1999年，《丛刊》又迎来了创刊二十周年，第三任主编吴福辉（前两任主编是王瑶，杨犁、樊骏和舒乙）发表纪念文章《本刊无故事，仅留下脚印》。这是一个恰当的自我评价。但吴福辉同时强调，经过二十年的积淀，《丛刊》也形成了“姑且可以称之为‘传统’的东西”：一是“恒定的学术质量。即便本刊所发表的现代文学研究论文虽不是篇篇一流，它至少也代表了现时的、最新的本学科的研究水平，勾勒出本学科的发展轨迹”，“本刊从来没有特别地标举什么，有意地提倡什么和批评什么。如有所提倡和批评，就是提倡脚踏实地的研究精神，批评浮躁的、三心二意的、赶时髦的作风”；二是“在文学研究不断边缘化的过程中，坚持了学术独立的立场。二十年的风风雨雨，无论是政治的或商业的浪潮如何席卷，我们不是断言学术与政治、商业全然无涉，而是坚持一个人文学者对社会应有的态度和学术话语的发言权”；三是“采取开放的、民主的编辑刊物的方式”；四是“《丛刊》的编辑富有中国新时期学术群体的特质，却缺乏有个性的学人独特的魅力”。吴福辉说：“这四条仿佛连成了一长串脚印，指明了我们这个刊物从哪里来，将到哪里去。”吴福辉：《本刊无故事，仅留下脚印》，《丛刊》2000年第1期。
下篇：新世纪初的研究（2001—2004）研究队伍的结构性重建尽管前文的叙述早已突进到21世纪，但我们仍然要拉回到新、旧世纪交替的时刻。现代文学史研究这门学科，如前文所说，已经逐渐以“二十世纪中国文学”作为自己的研究对象，又具有历史学科的基本性质与品格，因此，它对于这样的世纪交接，具有特殊敏感与兴趣，是自然的。于是就有了2001年第1期的《编后记》：“想到在20世纪最后一个冬天编这期刊物，而刊物送到读者手中时，正是21世纪的开端，心中竟涌起阵阵莫名的感动”，“一个强烈的期待也油然而生：但愿我们的《丛刊》，以至整个现代文学研究也会有一个新的开端”，而且，“面对新世纪”，“我们不仅有新的期待，也有了新的责任———我们总要努力向前”。
于是，“就请来了几位刚毕业的博士生，组织了这一期的‘笔谈’：谈他们对现有的文学史研究的反思，对文学史观念、方法的新探索，对未来研究新路向的设想”。这里所说的“刚毕业的博士生”，是现代文学研究界新一代的“青年学者”。按2003年颁发的“唐青年文学研究奖”的规定，主要是“40岁以下”即1963年以后出生的那一代人，“从成长的背景来看，这是20世纪80年代中期以后进入大学，在80年代末经历了精神上的巨大震撼以至危机以后”，在90年代陆续完成（或仍在继续）博士阶段的学习，并“逐渐发出了自己的日趋有力的声音的一代学人”，按照现代文学研究界习惯的划分，或许可以称作“第五代”学人。
这一代的加入，使现代文学研究队伍发生了结构性的重建：第一、二代学者参见钱理群：《关于新一代研究者的观察与思考———在唐青年文学研究奖颁奖会上的讲话》，《丛刊》2004年第1期。
和第三代的部分学者作为“老一代”学人，仍在继续默默地作自己的奉献；另一部分第三代学者和第四代学者一起作为“中年”的一代，已成为学术的中坚力量与学科带头人；这些新一代的“青年学者”作为学术的后续（或后备）力量，则为整个研究注入了新的活力，并显示着某种研究潜力，因而格外引人注目。
人们不再以进化论的观点来看待这三代人的关系：“前一代人当然不是不可逾越，后一代人也不是注定超过前人：各代人都有自己的特点，并因此获得不可替代的价值。”
或许正因为我们的现代文学研究队伍中的老、中、青三代人，一直都在充分发挥各自的作用，体现各自的价值，互相支持，又互为补充与制约———正是这个传统的作用，使得新世纪的现代文学研究依然保持着一种平稳的发展态势。首先是保持着与90年代以至80年代研究的连续性：作家、作品、社团、文学思潮、各类文体的研究和史料的整理与研究依然是基础；而如前文已经叙述的那样，90年代后期四大研究趋向又有了更为强劲的发展势头，并产生了一批新的成果。自然，另一方面又开始了新的探索与变革，而所采取的是一种渐进的方式；因此，依然是“本刊无故事，仅留下脚印”。
由质疑开始的新探索
而新的探索与变革依然是从对已成的观念、思维模式的质疑开始。2001年第1期“笔谈”所发表的王风的《为什么要有近代文学》即提醒人们注意：如果“打通近、现、当代文学研究”变成是“顺着早已形成的新文学的思路进入近代，以新文学为标准论近代，逆推近代，我们所做的只不过是扩展对象”，而“从在《丛刊》上仍然可以时时读到他们的新论，如钱谷融先生的《不必羞愧的缪斯女神———我看通俗文学》（2001年第2期），范伯群先生的《文学现代化：多渠汇流的世纪大潮》（2001年第2期）、《论新文学与通俗文学的互补关系》（2003年第1期），支克坚先生的《中国自由主义文学的昨天和今天》（2003年第1期），严家炎先生的《“五四”批“黑幕派”一解》（2001年第2期）、《胡风在四五十年代文学转型中的地位与作用》（2003年第2期），樊骏先生的《能否换个角度看》（2001年第2期）等。
