人体第二呼吸系统是在修炼穴位体呼吸的过程中自然形成的。
穴位体呼吸是老子气功学中的一个长期练功过程。它是按照体呼吸的低、中、高级的练功程序向前发展的。在修持穴位体呼吸的过程中，引起人体呼吸机制的变化和改造，导致人体第二呼吸系统的形成和产生。所以第二呼吸系统是人体生命科学中一个分支学科。尽管这一分支学科在许多方面须待进一步充实和完备，但是，老子的实践和研究，已经为这一分支学科缔造了雏形。
人体第二呼吸系统的出现，说明修炼者经过较长时期的穴位体呼吸的修炼，人的体质发生了本质性的变化和改造，体内产生出崭新的生理机制，从而，在人体内自然形成两个截然不同的呼吸系统。常人只有肺鼻呼吸而无穴位体呼吸。气功人除了拥有常人的肺鼻呼吸系统外，还拥有一套穴位体呼吸的生理机制和生理系统。两者互有联系，同时并存，交替使用，各自发挥其独特的作用。
人类用肺鼻呼吸，少说也有几百万年的历史。在常态下，人不吃饭还能活一阵子，人不用肺鼻呼吸，几分钟就会窒息死亡，这点常识尽人皆知。然而，老子修道经验却逆常理而行之。人体第二呼吸系统的出现，表明修炼者已经具备了双重的呼吸功能。即除了具备人人都有的肺鼻呼吸系统和功能以外，另外建立起一套崭新的、超乎常人的、用穴位进行呼吸的系统和功能。炼就第二呼吸系统的修炼者，在日常生活中仍以肺鼻呼吸为主，而在练功时，逐步地以第二呼吸系统替代第一呼吸系统。
具备人体第二呼吸系统的修炼者，练功时，常会出现肺鼻停止吸气的特殊生理现象，这是由于体进气替代了肺鼻进气的缘故。修炼者每在一次体呼气后，接着连续出现多次的体进气，然后才发生再次的体呼气，这种生理现象的出现，说明修炼者的穴位体呼吸功夫正在开始形成。其时，体进气的次数越多，时间越长，说明修炼者穴位体呼吸的功能越强。但这时的体呼吸属于低级阶段的穴位体呼吸功夫。修炼者经过较长时期的修炼，进一步发展下去，就会炼成不完全穴位体呼吸。所谓“不完全穴位体呼吸”，就是吸气时以穴位体进气为主，但在呼气时，穴位呼气必须与肺鼻呼气同时配合进行，才能使呼气活动顺利进行，这种生理状况叫做“不完全穴位体呼吸”。气功人在此基础上继续坚持练功，经过较长时间的修炼，就能炼成完全穴位体呼吸的高功夫。所谓“完全穴位体呼吸”，就是人体呼吸时，吸气和呼气都以穴位体呼吸为主，说明其时的穴位体呼吸已经能够完全替代肺鼻呼吸，这是一种需经长期修炼才能达到的高级功夫。具有人体第二呼吸系统功能的修炼者，在日常的生活中也会出现穴位体呼吸，不过这种感觉和作用不如练功时那么明显而已。