在显宗方面，宗喀巴大师在阿底峡大师的《菩提道炬论》之“三士道”为理论基础上，以中观应成派为正宗，以印度月称的佛学思想为依止，著《菩提道次第广论》，概括了三种士夫修学佛教显宗的整个进程。其中，特别是在“止观”的修学方面，宗喀巴大师从修止的条件、程序、方法、要点和成就的标准等方方面面，提供了一套精深的理论和方法。
在密宗方面，宗喀巴大师著《密宗道次第广论》，对密宗的修习过程作了详细规定。特别是规定了不管是修显宗还是修密宗，都必须遵守戒律。
在思想见解方面，这一派的理论核心是“缘起性空”。也就是说，一切万法都是缘起性空、假名安立，由知自性本空而知诸法缘起，由了知缘起之力而了知自性本空。所以，要通达中道实相，就必须证悟缘起性空之理，从而才可以断除人法二执，不起惑业，最终达到不生不灭的圆满境界。
在教法方面，格鲁派提倡经、律、论三藏不可偏废，而戒、定、慧三学又必须全面修习。同时，还要具备方便智慧双运之道和空性大悲的觉悟。格鲁派制定了显宗的必修教材——五部大论，即《因明论》《般若论》《中观论》《俱舍论》《律论》。格鲁派僧众在修习佛法时，对大乘佛教中提倡的诸如菩提心、六度、十地等佛教修习次第或纲目也极为重视。
（三）严谨系统的教学体制
格鲁派寺院教育共同的特点是重视学修次第，严格遵循宗喀巴大师制定的学制，先显后密的学修次第和循序渐进的学习程序。经过数百年的发展，形成了一整套严谨系统的教学体制，其中又以显宗的学经制度和学位制度独具特色。
在此摘录桑吉扎西在《藏传佛教格鲁派的学经辩经和学位制度》一文中关于拉萨三大寺的学经制度和学位制度的相关介绍如下，以供了解：
甘丹寺、哲蚌寺和色拉寺经过数百年的发展，形成了一整套严谨系统的教学体制，并一直沿习至今。三大寺的寺院管理和教学制度基本上一致，基层单位一般都由"拉基"、"扎仓"和"康村"三级管理机构组成。
寺院的重要事务一般由所有扎仓的堪布和各执事人员组成的"措钦冲堆"，即所谓的全体会议负责处理。寺院日常事务的最高管理机构是"拉基"，它是由各个扎仓堪布和卸任的堪布"堪苏"组成的机构。拉基以下是扎仓，一个寺院通常由两个以上的扎仓组成，扎仓又可分为显宗扎仓和密宗扎仓。其实，扎仓是一个相对独立的机构，并不一定受拉基的管理。每个扎仓设有一个堪布，负责管理扎仓的学经等日常事务。扎仓的堪布一般须由精通佛典并获得格西学位的高僧担任。堪布任期各寺并不相同，哲蚌寺为6年，色拉寺和甘丹寺为7年。康村是三大寺按照僧人籍贯划分的基层机构。
扎仓是每个寺院里学僧们学经的主要场所。哲蚌寺由显宗学院果莽扎仓和洛赛林扎仓、密宗学院阿巴扎仓、显密学院德央扎仓等四个主要扎仓组成。甘丹寺由降孜和夏孜两个显宗扎仓组成。色拉寺由显宗学院吉扎仓和麦扎仓、密宗学院阿巴扎仓组成。
格鲁派寺院共同的特点是严格遵循宗喀巴大师制定的学制，即先显后密的学修次第和循序渐进的学习程序。格鲁派显教学制大体可分为13级和15级两种，如哲蚌寺分15级，而色拉寺、甘丹寺、塔尔寺和拉卜楞寺分13级。
一个初入寺院的学经僧人叫"扎巴"，进寺后须举行拜师仪式，要找两位教师，一位是生活教师，一位是文化教师，前者负责生活起居，后者教授寺院规章制度和基础文化知识。待学僧达到能拼写读诵佛经的水平时，他要在"曲热"辩经台背诵出《曲热那卡颂》、《东比纳卡解》和《曲觉饶色》三种经文后，经过教师的推荐，才有资格转入显宗学院13学级的第一个学级学习。此时的学经僧人被称为"贝恰瓦"。作为一个闻思显教的学经僧"贝恰瓦"，需经过13个级别的漫长学习过程。每一级别皆须经过刻苦的学习并通过相应级别的辩经考试，方可晋升到上一个级别继续学习。
显教教材基本上是固定的五部大论：即法称的《释量论》、弥勒的《现观庄严论》、月称的《入中论》，以上各需学修2年；其后是功德光的《戒律本论》，需学修5年；最后是世亲的《俱舍论》，没有限定年限。这五部大论都是印度大乘佛教论师们的重要著述。当然，作为一名格鲁派学僧还要学习宗喀巴大师的《菩提道次第论》等格鲁派大师们的其他论著，如克珠杰和贾曹杰的经论注疏等。
