本区已鉴定的高等植物有2849种，其中国家重点保护植物26种，同时还是数百种植物模式标本的产地。洱海为云南第二大淡水湖泊，水生动植物资源比较丰富，有鱼类31种，其中特有种8种，底栖动物33种，水禽类59种。
此外，本区还拥有丰富的人文历史遗迹和旅游资源。苍山洱海保护区集自然景观、地质地貌、生物资源与人文历史等方面的特色为一体，在国内比较少见，在国际上也有较高的知名度。
地理钟秀——南滚河自然保护区
南滚河自然保护区位于云南省沦源佤族自治县境内，面积达6983公顷，1980年经国务院批准建立，1995年正式被批准为国家级自然保护区，主要保护对象为亚洲象及其栖息的热带季雨林。
本区地处云贵高原向缅甸掸邦山地过渡地带，其山体为横断山南端余脉、怒山山脉南延部分，海拔520-1747米，属中山深切割的山地地貌。
本区的自然条件优越，动植物种类丰富多样，植被类型主要有热带季雨林和南亚热带季风常绿阔叶林。高等植物有400余种，其中国家重点保护植物有绒毛番龙眼、千果榄仁、云南石梓等；高等动物有100多种，其中国家重点保护的有亚洲象、白掌长臂猿、孟加拉虎等20多种，并且为国内亚洲象的主要分布区之一。
无量山自然保护区
无量山古称蒙乐山，以“高耸入云不可跻，面大不可丈量之意”而得名。它位于云南省中南部景东县境内，地处无量山狭长山地的中上部，总面积达30938公顷。保护区由云南省人民政府1986年批建的景东无量山和1995年批建的南涧无量山两个自然保护区合并而成，于1995年9月15日批准列为省级自然保护区。2000年4月4日国务院批准列为国家级自然保护区。主要保护对象为南亚热带中山湿性常绿阔叶林生态系统及珍稀野生动物。
本区地处云岭山脉南延两大分支中的无量山的中上部，区内山体中部突兀隆起，南北逶迤起伏，地势陡峭，主峰猫头山海拔3306米。保护区位于多种动物与植物区系的分界和交汇地区，特殊的地理位置、多样的气候类型和高大的山体，导致区内野生动植物资源丰富，区系成分复杂，是我国生物多样性特别丰富和物种分化特别明显的地区之一。
区内主要植被类型有16个群系，中山湿性常绿阔叶林是本区的最主要森林类型，占总面积的48.6%，并保持着原始状态；已知高等植物有209科1039属2578种，其中国家重点保护的野生植物有红豆杉、长蕊木兰、水青树、景东翅子树、云南榧木等；已知陆栖脊椎动物有463种，其中国家一级重点保护野生动物有
黑冠长臂猿、熊猴、灰叶猴、虎、云豹、绿孔雀等11种，国家二级重点保护野生动物有猕猴等42种，尤其是黑冠长臂猿在其他地区已处于濒危状态，而本区种群数量达400只左右，为其分布最集中地区。无量山自然保护区的建立，对于保护和研究生物多样性、维持生态平衡和涵养水源均具有极为重要的价值和意义。
贵州自然保护区
群峰叠翠的宝地——梵净山自然保护区
梵净山自然保护区位于贵州省的江口、印江、松桃、三县交界处，面积达41900公顷，1978年建立省级自然保护区，1986年晋升为国家级，同年加入联合国教科文组织国际“人与生物圈”保护区网，主要保护对
象为亚热带森林生态系统及黔金丝猴、珙桐等珍稀动植物。
梵净山是武陵山脉的主峰，最高海拔2572米，具明显的中亚热带山地季风气候特征。本区为多种植物区系地理成分汇集地，植物种类丰富，古老、孑遗种多，植被类型多样，垂直带谱明显，为我国西部中亚热带山地典型的原生植被保存地。区内有植物种数2000多种，其中，高等植物有1000多种，其中国家重点保
护植物有珙桐等21种，并发现有大面积的珙桐分布；脊椎动物有382种，其中国家重点保护动物有黔金丝
