1401年至1402年，宗喀巴大师在热振寺撰写了著名的《菩提道次第广论》，1406年，他完成了另一部重要著作《密宗道次第广论》，1408至1409年完成了《中论广释》和《辨了不了义论》。写成每部著作之后，他都广为宣讲，为他的佛学思想和理论争取更多的信奉者和支持者。
三、格鲁派的创立
格鲁派是宗喀巴大师在对藏传佛教进行宗教改革的过程中创立的一个新宗派。格鲁派的“格鲁”一词意为“善规”，指这一个宗派倡导僧人严守戒律，该派僧侣戴黄色僧帽就是表达对戒律的重视之意。另外，又因为这一派认为它的教理源于噶当派，所以它又称为“新噶当派”。它是藏传佛教各大教派中最后兴起的一个。
1409年藏历正月，在阐化王扎巴坚赞及其属下的大力资助下，宗喀巴大师在拉萨主持了一场有万人规模、空前盛大的祈愿大法会。大法会前，曾商定由帕竹政权属下贵族仁钦贝、仁钦伦布父子出资在拉萨东五十里的旺古尔山（又名“卓日窝切”）为宗喀巴大师建寺。法会结束后，宗喀巴大师亲自去旺古尔山加持了地基，由大弟子贾曹杰和扎巴坚赞二人率领徒众，建立了著名的甘丹寺，全名为“甘丹南结林”。格鲁派就是以甘丹寺为根本道场逐渐形成并发展起来的。在藏文史籍中，一般以1409年作为宗喀巴创立格鲁派之始。
作为在宗教改革的过程中建立的新教派，格鲁派与当时的藏传佛教其他教派相比，有自己的许多特点，主要表现在：
第一，要求出家僧人必须严格遵守戒律，不应干预世俗事务，不得娶妻和从事生产劳动。
第二，调整和改革了寺院的组织和规章制度，对学经制度作了严格规定。
除了强调严守戒律之外，特别注重佛教修习的次第，强调要先学显、后学密，要循序渐进，不允许跳跃等级。认为显宗人人可学，而密宗只能传给少数有根器者。
规定了五部大论即《现观庄严论》、《入中论》、《量释论》、《戒律本论》、《俱舍论》是学习显宗的必修经典，而修习密宗者必须系统地修习四部密法即事密、行密、瑜伽密、无上瑜伽密，不得只修某一密法而不顾其他密法。这种系统的学经过程，相应地在寺院中形成了严密的规章制度和教学组织。
格鲁派寺院的组织严密、制度详明，是当时其他教派不能比拟的。
第三，每年在拉萨举行传昭法会，允许其他教派僧人参加。在会上讲经传法，创立了传昭期间进行辩论和考试、以授予格西等学位的制度。
格鲁派的创立给当时涣散的藏传佛教带来了新的气象，作为一个具有高度自我约束力、组织严密、制度详明的新兴教派，它受到了当权者的支持，也得到了民众的敬重，多方面的因素使它自创立之后便获得了很迅速的发展，遍布于整个卫藏、后藏、阿里、多康地区。
四、达赖喇嘛活佛世系的形成
16世纪，后藏的仁蚌巴属下的辛夏家族在次旦多杰的领导下，于1565年推翻了仁蚌家族的统治，控制了后藏大部分地区。次旦多杰自称为“藏堆杰波”，其意为“后藏之王”（汉文史料中为“藏巴汗”）。藏巴汗的势力迅速崛起，而帕竹政权却在进一步衰落。藏巴汗支持噶玛噶举派，敌视和压制一直依靠帕竹政权的格鲁派。
从16世纪初，蒙古势力开始南下，进入青海，向西藏逼近。1559年，蒙古土默特部的首领俺答汗率部进入了青海，因其势力强大，明朝也无可奈何。土默特部在进入青海安多藏区之后，接触到了藏传佛教，并且与之建立了联系。1571年，西藏高僧阿辛喇嘛到蒙古地区传教，会见了俺答汗，并且劝他皈依佛教。后来，又有青海喇嘛阿哩克等也向俺答汗讲解佛教的教义。
1574年，俺答汗派遣金字使者前往拉萨，邀请当时任格鲁派色拉寺第十三任赤巴的索南嘉措喇嘛（1543——1585年）到青海讲法。索南嘉措喇嘛接受了邀请，于1577年底从哲蚌寺起程，前往青海。1578年藏历五月十五日，索南嘉措喇嘛与俺答汗会晤于青海湖西北新建的察卜齐雅勒庙，双方像忽必烈与八思巴那样互赠尊号。俺答汗赠给索南嘉措喇嘛的尊号是“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”。“圣”是超凡出世之意，“识一切”，是藏传佛教对在显宗方面取得最高成就的人的称号，“瓦齐尔达喇”意为“金刚持”，是藏传佛教对在密宗方面取得最高成就的人的称号，“达赖”是蒙语大海之意，“喇嘛”则是藏语中上师的意思。这就是达赖喇嘛名号的开端。
