雍仲本教还有自己的主要标志——“雍仲恰辛”，它由两个逆时针方向旋转的“卍”（“雍仲”）符号组成。“卍”符号有“永恒不变”、“金刚”、“善妙”、“吉祥”之意，也象征集中的能量，而“雍仲恰辛”的象征意义，在本教经典《说冠琵琶之音》一书中，这么解释道：这个金制雍仲钤记，表示“本”无变无灭，象征证得雍仲之藏及具十八文义。恰辛两端的雍仲符号，又象征了显密两宗，而其居中连接处的两个莲花苞则象征了心识部无上大圆满。
另外，辛饶·米沃且反对世续本教中大量杀牲血祭等血腥的习俗，他尝试采用糌粑和酥油捏成各种彩线花盘形式的“堆”或“耶”来代替动物作为祭祀的祭品，并取得了成功。据说它就是也被藏传佛教所广泛使用并成为一大特色的供品——朵玛和酥油花的最初起源。
至于雍仲本教从象雄王国传到吐蕃的大致时期，有人认为是在吐蕃王朝第一代国王聂赤赞普的时代，有人认为是在第二代赞普穆赤赞普时期，还有人认为是在第八代藏王止贡赞普时代，也有人认为在吐蕃第九代藏王布德贡杰的时代，雍仲本教已经在吐蕃本土流传，如《西藏王统记》记载说：“王臣二人之时，已传入雍中本教。教主辛饶本名弥沃，生于大食之韦莫隆仁。本教之经如‘康钦波吉’八大部等皆传译自象雄地方，于是大为兴盛。”（索南坚赞：《西藏王统记》，刘立千译，北京：民族出版社，2000年，第35页）
第四节历史发展三阶段
和雍仲本教教主辛饶·米沃且的出生地一样，关于本教的发源地，也有两种不同的说法：一种波斯说，另一种是象雄说。例如，18世纪的藏族学者夏察·扎西坚赞在其著作《西藏本教源教》一书中，就认为本教的发源地是波斯，德国的学者霍夫曼，也根据本教中关于宇宙形成的传说来证明，本教受到了伊朗宗教的影响。不过，在大部分的藏文史籍中，都认为本教发源于古代的象雄地方。象雄早在公元前5世纪就产生过极高的远古文明，并且有自己的文字。本教徒认为，本教早期的经文都是从象雄文翻译为藏文的。
在本教的历史分期方面，本教界本身和藏传佛教界的分法并不相同。本教界把自身的历史发展阶段分为前弘期、中弘期和后弘期，而藏传佛教界一般把本教划分为“笃尔本”、“恰尔本”和“居尔本”三类，并且这三类分别与不同的历史时期相结合而成为三个历史发展阶段。
一，本教徒划分的历史阶段
（一）止贡赞普灭本：本教前弘期的结束
根据本教《札羌》《本教志》等史籍记载，在吐蕃第八代藏王止贡赞普时代，由于本教徒的权力过于膨胀，构成了对王权的威胁，止贡赞普下令驱逐本教徒，毁灭本教。本教徒把这称为本教史上的第一次法难，将本教从始创到止贡赞普灭本之间的时期叫做本教的“前弘期”。
根据本教的历史记载，在吐蕃第一位藏王聂赤赞普以前，没有什么迹象表明雍仲本教已正式传入吐蕃，但是本教作为雪域高原的一种原生本土宗教已经存在。虽然雍仲本教从象雄王国传到吐蕃的具体时期有着不同的说法，但若按照《西藏王统记》的记载，至少在第九代藏王布德贡杰的时代，吐蕃本土也已有了雍仲本教的流传。若这种说法成立，那么在本教的前弘期期间，流行在藏地的本教就应既包括了名目众多的世续本教，也包括了辛饶·米沃且创立的雍仲本教。
在这一阶段，本教在藏地处于兴盛时期。如前文所说，世续本教的主要内容仅限于一些祈福消灾、拔祛邪恶的原始仪式，辛饶·米沃且的雍仲本教将这些内容归纳为“四因本”。本教前弘期主要传播的是四因本，本教经典《札向》说：本教前弘期因本约始于百年前，此后传果本。果本是包括了见地、修行、戒律的高层次本教教法，核心内容是密法修炼。
聂赤赞普时期，吐蕃盛行的是属于因本，也就是世续本教的“十二智慧本”。除此之外，有史书记载，那时还有雷神本波、赛森波和象雄本波。从第二代藏王穆赤赞普至赛赤赞普之间，结邦本得到了广泛传播。《日灯》说：“穆赤（赞普）从襄哇多建学习愤怒大自在密续母子经，修行于拉日江托山。”可见这种本是一种属于密法的本尊修行法。
