正当帝制运动在紧锣密鼓声中推进之际，黎元洪却在忙着搬家。自黎家被安置在瀛台居住以后，曾多次要求迁居，均未得袁世凯允准，这次却顺利实现，原因不是黎要求，而是袁下逐客令。帝制运动高涨后，杨士琦等帝制派官僚密谏袁谓：“中华议改帝国，副总统黎元洪近驻瀛台，观感有碍。”建议令黎迁出南海。袁从其言。于是袁身边之人大肆散布“新皇移居大内”，“三海将来须让归宣统居住”等语，北京报纸亦传布此说。黎闻言，即以夫人多病，医嘱“须择幽畅和暖地区居住，庶几病体可以挽回”为由，主动要求迁出南海。于是袁花10万元购买东城东厂胡同一座宅院赠黎，此宅为明太监魏忠贤之遗园、清中堂荣禄故第，民国后改作将校俱乐部。9月26日，黎携家眷迁于此宅。此后，黎元洪即在东厂胡同私宅闭户养疴，有宾客谒见者，概行谢绝，同时一再呈递辞职书，辞总参谋长和参政院长职。对政事装聋作哑，不予闻问。外界甚至传言“黎副总统欲入佛教会，安心研求经典。”许多新闻记者试图探询黎对帝制运动之态度，始终一无所获。一次，某外国人见黎，谈及国体一事，黎公所言一如大总统之宣言，然在文字上决不愿再著痕迹。此所以外间未见黎公表示之由来也。
在袁世凯的淫威之下，黎元洪装聋作哑，以为韬晦之术，一以避祸，二作消极抵制。
10月28日，全国各省开始国体投票，11月20日投票即告结束，全部“赞成”君宪制。国时，黎两目注视地上，并无他言，形神极为憔悴。在其左右和家属的怂恿下，暗中派人到湖北察看，打算购买宅第，准备还乡隐居。体改变已成定局。11月份起，黎元洪再次咨参政院，提出辞去副总统、参政院长、参谋总长全部职务。副总统府办公人员已通知财政部，自11月份起停发副总统薪俸。副总统办公处呈报大总统袁世凯裁撤；其办公处工作人员除留少数人办理善后事宜外，其余另安排去处；卫兵队一连全部遣散。社会上对黎元洪将来的出路作种种猜测，黎也深知自己处境的危殆，惶惶不可终日。孙武来京谒见时，黎竟与其相抱痛哭。又据报载，有“素稔之某君往谒晤袁世凯为稳定人心，一再笼络、慰藉黎元洪，在袁的诞辰日前，对百余名官员奖以嘉禾章，惟黎一人获一等嘉禾章。”又扬言在武昌给黎建铜像，以嘉其光复时之功绩。还特派内史监阮忠枢及政事堂左丞杨士琦前去黎府慰留，“以国体即有变更，仍请其担任政务，以济时艰，决不可遽萌退志。”
1915年12月11日，参政院代行立法院以国民总代表资格，推戴袁世凯为中华帝国皇帝。次日，袁宣誓承受帝位，并在居仁堂接受百官朝贺。袁承受帝位后的第一道命令“……上将黎元洪建节上游，号召东南，拱卫中央，艰苦卓绝，力保大局，百折不回……厥功尤伟”，特封以武义亲王称号。袁亲自裁定“武义”二字，“盖表示黎公为武昌首义之人；所以彰其华夏功也”。暗含黎对中华帝国之功，乃在其举义武昌，削平内乱等一系列功绩，而非他。
黎元洪在册封令正式下达前数日已得到消息，当时黎手下人对帝制问题分为两派。反对帝制派和赞成帝制派争论十分激烈。
黎初步倾向不受封，但心尚未坚定。
此时恰值平政院长周树模辞官拟出京之际，受反帝制派瞿瀛之托，赴黎宅与黎密谈。周先问：“闻副总统决辞武义亲王。信乎？”黎答：“吾决不受。”周现身说法，恳切劝阻道：“愿副总统为民国计，为鄂人计，为本身计，坚决勿受此王封。”