参见钱理群：《关于新一代研究者的观察与思考———在唐青年文学研究奖颁奖会上的讲话》，《丛刊》2004年第1期。
现代进入近代，很自然会变成寻找新文学的起源”，这样不但不能真正接近历史，而且会掩盖了近代文学的丰富性。作者更想强调的是：“就学术研究的格局而言，在各种各样追求广度的‘整体观’的对面，应该有足以构成对话的多元而具有深度的局部空间，学术的真正发展正有赖于二者的相互挑战。”这当然不是刻意做翻案文章，而是在一种研究倾向成为主导性潮流时，清醒地揭示可能产生的历史的遮蔽。这里所显示的逆向思维和关注学术研究格局的眼光，或许是更难能可贵的。
对“二十世纪中国文学”概念的重新审视在同一期的笔谈中，又有罗岗对“二十世纪中国文学”这一概念的重新审视：“‘二十世纪中国文学’是以一种未曾自觉的‘现代性’来读解这个时代的‘文学’，同时又以一种不加反思的‘文学性’来读解‘二十世纪中国’，这就造成了理解中国现代性问题和中国现代文学的双重窘境。”他同时也对前文所提到的90年代中期某些学者将现代文学研究“古典化”、“经典化”的主张提出了异议。
王风和罗岗都是后来唐青年文学研究奖的获得者，一篇题为“关于新一代研究者的观察与思考”的文章就谈到“质疑”是这一代人“寻找自己的新的学术支点”的“开始”：他们首先要“质疑并竭力摆脱的，是在相当长的时间内，在我们的研究界占据了主导地位的历史绝对论、历史进化论的，本质主义的文学史观”，以及“历史审判者”与“历史规律的阐释者”的研究者角色定位；有的学者由此而引出“对在现代文学史有着极大影响的借助现代性理念所建立起来的文学史观念的质疑”，并提出“重建更为复杂的文学史叙事”的任务。这一目标的提出与确立自然是意义重大的。
同一期“笔谈”发表的郑家建《建立“文学史学”的思考》也是表现了关注全局性的理论建构的大视野。
参见钱理群：《关于新一代研究者的观察与思考———在唐青年文学研究奖颁奖会上的讲话》，《丛刊》2004年第1期。
将现代文学史研究历史化的努力
罗岗笔谈文章的题目是“现代‘文学’在中国的确立”，这是一个更为根本的追问：何为“文学”？何为“现代”？何为“现代文学”？以至何为“现代文学史”？所要探讨的，是“‘文学’是如何转化为一种变动的话语实践？‘现代文学’的观念与体制是如何历史地建构起来的？”以及“现代文学的历史叙述与研究，也即现代文学的知识生产是怎样被历史地建构起来的？”所提出的任务与目标是：将已经被知识化了的、因而被当作一个自然过程（甚至是历史的必然过程）的结果加以接受的“现代文学史”重新“历史化”，以求“从变迁的历史中，从与现实的对话中来重新理解新文学”。
罗岗自己早在《丛刊》1996年第3期上就发表了《写史偏多言外意———从周作人〈中国新文学的源流〉看中国现代“文学”观念的建构》，这是研究实践的一个最初成果。到新世纪前后这类研究就有了更多的实绩。《丛刊》先后发表的即有《80—90年代对“五四”的重构》（贺桂梅，1999年第4期），《“写实主义”下的文学阅读———中国文学史经典的生成》（戴燕，2002年第2期），《40年代文学史家如何塑造“新文学传统”》（温儒敏，2003年第4期）。在某种程度上这也是90年代学术史研究的一个延续，但显然已经有了更为深刻的内涵。
对“反思性研究”的质疑
在某种意义上可以说，学术研究总是在不断质疑中发展的。因此，在新世纪开始，对八九十年代现代文学研究进行再检讨的，不只是我们所说的新一代年轻学人，也包括参与这段学术史创造的前几代学者。可以视为第四代的解志熙，即在他的《深刻的历史反思与矛盾的反思思维———从支克坚先生的革命文学研究说开去》（《丛刊》2002年第1、2期），对已经形成某种现代文学研究传统的“反思性”提出了质疑。他提醒人们注意：“历史反思其实也很可能成为一种暗含矛盾的历史思维：一方面反思者力求超越历史当事者的理想化心态，更加实事求是地看待过去了的历史的是非得失，尤其是历史的局限性，而由于反思我们所走过的道路181者处于后来者的地位，他们也确实能比前人更清楚地发现历史的局限；但另一方面反思者的历史态度中也往往自觉不自觉地伴随着某种理想化的历史预设，而由于这些理想化的历史预设其实是后置的，未必切合过去的历史情境，因而也很可能使历史反思陷入对历史不切实际的求全责备。”