规模地翻译佛典，又大力发展本土僧人。此时赤松德赞采取的是佛教与本教并存的政策，为了照顾传统宗教，缓和佛本矛盾，他从象雄请来了一批本教法师，安排他们和佛教徒们一起住在桑耶寺中，佛教徒翻译佛教经典，本教徒则翻译本教经典，甚至把之前曾流放在外的佛教徒毗卢遮那等人召回，让他们一同参与到本教经典的翻译工作中。在本教译师中较为突出的是香日乌金，他把本教著名的经典《十万龙经》从象雄文翻译成了藏文。
本教与佛教的矛盾并没有因佛本并存的政策而得到调和，二者之间的冲突越来越多，越来越激烈，最终引来一次大爆发，据说这次爆发的导火线源自于本教徒的杀牲祭祀活动。
对于本教徒来说，杀牲献祭和血祭在他们的宗教活动中占有很大的比重，根据《空行益西措杰传》中的记载，本教徒在每年秋天要举行“神祭”，在这个祭祀中要杀死牦牛、绵羊、山羊等公畜各三千头，又要将牦牛、绵羊、山羊等母畜各一千头进行活体肢解，以血肉献祭；每年春天要举行“肢解母鹿祭”，将四只母鹿四蹄折断，以血肉献祭；夏天又要举行“本教祖师祭”，以各种树木和粮食烧烟祭祀；在人有病痛时要以施舍来赎命，从最多杀公畜、母畜各三千头到最少杀公畜、母畜各一头向神祇献祭，具体数量视各人经济情况而定；在人死以后，为制服鬼魂，也要如上述那样杀牲祭祀。
前文曾谈到过雍仲本教的祖师辛饶·米沃且反对本教大量杀牲血祭的陋习，用糌粑和酥油捏成各种彩线花盘形式的“堆”或“耶”来代替活生生的动物作为祭品，并取得了成功，但这到底是在多大范围内、何种程度上的成功，还是需要加以考证的。《旧唐书·吐蕃传》中记载说，“（赞普）与其臣下一年一小盟，刑羊狗猕猴，先折其足而杀之，继裂其肠而屠之。令巫者告于天地山川日月星辰之神云：‘若心迁变，怀奸反覆，神明鉴之，同于羊狗。’三年一大盟，夜于坛墠之上与众陈设肴馔，杀犬马牛驴以为牲，咒曰：‘尔等咸须同心戮力，共保我家，惟天神地只，共知尔志。有负此盟，使尔身体屠裂，同于此牲。’”（见《旧唐书》卷一百九十六，列传一百四十六，《吐蕃传》上）这里的“巫者”指的就是本教法师，可见在当时杀牲畜以祭神的活动还是比较频繁的。
本教徒在桑耶寺里举行了一次规模较大的祭祀仪式，为此宰杀了大量的牲畜作为牺牲，进行血祭。这种血腥的宗教仪式与佛教的“不杀生”戒律全然相违，佛教徒对此愤然反对，向赤松德赞提出抗议，说：一个国家不能有两个国王，一个地区也不能有两种宗教，如果不废除本教，所有印度僧人都要离去，不再在吐蕃传法了。
也有另一种说法是，本教徒提出：“不应奉行佛法，应当奉行本教！”于是寂护大师提议两派以辩论一决高下。
总之，755年，在寂护大师的提议下，藏王赤松德赞亲自在墨竹苏浦之江布园宫前主持了一场著名的佛本大辩论，让佛教和本教二派的代表人物各抒教理，辩论两种宗教的优劣。规定在辩论中，若本教获胜，就使佛徒们各回故乡；若佛教获胜，则废除本教。这是佛本两教斗争的高潮，也是佛本两教的大决战。在这次辩论会上，佛本双方都由各自最有成就的大师出场。佛教方面的代表以寂护大师为首，本教方面的代表以著名的香日乌金为首，大辩论的结果以佛教的胜利和本教的失败而告终。
于是，之后不久，藏王赤松德赞颁布了在吐蕃废弃本教、宏扬佛法的若干规定：
1.不得再行本教。
2.不准为死者杀牛马及生灵，不得放置肉类。
3.凡为诸王消祸禳灾，如果对妖魔想举行本教法事，除蔡米及香雄两处外，他处不得做此法事。
4.将本教书籍悉数投于河内，余者最后均以黑塔压之。
5.今后要倡引佛法，修建寺庙。
（上述内容见巴卧祖拉陈哇：《贤者喜宴》，黄颢译注，《西藏民族学院学报》，1982年第2期。）
藏王取缔本教，给本教徒指出了三条出路：一、改宗佛教；二、还俗，放弃宗教职业，做吐蕃王朝的纳税百姓；三、如果既不愿意改教，又不愿意当平民，就将其流放到边远之地。