此后格鲁派寺院将索南嘉措定为第三世达赖喇嘛，追认根敦嘉措为第二世达赖喇嘛，而格敦珠为第一世达赖喇嘛，由此形成了达赖喇嘛的活佛世系。
五、达赖喇嘛活佛世系的形成
在第三世达赖喇嘛与蒙古俺答汗在青海的历史性会见中，商定了一系列在蒙古地区修建寺庙、广泛推行藏传佛教的条例。如，俺答汗颁布在蒙古地区推行格鲁派的法规《十善佛经法》，并且规定格鲁派上层僧侣享有与蒙古贵族同等的政治、经济待遇，且免征赋税，善奉格鲁派、尊敬喇嘛是每个蒙古人的义务，下令禁止萨满教的宗教活动。
两人商谈之后，举行了由蒙古、藏、畏兀儿（维吾尔）、汉等民族群众约10多万人参加的盛大法会。第三世达赖喇嘛以格鲁派教主的身份剃度了包括蒙古鄂尔多斯、土默特、永谢布三部王族成员在内的100多名蒙古人与藏族人出家为僧，又给俺答汗传授了《喜金刚》的灌顶，赠给他“大梵天法王”的尊号。从此蒙古民族的社会风俗逐渐起了变化，开始信奉藏传佛教。
1579年，俺答汗回到土默特，修建了蒙古地方第一座藏传佛教大召寺，万历帝为它赐名为“弘慈寺”。之后又修建了美岱召、席力图召等寺院。1582年，俺答汗去世，他留下遗言，要求后人继续崇信佛法，并迎请第三世达赖喇嘛到土默特。于是，1582年底，第三世达赖喇嘛应继承汗位的都隆·僧格洪台吉的邀请，向北出发。他一路上讲经说法，曾多次停留，经过甘肃临洮时，还调停了当地蒙古族部落与明朝官员的纠纷，又在内蒙古的依克沙巴尔调解了三个蒙古部落之间的战争。总之一路上受到隆重欢迎，讲授佛法，做了许多佛事，最后在1585年到达库库和屯（归化城，今呼和浩特旧城），驻锡大寺，为俺达汗主持了超度法会。
第三世达赖喇嘛在内蒙古期间，竭尽全力地宣传格鲁派教法。他在青城建立了锡热图召寺。又到内蒙古东部地区讲经说法，广收门徒。1587年，外蒙古喀尔喀部的阿巴岱汗从第三世达赖喇嘛处领受了佛教要旨，迎佛像经典而归后，就下令烧毁当地的萨满教神像，修建藏传佛教格鲁派的寺院。1589年，阿巴岱汗在沙拉·阿吉尔嘎地方（今乌兰巴托附近）修建了寺院“额尔德尼昭”，这是在漠北喀尔喀部兴建的第一座格鲁派寺院，里面供奉着第三世达赖赠予的佛像。从此，格鲁派教法在外蒙古地区也广泛地传播开来。
第三世达赖喇嘛还派遣了一些高级喇嘛留驻蒙古，著名的青海东科尔寺呼图克图就是被第三世达赖喇嘛派遣到蒙古的，这位高僧后来一直在蒙古传播佛法，甚至他的辈辈转世也都出现在蒙古。著名的阿兴喇嘛也曾在蒙古驻留多时。
1588年，第三世达赖喇嘛在应邀赴察哈尔部讲经的途中圆寂，
临终前留下了“转世灵童在俺达汗家族中”的遗言。这就是达赖喇嘛世系中迄今唯一的蒙古族——第四世达赖喇嘛云丹嘉措的认定由来。
通过这一系列的活动，第三世达赖喇嘛名声遐迩，藏传佛教格鲁派的威望也得到进一步提高，在蒙古漠南漠北各地区迅速地发展起来。
六，格鲁派的全面兴盛
（一）在蒙古的帮助下形成独占优势的局面
第四世达赖喇嘛云丹嘉措（1589——1616年）从蒙古入藏以来，当时的藏地政治格局发生了变化。西藏大部被辛夏巴家族势力所控制，而格鲁派的支持者帕竹政权更加衰微和分裂，已徒具虚名，在经济上支持格鲁派的弟巴吉雪巴也已经被击垮。噶玛噶举黑帽系的第十世活佛曲英多杰与辛夏巴家族关系密切。在格鲁派与噶举派的教派之争中，辛夏巴家族与噶玛噶举的红帽、黑帽系以及止贡噶举派联合起来打击格鲁派和格鲁派的支持者。
1618年，辛厦巴家族势力推翻了帕竹地方政权，建立了第悉藏巴政权。在第四世达赖圆寂之后，辛夏巴·彭错南杰对格鲁派采取了更加严厉的限制措施，还下令不准达赖喇嘛再度转世。这对格鲁派来说是非常沉重的打击，在重压之下，格鲁派向蒙古汗王寻求外援。1617年初，蒙古喀尔喀部向彭措南杰发起进攻，先胜后败。1621年，青海土默特蒙古的军队抵达拉萨，向藏巴汗展开进攻，大获全胜。藏巴汗的继承者丹迥旺布的残军被围困于拉萨药王山下，经第四世班禅罗桑却吉坚赞等人出面调停，丹迥旺布同意把以前抢占的哲蚌、色拉两寺庄园交还格鲁派，把拉萨河下游地区交由格鲁派管辖，恢复卫藏曾被噶玛噶举派红帽系强迫其改宗的格鲁派寺院。
