舍，齐集在大路上汽车旁。有的与军警说理，有的钻到车底破坏汽车油路、电路，有的砸烂玻璃，有的跳上车为被捆绑的同学松绑。混乱中，一个士兵企图用枪杆子解围，但他刚一挥动枪支，就被学生抓住，接着是一场夺枪的斗争。就在这时候，一声信号枪响，预谋的屠杀开始了。遍布宿舍四周山上山下的军警，用轻重机枪、步枪、手榴弹、迫击炮以及国际上禁用的达姆弹构成了密密的火网，枪声、爆炸声、子弹破片掠过声，响成一片，手无寸铁的学生一个个卧伏在路边树旁。一时珞珈山上枪弹横飞，硝烟弥漫，血流遍地，学府竟成了残杀学生的屠场。学生齐声痛哭，哭喊着：“有人受伤了！打死人了……请你们不要再开枪了！”哭诉与哀求并没使杀人者稍发慈悲。大约经过十分钟的密集射击，枪声才渐渐停止。多么悲惨啊！不少学生浑身是血，皮破肉裂，武大学生中当场牺牲的有：历史系学生黄鸣岗、土木系学生王志德、政治系台湾籍学生陈如丰。此外，还有重伤3人，轻伤16人，被抓走的师生员工22人。这一天，华中大学也有学生三人被捕。这就是震惊中外的“六一”惨案。
惨案发生后，全校师生无不悲恸欲绝。大家集结在体育馆里，号啕声、啜泣声控诉声汇合在一起。学生噙着眼泪，一面将死难烈士的遗体抬到工学院（今之行政大楼）安放，一面把受伤同学送往武昌医院抢救。上午9时，学生自治会召开了全体学生大会，议决：
（一）成立“六一”惨案处理委员会；
（二）即日起无限期罢课；
（三）2日抬棺游行；
（四）派代表晋京请愿，向社会各界控诉。下午，教授也开大会，议决：
（一）罢课一周。
（二）提出四项要求，严惩肇祸凶手，并追究责任；立即释放被捕的教师和学生；抚恤已死学生之家属，并赔偿受伤学生一切物质与精神上之损失；保证以后不再派遣军警或特务分子任意侵入学校，非法逮捕。
（三）成立宣言起草委员会和营救委员会。
当天，武汉地下党负责同志很快派人到武大了解情况；经过研究，武汉地下党提出如何进行斗争的六条意见，派专人徒步送到武大。当晚，武大地下党员王尔杰、赵萌兰和夏雨亭等人开会，研究决定从各进步社团中抽一批骨干建立秘密的领导机构，并研究了公开成立“六一”惨案处理委员会，派遣赴京请愿团，要求撤办程潜（武汉行辕主任），严惩彭善（武汉警备司令）。立即释放被捕师生，公葬死难同学，抚恤死难家属，赔偿一切损失，保证今后军警宪特不进入学校非法捕人一系列问题，中心思想和总的目标是：打破封锁，冲出学校，向各界人士揭露惨案真相，争取社会声援，把反内战、反迫害斗争推向新的高潮。
当晚，为了防备军警宪特再下毒手，全体学生集中到图书馆过夜，并派人轮流站岗放哨。入睡前，大家坐在图书馆台阶和草坪上开会，听取刘秉麟报告一天来奔走的经过，愤怒地揭露武汉当局对这一惨案的诬蔑和抵赖。一位老教授声泪俱下地劝大家“不要感情用事！不要抬棺游行，以免再次发生血案，耗损国家仅有的一点元气！”学生擦着泪，在无声的啜泣中，决定停止第二天抬棺游行。
惨案发生后，武汉当局为掩盖罪行，采取断绝交通、电讯等卑劣手法，企图封锁消息。中央社玩弄造谣伎俩，在2日发布一条消息，说什么“由于××等私藏军火，企图暴动……军警为了自卫，于是开枪射击，互有伤亡”等等。警备司令部还煞有介事地召开记者招待会，在会上拿出自己屠杀学生的子弹，说是“从学生中缴获的”。中央社3日电讯中又造谣说：“军宪重伤人员仍未脱离危险阶段，闻各界曾派代表前往慰问。”武汉行辕发表书面谈话，除歪曲惨案真相外，还威胁学生“不得轻举妄动，以免自毁前途”。
惨案真相是封锁不了的。武大学生文治平、王可达等受处委会的委托往汉口购棺木寿衣时，在武昌司门口发了电报，被特务扣发；他们又借邮局的电话，把惨案经过告诉了华中大学、医学院，农学院的学生自治会，请求声援。这样各兄弟院校不顾军警和校方的威胁，陆续抬着花圈到武大吊唁和慰问。有的同学还以各种方法使国内兄弟院校和海外人士也知道惨案真相。
6月3日，以武大校长周鲠生为首，约集教授会18名教授，赴武汉行辕要求保释被捕学生，抗议中央社歪曲事实真相的报道，并要求追究责任。下午4时，被捕师生释放回校。