根据本教经典《本教源流·善劫项饰》的记载，吐蕃第二代藏王穆赤赞普专修忿怒本尊，达到了非常高的修行境界：他可以在众人面前如同鸟一般飞翔于天空，不沉水底；又能幻化出龙鹏狮子，乘坐在它的背上，遨游空中；又可以在荒野中变出莲花池，让干枯的泉眼喷出水来；他的唾液可以生火，又可令天铁砸毁魔鬼山，让日月化为花瓣，当作曼荼供；还可以使天神、罗刹皆为奴婢，听他的指令，四尊女杰为他效劳；吸食禅定之精，不用世间粮，等等。
《西藏本教简史》中说，穆赤赞普修炼本教密宗，也鼓励臣民皈依雍仲本教之法，当时在吐蕃本土掀起了一股修炼雍仲本教密法的热潮。根据本教经典《慈母》的记载，穆赤赞普成就学业，修行觉悟往波斯等地译经，从象雄王国请来了一百一十八位本教大师，创建了三十七处本教修炼道场。
从聂赤赞普到止贡赞普，七代赞普在位期间，本教在吐蕃王朝都得到了王室和贵族们的支持，并在上层权利阶层拥有一席之地。在赞普身边为他处理日常工作，从事宗教祭祀事务，同时身为御医的本教神师，被称之为“古辛”，字面意思是“身之辛”，也就是赞普的“护身之辛”。“辛”就是指本教中负责人间与天界的沟通、专门从事祭祀仪轨的人员，而“古辛”的地位相当于国师，大多是从象雄邀请过来的，他们不仅在宗教活动中具有主导地位，而且在日常政治生活中也掌握了很大的权力。在古辛的策划和推动下，贵族与王室成员争先修建称为“赛康”的本教神殿，几乎每个赞普都修建了自己的“赛康”。
相传，本教这时出现了上有著名的六大喇嘛，中有十三大世系喇嘛，下有四大译师的繁荣局面。
到了止贡赞普的时代，本教在吐蕃已经成为了至高无上的普遍信仰。止贡赞普早年对本教并没有什么特殊政策，如前面的赞普一样推行本教，让它自然地发展，允许本教的宗教活动在王室内进行，也允许古辛们在王室内部存在。那时还曾专门从迦湿弥罗（今克什米尔）、勃律（今巴基斯坦一带）、象雄等三地请来了三位本教徒到吐蕃进行超荐凶煞的活动。
随着本教发展的日益兴盛，古辛也不再是普通的宗教祭师，而成为了王室家族的重要成员之一。在政治势力的纵容和精神信仰的普遍尊崇下，古辛的权力开始扩张，他们不仅从精神上左右赞普的思想，而且开始干预朝政，几乎能左右赞普的行为。这种本教教权与吐蕃王权的高度结合，被本教史家称为“王辛同治”。
根据《雍仲本教续部》的记载，古辛可以在白色头巾上插鹰翎作为头饰，身着白猞猁或者狼皮袄，并用虎豹皮毛装饰；他们在宫殿中独自坐在赞普的右边，而大臣们则坐在赞普的左边；在古辛没有道出三句话之前，赞普不得发布命令，大臣们也不能讨论政务。
古辛具有的特殊权力几乎凌驾于王权之上，构成了对王室的威胁，教权与政权的矛盾到了相当激烈的程度。《雍仲本教续部》中记载说，有位名叫赞协美拉的大臣曾直接对赞普进言道：“喏！赞普大人，如果头顶的帽子过重，身体会撑不住的；如果美味佳肴吃过头，会反胃的；听任虱子爬到自己腿上，最后它会爬上你的头顶。如果本波的地位过高，会篡夺赞普的王位。”印度浪人热纳斯德也说：“雍仲本太过深奥，无法弄懂；大量的神祇容易触怒而招来灾祸；辛波（本教大师，编者注）们地位高权力大。目前看来赞普与辛波地位不相上下，但是到了王孙时期，王位必将被本波夺取。”其他一些大臣也都同意这样的看法，请求止贡赞普采取措施控制本教权力的扩张。（上述内容出自《雍仲本教续部》，见顿珠拉杰《西藏本教简史》第22页——23页的转引。）
止贡赞普也对本教徒们感到愤怒，认为大臣们言之有理，采纳了他们的建议。于是他召集了四方的本教辛波，对他们说：“现在，本教的古辛地位过高，直接威胁王权。所以，我决定驱散在吐蕃本土内的本教辛波。”他宣布，除了从事拉本仪式的四种祭祀——“拉本四门”，以及吉木布兰擦、格库替盆、策米绿冬等少数本教徒可留在王室，作为赞普本人的古辛而继续为王室直接服务之外，其余所有的辛波都必须离开吐蕃的领地。虽然本教徒们极力反对这个决定，但最终还是赞普的强权战胜了本教徒的抵抗。辛波们商量之后，把除了拉本四门的本教经典埋藏在了主要的本教聚集地，许愿希望这些经典将来可重见天日，再度传播。
止贡赞普驱逐了从象雄请来的本教师们，强行压制吐蕃本教徒的势力，将以古辛为核心的本教权力集团摧毁。本教史上将这个事件称之为本教的“第一次法难”，有些本教史家将此前的本教史称为“本教前弘期”或者本教的“初兴期”。
