按照“癸卯学制”的规定，学校体操科的内容有普通体操和兵式体操，而以兵式体操为主。普通体操仍是德国式、瑞典式体操的基本动作，加了一些轻器械操。兵式体操也是德国、瑞典模式，有柔软体操、各个教练、小队教练、中队教练、枪剑术、野外演习及兵学大意等。之所以如此，和当时军国民教育思潮的流行有很大关系。19世纪末，军国民教育思想传入我国后，除了资产阶级改良派和革命派的提倡外，清政府也在“癸卯学制”中规定公立“各学堂一律练习兵式体操，以肆武事”。在1906年的《学部奏宣示教育宗旨析》中，把“尚武”列为五条宗旨中的一条，并规定“凡中小学堂各种教科书，必寓军国民主义，稍长者以兵式体操严整其纪律，以造成完全之人格”。
这种以兵式体操为主的体操课不仅教学内容枯燥、单调、呆板，而且教学方法简单、生硬甚至粗暴，严重损害学生身心，造成不良影响。
体育师资的培养
派遣留学生在洋务运动时就开始了，甲午战争以后到20世纪初，在维新派提倡下，留学教育进一步发展并逐渐达到高潮。在赴日留学生中就有学习体育的，其中有的在日本普通学校学习，兼习体育；有的则进入专门的体育学校学习。他们回国后多从事教育与体育工作，为传播西方体育和培养体育人才做了不少工作。
因为新式学校数目增加很快，所以对体操教师的需求也大为增加，为了缓和急需，便由一批从军队中下来的军人充当。但由于他们不具备担任体操教师的能力和素质，因此，培养体育师资成了当务之急。早在1904年时，一些地区已开办了培训体育师资的短期训练班，如湖南的体操研究所。1905年以后培养体育师资的专门学校和专业大量出现，大致分为三种类型：
官办师范学堂附设体操学堂或体操科，如1905年成立的江苏两级师范体操专修科，1906年成立的四川体育专门学堂，1907年成立的浙江两级师范学堂体操专修科等，多由留日归国学生担任体操教员，课程设置全面，不仅有术科还有学科。
革命派为聚集、培养革命武装力量而兴办的学堂如大通师范学堂、松口体育会、重庆体育学堂、浙江台州耀梓体育学堂等。其中影响较大的是徐锡麟等于1905年8月创办于浙江绍兴的大通师范学堂，是我国近代最早设立的体操专修科的师范学堂之一。该体操专修科共招3期，学员二三百人。开设课程主要是兵式体操和器械体操，还有一些文化课。实行严格的军事化训练和军事化生活。1907年1月徐锡麟去安庆后，由秋瑾主持，秋瑾被害后，大通师范学堂被解散。
某些团体或个人办的学校其中办学时间较长、作用较大的是中国体操学校和中国女子体操学校。1907年，赴日学习体育的徐傅霖、徐一冰等回国后，在上海创办体操游戏传习所，以培养速成的体操教员，因不能满足需要，于是筹划成立中国体操学校。1908年3月3日，中国体操学校开学，以“提倡正当体育，发挥全国尚武精神，养成完全体操教师，以备教育界专门人才”为办学宗旨，校长徐一冰。该校在上海的12年中，共招生24班，毕业生400人，成为我国早期较规范地培养体育师资的学校，中国女子体操学校原为中国体操学校女子部，创设于1908年；由于当时视女子学体操为奇事，因而来学者很少，两届学生只有二三十人。辛亥革命后，学生才逐渐增多。两届毕业生中有不少我国近代体育史上的知名人士，为我国近代体育的发展做出了有益贡献。
早期体育团体和运动竞赛
体育团体的出现
在华的外国侨民创办了我国最早的体育团体，中国人很少参加。进入20世纪后，中国人办的体育团体陆续出现，按其建立目的大致可分为两种类型：
一种是革命派为革命斗争积聚和培训武装力量所建立的，比较着名的有：1903年5月，陈独秀等人在安徽安庆发起组织的爱国会下设的体操会，宗旨是“发爱国之思想，振尚武之精神”，规定会员每天练习体操2小时，星期日会操，起了促进学校体育实施和传播民主革命思想的作用。徐锡麟等人于1905年初创办的绍兴体育会，目的是为革命培训武装力量。大通师范学堂成立后，绍兴体育会活动与该校体操专修科的训练结合进行。大通师范学堂解散后，绍兴体育会也随之解散。在它的影响下，浙江地区的革命人士也组织起类似的体育团体。另外，还有1906年前后成立的上海商团公会所属的体育团体，1907年成立的松口（广东梅县）体育会及黄一欧（黄兴之子、革命志士）等人，于1911年夏在长沙组织的野球会。
另一种是以研究和开展体育活动为宗旨的，这种体育团体在1911年以前为数不多，但影响较大，如香港华人足球爱好者于1904年成立的华人足球会和1908年成立的南华足球会，以及在同盟会会员陈英士等人帮助下，霍元甲于1910年6月在上海成立的精武体操会。
早期运动竞赛
具有较强竞技性的西方近代体育传入中国后，在学校竞赛活动开展的基础上，近代体育项目的运动竞赛就逐渐开展起来。
1898年，地处天津的北洋大学堂主办了我国较早的校际竞赛。此后，天津各校于1902年举办联合运动会，山东烟台几所学校于1903年举行“烟台阖滩运动会”，浙江杭州各校联合运动会和湖南长沙校际运动会于1906年举行。1907年在南京举行的“宁垣学界第一次联合运动会”，是当时规模最大的校际运动会，有80多所学校参加，比赛及表演项目69个，有竞走游戏、田赛、体操、军事体育等项目。
