西藏自然保护区
天然动植物博物馆——墨脱自然保护区
墨脱自然保护区位于西藏自治区墨脱县境内，面积达62620公顷，1985年经西藏自治区人民政府批准建立，1986年晋升国家级，主要保护对象为山地森林垂直景观及珍稀动植物。
本区地处雅鲁藏布江大拐弯的峡谷之中，海拔750-4800米，区内河流深切，峡谷深邃，山高入云，瀑布众多，形成我国罕见的地貌反差。本区虽处于亚热带纬度地区，但由于其特殊的地理环境，发育着热带到寒温带的不同山地森林植被类型，保存着丰富的物种资源。高等植物有3000多种，约占全国的1/10，其中国家重点保护动物21种，以墨脱命名的特有植物40多种。国家重点保护动物有羚牛、长尾中猴、熊猴、虎、墨脱缺翅虫等42种，被誉为西藏的“天然动植物博物馆”，是研究不同气候带生态系统的重要基地。
中国面积最大的自然保护区——羌塘自然保护区
西藏羌塘自然保护区位于西藏自治区的那曲地区和阿里地区，总面积达2980万公顷，为我国最大的自然保护区，是仅次于格陵兰国家公园的世界第二大自然保护区。保护区于1993年经西藏自治区人民政府批准建立，是一个以高原生态系统和珍稀野生动物为主要保护对象的自然保护区。
本区地处青藏高原的西北部，其北、西、南三面分别为昆仑山脉、喀喇昆仑山脉和冈底斯-念青唐古拉山脉所环绕，为一半封闭高原。区内低山、丘陵与湖泊构成此起彼伏的地面，平均海拔5000米左右，山体连续分布，相对高差一般在200-1000米之间，大于1平方公里的封闭型内陆湖泊约200个。区内植被类型相对简单，以高寒荒漠草原为主，已记录的种子植物有40科147属470多种，已知脊椎动物有哺乳类28种、鸟类92种、鱼类13种，其中列为国家重点保护的野生动物有藏羚羊、野牦牛、雪豹、藏野驴、藏原羚、黑劲鹤等30余种。本区动物种类虽然相对贫乏，但动物的种群数量大，属青藏高原的特有种多，如藏羚羊数量约有4万只，野牦牛有1万多头，藏野驴有3万-4万头。
羌塘自然保护区生态系统独特，野生动物资源丰富，并因其特有性和生态脆弱性而具有极其重要的保护价值。另一方面，保护区内高原地貌奇特，地质类型复杂，冰川、湖泊众多，地质遗迹保存完好，对于研究青藏高原的形成、演化和发展以及开展科学探险旅游和生态旅游均具有重要价值。
地球“第三极”——珠穆朗玛峰自然保护区
珠穆朗玛峰自然保护区位于西藏自治区的定日、聂拉木、吉隆和定结四县，面积达338.1万公顷，1988年经西藏自治区人民政府批准建立，1994年晋升为国家级，主要保护对象为高山、高原生态系统。
珠峰保护区包含着世界最高峰——珠穆朗玛峰和其他四座海拔8000米以上的山峰，又是世界生物地理区域中最为特殊的西藏自治区和喜马拉雅高地的交界处，成为世界上最独特的生物地理区域。区内生态系统类型多样，基本保持原貌，生物资源丰富，珍稀濒危物种、新种及特有种较多，初步调查共有高等植物2348种，哺乳动物53种，鸟类206种，两栖动物8种，鱼类10种，含有代表该地域特色的国家重点保护的珍稀濒危动植物47种，其中国家一级保护动植物10种，二级保护动植物28种。同时，保护区还具有丰富的水能、光能和风能资源，以及由独特的生物地理特征、奇特的自然景观和民族文化、历史遗迹构成的重要的旅游资源。
珠峰保护区的科学价值无法估量，是研究高原生态地理、板块运动和高原隆重及环境科学、社会人物科学等学科的宝贵的研究基地。
四川自然保护区
唐家河自然保护区
唐家河自然保护区位于四川省青川县境内，面积达4万公顷，1978年建立省级自然保护区，1986年晋升为国家级，主要保护对象为大熊猫及森林生态系统。
本区地处岷山东北麓，龙门山北段的高山峡谷区，最高峰海拔3837米，相对高差2400多米，地形条件相当复杂。区内森林资源丰富，自然景观保存完好，植被垂直带谱较为显着，在海拔2200-3200米的针阔混交林带和亚高山暗针叶林带，林深竹茂，是大熊猫适宜的栖息和繁殖地。
本区的动植物资源均比较丰富，国家重点保护植物有珙桐、连香树、水青树等；国家重点保护动物有大熊猫、金丝猴、羚牛、云豹、绿尾虹雉等20多种。
人间仙境——九寨沟自然保护区
九寨沟自然保护区位于四川省南坪县境内，面积达6万公顷，1978年经国务院批准建立，1994年经林业部确认为国家级自然保护区，主要保护对象为大熊猫及森林生态系统。
