道光二十六年（1846年），杜文秀向云贵总督贺长龄上诉，长龄未能秉公办理。杜文秀与丁灿庭、白廷杨、刘义、沐文科北上京城叩阍，要求严惩永昌屠回案的凶犯，为死者昭雪。二十七年七月，道光帝命陕西巡抚林则徐为云贵总督“赴滇审办”。林则徐以“只问良萎，不分回汉”相标榜，实为永昌官绅所左右，认为滇西回民“良善少而顽梗多”，判回民四百九十一名，冤杀各县回族士绅七十六人。马元：《林则徐与“白绫血书”》，《云南回族社会历史调查》，云南人民出版社，1988年。更以“安抚”为名，将保山孑遗“回民二百余户分起押送前往”瘴毒之地潞江西岸的官乃山居住。《林则徐叙文集》，第1171页。杜文秀于二十七年九月被刑部押解回滇，他看到永昌惨案如此了结，从此不再对清廷抱有幻想，遂暗中结盟，建立了“忠义堂”、“永胜堂”，联络各地义士，宣传太平天国金田起义消息，最终被迫走上了武装反清的道路。
咸丰六年（1856年）八月杜文秀在蒙化率众起义，九月十六日夺取大理城。九月二十五日，杜文秀被推为“总统兵马大元帅”，建立大理政权。杜文秀高举反清革命旗帜，大理政权提出了“连回汉为一体，坚立义旗，驱逐鞑虏，恢复中华，剪除贪污，出民水火”的宗旨。奉行民族平等政策，规定各族之间“均宜一视同仁，不准互相凌虐。违者，不拘官兵，从重治罪。”《管理军政条例》转引自白寿彝《回民起义》（上海书店，2000年）。这一政策对于当时“民族仇杀”事件层出不穷的云南来说，意义更加重大。
大理政权在用人方面，实行唯才是举的原则，大量吸收非回人才参加到各级军政机构，德才出众者还委以重任。如大司寇李芳园是汉族，大司衡姚得胜是白族，大司藩李正学是彝族。大理政权关注民生，发展生产，兴利除弊，轻赋薄敛。大理政权制定的《管理军政条例》规定：“攻破城池，三日内招抚流离，不准奸淫抢掳，焚烧民房，亦不准擅自杀人，借故复仇。”“文武官员，无论镇守地方，或攻开地方……倘有以官压市，轻价估卖，使百姓含冤不服……一经察觉，不论大小官员，拟斩。”并严禁士兵“无故下乡，滋扰良民”、“纵放牲畜，践踏田禾。”规定“每年征粮一次，其余大小苛敛一律豁免。”《管理军政条例》转引自白寿彝《回民起义》（上海书店，2000年）。并发放耕牛、种子，招民垦荒，兴修水利，扩大农田。这些政策的执行，使农业生产得到恢复和发展，大理地区人民安居乐业，深得民心。
1867年，杜文秀调大军20万，东征昆明。1868年2月间，昆明已处于西、南、北三面包围之中。这时大理政权发展到顶峰，共占有全滇53座城池。可惜这时太平天国起义已经失败，清廷能够抽调优势兵力来对付大理政权。直到1869年，昆明仍未攻下。1870年，各路清军发动猛攻，义军失利，20万大军大部分阵亡。
此后，由法国洋枪洋炮武装的清军迅速向大理政权发动全面进攻。1872年11月，清军兵临大理城下，这时义军主要将领彪旗大将军杨荣叛变。清军用开花洋炮四面环攻，并挖地道穿城下点燃火药攻之。杜文秀冒死指挥作战，义军退守帅府和几座清真寺内，誓死抵抗。二十六日，为保全百姓性命，杜文秀服毒（民间传说服孔雀胆）后赴清营。大理城破后杨荣等已降的大理政权高级军政人员尽被杀，十一日，大理城内外回民被驱赶至洛阳村，以大军围困，屠杀持续三天两夜，男女老少无幸免者，鲜血染红洱水。
杜文秀领导的反清起义，也得到了我党的充分肯定。李维汉（罗迈）早在延安时期就指出“运动的领导者中有许多杰出的人物，如白彦虎、杜文秀等，他们是百折不回的英雄。”李维汉：《李维汉选集》，人民出版社，1987年。毛泽东同志于1941年7月接见海固起义的指挥员马思义时也说“你们回族人民在中国历次革命运动中都起过一定的作用，尤其是太平天国时期。”《十年纪事：1937—1947年毛泽东在延安》（1947年），中国共产党新闻网。
八、革命先驱马骏