黎元洪是个新旧文化观念参半的人物，听了周树模的言语，直沁肺腑。从旧观念说，接受王封，有“事二姓”之嫌，为重名节者所不取；从新观念说，接受王封，等于背叛民国，为国人所不耻；从个人利害得失来说，以副总统的地位，将来尚有大总统之望，若接受王封，则等于副总统的地位也完全消失，只落得个身名俱废的下场，所以黎慨然曰：“得朴老（周树模字少朴）言，吾计决矣。”
黎元洪处事决断力较滞，然一经决定，则不稍游移，一线到底。对辞王封亦复如此，一旦决定，无论帝制派如何威胁利诱，终不动摇。
12月15日册封令下达时，袁世凯令在京简任以上文武官员，赴东厂胡同黎邸祝贺。是日，黎宅前致贺人群拥挤不堪，途为之塞，及8时半，人员到齐，由国务卿陆征祥率领请见，黎便装出见。陆征祥致贺词后，黎答称：
“大总统虽明令发表，但鄙人决不敢领受。盖大总统以鄙人有辛亥武昌首义之勋，故优予褒封，然辛亥革命起义，乃全国人民公意，及无数革命志士流血奋斗，与大总统支持而成。我个人不过滥竽其间，因人成事，决无功绩可言，断不敢冒领崇封，致生无以对国民，死无以对先烈。各位致贺，实愧不敢当。”
当日下午，袁世凯又派某成衣匠至黎宅，为黎元洪量亲王制服，黎坚拒不允，并谓：“我非亲王，何须制服？”
于是，立即命副秘书长瞿瀛草拟辞王位函，略谓：“武昌起义，全国风从。志士暴骨，兆民涂脑。尽天下命，缔造共和。元洪一人，受此地位，内无以对先烈，上无以誓神明。愿为编氓，终此余岁。”
并将册封原匣一起退回。袁世凯乃召饶汉祥、夏寿康密谋，饶、夏谓：“盍再册之，当能受也。”12月19日，袁重颁封诰申令，并派大礼官赴黎宅宣封，恐黎仍不受，乃有步军统领江朝宗自告奋勇随行。刘成禺《洪宪纪事诗本事簿注》记此事颇生动：“朝宗捧诏前行东厂胡同，当堂三跪九叩首，长跪不起，双手捧诏大呼：‘请王爷受封！’……元洪深居不出，朝宗亦跪地长呼不起。对抗多时，元洪大怒，由旁房疾步而出。戟手勒袖，指朝宗面大骂曰：‘江朝宗，你那里这样不要脸？快快滚出去！’朝宗仍挺身直跪，双手捧诏，大呼‘请王爷受封’不止。元洪怒呼左右‘赶快把江朝宗拖出去，否则连你们一齐打出！’于是元洪左右劝者、扶者、慰者、挤者，一拥而江朝宗出东厂胡同堂门矣。”像这种逼封事件尚多，有时黎元洪急了，手指大厅一柱说：“你们如再逼我，就撞死在这里！”
袁世凯见明令册封，黎不受，又想用间接的办法诱黎默认。20日，政事堂以公文送“武义亲王府官制”至黎宅，封皮大书“武义亲王开拆”字样，诱使黎默认封爵。结果真被负责收文者误剪。及呈黎阅看时，黎大怒，谓：“我非武义亲王，岂能收交武义亲王开拆之公文？”饬令退还。收文者颇费了一番手脚，才将公文换封粘贴，恢复原样退回。
袁世凯又换花样，派次子克文亲送“武义亲王”金匾到黎宅，并谓“遵父命给大叔道喜”。结果仍被黎所拒。袁、黎两家因是儿女亲家，每逢年节，互赠礼品。是年末，袁家送黎家礼物，特用红贴书“赏武义亲王”字样，派差官四人肩披红带，骑马送至东厂胡同黎宅。黎拒不收，袁只好仍用“姻愚弟袁世凯”字样，黎始受之。