在校际运动会基础上，一些地区性运动会也开始举行，如天津从1902年起开始举办市“联合运动会”。湖南从1905年举行省联合运动会，四川于1905-1908年举行过两次省运动会等。这些运动会的项目多为竞走游戏、体操，也有些跳跃、投掷等田赛项目。
1910年在南京召开了第一次全国规模的运动会，当时叫全国学校区分队第一次体育同盟会，后被追认为“第一届全国适动会”。它是由上海基督教青年会派埃克斯纳发起组织的10月18-22日共举行5天，参加比赛运动员140人，分别代表华北、上海、华南、吴宁（苏州、南京）、武汉5个地区。比赛项目有田径、足球、篮球、网球。田径，分高等组分区赛、中等组分区赛和全国各校联合赛3种，对运动员参加比赛没有组别限制，如孙宝信、翟承修既代表华北参加高等组分区赛，又代表天津青年会参加中等组分区赛及全国备校联合赛，而且榜上有名，孙宝信一人竟夺得了3项第一名。这届运动会完全由基督教青年会中的外国人操办，秩序册用英文，比赛术语用英语，充分表现了我国近代体育的半殖民地性；但比赛项目主要是田径、球类等，而曾在全国流行的备种器械操、兵式体操及游戏性质的竞走等项目被取消了，表明我国近代体育的发展有一个大的进步，并进入了一个新阶段，开始跟上世界竞技体育发展的潮流。
清末的传统体育
军事斗争中的传统体育
尽管清军在鸦片战争以后开始配备洋枪洋炮，但传统兵器弓、矢、刀、矛等仍被采用，武艺操练仍在军事训练中占重要地位，武科考试仍以武艺为主要内容。湘军、淮军在使用洋枪洋炮，进行洋操训练的同时仍重视武艺训练。1895年，袁世凯奉命编练新建陆军，放弃旧式兵器，改用枪炮。1901年，清政府下令裁汰原有旧军、编练新军，一律操习新式枪炮，但即使如此，武艺也未在清军中完全消失。
1840年以后，中国人民在反帝反封建的斗争中，以民间社团的组织形式，聚集和训练队伍，运用传统武艺和敌人进行英勇搏杀。
广州三元里一带农民历来有练武传统，而机行（丝织业）工人也都学会了一些武术。1841年5月期间，有103个乡的成千上万的农民手持大刀、长矛或农具，同赶来支援的机行工人一起，打击了英国侵略者。
1851年兴起的长达约13年的太平天国运动期间，太平军及各地区人民起义武装如捻军、小刀会都以传统武艺作为武装斗争的有力手段。早在金田起义前，洪秀全等在宣传革命时，也组织练拳习武活动，金田起义后，操练武艺是太平军军事训练的主要内容，并设有武考。因而使太平军在长达13年的战斗岁月里具有很强的战斗力。
1898-1900年发生的义和团运动，源自义和拳、梅花拳、大刀会等民间秘密会社，以设拳场、练拳术组织群众。从初期反对外国教会势力的斗争，到后来奋不顾身浴血抗击用洋枪洋炮武装的八国联军，都以武艺作为斗争的手段。
传统体育在中国人民反帝反封建斗争中起到了积极的作用，充分显示了中国传统体育的社会功能和军事功能。
新、旧教育中的传统体育
清政府是在1901年下令废除武试的。在这之前，国家用人都是“开科取士”，加上在专门为满、蒙子弟办的中央设立的宗学、觉罗学及旗学中，都有骑、射这两门课程，因而传统体育在旧教育中是占有一定地位的。
随着1902年、1903年两个新学制的颁布以及1905年科举制度的废除，新式学校体操课的主要内容是兵式体操和普通体操，传统体育和武术等被排斥在外，使得传统体育不能在新教育中占有一席之地，这种状况直到辛亥革命后才开始改变。
传统体育活动的开展与变化
首先，人民反帝反封建武装斗争的影响使武术中攻防性动作增多，技击性增强，并且出现了一些以技击高超而声名远扬的武林高手，如霍元甲、董海川等。其次，武术理论和技术都有发展，形成新的流派，如明末清初的内、外两家，经相互学习而互相融合。继之而起的是南、北两派。太极拳在陈式老架、新架的基础上形成了杨式、吴式、孙式等流派。霍元甲集各家之长创“迷踪艺”。董海川将道家八卦学说及导引行气的方法融于拳术之中，创八卦掌法（也有说由其他武师所创）。
民间体育活动由于存在于广大人民群众特别是农民中间，因而有着广泛的群众基础。易筋经、八段锦、气功等导引健身术，拳刀棍棒、摔跤、石担、石锁、杠子等练武活动及秋干、毽子、风筝、棋类、龙舟竞渡等娱乐性体育活动在民间流行，而且有些项目还出现了变化。例如，在导引术中，民间有不少借虎、鹿、熊、猿、鸟的名字编出的动作，或以肢体活动为主，或以导引按摩为主；光绪初年有人对宋元时代的八段锦进行了改编，使动作简单易行，因而流传很广；围棋在光绪、宣统年间逐渐衰落，而象棋继续流行。
作为一个多民族国家，我国在长期历史发展中形成的一些少数民族传统体育活动在这一时期继续流行并有所发展，如蒙古族、藏族、彝族、朝鲜族的射箭、赛马、摔跤、秋千，苗族的赛龙舟、声笙舞，回族的打铆球，满族的冰媾，侗族的抢花炮、打手毽，高山族的竿球，壮族的抛绣球、盯扁担等。这些少数民的传统体育各具特色，主要在年庆、节日、丰收年的农闲时开展活动。