肺鼻呼吸与穴位体呼吸是两种不同的呼吸系统，两者有明显的差别。
如果我们将肺鼻呼吸系统称作顺行方式，那么穴位体呼吸就是逆行方式。两者的运行程序可以大致比较如下：
肺鼻呼吸系统的顺行程序为：
肺鼻进气→动脉系统→组织细胞→静脉系统→肺鼻呼气。
穴位体呼吸（即第二呼吸系统）在“不完全穴位体呼吸”阶段的逆行程序为：
穴位进气→经络→微循环系统→组织和潜能细胞→静脉系统→穴位体呼气与肺鼻呼气同时呼气。
两种不同的呼吸系统，由于运行程序上有顺行与逆行的差别，可造成不同的生理效应。其中机理机制肯定会有明显的差别，但究竟区别之处何在？其生理机制机理发生了哪些变化？均有待当代科学界人士，在老子科学思想的基础上，结合现代自然科学成果进一步作出科学的说明。
第二呼吸系统的形成和出现，表明人的体质是可以改造的。气功对人的体质的改造是全面的、深刻的、无处不在的。包括所有的组织器官和组织系统在内的整个人体，都会在科学化的气功修炼中得到实质性的改造，而第二呼吸系统仅仅是其中的一个方面而已。人的衰老是从脏腑功能退化开始的，老子科学气功可以大大延缓脏腑功能退化的进程，老子能够活到160余岁尚还健在人世，就是在这种特殊生理状况下形成的。穴位体呼吸是改造人的体质的先行官。在气功的作用下，全身都在得到变化和改造，例如中老年人出现第二次性发育的症候群等等，表示肾系统功能也在进一步发生变化和改造。