在长期的医疗实践中逐渐形成与发展起来的蒙古族传统医学，简称蒙医学或蒙医。是中国传统医学的重要组成部分之一。其历史悠久，内容丰富，是蒙古族人民同疾病作斗争的经验总结和智慧结晶，也是一门具有鲜明民族特点、地域特点的医学科学。它不仅有着丰富的医疗实践，而且有着独特的理论体系。在诊治疾病中药量少、疗效好、经济简便，适应广大牧民生活和劳动特点，为北方各民族人民的繁衍昌盛作出了贡献。在形成与发展的过程中，曾受到印度、藏族和汉族传统医学的影响。
形成与发展
古代蒙古族劳动人民以游牧生活为主，狩猎为辅，还有些相应的家庭手工业。他们劳动和生息在北方辽阔的蒙古草原和茂密的森林之中。信仰萨满教。在同自然界和疾病作斗争的实践中，他们逐步积累了原始的医疗知识，发明了最早的医疗保健方法。可惜传下来的史料很少。根据有关著作的记载，那时已经出现了适应当时社会生活条件的蒙古医药知识。如灸疗、外伤治疗与正骨、饮食疗法、民间用药等。
成吉思汗时期，蒙古军大举西征，建立起横跨亚欧的四个蒙古汗国。1271年，成吉思汗的后裔忽必烈入主中原，建立元朝，并于1279年统一了中国。忽必烈建立的元朝，沟通了国内各民族以及东西方之间的经济、文化交往，同时也使中外医药科学有了更多的联系和交流。元代医事制度除设太医院、御药院外，还在大都（北京）和上都（开平）各设回回药物院一所。太医院饮膳太医忽思慧著有《饮膳正要》三卷，为中国最早的营养学专著。回回药物院的《回回药方》（36卷）是一部以反映西部少数民族和阿拉伯医学为主要内容的著作，现仅存残书四卷。
在历史发展过程中，蒙医学先后吸取了藏医学及部分中医学理论，逐步形成了既有独特理论又有丰富医疗经验的近代蒙医药学术体系。如元代蒙医学家沙图穆苏用汉文撰写了《瑞竹堂经验方》15卷，其中治疗风寒湿痹的方剂较多，所载方剂几百首，其中有些方剂实用而有效，至今仍被采用。14世纪，蒙古族翻译家沙拉布僧格，将古代印度佛学巨著《金光明最胜王经》从维吾尔文和藏文译成蒙文，其中有古代印度医学——吠陀医学部分。由此印度传统医学书初次被引进蒙古地区。特别是在16世纪，随着西藏听天由喇嘛教的传入，西藏《四部医典》和印度医学《寿命吠陀——八支心要集》等藏、印医学理论，开始在蒙古地区传播。于是蒙古族医学家在传统医疗经验的基础上，学习并掌握了印、藏医学之核心占星五元学说和三根（赫依、希拉、巴达干）理论，并把它与中医学的阴阳五行学说相互渗透加以吸收。当时，许多蒙医药学家将汉、藏医学理论和印度医学理论灵活地、创造性地同本民族的生活、生产、疾病情况以及地区特点结合起来，编写了大量的医药学著作，为蒙医药学基础理论的发展奠定了基础。其中有代表性的是17世纪著名蒙医药学家占布拉著《医法海鉴》一书，记述了蒙医治疗各科疾病的方药，是一部较完整的蒙药方集；18世纪蒙医药学家松巴·堪布一伊舍巴拉吉尔著《甘露滴珠》《甘露医理》《甘露诊疗》《甘露临症鉴别诊疗集》《识药晶鉴》等一整套蒙医药著作。还有蒙医药学家洛布桑·索勒日哈木著《脉诀概要》《巴莎木制药法》《药物识别》等著作。19世纪蒙医药学家占布拉道尔吉著《蒙药正典》一书，共收集了879种药物，并附有576幅插图。还有著名蒙医药学家罗布桑·全普乐，通过一生的临床实践，较全面地总结了前人的经验，著有《实用蒙医药学》一书。19世纪末至20世纪初，蒙医药学发展到了一个新的阶段，先后涌现出许多医学家和蒙医学专著：如著名蒙医药学家伦日格·丹达尔著有《诃黎勒·晶珠医药学鉴》《增补医疗解释》等。库西卡编著了《蒙医验方集》，并附有蒙、藏、汉、满四体合璧的蒙药名录；伊希·丹森旺吉勒编著了《红珊瑚方剂》；吉格木德·丹森扎木莎编著了《普乐方》；敖斯尔编著了《医方与手法》；阿格旺隆日格·图布丹尼玛编著了《珊瑚珠方》等。这些著作的出版使蒙医药学日趋完善，逐步形成了具有鲜明北方民族医药特点和地域特点的近代蒙医药学。为保障北疆各族人民的健康及蒙古族的繁衍生息作出了贡献。