袁世凯还命内务部勘查地点，修建武义亲王府，起初拟购买苏州胡同节烈祠地址，后又决定将前清摄政王载沣所居之集录囿改作武义亲王府，并派人请黎迁入，黎不加理睬。12月18日袁又发表命令，以下几种人可不称臣：“在前清曾官上峰者，如周馥等；在前清曾官同阶者，如徐世昌等；硕学耆者，如王？运等；昔日故人，如张謇等；民国元勋，如黎元洪等。此外清室皇帝及外蒙活佛哲布尊丹巴亦在不称臣之列。”黎亦不睬。直到袁世凯取消帝制前夕，3月14日，“政府公报”中刊登浙江巡按使屈映光“奏”文中有“前参谋总长臣黎元洪”字样，黎立即登报声明：“迭次辞职、辞封，绝无称臣，屈使有何根据，竟以此相加！”
黎元洪所以坚拒武义亲王之封，最根本的原因，还是由于看清了袁世凯称帝不得人心，必遭全国人民反对，袁若一意孤行，“恐丧无日”。无论如何，黎元洪没有成为这场复辟闹剧的丑角。
“府院之争”迭起，“辫帅”张勋直扑北京
袁世凯破坏资产阶级民主制度、复辟帝制的种种罪行，遭到全国各阶层人民的反对。反袁斗争此起彼伏。1915年底，护国战争爆发。
护国战争刚爆发时，黎元洪先观望了一阵，等到1916年1月27日贵州宣告独立，3月梁启超辗转来到广西，促成广西于15日宣告独立，此时已有云、贵、桂三省脱离袁世凯统治。黎元洪坐不住了，多次找张国淦商议，张也认为“扭转此时局面，在北京方面，非徐世昌、段祺瑞莫属”。商定后，由张出面与徐、段接洽。张两次赴天津与徐世昌会晤，力劝徐出面劝袁取消帝制并退总统位，徐颇迟疑，表示劝袁取消帝制已觉不好开口，何况又要其退总统位？提出暂劝袁取消帝制，其余不论。
3月18日，徐到京，与袁密谈半日。22日，袁申令撤销承认帝位案，仍任徐世昌为国务卿，次日取消洪宪年号，任命段祺瑞为参谋总长。
袁世凯于22日、25日两次盗用黎元洪、徐世昌、段祺瑞三人名义致电护国军，谓“帝制已取消”，“请罢兵议和”。
护国军方面拒绝接受袁世凯关于停战议和的要求，坚持袁必须退总统位。在上年12月25日宣布云南独立的通电中，即指出：袁“即为背叛民国之罪人，当然丧失总统之资格”。3月30日，贵州都督刘显世发出通电，建议由桂、滇、黔三省联衔电达黎元洪及各省，宣布三事：
一、迫使袁氏退位，听从国民依照约法裁判；
二、请黎副总统遵照约法，代行总统职权；
三、根据约法及大总统选举法，选举正式大总统。”
这是西南护国军要黎元洪接任总统的最早表示。4月1日，蔡锷及滇、黔总司令复黎、徐、段勘电谓：“今有识者，皆谓项城宜退，遵照约法，由副总统暂摄，再召国会，依法改选”。4月6日广东宣布独立，12日浙江宣布独立，18日，滇、黔、桂、粤四省都督及蔡锷、梁启超等联名发出两份通电，一致各省，谓：“恭承现任副总统黎元洪为中华民国大总统统领海陆军大元帅，其递遗副总统一职，俟将来国会新召集时依法选举”。另一致各国驻华公使、领事，表达了相同的意向。
本来，关于袁退位后，谁接任总统问题，南北双方曾有各种议论，南方有倡举冯国璋者，也有倡举岑春煊、蔡锷者，还有少数国民党成员属意孙中山；北方则有举段祺瑞以代袁世凯的传说。惟梁启超首倡依《临时约法》当由副总统黎元洪继任之说。这样，“一则可以息争，二则可以明护国军之兴，为拥护国体而起，非为争权夺利而起，袁氏无词可非难护国军，又无术可离间护国军，此最上策。”不可否认，梁启超这步棋走得确实高明，黎元洪的确是最易为当时各派政治力量所接受的人物。因此，这一倡议很快为反袁战线的各方面所接受，确实达到了“可以息争”的目的。梁启超推举黎元洪这个在复辟帝制以前一直紧跟袁世凯，而又同北洋军阀有一定距离的人物作总统的一个目的，则是利用他来抑制革命党的领袖人物。