由此引发的是关于“什么是历史研究真正本己问题”的追问；解志熙认为，“真问题”只有两个：“一是历史现象的实际到底是什么样的？”二是“为什么历史恰恰是这样的？”；“除此之外的任何其他问题———例如历史原本应该是怎样的这类问题———尽管有其可以理解以至让人同情的提问动机，但究其实都非历史研究的本己问题”。溯本求源的“发生学”研究对既成的文学史叙述的历史考察与检讨，其指向仍是今天的重新书写：事实上，新一代人以及他们的老师正在越来越自觉地“重写文学史”。而如前述《关于新一代研究者的观察与思考》所说，这样的“重新研究一切”，是从把目光转向“起点”，“进行溯本求源的‘发生学’研究”为开端的。《丛刊》2001年第3期所发表的王风的《文学革命与国语运动之关系》与高玉的《对五四白话文学运动的语言学再认识》，即是关于现代文学语言发生与形成的研究。钱理群因此而发出这样的感慨：“记得当年我与黄子平、陈平原共同提出‘二十世纪中国文学’问题时，即已意识到现代文学语言（也包括新诗语言）问题的重要性，但由于种种原因（其中一个方面是受到知识结构的限制）终于未能着手进行。现在，终于在更年青一代这里开始了对这一现代文学研究中的重大难题的攻关，这是可以从中看到学术的进展的。”
翻译文学研究
中外文学的比较与影响研究，从80年代到90年代都是现代文学研究的一解志熙：《深刻的历史反思与矛盾的反思思维———从支克坚先生的革命文学研究说开去》（下），《丛刊》2002年第2期。
个热门，并且取得了可观的成绩。而新一代的研究者则试图将研究更深入一步，他们这样提出问题：“外国文学以什么形态和方式进入中国？中外文学如何相遇？是否有冲突？如果有，在什么意义上构成冲突以及冲突的程度和如何冲突？是否有融合？如果有，在什么程度上构成融合以及融合的程度和如何融合？外国文学是否被误译以及如何被误译？是否被误读以及如何被误读？外国文学资源如何被借用？如何被挪用？如何被赋予新的意义？如何转化和生发？现代文学是如何从这种复杂的局面中衍生出来的？这些问题恰恰构成了现代文学生成过程中最重要的步骤，也是最重要的课题。”其重要性就在于这不仅涉及现代文学的发生学，而且也会深化我们对现代文学的性质的认识。因此提出了作为“西方文学对中国现代文学影响关系中的中介”的“翻译文学”的研究课题。论者指出：“翻译文学本质上是中西两种文学和构成文学背景的更为广泛的两种文化知识以及构成文学和文化更为深层的两种语言体系的交通、互补、契合、融会的产物”，由此而提出这样的问题：“西方文学以汉语方式进入中国以后，在汉语语境中如何再生产和流通？”———这同样涉及汉语文学语言的生成与发展问题。于是，“翻译文学研究”成了新世纪初现代文学研究界的一个重要关注点。《丛刊》先后开辟了“翻译与创作”（2002年第4期）与“翻译文学研究”（2003年第2期）专栏，发表了《翻译文学：西方文学对中国现代文学影响关系中的中介性》（高玉，2002年第4期）、《文生社对屠格涅夫六大名著的重译》（李今，2002年第4期）等论文。
左翼文学研究
“左翼文学研究”与相关的“延安文艺研究”也是新世纪初现代文学研究的关注点。2001年社科院文学研究所现代室与现代文学馆曾联合召开“左翼文在关注“外国文学以什么形态和方式进入中国”的同时，学术界还提出了“现代中国文学的中国古代文学资源”的问题，追问：“古代的东西如何进入现代”和“古代的东西何以能进入现代”。
参看《“现代中国文学的中国古代文学资源”会议综述》，《丛刊》2002年第4期。
高玉：《翻译文学：西方文学对中国现代文学影响关系中的中介性》，《丛刊》2002年第4期。
学与现代中国”学术座谈会，《丛刊》2002年第1期也以同题组织了“笔谈”。以后又开辟了“左翼文学研究”（2003年第3期）、“延安文艺研究”（2002年第4期）专栏。如2002年第4期《编后记》所说，“左翼文学研究由于种种原因，已经成为现代文学研究的一个薄弱环节，而对左翼文学的认识又确确实实关系着我们对中国现代文学的一些基本特质的把握，本应属于这门学科的基础性研究。而且如‘左翼文学与现代中国’这一题目所标示的，左翼文学，以及相应的社会、文化（含文学）思潮是现代中国史，特别是思想文化史、文学史上无法绕过（不管人们如何评价它）的存在，对左翼文学及左翼思潮的认识，实际上与人们对‘现代中国’的历史、现状以及未来的认识、想象与选择是有一种内在联系的”。