大蒜施肥主要有基肥和追肥。由于大蒜根系浅，根毛少，吸肥力弱，要求基肥质量好。一般用腐熟的厩肥，每公顷60～75吨，加饼肥750～1500千克。结合整地在播种前施入。
大蒜追肥应分次进行，秋播大蒜幼苗3～4片叶，假茎高10厘米左右，可追一次腐熟的粪肥，每公顷15～20吨。主要的追肥是在春后，蒜苗根系开始生长时，开沟施肥1次，每公顷施氮45～75千克或有机肥15～20吨。随着气温升高，大蒜花芽、鳞芽分化，植株进入旺长期，可追施一次氮、钾肥，每公顷用量：氮75千克左右、钾75～90千克。大蒜抽薹后，可适当补施一次氮肥，以延长功能叶，促进干物质积累并向地下鳞茎运送，有利于蒜头膨大。对于春播大蒜追肥在幼苗形成后进行，每公顷开沟施入饼肥750～1500千克或氮素45～60千克。于退蒜母前5～7天（约播后35～40天）每公顷随水施入氮60～75千克。当大蒜抽薹，鳞茎膨大初期，应再施一次氮、钾肥，每公顷施氮60～75千克、钾75千克左右，对提高蒜薹和蒜头的产量起重要作用。