这一次佛本大辩论给本教带来的后果是使其彻底失去了国教的地位，并且从此一蹶不振，虽然不至于就此灭绝，却只能从吐蕃的中心地带流向边远地区，沦为小范围传播的弱势宗教。本教徒把这称为本教史上的“第二次大法难”，将从止贡赞普灭本至赤松德赞灭本这个历史阶段叫做本教的“中弘期”或“中兴期”。
（三）本教后弘期
本教的后弘期一般是从赤松德赞灭本之后算起，不过，由于本教遭受的打击极大，在那之后的一百多年里实际上未能真正复兴。
841年，朗达玛任吐蕃赞普后，下令毁灭已在藏地成为主流信仰和国教的佛教，随之朗达玛被刺身亡，吐蕃王朝因内乱而全面解体。这两个大事件的相继发生，改变了本教受到压制的命运，因为那时没有任何一个强势的政治势力来阻止本教的发展，它幸运地拥有了一个多世纪相对自由和相对宽松的发展环境，得以休养生息，并重新开始传播教法、向前发展。
当佛教在藏地点燃复兴的火苗之时，本教也开始重整旗鼓，正大光明地传播本教教法，修建寺院，一方面发掘从前所藏的经文经典，一方面大规模地从佛教中吸取自己所需的内容并加以改造，丰富和发展自身的教义教理体系。这便是本教徒所言的本教“后弘期”或“后兴期”，它的时间段从赤松德赞灭本一直持续到今时今日。
严格来说，本教的复兴应该从9世纪至10世纪之间算起，那时有三名尼泊尔香客在著名的桑耶寺意外地发现了大量的本教经典，他们把那些本教文献卖给了本教徒，换取了一些食物，由此才揭开了本教复兴的帷幕。可以说，本教在后弘期首先是以“伏藏”为传播内容，在藏区的卫和藏两个地区开始复兴，然后又向遥远的阿里、安多和康区发展。
需要说明的是，所谓“伏藏”，是指在本教和藏传佛教中因法难或传法时机不成熟而被藏匿起来、在后世又被重新发现和挖掘出的经典和法物。对于伏藏的真实性问题，在藏传佛教诸多教派中存在争议，如萨迦派等教派对此表示怀疑，而宁玛派对伏藏的真实性则深信不疑，在学术界对此也有不同的观点。著名藏学家噶尔梅·桑木丹根据伏藏师的身份及他们发现伏藏的经历，认为这些伏藏不可能都是伪造的。
在本教史上，被尼泊尔三香客发现的经典文献被称为“北藏”，因其内容是从桑耶寺往北传播的，属于本教后弘期“五大伏藏”之一，并列居于首位，也是本教后弘期的开始。不过，它们并不能算是最重要的伏藏。那之后，又在后藏的智灿沓嘎尔发现了五大伏藏之一的“南藏”，这是本教历史上影响最大的伏藏，它的发掘人和传播人——本教伏藏师辛钦鲁噶（995——1035年）出生于藏地显赫的辛氏家族，甚至被认为是雍仲本教祖师辛饶·米沃且的直系后裔，他本人亦是学识渊博，弟子中又出现了像竹·南喀雍仲、叙·耶拉布、芭顿·巴却和觉拉玉吉等著名本教大师，包括他的再传弟子梅乌·贝青也是在本教历史上独树一帜、赫赫有名的大家，对本教在后弘期的发展起到了非常重要的作用。
后来，又陆续发现并发掘出了本教的“卫藏”、“康藏”和“新藏”等文献，它们与“北藏”和“南藏”合称本教的“五大伏藏”，在现存本教文献中占很大的比重。18世纪，安多嘉绒的本教学者贡珠扎巴将这些文献汇总编目，撰有《雍仲本教遗训目录·十万日光》。这五大伏藏成为了本教传世文献的主要内容，而且也是本教《大藏经》的基础文献。
本教的复兴与藏传佛教的复兴几乎是在同一时期，被本教称为后弘期的时代，也是藏传佛教史上的后弘期。本教虽经复兴，但它的力量与佛教达不到同一层面，它不仅完全处于劣势，而且成为一个遭受歧视的宗教派别。为了自己的生存发展，本教极力大量地吸收佛教的内容，本教的中观、般若、因明等理论建设就是在这个历史阶段完成的。
总之，在这一时期，本教不仅在教理仪轨方面日渐成熟完善，建立起了自己的宗教理论体系，并且从藏传佛教中吸收了一些固有的教理结构，借鉴了其经文分类方法，创造出了在内容和编排形式上都与佛教《大藏经》类似的本教《大藏经》，包括了本教的《甘珠尔》和《丹珠尔》。并且，在这一时期也建立了不少著名的本教寺院，出了许多有名的本教高僧。
二，藏传佛教界的本教历史三阶段