护国军公然拥戴黎元洪为继任大总统，这对于在袁世凯鼻子底下讨生活的黎元洪来说，实在是危险万分。袁世凯虽不得不借重黎的声望调停南北，但对黎怀有很大戒心。因为黎毕竟不是北洋嫡系，一遇变故，往往成为国民党和反袁势力争取的对象，而且自黎辞参政院长后，与袁的个人关系也日益紧张，及拒绝武义亲王封号，两人的感情，更趋分裂。黎能否公开倒向护国军方面，一直是袁很担心的问题，所以对黎防范甚严。袁世凯特派步军统领江朝宗监视黎之行动，江密令黎私邸之守卫队长：“万一京师临时有不测风波突发，汝辈务须极力保护黎公……无论如何不可使之出于东厂胡同之外。”黎不顾一切，竟在宅中放置一口空棺，以示其处境之险恶。当时的报纸也经常登载“危哉黎元洪”，“黎之生命危在旦夕”等触目惊心的标题和消息。黎之左右，也担心他的安全。为了预防遭袁暗算，由秘书刘钟秀经常到日本公使馆打探袁的动态。刘曾留学日本，与日本公使馆人员熟识。但这事不久即被袁获悉，开始对刘的行动注意起来。有一天，刘与日公使馆人员在某酒楼吃酒。日本人把袁的情况写在一张纸条上给刘，却突然发现警察包围酒楼，进行搜查，刘忙将纸条连酒一起吞下，才没有出事。黎的左右亲信都认为，黎居虎穴，长此以往，实难保证其安全。于是秘书瞿瀛、郭泰祺，以及汪彭年、邓玉麟等曾通过日本东方通信社驻北京社长井上一叶同日本公使小幡酉吉策划了一个协助黎元洪出京到南方行使大总统职权的计划，并取得美国公使的同意。办法是：刘钟秀住宅与黎宅只一墙之隔，出走之夕，将隔墙凿穿，使黎易服钻洞入刘宅，再由日本人一叶驾同仁医院病车，扬言刘有急症，须送医院，遂驰车送黎疾驰东交民巷。当时恰值美国公使馆驻兵300人需换防回国，即由小幡从东交民巷使馆陪同黎元洪乘美兵回国专车出京至天津，再由天津上船南下。出走日期定在一个星期日的夜半2时。因美日两公使支持，黎元洪也同意了这个计划。不料出走的前一天傍晚，东厂胡同黎宅附近军警密布，消息已然走漏，出走计划告吹。这个消息，溯其源，还是黎元洪自己走漏的。出走之议定后，黎曾对妾黎本危流露过将要出京之意，本危诘问何往，元洪未明答，只说：“将来再派人接你”。本危早已受袁克定收买，因她与外交部特派湖北交涉员胡朝栋之妻为“手帕姊妹”，胡又与杨士琦过从甚密，从而接近袁克定，袁克定和胡妻常到黎家，特托付胡同妻持价值2万元的珍珠赠黎本危，使探黎动静，黎本危得知元洪欲出京的消息后，立即告胡朝栋，胡又转告杨士琦。出走计谋败露后，黎本人并不十分懊恼，反而说：“我是副总统，叫我易服钻洞，岂不失了体统！”
郭泰祺、汪彭年等当夜将此情实告小幡，小幡生气说：“此后再不与中国人共事！”
出走不成，黎元洪还有一条摆脱危境之计――表示不接受南方推戴。在致广东龙济光并滇、黔、桂护国军和上海伍廷芳、唐绍仪等的两封电文中有“诸公如必欲强迫，元洪实无支持危局之能力，不得已必将远适异国或遁迹荒岛，决不忍见祖国之沦亡及生民之涂炭”等语。
由于南方护国军坚持以袁退位为议和的先决条件，袁世凯则死皮赖脸地不肯退位，想赖在总统的位子上不下台，不但遭到全国人民和护国军的坚决反对，即在北洋派的内部，也得不到有力的支持，因此时北洋军阀已经分崩离析。段祺瑞抄袭袁在辛亥革命时的故伎，一方面向袁伸手要军政实权；另一方面与护国军密切联系，函电往来，企图利用护国军打倒袁世凯，再用北洋军打垮护国军，最后由他取袁而代之。徐世昌虽老成持重，不像段那样公开争权，但也不肯为保袁一人之位而冒天下之大不韪。所以重任国务卿仅一月，即辞职而去。
