吴派自嘉靖以后成为最有势力的画派，出现很多画家。而至万历、崇祯年间吴派又复区别为松江（董其昌）、华亭（顾正谊、莫廷韩等）、云间（沈士充、陈继儒等）、苏松（赵左、蒋霭等）各派，吴梅村曾为明末吴派的名画家作画中九友歌。“画中九友”为董其昌、王时敏、李流芳、杨文骢、程嘉燧、张学曾、卞文瑜、邵弥。而自王时敏以后，由云间派中又分出娄东派。这些分支的画派主要的区别是在董源、巨然、黄公望、倪瓒诸前代画师的笔墨之间各有所偏好，因而在笔墨的运用上各人有所不同，互相区别为不同的派别，具体地说明了那一时期对于笔墨等形式因素的重视。
对于形式的因素的重视也是长期养成的。而最后作为有系统思想提出的是董其昌的“南北宗论”。
董其昌（公元1555—1636年），字玄宰，号思白，华亭人。官至礼部尚书。他的书画有很多崇拜者，有的书上这样推崇他：“其昌山水树石，烟云流润，神气具足，而出以儒雅之笔。风流蕴藉，为本朝第一。”
董其昌关于绘画艺术有许多片段的言论，但他的最有代表性的，最能表明他的绘画思想的是“南北宗”的理论。下面便是其一：“禅家有南北二宗，唐时始分；画之南北宗，亦唐时分也。但其人非南北耳。北宗则李思训父子（思训、昭道）着色山水，流传而为宋之赵幹、（赵）伯驹、（赵）伯骕，以至马（远）、夏（圭）辈；南宗则王摩诘（维）始用渲淡，一变钩斫之法，其传为张璪、荆（浩）、关（同）、郭忠恕、董（源）、巨（然）、米家父子（芾、友仁）以至元之四大家。亦如六祖（慧能）之后有马祖云门、临济儿孙之盛，而北宗（神秀）微矣。要之，摩诘所谓‘云峰石色，迥出天机，笔思纵横，参乎造化’者。东坡赞吴道子、王维画壁，亦云：‘吾于维也无间然。’知言哉！”
“南北宗论”其内容主要是：①山水画自唐代以来就分为南宗和北宗。②南宗高于北宗。③绘画艺术发展史上最根本的问题是形式的因素（皴法、线纹、水墨渲染，着色等）的承继与演变。
认为山水画自唐代以来就按照笔墨技法的风格已经自行区别为对立的两派是不符合历史上的真实的情况的。王维在唐代并没有能够居于那样重要的地位以至于与李氏父子并立。而且历代山水画在用笔的方法上也不是有这样严格划分的两派。赵伯驹兄弟的青绿和马夏的水墨也不能并为一派，而赵干、郭熙更不宜于（按照董其昌的标准）划归北派。如果把董其昌几次谈到南北宗问题的议论合并在一起看，并与他的好友陈继儒的相类似的意见相比较，可以看出他们排列的南北宗的两派画家人名的系列是漏洞百出的。至于明代的沈、唐、文等人的用笔方法也不是所谓的“南宗正传”，明代其他的评论家早已指出他们和南宋画家（即董其昌所说的“北宗”）的密切关系。
“南北宗论”的流行造成很多对于绘画史发展的错误观念。
有人认为“南北宗”的“南宗”发达于长江流域，“北宗”发达于黄河流域，是地域上的南北；也有人认为“南宗”既高于“北宗”就说明南方长江流域的山水画艺术比北方黄河流域更发达。这是董其昌所没有主张过的，也是缺乏根据的。在董其昌的理论中所提到的“南宗”画家：王维、荆浩、关同、李成、郭熙、米芾都不是长江流域的，而赵伯驹兄弟、马、夏等“北宗”画家都反而是活动于南宋的杭州。由董其昌所说的“南北宗”而引申出的地理环境决定论是出于对中国绘画史实的无知。也有人认为“北宗”是工笔青绿，“南宗”是水墨写意，这也是董其昌说法的以讹传讹。
也有人认为山水画的“南宗”或水墨渲淡的山水画是在佛教禅宗思想影响下产生的，这是缺少事实的根据的。在中国古代重要的山水画家中，不曾发现有任何人在思想上接受了禅宗的思想，只除了南宋末年有少数和尚曾画过水墨画。但这些和尚并不是因为在中国绘画史上有过重大影响而留下了名字的，他们之所以被重视是因为他们的作品曾保留在日本的古寺中，成为宋代绘画作品的可贵的遗存。主张“南宗”和禅宗的思想内容上的联系的不外是在文字上错误地解释了董其昌的原文，董其昌原文只是借禅宗的南北比喻山水画的南北。如果有所指，则是指风格的区别是难以用文字描述的，而与禅宗的“不可言说”有表面上的类似。这可以说是董其昌有意把风格的区别神秘化，以故作玄虚的方法来排除旁人的疑难，但不能认为董其昌就是在主张“南北宗”的区别是在思想内容上与禅宗的唯心论哲学相联系的。
董其昌认为“南宗”高于“北宗”最基本的出发点是反对笔墨技法的造型能力。董其昌捏造历史的实际目的是反对明代的工笔山水人物画家和被称为“浙派”的山水人物画家。因为他们的笔墨技法部还保持了具有相当水平的传统的造型能力，例如他们都能描绘有真实感的人物形象。而董其昌个人及其同流派的作家都和元四大家一样，不能画人物，而只能画“无定形”的山和树。但董其昌的反对不是从造型方面提出的，而是从风格上提出的。他们认为工笔画法的追求物象是“板”、“拘”、“匠气”，青绿着色是“俗”、“火气”，浙派的笔墨是“粗野”、“村气”、“画史纵横气”。
董其昌所提倡的“笔墨神韵”（古代的“气韵生动”的新解释），用他们自己的话，是“虚和萧散”、“不食人间烟火”（陈继儒语），用他们同时人的话，是“清丽媚人”，所以，实际上是一种柔弱的趣味。他的书法也表现了相同的风格。所以，他在绘画中所主张的还不是书法和绘画的用笔用墨在技术上和风格表现上的关联性。但他更提倡一种特殊的风格。
明清绘画（特别是山水画）发展过程中，在固定的题材范围内不断的有意识的形成许多不同的流派，这些流派相互之间是以笔墨表现形式的不同体系和不同风格作为区别的标准的。它们把绘画的历史过程当作了只是形式的因素（皴法、线纹、水墨渲淡、着色等）的变化与演变，忽略或否认艺术反映现实生活的论点，不是把艺术当作对于生活真实的一种认识形式，而且用这样的思想从事多方面的实践，这种思想对数百年来绘画发展产生了严重影响。