五，藏文大藏经的编撰
藏传佛教的《大藏经》分为《甘珠尔》和《丹珠尔》这两大部分，其中，“甘珠尔”意指“佛语译典”，它所收录的是显密佛经和律藏；“丹珠尔”意指“论著译典”，其收录以印度佛教大师的著作为主，兼收部分前弘期吐蕃王朝时期有关显密的论著。吐蕃时期编写的《青浦目录》、《庞塘日录》和《丹噶目录》三大目录是藏文《大藏经》的雏形，而公元11世纪的鲁梅·慈城喜饶等人编写的《显密经典分类和并列目录》则开创了后弘期的编目之先河。最早进行正式编撰《大藏经》的则是后藏噶当派的纳塘寺。
1312年，国师尊巴绛央受元朝皇帝的邀请，驻锡大都，在此期间给他的上师——纳塘寺堪布觉丹·日贝热智寄去了墨、纸张等众多资具作为编纂《大藏经》所用。堪布觉丹·日贝热智在弟子卫巴·洛色绛曲益西和译师索南沃赛、江若绛曲等人的协助下，广泛搜集藏文译本，进行整理、汇编、校勘和抄录等工作，经过多年努力，在完成编撰后，把抄写完毕的全套《甘珠尔》和《丹珠尔》供奉于嘉拉康殿。
堪布觉丹·日贝热智编写了《甘珠尔》和《丹珠尔》的目录，其中《甘珠尔》目录称为《甘珠尔目录·日辉》，卫巴·洛色绛曲益西又为之编写了简目。所以，最早编成的《甘珠尔》和《丹珠尔》被称为“纳塘本”，对它们的抄写和供奉在那之后就成为了一种风尚。
著名的史学家蔡巴·贡嘎多吉（1309——1364年）在担任蔡巴万户长时，曾特意邀请著名的佛教学者布顿大师以纳塘版《甘珠尔》为底本，进一步的校勘和整理。布顿大师住夏鲁寺期间，又对纳塘本《丹珠尔》进行校勘，完成了“夏鲁本”的《丹珠尔》。贡嘎多吉编写了《甘珠尔》目录，并用混合的金银汁书写了一部《甘珠尔》共260函，史称《蔡巴甘珠尔》。
六，集大成者的高僧学者
在这一段藏传佛教自由发展的黄金时期，出现了精通大小五明的萨迦班智达、百科全书式的人物布顿大师、宁玛派的集大成者龙钦饶绛巴等高僧大德。他们没有教派偏见地学习显密经论教法，兼通大小五明学科，对藏传佛教和藏族五明文化都作出了很大贡献。
（一）精通大小五明的萨迦班智达
萨迦派的四祖萨班·贡噶坚赞是藏族宗教史上的一位重要人物，他在20岁之前师从札巴坚赞、库敦等人学习祖传诸法和慈氏五论，从22岁起向1204年入藏地的克什米尔大班智达释迦室利师徒学习声明、因明、律学、俱舍及其他佛教显宗经典，又师从尼泊尔班智达桑普扎学习梵文声明学、《诗境》、声律学、词藻学、工巧明等各种学科，同时还熟习噶当派、希解派的教法以及大圆满和大手印等密法，最终以精通大小五明之学而著称，被人们尊称为“萨迦班智达”（意为“萨迦派的大学者”），简称为“萨班”。
萨班一生勤于著述，在大小五明方面皆有很高的成就。他的一生著有大量作品。《萨迦世系史》中对此作了较详细的记载。如，声明类的论著有《入声论》《语言之略义》等；因明类的有《智慧之宝本释》；修词类的有《贤者口饰促发修伽陀之悲心》；韵律类有《韵律之花束》；词藻类的有《词汇之宝藏》；戏剧类的有《极喜地入门沦》和《乐器论》；工巧类的有《佛像量度沦》和《察地品》；医方类的论著有《八支摄义》；内明类关于赞词方面的有《佛陀赞》等等。
（二）百科全书式的布顿大师
布顿·仁钦珠（1290——1364年）在藏传佛教史上是一位百科全书式的人物，他在幼年就学过宁玛派的大圆满等法，后来又学习了噶举、噶当、萨迦等派的教法，最后创立了夏鲁派。
他通达梵文，学习过声明学、修持学、戏剧等学科，并掌握了很好的翻译技巧，是一名出色的翻译家。他不仅广泛地学习了各派传承的时轮密法，还改译、校正了时轮密法的旧译本，在对时轮密法的整理和传播方面功绩显著。并且，凡是以前译师们由梵文译为藏文的翻译典籍，他几乎都审阅和修订过，后世格鲁派的宗喀巴大师将他修订过的经典视为范本。
布顿大师的著述极丰，他的著作、注释和译作共计26函、200余种，包括了历史、对法、律经、般若、中观、量释、声明、星算、秘典等大小五明，探讨和总结了佛教文化的方方面面。