冯国璋对袁世凯的威胁比段祺瑞更大，因他远在江苏，手握重兵，且与护国军暗通关节。冯也因袭袁世凯辛亥革命时期在清廷与民军之间大搞两面派的手法，在护国军与袁世凯之间两面用计，欲取袁位而代之。故此，他也主张袁退位，4月16日致电袁世凯，劝袁退位。这是北洋派中公开劝袁退位的第一个电报。冯为了取袁自代，又先后于4月18日、5月1日连续发出两则通电，关于总统问题，有个奇特的提法，大意略谓：自帝制发生，民国即告中断，则大总统之地位业已失去，副总统名义当然“同归消灭”，所以只能另举新总统。而欲举总统，必须召集国会，由谁召集？仍由袁世凯召集，袁以什么名义召集？仍以大总统名义。但大总统的名义不是来自民国约法（因民国已中断）而是“遵照清室赋予组织共和政府全权原旨，承认项城仍居大总统之地位。”一俟新国会开幕，袁即须辞职，选举新总统。此电文绕来绕去，其中心含义在于否定副总统的继任权；副总统既无继任权，则只能另选新总统，冯国璋便想通过这样迂回的手法，自己当选新总统，取袁而代之。虽然按照冯的主张，袁也得退位。但重新选举总统，则北洋派人物当选的可能性很大，所以徐、段也同意。于是他们打算拉上黎元洪，仍以黎、徐、段三人名义发出复电，遂派林长民持复电文稿到黎处，请黎署名，电文寥寥数语：“东（一日）电悉。公所主张，于法律事实，俱能兼顾，卓谋远见，极表赞同。请即由尊处通电各省，一致拥护，以解难局。”黎元洪对待此事的态度，充分暴露了他在政治上的软弱无能。此事何等重大？而他竟连冯国璋东电（指5月1日电）原文都没有看，只听人说，冯的基本态度是主张袁退位，即当场表示赞成联名复电，但又有些怀疑，便请张国淦来商议。张请先看冯国璋东电原文，林长民将原电取来示黎，黎看过后不肯署名。段祺瑞又派徐树铮两次到黎处，词色甚厉，黎仍不肯署名。以后徐、段关于此等事，便不再要黎参与了。徐树铮之跋扈作风给黎元洪留下深刻印象。
责任内阁制恢复后，段祺瑞立即组织内阁。梁启超代表南方护国军政府于4月24日发表通电，宣布否认袁政府组织之内阁。广东独立后，护国军为了统一两广军务，特于5月1日在广东肇庆成立两广护国军司令部，8日，又在肇庆成立南方独立各省的统一政府――军务院，指挥全国军事，与袁政权相对峙。军务院连续发表宣言、布告和通电，阐明军务院的宗旨、性质、组织条例、职权范围和大政方针等。其第三号宣言宣告了袁世凯统治下的以段祺瑞为国务卿的国务院为非法；而军务院即是在大总统黎元洪领导之下的国务院，是当时惟一的合法政府。军务院又致电黎元洪，直称“黎大总统”，表示护国军方面愿“懔遵此项国家根本大法（指民国二年大总统选举法）恭呈我公为中华民国合法之大总统，业于本日庄严宣布。三军欢虞，万姓歌舞，除将宣言书昭告天下外，谨专电呈明。”
军务院又将恭呈黎元洪为合法大总统之事专电各外国公使团，特别向外国公使声明两件事：
一、“黎大总统今陷在敌地，未能自拔……应候黎大总统脱离袁贼暴力范围时，其行动言论乃为有效。”
二、为防止袁世凯加害黎元洪，要求各公使“对于我黎大总统之行动，设法保障，扶助黎大总统之生命及其自由”。