本区地处岷山南端马杠岭的东北侧，主体为一南北走向，纵深40公里的沟谷，最高海拔4764米，相对高差达2500米以上，气候属于北亚热带与暖温带的过渡地区，自然植被垂直分布比较明显，动植物资源比较丰富，区内栖息着大熊猫、羚羊、金丝猴、蓝马鸡等珍稀动物。九寨沟的自然景观非常奇特，境内百余处美丽的高山湖泊、众多而壮观的瀑布，茂密的原始林海、活跃的珍禽异兽和周围高耸的冰山高峰，共同构成了优美而神奇的自然风景，为闻名中外的旅游胜地。1992年被联合国教科文组织批准列入“世界文化与自然遗产名录”。
美姑大风顶自然保护区
美姑大风顶自然保护区位于四川省美姑县境内，面积达21864公顷，1978年经国务院批准建立，1994年经林业部确认为国家级自然保护区，主要保护对象为大熊猫及森林生态系统。
本区地处凉山山系东麓，与马边大风顶国家级自然保护区连成一片，为大风顶按照行政区域而划分的两个自然保护区。本区的自然概况及生物资源分布状况均与马边大风顶基本一致，区内的国家重点保护植物有珙桐、连香树、水青树、大王杜鹃等20多种，国家重点保护动物有大熊猫、羚牛、小熊猫等20多种。
黄河第一湾——若尔盖湿地自然保护区
若尔盖湿地自然保护区位于四川省阿坝藏族自治州若尔盖县境内，总面积达16670.6公顷。保护区于1994年经若尔盖县政府批准建立，1997年晋升为省级自然保护区，主要保护对象为高寒沼泽湿地生态系统和黑颈鹤等珍稀动物。
本区地处青藏高原东缘，位于若尔盖沼泽的腹心地带，是青藏高原高寒湿地生态系统的典型代表。区内为平坦状高原，最高海拔3697米，最低海拔3422米，气候寒冷湿润，泥炭沼泽得以广泛发育，沼泽植被发
育良好，生境极其复杂，生态系统结构完整，生物多样性丰富，特有种多，是我国生物多样性关键地区之
一，也是世界高山带物种最丰富的地区之一。据初步调查，区内植物（包括菌类）有207种，其中星叶草
、冬虫夏草为国家重点保护植物；脊椎动物有218种，其中国家重点保护野生动物有黑颈鹤、胡兀鹫、秃
鹫、大天鹅等30多种，并为黑颈鹤的集中繁殖区之一，种群数量达480只左右。
本区还是重要的水源涵养区，黑河和白河两条黄河上游的支流纵贯全区，便该区生态系统脆弱，
一旦破坏后很难恢复，辖曼自然保护区的建立，对于保护高寒湿地生态系统和黑颈鹤等珍稀动物，研究自然环境变迁，古老生物物种保存，繁衍，分化具有重要的国际意义。
白色冰山——贡嘎山自然保护区
贡嘎山自然保护区位置四川省康定、泸定和石棉3县境内，面积达40万公顷，1996年经四川省甘孜藏族州大民政府批准建立，同年5月被四川省政府批准为省级自然保护区，1997年晋升为国家级，主要保护对象为森林生态系统、珍稀动物及现代冰川等自然景观。
贡嘎山地处青藏高原向四川盆地的过渡地带，主峰海拔7556米，为蜀山之王，也是世界上着名的高峰之一。区内保存有古冰川遗迹、现代冰川、原始森林、温泉、湖泊、雪峰等自然景观。保护区的南坡和东坡具有从亚热带到寒带植被的完整垂直带谱，西坡和北坡则有典型的高寒草原植被及与高山峡谷的植被镶嵌的特点。由于其独特的地理分布的过渡性和混合性，及第四纪以来青藏高原的抬升，形成了生物区系成分古老、组成复杂、物种分化剧烈、特有种丰富、生物群落和生物种群类型多样的特点。据调查，保护区有维管束植物185科、869属、约3000余种，其中国家重点保护植物有连香树、星叶草、独叶草、水青树等23种、脊椎动物有400多种，属于国家一级保护动物的有牛羚、白唇鹿、金丝猴、野驴、野牦牛、雪豹等9种，国家二级保护动物有小熊猫、猕猴、猞猁等18种。
贡嘎山保护区是世界上一个非常重要的物种基因库，也是全球生物地理区域中最好代表之一，具有极为重要的保护价值和科学研究价值。此外，本区景观奇特，自然风光优美，也是着名的游览胜地。
世界第一只大熊猫的发现地和命名地——蜂桶寨自然保护区
蜂桶寨自然保护区位于四川省宝兴县境内，面积达39039公顷，1975年经国务院批准建立，1994年批准为国家级自然保护区，是以保护大熊猫为主的珍稀野生动物及其栖息地的生境型保护区。
本区地处邛崃山系的夹金山南麓，最高海拔4896米，相对高差3500多米，为青藏高原向四川盆地过渡的高山峡谷区。由于相对高差大，水、热条件垂直分异，植被垂直带谱比较明显，区内现已知的高等植物有429种，其中国家重点保护植物有珙桐、连香树、水青树等；高等动物有378种，其中国家重点保护动物有大熊猫、金丝猴、羚牛、白唇鹿等300多种。
