跟随龙树的教授分为三个修习阶段，也就是“最初舍非福，中断于我执，后除一切见”。第一个阶段，所谓“舍非福”，是要求修行者学习轮回之苦、人身难得、无常和业因果等佛教基础理论，由此生起出离心、对佛法的信心和皈依的愿望。第二个阶段，“断我执”是要求修行者断除“法我执”和“人我执”，现证空性。并且，在证得空性之后，还不能就此止步，最后还必须把“一切法皆空”的观念也破除掉，在无执中进入均一平等之境。
跟随弥勒的教授，则是以对“因位智慧勇识”、“本性光明自身”的体认为目标，把因为迷乱于外境和内识而认为内识和外境实存的“二现”的这些心性的蔽障加以清除。
在萨迦派看来，心是一切事物的本元，能显现一切外境，它的本质是纯净而空无所得。如果众生能体认心的本质，就把握了心性与佛性的一体关系。但是因为众生的心性都被俱生的无明习气所遮蔽了，不能体认心性的光明，无明烦恼又使心产生迷乱，产生了认为内识和外境分别存在的幻象，所以就沉沦于生死轮回。所以，必须对产生幻象的执着进行断除，断除的方法是要求修行者运用禅定观修，对心性的“光明”进行深刻体悟。
道果法密宗的见解，就是“生死涅槃无别”之见，它的教法是要直接证悟心的本性。具体的修行方法是：首先要探寻此心，直接辨识此心之中的原始的“俱生智慧”，把它认识为明空双运，再仔细观修，生起如亲眼所见般的内在经验，并且心不因此而迷乱走失，能将任何显现都转化为智慧的妙用。即使心中升起了幻象，也运用对正见的忆念而使之消失。最后，要彻底达到“心既是空，又是明”的见解，并证悟“生死涅槃无别”，成就佛果。
四、噶举派
噶举派的“噶”的意思是“口传”，可以理解为“佛语”或“上师的言教”，“举”字是“传承”的意思，“噶举”就是指佛语传承或口传传承。这个宗派特别注重上师的语旨传授，并且传授的方式是口耳相传。
（一）各支系的形成发展
噶举派大约形成于11——12世纪，它的支系众多，影响广大。
它最初有两大系统——香巴噶举和达布噶举。香巴噶举是由琼波南觉（990——1140年）创立的，它的教法曾遍布藏区各地，但是到了15世纪之后，它却逐步隐没消失了。
达布噶举则以玛尔巴（1012——1097年）、米拉日巴（1040——1123年）和达布拉吉（1079——1153年）师徒三人为“三祖师”。
在达布拉吉的众弟子中，又有四人分别开创了四大派系：都松钦巴的噶玛噶举、向蔡巴的蔡巴噶举、达玛旺久的拔绒噶举和多吉杰布的帕竹噶举。在这四个支派中，帕竹一派又分出八个小派，也就是止贡、达隆、竹巴、雅桑、绰浦、修赛、叶巴、玛尔仓。这就是达布噶举的“四大八小”支系。
在支系众多的达布噶举中，噶玛噶举是藏传佛教史上最早采取活佛转世制度的教派。自元代以来，噶玛噶举的发展非常迅速，并且它与中央王朝的关系密切，也曾一度左右过西藏的地方政权。在明朝后期，它同格鲁派进行过激烈的争斗，最后以失败告终，势力也逐渐衰微。
帕竹噶举也曾和地方政权关系密切。自公元1208年由朗氏家族的扎巴迥乃担任寺主后，帕竹噶举的寺主之位就由朗氏家族成员世袭。14世纪中叶，帕竹噶举曾取代萨迦派掌握了地方政权。不过，到了明代后期，随着朗氏家族地方政权的衰败，帕竹噶举也逐渐衰落了。
总体上，从17世纪以后，噶举派就逐渐衰微，许多支系或与其他教派合流，或断绝了传承，至今尚存的有噶玛噶举、止贡噶举、达隆噶举、竹巴噶举等几派，其中以噶玛噶举影响较大，如今广受关注的藏传佛教第十七世大宝法王噶玛巴，就出自于这个传承。
（二）大手印法和那若六法
噶举派虽然支系众多，但它们在教法义理上比较一致，只是在密法的具体修持上才有各自的相对差异。
噶举派以龙树菩萨的中观论为理论基础，教法则源于帝洛巴、那若巴等印度密宗大师，它最核心的特殊教法是“大手印法”和“那若六法”。“大手印法”是解脱道，而“那若六法”是方便道。解脱道是讲明心见性的法门，要根基出色的人才能修学，根基普通的一般人则最好从方便道入手。不过，解脱道与方便道的法门也并不是截然分离的，两者常常相互参用、共同印证。
