古代医学家吸收了阴阳对立统一的思想，用以阐释生命现象的基本矛盾和生命活动的客观规律，并贯穿于中医临床诊断、治疗用药等各个环节，成为中医药学之纲领。
阴阳作为中国古代哲学的一对范畴，它也与人类的日常生活息息相关。
传说，有一棵扶桑神树矗立在辽阔的东海边，树枝上栖息着十个太阳。它们是东方神帝俊的儿子，每天轮流上天遨游。有一天，十个太阳不听东方神的指示，都抢着上天，结果天空中就同时出现了十个太阳。大地顿时草枯土焦，炎热无比。白天，人们都躲在山洞里，只在晚上出来觅食。猛兽毒虫就借机残食人们，人类濒临灭绝的危险。消息传到天上，帝俊就赐给后羿一张红色的弓、一袋白色的箭，叫他下到凡间，一面惩治妖魔怪兽，同时也教训他的这些太阳儿子。
可十个太阳根本没把后羿放在眼里，照样一齐上天耀武扬威。后羿大怒，选择背荫之处瞄准太阳拉弓搭箭。他箭无虚发，一连射下九只太阳。太阳一死，火光自灭，人们顿感清凉爽快，于是欢呼雀跃。帝俊见九个儿子死了就大发雷霆，不准后羿再回天庭。同时也令仅存的这只太阳日日遨游，不得休息。
这就是大家熟知的“后羿射日”的故事。后羿为什么射日？其目的之一就是为了维护世界上阴阳的平衡。一个太阳一个月亮，白昼与夜晚相互交替，自然和人相安无事。
这是最朴素的阴阳观点，一些哲学家观察到这些之后就以之阐明了自然界各种事物最基本的规律，就形成了阴阳学说。阴阳学说被古代医家所吸收，并与长期所积累的解剖、生理知识和疾病防治经验相结合，从而形成中医学的阴阳学说。
比如说，如果有人长了脓疮，西医会认为是细菌感染，一定要用抗生素；而中医却认为，这和患者体内的阴阳气血失衡有关，需要用中药调整体内的阴阳。
阴阳学说在中医学中的应用表现在以下几方面：
（1）用以说明人体的病理变化。中医学认为疾病的发生，是人体的阴阳关系由于某种因素之影响而失去相对的平衡协调，从而出现偏盛偏衰的结果。疾病的发生、发展，关系到邪正两方面，正气与邪气，以及它们相互作用、相互斗争的关系，都可以用阴阳来予以概括说明。
（2）
用以说明人体的生理功能。中医生理学认为，人体的生理功能，一方面表现为机体防御邪气侵袭的整体防护功能，另一方面则表现为脏腑组织的功能活动。如从机体的防御机制来看，阳在外，担任保护人体内部组织器官的卫外机能；阴在内，它是阳的物质基础，并为阳不断地储备和提供能量补充。
（3）
用以说明人体的组织结构。如从人体的部位与结构来看，外为阳，内为阴；背为阳，腹为阴；头部为阳，足部为阴；体表为阳，内脏为阴。体表之中的皮肤为阳，肌肉筋骨为阴；脏腑中六腑为阳，五脏为阴。五脏之中，则心肝为阳，肺脾肾为阴。但是，这种阴阳属性不是绝对的，它们常根据一定条件的改变而改变。
（4）
用于疾病的诊断。如在望诊中病人肤色鲜明者为阳，晦暗者为阴；闻诊中病人说话呼吸语音高亢宏亮而多言者，或呼吸气粗声大者为阳，语音低微无力少言沉默者，或呼吸微弱声低气怯者为阴；问诊中病人口干而渴者为阳，口润不渴者为阴；切诊中脉数、脉浮大洪滑者为阳，脉迟、脉沉涩细小者为阴。通过辨别症状的阴阳，才能进一步辨别疾病的阴阳属性，辨别疾病的部位、性质、程度、变化等。
（5）
指导临床治疗用药。由于病症有别，本质不同，所以治疗方法也是多种多样。中医临床根据协调阴阳的精神，提出了“寒者热之”、“热者寒之”、“虚则补之”、“实则泻之”以及“阳病治阴，阴病治阳”等众多的治疗方法。
延伸阅读
古代药店标志为阴阳鱼
阴阳学说的生动表达——太极图又称阴阳鱼，也常见于中医古典医籍之中，古代药店也常以阴阳鱼作为招牌——即在店门口两边各挂一串膏药，膏药下面是一条鱼，左右两侧的鱼合起来便形成了“阴阳鱼”。用阴阳鱼作为中医标志，不仅说明中医理论体系的形成与《易经》和阴阳学说有关，另一涵义也是说，医生和药铺就像鱼一样，昼夜睁着眼睛，随时能为病人看病、取药。