猴等14种，并为黔金丝猴的唯一分布区。
梵净山不仅是珍贵的生物资源库，也是我国历史上佛教名山之一，自然风光奇特，人文历史遗迹保存较多，为尚待开发的旅游胜地。
地球腰带上的绿宝石——茂兰自然保护区
茂兰自然保护区位于贵州省荔波县境内，面积达2万公顷，1987年经贵州省人民政府批准建立，1988年晋
升为国家级，主要保护对象为喀斯特森林及珍稀动植物。1996年加入联合国教科文组织“人与生物圈”保护区网。
本区地处云贵高原南缘，属中亚热带季风湿润气候，区内峰峦叠嶂，溪流纵横，原生森林茂密，喀斯特地貌形成的山、水、林、洞、瀑、石融为一体，呈现出喀斯特森林生态环境的完美统一和神奇的特色。尤其是境内的喀斯特森林保存完好，气势壮观，是世界上同纬度地带所特有的珍贵森林资源，对于研究喀斯特地貌的发育理论、水文地质效益和森林群落有重要价值。
高原明珠——威宁草海自然保护区
威宁草海自然保护区位于贵州省威宁彝族苗族回族自治县境内，面积达1.2万公顷，1985年经贵州省人民政府批准建立，1992年晋升为国家级，主要保护对象为黑颈鹤及高原湿地生态系统。
草海是贵州高原上最大的淡水湖泊，水面面积达3000公顷。本区属亚热带季风气候区，湖区水质良好，水草茂密、鱼虾众多，生物资源比较丰富。区内有高等水生植物37种，其中海菜花为国家重点保护植物，有
鱼类10余种，鸟类178种或亚种，其中27种为国家重点保护动物，48种属中日候鸟协定保护鸟类，并为一级保护动物黑颈鹤的主要越冬地之一。此外，区内还发现大量古生物化石和人类文化遗迹。
该保护区的建立对黑颈鹤及高原湿地生态系统的保护和研究具有重要价值。
桫椤王国——赤水桫椤自然保护区
赤水桫椤自然保护区位于贵州省赤水市境内，面积达13300公顷，1984年经赤水人民县政府批准建立，1992年晋升为国家级，主要保护对象为国家一级保护植物——桫椤。
本区地处赤水河畔的坡麓地带，属中亚热带湿润季风气候。区内植被在海拔700米以上为中亚热带湿润常绿阔叶林，在海拔700米以下的沟谷中为南亚热带沟谷雨林，林下生长着成片的桫椤，数量达4万余株，为国内罕见。
区内有蕨类植物近200种，种子植物500余种，其中国家重点保护植物7种；野生动物有兽类10种、鸟类110种、爬行类32种、两栖类10种、鱼类39种、昆虫100余种，其中国家重点保护动物18种。
该保护区的建立对桫椤等亚热带珍稀物种的保护和研究具有重要意义。
习水中亚热带常绿阔叶林自然保护区
习水中亚热带常绿阔叶林自然保护区位于贵州省习水县境内，面积达48666公顷，1992年经赤水县人民政府批准建立，1994经晋升为国家级，主要保护对象为中亚热带常绿阔叶林。
本区地处贵州高原北向四川盆地过渡地带，属亚热湿润季风气候。由于区内地形切割严重，谷坡壁立，人迹罕至，因而保存了大面积的亚热带常绿阔叶林，且林相保存完好，原生性强，森林覆盖率达89.6％。
区内野生动植物资源丰富，区系成分比较复杂，已经查明的生物物种有1500多种，其中种子植物128科、411属、805种；蕨类植物37科、81属、163种；大型真菌35科、45属、77种；兽类8目、24科、72种；鸟类15目、35科、142种；爬行类3目、10科、34种；两栖类2目、9科、31种；鱼类5目、11科、57种；昆虫9目、49科、175种，属于国家重点保护的野生植物有珙桐、桫椤、福建柏、香果树等10多种。属国家一级保护动物有豹和云豹，国家二级保护动物有猕猴、大灵猫、穿山甲等27种。保护区内还有许多独特的单优群落和中国新纪录种，具有较高的保护价值。