“大手印”一词源于梵文的“Mahamudra”，意译为“大象征”、“大密印”等。其中“印”有表记和象征之意，而“大”表达它无所不包、至高无上。“大手印”指的是一种在禅定的甚深境界中呈现出来的光明性体，比如自性、实相、菩提、法身、真如等等，都是表达这种境界的不同名称。
大手印法分为显宗和密宗两部分。
显宗的大手印要求修习者通过将自心安住于某一境上而证悟空性。《土观宗派源流》介绍说：显教的大手印，是就心体之上，专一而住，修无分别，令成住分。如是修习安住所缘之心，明明了了，即应寻觅此心，为在身内，或在身外，或在中间，遍处寻觅，心之体性了不可得，尔时决定此心无实，用此无实，在已成特殊的心体之上，用此无实，在已成特殊的心体之上，专一而住，他们承认在非遮（否定主题是什么）之理中修习空性。
至于密宗的大手印，则是一种修炼体内“风息”的瑜伽术，它要求修行者经历四种瑜伽法修行的进程：一是先修习“专一瑜伽”，以此来凝聚心神，增长知觉的敏锐性；第二是“离戏瑜伽”，它分析动与不动的本性，以“妙观察智”为基础，以不偏于“空”“有”的中道观想来达到明心见性的目的；第三是“一味瑜伽”，它化心物为一元，境界很高，难以用语言表达；最后是“无修瑜伽”，进入了这个阶段，就可以将所修的密法运用自如，能够直接进入大解脱、大智慧的无碍自由境界。这样，修炼者就证得了俱生大手印，获得即身成佛的果位。
“那若六法”是玛尔巴译师在印度从那若巴大师那里获得的一套密法，它在噶举派的整个密法中占有重要的地位。它由这六种不同的密法组成：拙火成就法、幻身成就法、梦境成就法、光明成就法、中阴成就法和迁识成就法。根据贡珠·云丹嘉措的《知识总汇》所说，拙火成就法是修道的核心，幻身成就法是修道的功效，梦境成就法是修道的调控者，光明成就法是修道的精要，中阴成就法是修道的判断法是修道的核心，幻身成就法是修道的功效，梦境成就法是修道的调控者，光明成就法是修道的精要，中阴成就法是修道的判断者，迁识成就法是修道的陪送者。
五、觉囊派
觉囊派是藏传佛教中较小的一个宗派，“觉囊”是后藏拉孜东北的一个修行处的名字，觉囊寺以此地名得名，觉囊派也以此得名。
（一）形成和发展
觉囊派的渊源最早可以追溯到藏传佛教后弘期的开始阶段，也就是11世纪。当时西藏域摩地方有一位名叫域摩·弥觉多杰（具体的生卒年不详）的在家瑜伽行者，后来他出家改名为丹巴杰布，他将中观的“他空见”理论和时轮金刚的修习方法结合起来，创立了西藏密宗的他空见理论和修法体系。
贡邦·特杰尊珠（1243——1313年）是域摩·弥觉多杰的五传弟子，他在后藏拉孜东北的觉摩囊修行地建立了一座寺院，名为“觉摩囊寺”，简称“觉囊寺”，以这个寺为根本道场，形成了觉囊派。
贡邦·特杰尊珠的弟子中有一位杰出者，名叫凯尊·云丹坚赞（1266——1327年），到了他的弟子笃补巴·喜饶坚赞（1290——1361年）的时期，觉囊派才得到大发展，进入了兴盛时期。到了15世纪初，觉囊派渐趋消沉。直到16世纪末，觉囊派出现了著名的佛学大师多罗那他（1575——1635年），觉囊派才又在后藏地区再度呈现兴盛的景象。
多罗那他是“十大佛经翻译家之一”的嘉译师的后代。他本名色觉多吉，出生于卫藏交界处喀热琼尊地方，8岁在觉囊寺出家为僧，受了沙弥戒，取法名为贡噶宁波，21岁时取名多罗那他，意为“梵语保护神”。他29岁受比丘戒，后来周游卫藏，精习各种显密教法，是后弘期著名的高僧和佛学大师。
1612年，藏巴汗用武力统治了后藏，建立了噶玛政权，他也是大力支持觉囊派的。在藏巴汗的支持下，多罗那他于1614年在觉囊寺附近创建了达丹彭措林寺，在那里广收门徒，弘传觉囊派教法。同年，他又应外蒙古喀尔喀部之邀，前往外蒙古弘法。多罗那他在蒙古以库伦（今乌兰巴托）为中心传教了20多年，在那里兴建佛教寺院，深受喀尔喀部汗王的敬信支持和蒙古各部王公及民众信奉和供养，他们把他尊称为“哲布尊丹巴”，意为“尊贵的圣人”。