把本教的发展阶段分为“笃尔本”、“恰尔本”和“居尔本”的著名历史三段论，最初是由藏传佛教止贡噶举派的鼻祖止贡·玖丹贡布于12世纪下半叶在他的著作《惟义经典》中提出，后来，藏传佛教格鲁派高僧土观·洛桑却吉尼玛在他的《教派源流及教义明释善说晶镜》（即《土观宗派源流》）一书中也采用了这个说法。由于土观大师学问高深、地位尊崇，在清政府和蒙藏佛教界享有崇高的声誉，这部著作迅速地被流传，于是笃尔本、恰尔本和居尔本三段论也很快成为了佛教史家划分本教历史阶段的一个重要观点。
（一）笃尔本——原生的本教
根据《惟义经典》和《土观宗派源流》，笃尔本的流传时期是从吐蕃第一位藏王聂赤赞普算起，至第八代藏王止贡赞普为止。传说在卫藏安薛恩地区有一位13岁的辛氏孩童，他被魔鬼俯身后，于13年间游遍全藏，在26岁的时候回到人群中，那时他已经成为了一位掌握非人的法力、通晓在何处有鬼神及其各种行为和利弊，懂得改如何供养或驱逐鬼魅的仪式等知识的法师。他因通晓“藏赞”之心咒并修行而得道，传说在他撰写的“藏赞”法本中还包括了如何建筑香波拉泽神殿等内容。辛氏所掌握和传播的这些法术，就是笃尔本的来源。
至于笃尔本的宗教内容，《惟义经典》中记载说，当辛氏被邀请参加藏王止贡赞普被弑而举行的刀弑超度仪式时，他说：我的本教内容庞杂但终归有三，下至降服妖魔，上至供奉神祇，中之护佑生计，所以我本人并不通晓如何送度刀弑之亡灵。在《土观宗派源流》中记载说，当时的本教，只是向上祭祀天神、向下征服鬼怪、中间做兴旺人家的法术而已，并没有出现见解和理论方面的说法。这说明了笃尔本尚未形成自己的宗教理论体系，以鬼神崇拜为特色，而且带有原始的巫术性质。
然而在许多本教的文献中，却说吐蕃第二代藏王穆赤赞普亲自带头学习和实修“吉邦本”，“往波斯等地译经”，专修“愤怒大自在密续母子经”，并且达到了非常高的修行境界。如果这些记载能够成立，就说明当时的本教已经有了自己的经典，并且达到了比较高的理论水平——密宗。不过，由于本教徒在创作本教史书时，模仿并大量地采用改写了佛教史中的内容，导致本教史书中的内容虚实结合、真伪难辨，我们今天很难弄清楚其描述与历史事实到底在多大程度上相合。
藏族著名学者东噶·洛桑赤列教授在《论西藏政教合一制度》一书中，对笃尔本的教义思想则是如此总结的：它是在原始宗教的思想基础上产生的，认为有五界神祇，地方神、家神、战神、舅神等。各种不同的神灵，经宰杀牛、羊、鹿等牲畜祭祀他们，并认为人死以后转生为鬼或神，而鬼神死后也转生为人，因而承认有前生和后世。它在历史上称为白本波教，我还没有见过专门记载它的教理的书籍。
（二）恰尔本——外来的本教
根据《土观宗派源流》的记载，在止贡赞普时期，藏地的本教徒还无法超荐凶煞，于是分别从克什米尔、勃律、象雄等三地请来了三位本波教徒，举行超度凶煞等宗教活动。书中如此描述道：其中一人依凭除灾巫术、修火神法，骑在鼓上游行于虚空，以鸟羽截铁等等，显示了诸种法力；一人用色线、神言、活血等作占卜，以决祸福休咎；另一人则擅长于为死者除煞、镇压严厉，精通各种超荐亡灵之术。又说：这三人未来藏以前，本波教所持之见地如何，还不能明白提出，此后本波教也有了关于见地方面的言论。据说恰本时期的本波教乃溶混外道“大自在天派”而成的。
由此可见，这一时期的本教，一方面受到了外来宗教文化的影响——从其他的周边地区引进了当地缺乏的高超法术；另一方面，与前期那种长于单纯的巫术而缺乏教理仪规的笃尔本相比，有了质的飞跃——有了“见地方面的言论”，也就是说，它已经形成了一些宗教观点或理论。
《惟义经典》中说，本教文献载：自混沌绝无空时，产生了原始的存在，从此生霜，由此生露，最终被认为均生于卵，皆由恰和湿婆创造，此乃外道湿婆教蔓延所致。“湿婆”是婆罗门教和印度教的主神之一，意为“自在”，所以别称“大自在天”或“自在天”，他是毁灭之神，兼具生殖与毁灭、创造与破坏的双重性格。“湿婆教”也被称为“大自在天派”，认为自在天是一切智，是宇宙世界的创造者，能产生出万物与众生。