他所著的《佛教史·大宝藏论》（又称《布顿佛教源流》）是第一部由藏族高僧撰写的系统的佛教教法史，也是西藏早期难得的佛教编年史，对14世纪以后的西藏佛教著述以及藏族史学产生了重大的影响。他的《智者生悦论》一书，为西藏天文历算学奠定了深厚的基础。他的《宇宙构造论》进一步阐发了印度时轮派的历算学说，使之地方化和民族化。
布顿大师还提出了“地为圆形”的学说，并依此理论在夏鲁寺回廊的墙壁上进行绘制。他不仅参与了夏鲁寺殿堂的设计规划，还亲自制订了佛塔建筑的量度和曼荼罗的画法，并亲手绘制多幅大型曼荼罗壁画，在佛教造像量度学与色彩学方面也提出了不少独到的见解。
他对藏文大藏经的编纂整理耗费了极大的心血，重新审定了纳唐寺的《丹珠尔》，搜集了新译和原来未收进去的论著近千种，并使西藏所传的密宗有了一个系统的分类。他在夏鲁寺创建了密宗经院和显宗经院，使不同门类的学科系统化和规范化，对藏族寺院教育制度的系统化也有着积极的促进作用。
（三）宁玛派的集大成者龙钦饶绛巴
生于元末时期的宁玛派著名高僧龙钦饶绛巴（1308——1363年），是宁玛派教法的集大成者，是大圆满传承历史上最重要的祖师。龙钦饶绛巴尊者和在他之前的萨迦班智达以及在他之后的宗喀巴大师三者，可以说代表了藏传佛教文化的三个高峰。
龙钦巴尊者本名智美沃色，生于前藏优如扎地方。他5岁便学会了藏文的阅读和书写，跟从父亲学习众多经论和医药、星象等知识，12岁时在桑耶寺出家为僧，法名为慈诚罗珠。据说他14岁起已便可以讲授戒律经论。他在19岁时入桑浦寺，学习了慈氏五论、因明、中观等诸多显宗理论和声韵学、修辞学、韵律学、戏剧学等共6年，期间成绩显著。由于他在因明辩经场上战胜对手，被众人称为“桑耶多经教者”或“龙钦饶绛巴”（广通经义者）。
后来，龙钦巴尊者又遍寻名师贤哲，没有任何教派偏见地学得了当时所有各宗派最重要的传承教法，并于山岩寂静处不断修行，成为了兼通显密的一代高僧。他四处弘法，足迹遍布于乌思藏各地以及不丹、印度等地，并在不丹建立了塔巴林寺。不丹境内的宁玛派就是从该寺发展起来的，并且经由不丹传到了尼泊尔。
龙钦巴尊者还发掘了不少伏藏，丰富了宁玛派的佛教经库。他也对许多宁玛派经典作了整理和诠释工作。他一生的著述等身，多达283种，其中关于修辞、韵律、辞藻学方面的作品及论述佛教基本知识的文章等共96种，显宗方面的论著有20种，密宗方面的论著有115种。在这些论著中，最著名的是《龙钦七宝藏论》，也就是《宗派宝藏论》《胜乘宝藏论》《窍诀宝藏论》《如意宝藏论》《法界宝藏论》《实相宝藏论》《句义宝藏论》等七部经典，把深广、奥秘、繁杂的宁玛派教义作了全面、系统的整理和归纳，不但在宁玛派教史上占最重要的位置，而且对整个藏传佛教都有重大影响，不少佛教大师称它在藏传佛教史上是空前绝后的。
此外，这一时期还涌现了不少有名的高僧大德和佛教学者，在此就不一一详述了。
七，藏传佛教在内地的传播
在元朝统治者的支持下，藏传佛教以元大都为中心，在上都、江南、敦煌等地都迅速传播，影响遍及朝野。
在元代，每逢祭祖、皇室成员生病、遇到天灾或战事等等，都要举办藏传佛教的佛事活动。这些佛事规模巨大，影响也很广泛。元朝统治者又组织人员翻译藏传佛教经书，并命寺院僧人诵读。又广建寺庙，封赏僧人，给寺庙的土地以特权，采取了各种措施来促进藏传佛教的传播。
设立藏传佛教僧人作为帝师也成为了元朝的一种风尚，先后正式设立的帝师就有14位，元政府给了他们极高的社会地位。百官、宫妃、内侍等人出于不同的目的，纷纷拜在帝师门下，受戒，学习佛法。这种情况不仅出现在内宫，同时也波及到全国。
由于元统治者崇信藏传佛教，给了藏僧很多特权，所以元时期大量藏僧源源不断地涌向内地，他们当中除了一小部分被封官晋爵外，还有一部分散落在各处，成为社会上活跃的一部分，藏传佛教也随着他们的活动得到了传播。
另外，元政府把一些在政治斗争中受牵连的藏族高僧贬到江南去，这也在客观上促进了藏传佛教在江南的流传。
到了元末之时，藏传佛教噶举派的僧人也进入内地弘法，其中就包括了噶玛噶举派的第三世活佛饶迥多吉和第四世噶玛巴活佛若必多吉。