本区还是我国大熊猫数量最多的地区，解放后从宝兴送到国内外的大熊猫已有80多只。
世界宠儿熊猫的故乡——卧龙自然保护区
卧龙自然保护区位于四川省阿坝藏族自治州汶川县境内，面积达20万公顷，1975年经国务院批准建立，同年列入国家级保护区，1980年加入联合国教科文组织国际“人与生物圈”保护区网，主要保护对象为大熊猫及森林生态系统。
本区地处岷江上游、邛崃山的东坡，属中亚热带湿润气候，最高峰海拔6250米，相对高差达5000米，为青藏高原向四川盆地过渡的高山峡谷区。本区的地带性植被属于中亚热带常绿阔叶林，但随着海拔的升高而形成的水热条件的变化，植被类型相应出现有规律的垂直变化。
在海拔2100-3600米的温带针阔叶混交林带和亚高山针叶林带，云杉、冷杉林下生长成片茂密的箭竹，为珍稀孑遗动物大熊猫最适宜的生存环境。
本区动植物区系组成复杂，资源丰富，高等植物有1810种，其中国家重点保护植物有珙桐、香果树、连香树、红豆杉等；高等动物有348种，其中国家重点保护动物有大熊猫、金丝猴、羚牛、白唇鹿等40多种。
保护区建立以来，在大熊猫保护和研究方面取得了显着成绩，已成了大熊猫研究的中心。
大熊猫产地之一——马边大风顶自然保护区
马边大风顶自然保护区位于四川省马边彝族自治县境内，面积达3万公顷，1978年经国务院批准建立，主
要保护对象为大熊猫及森林生态系统。
本区地处凉山山系东麓，最高海拔4035米，相对高差3000米以上。区内河谷深切，两岸山峦对峙，气候属中亚热带季风湿润气候类型。复杂的地形条件和适宜的气候为生物资源提供了有利的保存和繁衍场所，植被类型多样，自然植被垂直分布十分明显，物种资源丰富，并且有很多古老物种在这里得到保存。
本区的国家重点保护植物有珙桐、连香树、水青树、大王杜鹃等20多种，国家重点保护动物有大熊猫、羚牛、小熊猫等20多种。
巴蜀之宝——攀枝花苏铁自然保护区
攀枝花苏铁自然保护区位于四川攀枝花市郊区，面积达1400公顷，1983年经原渡口市人民政府批准建立，1996年晋升为国家级，主要保护对象为攀枝花苏铁林。
本区地处川滇两省交界处，气候属南亚热带气候类型，区内分布有目前世界上面积最大、株数最多、分布最集中的野生苏铁林，共有攀枝苏铁约23万株。攀枝花苏铁是1971年发现的苏铁新种，1981年才正式定名，1984年被列入我国第一批珍稀濒危保护植物名录，属于世界性珍稀濒危残遗物种，是植物界的“活化石”。该物种出现在2亿7千万年前的古生代，是经过第四纪冰川浩劫而在金沙江河谷孑遗至今的最为古老的种子植物之一，因而它同时具有稀有性、珍贵性、古老性三个特点，对研究我国横断山脉植物区系的发生和发展，研究古生物、古生态、古地质、古地理以及种子植物的起源和演化都具有十分重要的科学价值。
蜀山之后——小金四姑娘山自然保护区
小金四姑娘山自然保护区位于四川省阿坝藏族自治州小金县境内，面积达4.85万公顷，1995年经小金县人民政府批准建立，同年晋升为省级，1996年被批准为国家级，主要保护对象为野生动物和高山生态系统。
本区地处横断山脉北段向四川盆地过渡的边缘地带，属典型的高山峡谷地貌，最高峰四姑娘山海拔6250米，绝对高度和相对高差很大。区内生态条件复杂多样，生物群落类型多样，植被垂直带谱明显，物种丰富，其植物区系成分以喜马拉雅成分占优势，为横断山脉地区最好的代表。据初步调查，高等植物有150多科520属1500余种，珍稀特有种较多，列为国家重点保护的珍稀濒危植物有独叶草、星叶草、桃儿七等10余种。
本区又是典型的高山草甸动物类群分布区，动物种类丰富，垂直分异十分明显，已发现的脊椎动物54科270多种，其中列为国家重点保护的野生动物有牛羚、金丝猴、白唇鹿、雪豹、绿尾虹雉、小熊猫等28种。该保护区的建立，对保护中国西部地区的生物多样性和景观多样性，研究我国特有珍稀动植物种群的进化分类与繁殖等方面都有着重要的意义。同时，本区冰川、高山湖泊、瀑布与原始植被构成优美的自然景观，因而也是游览的胜地。
龙溪-虹口自然保护区
龙溪-虹口自然保护区位于四川省都江堰市境内，面积达3.4万公顷同，1993年经四川省人民政府批准建立，1997年晋升为国家级，主要保护对象为亚热带山地森林生态系统。
本区地处四川盆地向青藏高原过渡地带，植被区系上属于中国-日本-喜马拉雅两大植物区。
长江合江-雷波段珍稀鱼类自然保护区