保护区位于四川省长江上游合江-雷波段的江域中，涉及雷波、屏山、宜宾、南溪、江安、纳溪、泸州、泸县、合江等县、市，总面积达18052公顷。保护区始建于1996年，1997年经四川省人民政府批准，将原
泸州市长江珍稀特有鱼类自然保护区和宜宾地区珍稀鱼类自然保护区合并，并定名为长江合江-雷波段省级自然保护区，主要保护对象为达氏鲟、白鲟、胭脂鱼等长江上游珍稀鱼类及水域生态系统。
本区位于四川盆地南部、西南山地东部，保护区域属长江上游和金沙江下游江段，包括此段部分支流，全长约500公里，其流域面积约1.7万平方公里。区内河道曲折，上段河面较窄，水流湍急，有险滩和深潭，
下段河面宽阔，水流较缓，滩沱交替，有许多边滩和沙洲，河面海拔209-360米，河流两岸为高山和丘陵，山地海拔600-1600米。长江是我国淡水渔业最发达地区，鱼类资源丰富，而上游的鱼类区系组成具有独特的鱼类区系特点，珍稀濒危种多，特有种多。保护区内共有鱼类153种，其中长江上游特有鱼类44种
，列为国家重点保护的鱼类有达氏鲟、白鲟和胭脂鱼，并为白鲟、达氏鲟、铜鱼、圆口铜鱼、长吻鱼危等濒危物种及其他重要经济鱼类较集中的栖息、索饵和繁殖场所，在水生生物多样性的保护方面具有非常重要的价值。
重庆自然保护区
天下奇山——金佛山自然保护区
金佛山自然保护区位于重庆南川市境内，总面积达41850公顷。保护区于1979年建立，是一个以银杉、珙桐等珍稀植物及森林生态系统为主要保护对象的自然保护区。
本区地处四川盆地东南边缘向云贵高原的过渡地带，属中亚热带湿润季风气候区，境内山势陡峭、峡谷深切，大小山峰达108座，主峰风吹岭海拔2251米，为大娄山脉东北段的最高峰。本区基带植被为中亚热带常绿阔叶林，森林覆盖率达85%以上，且垂直分布明显，原始森林保存面积较大。区内植物区系成分复杂多样，物种多样性富集，古老孑遗植物和特有植物种类多，为我国植物资源最丰富的自然保护区之一。据初步调查，区内高等植物共有291科1450属4883种，其中属国家重点保护的野生植物有银杉、珙桐、红豆杉、银杏、伯乐树、香果树等数十种，并为300多种植物的模式标本产地；陆栖脊椎动物有391种，其中国家重点保护野生动物有白颊黑叶猴、灰金丝猴、金钱豹、云豹、绿尾虹雉等30余种。金佛山地貌奇特，瀑布、流泉、溪流密布，海拔2000米以上的亚高山溶洞群世所罕见，具较大的旅游开发潜力。
本区是我国为数不多的集生物多样性丰富、自然景观奇特为一体的自然保护区，在保护、科研和合理利用等方面都有很高的价值。
云南自然保护区
天然动物园——高黎贡山自然保护区
高黎贡山自然保护区位于云南省腾冲、保山、泸水三县交界处，面积达12.39万公顷，1983年经云南省人民政府批准建立，1986年晋升为国家级，主要保护对象为亚热带常绿阔叶林、高山针叶林及珍稀动物。
本区地处横断山脉南端，为印度板块和欧亚板块的碰撞地带，属亚热带气候。区内植物区系南北混杂、新老兼有，从怒江河谷到山顶分布有6个植物带。高等植物有1000多种，属国家重点保护植物的有秃杉、大树杜鹃等20多种；高等动物约有440种，其中国家重点保护动物有羚牛、白眉长臂猿、蜂猴等30多种，有“天然动物园”之称。
该保护区的建立，在生物多样性的保护和研究方面具有重要的科研价值。
滇金丝猴家园——白马雪山自然保护区