第六节，格鲁派的创立和全面兴盛
一，藏传佛教颓废混乱的现象
14世纪时，藏地的形势相对稳定，藏族社会的进入了一个发展的旺盛时期，但是同时，在藏传佛教界，却出现了各种颓废混乱的现象。在这一时期，藏传佛教的一些教派权势大增，萨迦、噶举派的上层僧人直接参与了掌握政治、经济权力的活动，参政议政的佛教僧人日趋增多，其中有不少追名逐利者。宗喀巴大师的高足克珠杰在他所著的《宗喀巴传略》中指出，当时多数僧人不论什么时候都喝酒，不论什么时候都进食，到处玩耍，沉湎歌舞，甚至于彼此争吵，与人斗殴。
另外，还有一些修某一密法的僧人，借口说戒律只是为小乘僧人而设，自己则无需管什么戒律不戒律的，于是他们为了满足自己的私欲，以修密法的名义强取妇女，公开娶妻生子、酗酒、贪婪成性、****自恣。这就使得僧团中出现了戒律松散、追求世俗享乐、热衷于争夺权势利禄、教风败坏、僧人腐化的局面。
佛教戒律的废驰和僧人的腐化堕落，导致了僧人在民众中的威望下降，同时还加剧了僧人与民众的对立，从而使藏传佛教自身的发展陷入了困境。
二、宗喀巴大师的宗教改革
在此时代，藏传佛教史上最重要的人物之一，被藏人喻为“第二佛陀”的宗喀巴大师（1357——1419年）声誉渐起，他目睹当时藏地佛教界的种种弊端，有志进行大力改革，并获得了帕竹政权的支持。
（一）宗喀巴大师其人
宗喀巴大师的法名为洛桑扎巴，密号顿月多杰，生于青海宗喀地方，因此被人们尊称为“宗喀巴”（意为“宗喀地方的人”）。他3岁时，在西宁的噶玛巴·乳必多杰面前，受了居士戒，取名为“贡噶宁波”。7岁时，在青海夏琼寺，由噶当派高僧顿珠仁钦担任堪布，循努降曲担任轨范师，给他传授了沙弥戒，起法名为“洛桑扎巴贝”。之后，他就在夏琼寺依止顿珠仁钦大师学了9年的显密教法。16岁时，他辞别老师，按传统赴西藏深造。1381年，楚臣仁钦担任堪布，夏尔贡巴担任轨范师，索南多杰担任教授师，为他授了比丘戒。
宗喀巴大师一生遍访名师，据说曾先后依止了40多位善知识学习佛法。他博览群经，不拘一格，不受教派门户的限制，几乎把藏传佛教中各个教派的显密教法都系统地学了一遍，全面继承了佛教的显密教法，建立了完备的佛学体系，被众人视为藏传佛教的集大成者。
（二）宗教改革
针对藏地佛教当时的情况，宗喀巴大师一方面进行宗教改革，提倡僧侣必须严格遵守戒律。
一方面讲经说法、著书立说，强调佛教修习的系统性和次第性，并且把佛教显宗的理论学习放在了首位，要求修习密法者必须以正确的思想为指导。
约于1388年，宗喀巴大师改戴黄色僧帽（以前藏地佛教中喇钦·贡巴饶赛和喀且班钦·释迦室利二人戴过黄色僧帽，并且这两个人都以重视戒律而闻名于世），以此来表明他严守戒律的立场，并且规定他的弟子也都戴黄色僧帽，以此显示与其他教派的区别。这是他革新藏佛传教并创立新教派的一个开端和标志。
从1396年起，他几次发起讲解《律经》等佛教戒律的活动，又在聂麦僧格宗的色其崩巴举行供养大****，为信徒讲解了许多戒律方面的教法，举行了净除堕罪、忏悔护戒的仪式，所有事宜都严格遵照戒律规条而行。第二年春季，他又在聂地区的岗穷地方为信徒讲解斋戒及皈依的律仪，在家居士和出家僧侣应该遵守的戒律等等。公元1399年，又在拉萨布达拉为僧人讲授比丘戒，此后，提倡戒律的活动更为积极。
宗喀巴大师又重修古寺精其寺，通过举办****来宣传他的佛学思想。1394年，他在嘉索浦地方举行了一次****。1399年，宗喀巴师徒在精其寺弥勒佛铜像前举行了一场较正规的祈愿****，参加****的约有200多僧众。这一次****的内容从《贤愚因缘起》中释迦牟尼佛降伏六师外道之事而起，****的主题是振兴正法，摧伏邪法外道。
1400年春，他在拉萨西郊的噶瓦栋寺有四五百僧人参加的****上改讲大乘戒《菩萨戒晶》《侍师五十颂》和《密宗十四根本戒》等。在讲每部大乘戒之前，他都详引经论文句说明守戒的必要性，是在讲《密宗十四根本戒》时，更是广泛地引用密教典籍，特别强调了修习密宗的僧人遵守戒律的必要性。