1634年，多罗那他在外蒙古喀尔喀部圆寂。第二年，喀尔喀部土谢图汗的王妃生了一子，蒙古汗王们把他认定为多罗那他的转世灵童，号称“哲布尊丹巴一世”。
不过，在多罗那他去世以后，藏巴汗的政权被格鲁派取代，随后，第五世达赖喇嘛把西藏地区包括达丹彭措林寺在内的觉囊派寺院全部都改宗为了格鲁派寺院。除了保留多罗那他的名著《印度佛教史》等重要著述外，其余宣扬觉囊派教义的经籍都被封存起来。哲布尊丹巴一世后来也接受了第五世达赖喇嘛要求他改宗格鲁派的意见，第五世达赖喇嘛授给了他“哲布尊丹巴呼图克图”的名号。
至17世纪末，觉囊派在今西藏自治区境内已不复存在，但是在四川和青海藏族地区，它仍有保存，至今传承未绝。
（二）他空见和六支瑜伽法
觉囊派独特的理论是“他空见”。这种理论认为：
世间一切事物都有其真实体性——众生心中的“如来藏”佛性，由于众生对此无知（无明），在这个真实体性之上增加了种种虚妄分别，所以众生在轮回中流转；一旦清除了这些虚妄分别，如来藏的本体显露，众生就可以成佛。由于如来藏是众生成佛的种子，因此不能说它是“空”，无明的虚妄分别才是“空”；又由于万物的真实体性是事物之“自”，加在事物上的虚妄分别是“他”，因此，说“性空”只能是“他空”，而不能是“自空”。
这种“他空见”的思想，在佛教对“性空”的解释上与藏传佛教的其他派别都不同。宁玛派、萨迦派、噶举派的佛教思想虽也都立足于“众生都具佛性”的如来藏佛性论，但它们所持的如来藏学说也与觉囊派有所不同。宁玛派并不把如来藏当作某种事物或本体，而是将它看作是心的不可言说的功用，认为它是超越了“空”与“不空”的圆满境界。萨迦派和噶举派则强调心的“明空双运”或远离“执空”“执有”二边，是一种中道如来藏佛性论。噶当派、格鲁派的基本教义则是般若中观论，它在藏传佛教史上称为“自空中观见”，其认为一切事物并没有常存不变的实体，性空是指事物的自体本性为空。所以，格鲁派极力排斥觉囊派的他空见，第五世达赖喇嘛就曾指责“他空见”教义是藏传佛教的异端邪说，对觉囊派加以抨击和禁止。
“六支瑜伽法”则是觉囊派的主要修行仪轨，也是它获得最高成就的途径。每一位觉囊派僧人都应闭关三年而对它进行专修。六支瑜伽法分别是收摄、禅定、受命、持气、集中和三摩地。这个修炼法要求修行者以一系列的禅定修炼将自心从外境中收摄回来，并且不断地提升境界，引风息入中脉，控制生命能量并与宇宙连接，最终将空色（身）与大乐（心）融成一味，进入乐空双运的定境。
六，格鲁派
格鲁派的“格鲁”一词意为“善规”，因为这个宗派倡导僧人要严守戒律，这个派别的僧侣戴黄色僧帽就是表达他们对戒律的重视。又因为这个宗派认为它的教理源于噶当派，所以它在早期又称为“新噶当派”。它是藏传佛教各大教派中最后兴起的一个，由宗喀巴大师所创建。
（一）创立和发展
1409年，著名的宗教改革家宗喀巴大师（1357——1419年）在拉萨的卓日窝切建造了甘丹寺，从此格鲁派就以甘丹寺为主要道场正式形成，所以它早期叫做“卓日窝甘丹派”，到了后来才逐渐演变为现在的名称。
格鲁派是宗喀巴大师在对藏传佛教进行全面总结和整顿的基础上形成的教派，它强调严守戒律，注重修习的次第，主张先学显后学密。自创立以后，格鲁派的发展极为迅速。后来以哲蚌寺和札什伦布寺为中心，形成了达赖喇嘛和班禅两大活佛转世系统，这二者都是格鲁派极为重要的教派领袖。
在第三世达赖喇嘛索南嘉措（1543——1585年）时期，格鲁派与噶玛噶举等教派之间摩擦不断，但是借助于蒙古军事力量的支持，它的发展势不可挡，教派的威望也获得了进一步提高，并从青藏地区大规模传入了蒙古的漠南漠北和卫拉特各地。
在第五世达赖喇嘛阿旺·罗桑嘉措（1617——1682年）时期，格鲁派凭借清政府和蒙古军队的支持，采取种种措施，对西藏从政治、经济、宗教等各方面进行了调整和整顿，使格鲁派的发展进入了鼎盛时期，并在藏传佛教各教派中占据了绝对优势。直到今日，格鲁派依然称得上是藏传佛教中规模最大的教派。
（二）教义教法
宗喀巴大师以噶当派的教理为基础，兼容各派学说之长而建立了格鲁派的教义或佛学思想体系。