中华人民共和国成立后，党的民族政策和中医（民族医）政策，促进了蒙医药事业的迅速发展。在内蒙古广大牧区及部分农区，普遍建立了蒙医医院，使蒙医药在医疗保健上发挥了重要作用。广大蒙医药工作者在防治常见病、多发病、地方病及疑难病方面都取得了很大成就。内蒙古自治区和部分盟市先后建立了一批蒙医药科研机构，在系统理论、药物、临床等方面的研究都取得了显著成就。自治区还建立了蒙医高等院校，培养了大批新型蒙医药人才，使蒙医药学的发展后继有人。近年来，广大蒙医药工作者广泛地搜集各地的蒙药方剂，对全区各地的蒙药资源进行了普查，开展了采、种、制、用的活动，并加强了科学研究工作。同时建立了规模较大的现代化蒙药制药厂，以满足区内外的需要。
基本理论
蒙医学以阴阳五行、五元学说理论为指导，贯穿了人与自然的整体观。内容包括三根、七素的物质基础，辨症施治的基本方法等。据蒙古古代史以及许多文学艺术作品的记载，古代蒙古人称苍穹为“父天”（阳），称世界为“母地”（阴），并认为世界上一切事物都是由五种物质（木、火、土、金、水）的运动与变化所构成的，因而称之为“五大要素”，亦称“五行学说”。《白琉璃》一书中认为土、水、火、气、空为构成一切物质的本基，俗称“五元学说”。蒙医学中认为父精、母血是以五元为基因，经复杂的量和质的变化聚合而成，人体的本基是“赫依”、“希拉”、“巴达干”三根。赫依属气，希拉属火，巴达干属土和水。
蒙医以“赫依”、“希拉”、“巴达干”三根的关系来解释人体的生理、病理现象。所谓“赫依”，是指各种生理功能的动力。生命活动的每一个环节都是“赫依”在发挥作用。凡是思维、语言、动作及各脏器的功能活动，皆受“赫依”支配。如果“赫依”的功能失常，则会导致脏腑功能减弱，表现为神志异常、失眠、健忘、疲乏、眩晕、麻木、抽搐、瘫痪等。“希拉”有火热之意，在脏腑中与胆的关系最为密切。机体的体温、各组织器官的热能及精神的振奋等都是“希拉”在发挥作用。“希拉”偏盛，则可发生各种温热病，如黄疸、口苦、吐酸、烦渴、神情狂躁等机能亢盛的表现，都属于“希拉”的失常。“巴达干”是指体内的一种黏液状物质，具有寒性的特征。在正常生理情况下，“巴达干”能滋润皮肤，濡养组织器官，滑利关节，化为唾液、胃液、痰液等分泌物。“巴达干”的功能失调，除表现为一般寒性征象外，还易导致水液的停滞不化而出现各种分泌物增多的现象，如浮肿、胸水、腹水、痰多、吐清水、妇女白带多等。此外，中医属于痰浊蒙蔽的嗜睡、痴呆及湿困脾胃的消化不良等病症，在蒙医中也属“巴达干”的病症范围。在正常生理情况下，“赫依”、“希拉”、“巴达干”三者协调一致，保持相对平衡；如果三者的平衡关系失调，则产生各种病理变化。若以“赫依”与“希拉”的关系失调为主，则产生阳热亢盛一类病变；若以“赫依”与“巴达干”的关系失调为主，则出现阴寒及水液不化一类病变。
蒙医学中的“赫依”含有气、风、神经、经络之意，属中性，助阳则阳盛，助阴则阴盛；“希拉”含有火、热、胆之意，属热性；“巴达干”含有津液、寒、痰之意，属寒性。“赫依”、“希拉”、“巴达干”三根为人体之本基，概括为阴、阳、气。
蒙医以“七素”作为构成人体的基本物质，包括水谷精微（透明液体）、血、肉、脂、骨、髓、精液。“赫依”、“希拉”、“巴达干”与“七素”之间有着相互依存的密切关系。
蒙医的辨症方法主要有病因辨症、病位辨症及论病辨症等。此外，尚有探查性服药的辨症方法，多用于疑难病症。
施治的主要内容包括立法、处方、手术等。蒙医有清、解、温、补、和、吐、下、静、养十法；还有燥“希拉乌素”（黄水），杀“黏”（病菌、病毒），导热、升温等独特的治疗法则。急则治标，缓则治本。蒙医非常重视人与自然环境，生活习俗与疾病的关系。特别是蒙古民族以肉、乳、炒米为主食，多见消化道疾病，故蒙医认为胃为人体后天之本，饮食起居适宜尤为重要。在诊治内科疾病时首先注意消化系统有无异常，新陈代谢有无障碍，把提高胃肠消化、吸收功能，放在治疗的首位。因此，蒙医对于胃肠疾病的诊治有丰富的经验和很好的疗效。
此外，尚有“脏腑说”、“白脉说”、“黑脉说”、“四季发病规律”、“南北人群发病差异”，以及瘟疫、热病的独特理论学说和治疗方法，指导着蒙医临床实践。
医疗实践