第一次世界大战结束不久，1919年1月18日，战胜国在巴黎召开“和平会议”。北京政府和广州军政府联合组成中国代表团，以战胜国身份参加和会，但和会在帝国主义列强操纵下，明文规定把战败国德国在山东的特权全部转让给日本。北洋政府竟准备在“合约”上签字，此举激起了中国人民的强烈反对。北京等地的广大青年知识分子发起了轰轰烈烈的“五四”运动，揭开了中国新民主主义革命的序幕。在这场运动中，一批回族爱国志士也积极投入革命的洪流，其中马骏、郭隆真、刘清扬等成为“五四”运动的领导成员，并和周恩来等发起组织了早期马克思主义团体“觉悟社”，后来他们都成为中国共产党早期的优秀党员和领导人。
马骏（1895—1928年），又名天安，字遹泉，号淮台，吉林省宁安县（今属黑龙江省）人。中国共产党的早期活动家和领导者之一，中国革命的先驱人物，第一批入党的回族党员。
1919年5月4日，北京天安门爆发了“外争国权，内惩国贼”的爱国学生运动。天津的青年学生即刻响应，15所中等以上的学校联合起来成立了“天津学生联合会”，马骏当选为联合会的领导人，与周恩来等一起立即组织发动了天津学界的罢课示威活动。6月9日，马骏领导天津学生联合会举行了公民大会，以声援北京学生的斗争，马骏致开幕词，并组织天津商界罢市。6月底，马骏被天津各界联合会推选为总代表，同郭隆真、刘清扬等10多名代表赴京，联合北京学生30余人到新华门向北洋军阀政府请愿，迫使北洋政府未敢在“巴黎和约”上签字，示威斗争取得了胜利。
1919年8月，济南镇守使马良杀害了山东爱国回教救国会领导人马云亭等3人，北洋政府不仅不予惩治，反而拘捕了声援“济南惨案”的山东代表。8月23日天津学联为声援“济南”惨案，派郭隆真、刘清扬等10人为代表，联合北京代表15人，于清晨齐聚总统府前请愿被捕。天津学联召开紧急会议，派出第二批请愿团，马骏被推为京津代表总指挥，率领天津、北京、济南、烟台等地请愿代表5000多人抵达总统府门口，在天安门前宣传、讲演爱国思想，与军警对峙达3天3夜。29日，马骏被捕关押。入狱前他讲，“吾人死为国死，死为争国不亡而死，死后惟愿全国父老以及后之来者，万不可把国忘了”。《天津联合学报·马俊口中的马骏》，1919年9月1日。马骏被捕的消息传出后，京、津、鲁等地各界联合会纷纷向北洋政府致电抗议，在全国声援下马骏最终获释。因他英勇指挥天安门示威游行的斗争，获“马天安”的美誉。
1919年9月16日，马骏和周恩来、郭隆真、邓颖超等20名青年举行会议，成立了我国早期的青年革命团体——觉悟社。该团体“要求教育改革”、“实行文化运动”，并出版了《觉悟》杂志。觉悟社成立不久，马骏赴上海参与发起组织全国各界联合会。之后，马骏被推为总指挥领导了着名的“反帝大游行”，这是中国人第一次在外国租界区游行，通过这一次的游行示威，显示了全国各界团结力量的壮大。
1920年1月，在组织反帝斗争的活动中，马骏与周恩来等先后被捕。经过全国人民和青年学生的斗争，马骏、周恩来等于7月17日被释放出狱。这一年，马骏参加了社会主义青年团。1921年7月，中国共产党在上海成立，马骏加入了中国共产党，后返乡创建东北地区第一个党组织宁安支部。
1923年2月马骏创办《哈尔滨晨光报》，利用报刊宣讲救国道理，揭露帝国主义，特别是日本帝国主义的侵略阴谋和军阀政府的反动统治，推动了东北人民反帝反封建的斗争。同年夏季，在家乡宁安组织了“宁安回民崇俭会”，倡导破旧立新，废除婚丧嫁娶中的陈规陋习，在回民群众中产生了良好的影响。
1925年“五卅”惨案发生后，马骏被推为吉林“沪案后援会”会长，组织万人参加示威游行，包围了日本领事馆，声讨英、日帝国主义野蛮罪行。张作霖非常恐慌，他电示吉林省长公署，要杀害马骏等领导人。敌人到马骏家没找到马骏，便将他的父亲马喜贵老人残忍杀害。在此形势下，党决定调离马骏，派他去莫斯科中山大学学习。马骏怀着杀亲之痛来到中山大学，被选为中山大学公社（学生团体）的领导，负责党务工作。
1927年大革命失败后，国民党反动派在全国范围内屠杀和逮捕共产党人。4月，中共北方党组织领导人李大钊惨遭杀害，北京市委遭到破坏。危难之际，马骏奉调回国，就任中共北京市委书记兼组织部长，负责重建北京市委，很快恢复了遭到破坏的北京地下党组织。后因叛徒出卖被捕，张作霖以“声明脱离共产党”为条件，许以马骏教育部次长官职，他宁愿赴死不为所动，遂惨遭杀害，年仅33岁。