（二）佛本大辩论与本教中弘期的结束
止贡赞普采用强硬的手法抑制本教的权力，直接驱逐本教法师，引起了信仰本教的大臣洛昂达孜等人的仇视，之后不久，洛昂达孜就设下计来，激怒止贡赞普令他与自己格斗，并在格斗中将他杀害，然后驱赶王室，自立为王，雅隆部落陷入了内乱。经过十余年的斗争，止贡赞普的儿子恰赤赞普（布德贡杰）重新掌权执政。布德贡杰为了安定当时的社会，改变了他父亲驱逐本教的过激做法。他又从象雄等地请来了几位本教法师，翻译多部经典，使本教再度得到发展，但他也不给本教徒过分膨胀权力的空间，而是与本教徒和平共处，使政权与教权互为依存、相对平衡。
这种本教平和发展的时期持续了很长的一段时间，一直延续到佛教传入吐蕃的7世纪。在这个期间，赞普们依然像从前那样，按照传统从象雄迎请古辛，古辛们从象雄带来了本教的医术以及与吐蕃不同的文化，比如“地上六贤王”之时，吐蕃兴盛着本教的数部续部典籍和五明学，这五明据说是“苦于疾病者用医药治，魔鬼加害者用咒灭，生老病死者用历算调，他人被侵者用声明除”（见本教典籍《教法要义》第128页，转引自恰白·次旦平措等：《西藏通史——松石宝串》，陈庆英等译，拉萨：西藏古籍出版社，1996年第33页）。此外，也仍然继续着在吐蕃建设本教的神殿——塞康的事业，这种神殿在后来就成为了本教寺院的雏形。
从止贡赞普去世，至7世纪的吐蕃王朝第三十三代国王松赞干布时期，本教一直是吐蕃和象雄唯一的宗教。
古象雄曾统一了号称有18万户部落的十八国，并经历了有影响的十八代象雄王朝，雍仲本教则是象雄的国教。丹增仁青坚赞德青宁布在《瞻部州雪山之王冈底斯山志意乐梵音》中记载说，在象雄十八国王时期，“上之辛绕（本教僧侣）们尊贵，下之国王们威武。在圣山冈底斯有一百零八位隐士，在山腰有一百零八个聚集地，山脚下有一千二百户信民的村落”（丹增仁青坚赞德青宁布：《瞻部州雪山之王冈底斯山志意乐梵音》第30页，转引自才让太：《再探古老的象雄文明》，《中国藏学》2005年01期）。本教法师们是象雄国王们信奉和供养的对象，本教在象雄王国的社会地位非常的高。
后来，松赞干布征服了象雄，逐步完成了吐蕃的统一大业，他一改藏地过去唯一崇本的局面，正式引进了佛教，修建了以大昭寺为主的四十二座佛教神殿，又延请汉、印、藏、尼泊尔等地多位译师开始翻译佛经，并以观音菩萨化身自居，还制定了以佛教十善戒为基础的法律，于是藏地开始了本教与佛教并存的时期。
本教教徒对佛教的传入加以抵制。他们把在神殿内供奉佛像看成是对本族固有神灵的亵渎，把一切天灾人祸归都罪于佛教的传入，又在暗中捣毁新建的佛教寺庙。如《西藏王统记》中记载，当时拉萨修建大昭寺，说其“昼日所筑，入夜悉
为魔鬼摧毁，不见余痕”，这显然是本教徒的所为。对此，松赞干布不得不在幻显殿建成之后，“于四角画雍仲符号，以娱本教徒，画方格以娱平民，画一切许作之形，以娱护法、龙王、夜叉、罗刹等。”以此来安抚本教徒，缓和佛本之间的矛盾。
松赞干布之后，又过了两代，第三十六代藏王赤德祖赞继续扶植佛教，但那时赞普的权力尚不足以与本教的信奉者们相对抗。他派人去迎请在岗底斯山朝圣的印度法师佛密和佛寂，派桑希到汉地取经等活动，都是瞒着本教教徒在暗中进行的。当这事被发现后，信奉本教的贵族大臣们声称当时发生的天花瘟疫是因吐蕃境内的鬼神对外来佛教僧人的愤怒所引起，以此为借口驱逐了那批僧人。在赤德祖赞死后，本教徒玛尚·仲巴结掌握实权，纠结朗氏等传统势力，发动了藏族历史上的第一次禁佛运动，禁止佛教传播，禁止翻译佛经典籍，放遂外域的佛教僧人，拆毁佛教神殿，将佛像埋在地下，又将大昭寺改为屠宰场，甚至杀死了当时信奉佛教的大臣朗·蔑色和米·东曹。
8世纪中叶，吐蕃第三十七代赞普赤松德赞在掌握实权之后，采取了大力扶植佛教的各种措施。他从印度请来了寂护和莲花生这两位佛教大师来吐蕃传法，修建了西藏历史上第一座佛教正规寺院——桑耶寺，又在寺中开辟译场，组织人员大