以色拉寺的吉扎仓为例，共有13个学级。从第一至第七学级，每级学习时间为一年；第八至第十三学级，每级学习时间为两年；共十九年。第十三学级为高级班，没有考上格西学位以前，一直算是这个学级的学僧。第一至第三学级，全体学僧都要学习。第四学级学习结束后，每年选出16个成绩好并能够发放得起布施的学僧，给予"日穷"学位。第十二学级学习结束后，成绩好并能够发放得起布施的学僧，通过辩经考试可以获得"日钦"学位。"日穷"和"日钦"都是寺院里本扎仓授予的学位。第十三学级的学习结束后，成绩优秀的学僧才有资格被挑选出来进入一个叫"名达增扎"的学习班，准备参加最高级别的拉然巴和措然巴格西学位的辩经考试。
甘丹寺、哲蚌寺和色拉寺三大寺的学僧们在平常的学经时间外，还要参加两个特殊的学习班：一个是桑浦寺的"夏季学经班"，另一个是饶噶寺的"冬季学经班"。万遍辩
经声中逐渐成长起来的，最后通过辩经考试获得不同等级的格西学位，从而成为受人尊敬的博学之士。
这里需要说明的是，每一个参加格西学位考试的学僧，根据寺院的惯例，在授予他格西学位之前，需要在自己所在的寺院里举行一次广泛的布施活动，藏语称为"东阔"。根据《哲蚌宗教源流》记载，"哲蚌寺果莽扎仓放一次布施，需大米55克（每克约28市斤）、牛肉54腿、酥油75克、砖茶16条（块）、盐巴1克、果品14包，以及人参果和牛奶若干。"如果没有这次布施活动，考僧也就没有资格获得格西学位了。
过去拉萨三大寺平均每年格西的录取名额只有63人（其中拉然巴格西16名，措然巴格西12名，多然巴格西和林赛格西35名），这63个名额要分配到三大寺的7个扎仓，它们是哲蚌寺的果莽、洛赛林、德央扎仓；色拉寺的吉扎仓和麦扎仓；甘丹寺的夏孜和降
经声中逐渐成长起来的，最后通过辩经考试获得不同等级的格西学位，从而成为受人尊敬的博学之士。
这里需要说明的是，每一个参加格西学位考试的学僧，根据寺院的惯例，在授予他格西学位之前，需要在自己所在的寺院里举行一次广泛的布施活动，藏语称为"东阔"。根据《哲蚌宗教源流》记载，"哲蚌寺果莽扎仓放一次布施，需大米55克（每克约28市斤）、牛肉54腿、酥油75克、砖茶16条（块）、盐巴1克、果品14包，以及人参果和牛奶若干。"如果没有这次布施活动，考僧也就没有资格获得格西学位了。
过去拉萨三大寺平均每年格西的录取名额只有63人（其中拉然巴格西16名，措然巴格西12名，多然巴格西和林赛格西35名），这63个名额要分配到三大寺的7个扎仓，它们是哲蚌寺的果莽、洛赛林、德央扎仓；色拉寺的吉扎仓和麦扎仓；甘丹寺的夏孜和降孜扎仓。因而每个扎仓只能分到八九个名额，这些名额中还有半数被活佛占去，轮到普通学僧的名额也就所剩无几。此外，由于够资格考格西学位的考僧很多，而录取的名额又十分有限，所以也形成了考僧间的激烈竞争。
藏传佛教格鲁派的格西学位以拉萨三大寺考取的格西最为著名，也最具权威性和代表性，因而格鲁派规定"甘丹赤巴"必须出自三大寺之僧，所以作为一个格鲁派僧人能够获得三大寺的格西学位便是一件非常荣耀的事情。
三大寺的格西学位共分为四个等级：第一等是拉然巴格西，意思是拉萨传召大****上辩经的博学高明之士；第二等是措然巴格西，即全寺的卓越高明之士；第三等是林塞格西，意思是从寺院里挑选出来的有才华的人；第四等是多然巴格西，意思是在佛殿门前的石级上经过辩论问难考取的格西。
"林赛"和"多然巴"格西学位只需通过本寺扎仓的一次辩经考试就可以获得。"多"是石阶的意思，表示辩经考试是在扎仓外的石阶上举行的。"林赛"是指在本寺僧众面前进行的考试。多然巴格西每年每个显宗扎仓只有1名，林赛格西每年每寺8名，这两种格西学位的辩经考试和认定，不必经过噶厦政府的认可，一般由各寺自行决定。