白马雪山自然保护区位于云南省德钦县境内，面积达190144公顷，1983年经云南省人民政府批准建立，1988年晋升为国家级，主要保护对象为高山针叶林、山地植被垂直带自然景观和滇金丝猴。
本区地处横断山脉中段，巍峨的云岭自北向南纵贯全区，5000米以上的山峰有20座，主峰白马雪山海拔5430米，相对高差超过3000米。区内植被垂直分布明显，在水平距离不足40公里内，有7-16个植物分布带谱，相当于我国从南到北几千公里的植物分布带，蔚为奇观。
本区的国家重点保护植物有星叶草、澜沧黄杉等十多种，国家重点保护动物有滇金丝猴、云豹、小熊猫等30多种，有“寒温带高山动植物王国”之称，具很高的科学价值。
我国亚热带最大的原始森林——哀牢山自然保护区
哀牢山自然保护区位于云南省新平、双柏、楚雄、景东、镇源五县市交界处，面积达50660公顷，1986年经云南省人民政府批准建立，1988年晋升为国家级，主要保护对象为常绿阔叶林及野生动物。
本区地处哀牢山脉中北部，为中国西南部三大自然区域的交汇处。特殊的地理位置、复杂的地貌类型、多样的山地气候，给哀牢山的生物种类提供了良好的生存繁衍环境。
本区的植被具明显的垂直带谱，山顶部的森林是目前我国保存面积最大的中山常绿阔叶林。高等植物种类约1500种，其中国家重点保护植物有水青树、野荔枝等14种；高等动物种类有435种，其中国家重点保护动物有黑长臂猿、短尾猴、绿孔雀等20多种。具有重大的科学价值。
美丽的地方——西双版纳自然保护区
纳版河流域自然保护区位于云南省西双版纳傣族自治州景洪市和勐海县的接壤地区，总面积达26100公顷
。保护区于1991年经云南省人民政府批准建立，是一个以热带雨林、热带季节性雨林等森林生态系统及珍稀物种为主要保护对象的自然保护区。
本区位于横断山脉南部，境内以山地为主，地势为西北高、东南低，最高峰拉祜玛峰海拔2304米，最低处
纳版河出口处海拔539米。由于北部有哀牢山、无量山为屏障阻挡了南侵的寒潮，南部又有许多缺口，便于西南季风伸入，有效的水热配置使区内低海拔地区出现了较大范围的热带性气候。
区内森林植被类型多样，植物区系和种类成分复杂，动植物资源十分丰富。保护区内的原生植被类型主
要有热带雨林、热带季节性雨林、南亚热带常绿阔叶林、苔藓常绿阔叶林等。已发现的高等植物有215科870属1782种，其中列为国家重点保护的野生植物主要有篦齿苏铁、云南苏铁、云南肉豆蔻、版纳黑檀、干果榄仁等20余种，并分布有篦齿苏铁为主的单优群落；已知的陆栖脊椎动物有78科164属227种，其中国家重点保护野生动物有印度野牛、蜂猴、孔雀雉、水鹿、原鸡等34种。
本区的景观资源也比较丰富，具有开展森林生态旅游的条件，同时又是澜沧江多条支流的发源地。因此，保护区的建设对于保护我国残存的热带森林，对于维护当地的生态环境和促进区域经济发展都有着极为重要的作用。
“风、花、雪、月”——苍山洱海自然保护区
苍山洱海自然保护区位于云南省大理市，面积达79700公顷，1981年经云南省人民政府批准建立，19
94年
晋升为国家级，主要保护对象为高原淡水湖泊及水生动植物、南北动植物过渡带自然景观、冰川遗迹。
本区地处滇中高原西部与横断山脉南端交汇处，主峰点苍山位于横断山脉与青藏高原的结合部，顶端保存着完整的典型冰融地貌。区内具有明显的七大植物垂直带谱，保存着从南亚热带到高山冰漠带和各种植被类型，是世界高山植物区系最富有的地区。