家畜粪尿和厩肥中，含有多种无机和有机营养，并能活化土壤中难溶性养分。施用家畜粪尿和厩肥，还能改善土壤理化性状，调节土壤水、肥、气、热状况，提高土壤肥力，所以这些肥料历来深受农民重视。施用方法应根据植物种类、土壤肥力、气候条件以及肥料本身性质不同而异。
从肥料本身性质来看，家畜尿比粪容易分解，如粪尿分别贮存，尿宜作追肥，粪宜作基肥。猪粪尿是混合贮存的，分解较快，不仅可作基肥，也可作追肥。羊粪、马粪分解快，发热量高，易引起烧苗，应先腐熟或与其他肥料制成厩肥后施用。
从土壤性质来看，家畜粪尿和厩肥，首先应施在肥力水平较低的土壤上，因为在贫瘠瘦土上增产幅度更大。对于黏重的土壤，应该施用腐熟较好的厩肥，而且耕翻得浅一些。在砂质土壤上，因为通气、透水性能好，粪肥容易分解，但不能持久，应施用腐熟差些的厩肥。对冷浸田、阴坡地可以施用羊、马粪等热性肥料，以达到改良土壤，促进发苗的效果。
从植物种类看，凡是生长期较长的植物，可施用半腐熟的厩肥，而生长期较短的植物，须施用腐熟程度较高的厩肥或畜粪。水稻对厩肥利用率低，可施用腐熟的厩肥，双季稻区早稻应选用腐熟的厩肥。蔬菜地因生育期短，宜施用腐熟的厩肥或畜粪。
气候条件与厩肥施用有关。降雨少的地区或旱季，宜施用腐熟的厩肥，翻耕可深些，温暖而湿润的地区或雨季，可施用半腐熟的厩肥，翻耕应浅些。
厩肥和畜粪一般作基肥用，可全面撒施或集中施用。撒施的优点是便于施肥机械化，有利于改良土壤，对种植窄行密植植物是很适宜的，缺点是施肥量要多，否则对于玉米等宽行中耕作物，肥效不如集中施肥好。条施或穴施等集中施肥，对中耕植物是经济有效的施肥方法。
为了充分发挥厩肥或畜粪的增产效果，应提倡厩肥或畜粪与化肥配合或混合施用。二者取长补短，相互促进，是合理施肥的一项重要措施。