为了掩人耳目，蒋介石6月3日致电校方，故作震惊地说：“武大学生发生不幸事件，殊出意外，尤违中正平日爱护武大之素怀，实深痛惜。刻已电令武汉行辕程主任负责查办，秉公处理，望对伤亡学生代为抚恤为盼”云云。行政院长张群也煞有介事地表示：“已派教部杭次长前往查明，依法处理。”
6月4日，武汉行辕宣布了将稽查处长胡孝扬、行动科长陈肇鸿、八二旅营长解洪叶、宪兵排长张文堂四人“押解行辕军法处，迅即以军法审判，从严惩处”的命令，并代表国民政府主席送给武大伤亡人员抚恤费、医药费两亿元法币。行辕副主任孙蔚如到武大“慰问”和“道歉”，并口头作了“保证”：“以后军警不得任意进入学校逮捕”。6月6日，蒋介石发出手谕：“武汉警备司令彭善对于宪警管制无方，致发生逮捕武汉大学员工事件，着即撤职查办，遗缺派阮齐代理。”不久，彭善和胡孝扬等被调任其他要职。
为了揭露惨案真相，驳斥中央社歪曲报道，控诉武汉当局镇压学生的暴行，武大“六一”惨案处委会根据地下党组织的建议，成立“答谢团”，于9日至13日分赴武昌兄弟学校报告“六一”惨案真相，取得了各校同学的坚决支持和同情。10日，晋京请愿代表团五人飞往南京，先后去行政院、立法院、司法院、监察院递交了请愿书和军警屠杀学生的照片；向行政院长张群、教育部长朱家骅当面控诉了武汉当局制造惨案的暴行。接着，分别参加了中大、金大、音乐院、剧专等校为“六一”惨案举行的追悼会，并召开了记者招待会，揭露中央社的造谣。代表团还派代表赴沪参加全国学联成立大会，向大会报告了“六一”惨案真相。
“六一”死难烈士出殡
蒋介石发出“手谕”后，武大教授会竟认为“政府此次处置迅速明确”，决定，从9日起复课；致电中央当局对处置表示满意；从速追悼和安葬死者。对教授会这些决定，学生自治会感到突然，乃于8日晚召开全体学生紧急大会，会上群情激昂，一致认为教授会措施失当，并决定，晋京请愿代表立即起程；婉请教授会停发感谢中央电文；死者尚未入土，惨案并未圆满解决。讲师、助教会随即也召开大会，认为惨案并未圆满解决，决定暂不复课，并吁请处委会重新组织联合机构。
6月11日，教授会召开全体学生大会，校长周鲠生在会上提出四点“希望”，接受中央对此事件的处理办法；停止一切刺激性的标语宣传及其他对外活动；通知晋京请愿代表从速返校；赶快办理死亡同学善后事宜。大会上，工学院一个教授威胁说：“彭善系蒋主席的嫡系，是省政府主席的后备人选，不是好惹的；如果再继续闹下去，他们一不罢二不休，孤注一掷，后果不堪设想，希望大家慎重从事，赶快收兵复课。”
会后，学校当局还出了这样的布告：“此次事件由于中枢皆极为重视，故能立于肇祸人员以严厉撤办处分，是惨案之责任已明，是非大白，今后自应静候政府依法惩治，顾全学校责任至重，体念当前处境艰危，互相劝勉，迅复常态，勿令各方同情得而复失，转陷本校于不可收拾的地步，庶可远慰诸生堂上之心，而无久废学业之失！”
三青团湖北支团部书记这时候也召集武大青年军骨干分子开会，指使他们发动复课，破坏抗暴斗争。
就在这关键时刻，武汉地下党主要负责同志曾到了上海，向上海局领导人钱瑛汇报。
“六一”惨案的详情。为了进一步加强地下党对武大学运的领导，钱瑛把武大两位学生党员（王尔杰、赵荫兰）的组织关系交给了曾，并同意在武大发展党员。曾回武汉后，立即派人与王尔杰接上关系，并成立了由陈克东、李循棠、王尔杰三人组成的学运组，随即研究抬棺出殡、发动各界人士吊唁和参加追悼大会等问题，以把斗争推向高潮。
22日，武大师生和校外来宾两千人，举行追悼大会，追悼黄鸣岗、陈如丰、王志德三位死难烈士。大会在体育馆灵堂内举行。会场内外摆满了花圈和挽联：
捕教授，杀学生，四项诺言无非是骗术；
求和平，争民主，一条血路齐心慰英魂。
灵堂前的挽联：
凶手查凶手，凶手自唱自和，无耻；
同学哭同学，同学流血流泪，伤心。
武大全体学生挽联是：
那边高谈人权，这边捕杀青年，好一部新宪法，吓诈欺敲，杀、杀、杀，自由哄人，民主哄鬼！
只准大打内战，不准呼吁和平，看三位亲兄弟，牺牲惨痛，惨！惨！惨！万方同哭，薄海同悲。
缪朗山的挽联：