由于此次战争的胜利，搁置已久的第四世达赖喇嘛的转世问题得到解决。1622年，西藏山南琼结地方一个贵族家庭的孩子——阿旺·洛桑嘉措（1617——1682年）由第四世班禅罗桑·却吉坚赞认定为第五世达赖喇嘛的转世，被迎入哲蚌寺坐床。
第五世达赖喇嘛是格鲁派教史上一位举足轻重的人物。在格鲁派四面受敌、生死存亡的关键时刻，他与第四世班禅大师等人共同商议之后，向和硕特蒙古汗王固始汗求援。经过几次战争，在1641年，固始汗获得最终胜利，处死了藏巴汗，打击了噶举派。
此后，在固始汗的直接策划和安排下，建立起了一个统治全藏的甘丹颇章政权。他尊第五世达赖喇嘛为全藏区的宗教领袖，使格鲁派掌握了卫藏地区的经济大权，以第五世达赖喇嘛为首的格鲁派上层在甘丹颇章政权内也拥有实权，格鲁派在西藏社会中形成了独占优势的局面。
之后，在噶玛噶举派与一些原来支持藏巴汗的地方首领联合发动的一系列战争中，固始汗之子达赖汗使用军事力量镇压了这些暴动，帮助格鲁派摧毁各地的噶玛噶举派寺院，强迫噶举派僧人改宗，还在所有噶玛噶举派僧人的手上打上印记，再将他们交给各个格鲁派寺院。在那之后，在对不丹和拉达克的战事中，固始汗的蒙古军同样充当了主力。
（二）扩张势力范围和确立主导地位
1652年，清朝的顺治皇帝邀请第五世达赖喇嘛到北京弘法，给了他极为隆重的接待，又送给他刻有满、蒙、藏、汉四种文字的金册、金印，正式册封第五世达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。从那以后，“达赖喇嘛”的封号与其在西藏宗教领袖的地位就被正式确定了下来。
回到藏地之后，第五世达赖喇嘛凭借受清政府册封和蒙古军队支持的优势，采取了种种措施，展开一系列变革，对西藏社会从政治、经济、宗教等方面进行了全面的调整和整顿，从而扩大和发展了格鲁派的势力范围，巩固了格鲁派集团对卫藏地区的控制。由此，使格鲁派得到了空前发展，在藏传佛教各教派中占据了绝对的优势。
在这个调整和整顿的过程中，第五世达赖喇嘛强制没收了不少其他教派的寺院，迫使那些寺院改宗成为格鲁派的属寺。例如，他曾没收了觉囊派达丹平措林寺及其属寺的财物，又没收了噶玛噶举其寺院财物，迫使那些僧侣改宗格鲁派。
同时，第五世达赖喇嘛还以清朝赐予他的金银为主要资金，在前后藏地新建了60多处格鲁派大寺，并给它们划拨土地和属民，又大加扩建格鲁派旧有的寺院，对布达拉宫也进行了大规模的扩建。
第五世达赖喇嘛和第巴桑结嘉措在执政期间，进一步规定了格鲁派寺院内部的组织形式，形成了一整套的规章制度。又以拉萨三大寺和扎什伦布寺为中心，在全藏组织起格鲁派集团寺庙网络。在大小寺庙之间形成主寺和属寺的关系，规定主寺有权派出僧官担任属寺的堪布等重要职务，或派出常驻代表掌握属寺的内外大权，由此建立起层层隶属，形成了一个严密而又强大的主属寺院网络。这样一来，格鲁派不仅严格地控制着各地的宗教，实际上也控制着各地的政治、经济和文化。
（三）对其他宗派的政策
第五世达赖喇嘛对藏传佛教的其他教派基本上采取开放的态度——除噶举派和觉囊派之外。
他除了学修格鲁派所传的各种经论教法之外，还从其他不同教派的大师处听受、学习新旧所传的许多种密法，对显密诸教、大小诸乘、内外明处、各大教派无不精研。第五世达赖喇嘛一改格鲁派自创立以来一直反对宁玛派的行事风格，不仅自己亲身修习宁玛派的密法，还写了不少关于宁玛派密法的著作。
第五世达赖喇嘛在执政掌握西藏宗教权力之后，他对格派鲁、宁玛派、萨迦派等各派基本上采取一视同仁的政策，而对宁玛派又尤为大力支持。他曾帮助宁玛派扩建了多吉扎寺和敏珠林寺及不少属寺，自己又创建了南杰盘德林寺，在寺内专门弘传宁玛派教法，还曾把噶举派都松钦巴在洛扎地方所建的拉隆寺夺过来交给了宁玛派，此外又划拨给宁玛派寺院大量庄园和属民，从经济上加强宁玛派的实力。
七、格鲁派教法的传播及影响