苹果以秋季施肥最重要。以有机肥为主，结合深松深翻，引导根系向深度发展。
苹果施肥量与产量有密切关系，一般生产100千克果实施氮0.8～2.0千克、磷0.26～1.2千克、钾0.8～1.8千克。根据山东省果树研究所在每公顷产75000千克以上的生产果园调查，施用氮、磷、钾的比例，以1.5∶1.0。1.2有利于树体生长和花芽分化。
基肥：秋季施肥一般占全年总施肥量的1／2以上，以有机肥为主，混入磷肥和钾肥。施肥方法常采用沟施，一般幼树或初结果树常采用环状或条状沟，沟深40～50厘米，沟宽30～40厘米；成龄果树常采用放射状沟施，每株树在树干四周的树冠下开深30厘米，宽30～40厘米，长100～120厘米的放射沟、4～8条，将混有磷、钾肥的有机肥填入，封土并结合秋灌。
追肥：一般每年2～3次。第一次追肥在萌动前开放射状沟，深5～10厘米，施速效氮肥并结合灌水，以供萌芽、开花和新梢生长对养分的要求。第二次追肥在落花后，施用速效氮肥并可追施硼肥，每株施用硼砂100～150克，锌肥每株施用硫酸锌肥200～250克，追肥后结合灌水。第三次追肥在花芽分化期5月下旬至6月上旬，追施速效氮肥和磷、钾肥。苹果在秋施肥时除施氮、磷、钾以外，还须要根据土壤情况考虑补施硼肥和锌肥。土壤有效硼低于1.0毫克／千克，有效锌含量低于0.5毫克／千克，就要补充硼肥和锌肥。在施有机质少的瘠薄土壤上缺硼时易产生缩果病，缺锌易产生小叶病，影响苹果的产量和品质。