随着蒙医临床经验的积累和总结，理论体系的充实和发展，采、种、制、用野生药材的扩大，医疗技术的提高，以及医药著作的编著和出版，蒙医的医疗实践也在不断地丰富和发展。大约在唐代就已有蒙医外科、正骨科、内科、妇科、儿科等专科医生，广泛行医于农牧区和城镇，至元代有了一个较大的发展，明末清初蒙医理论有了进一步的充实、完善与提高，临床分科也越来越细，如眼科、针灸、术疗、按摩推拿、温泉、药浴、食疗、养生等各专科日益兴盛起来，名医层出不穷，他们写下了数十部蒙医药著作，流传于后世。近代蒙医各科又有了进一步的发展，如大内科又分出脑系、温病、肝病、肾病、血液病、胃病、心血管病、肺病等科；骨伤科发展成专科医院，眼、儿、妇、五官、皮肤、五疗等科都有新的发展，取得了新的成果。
一、诊断
蒙医诊断包括问诊、望诊、触诊三种方法，简称三诊。这是蒙医观察和诊断疾病的基本方法。通过三诊得来的临床症状及体征，运用蒙医的理论指导，结合病人的体质、性别、年龄及发病原因等情况，加以综合、分析，从而作出对疾病的诊断。蒙医诊病中，很注意对病人粪、尿等排泄物的观察，从排泄物的色质、性状、气味等情况，判断病变的性质，提供诊断参考。在诊断中，还可能会遇到的“四种误诊”和“五种假象”等复杂情况，这时必须将辨症与辨病相结合，方能作出正确的诊断。
1．望诊
通过医者的视觉诊察患者全身及其有关部位的情况，以了解疾病体征和健康状况的方法。蒙医认为，人体内部的三根、七素以及脏腑发生异常变化，必然会反映到体表。因此，可通过望诊来帮助判定疾病的性质。望诊主要观察患者的精神、面容、体型（蒙医把人的体型分为赫依型、希拉型、巴达干型、合并型、混合型），形体的浮肿或干枯，以及五官、舌质、舌苔、痰液、呕吐物、血色、二便、妇女带下的色泽等；三岁以下的小儿还看指纹、耳纹以辅助诊断。
2．问诊
三诊中较为重要的诊察方法。通过有目的地询问和听取患者及其家属亲友的讲述，了解患者的发病经过和症状进行诊断。问诊内容主要是一般情况、病史、现病症等，着重于探求与辨症施治有关的资料。根据“三根”理论要做到29种问诊。如询问患者的寒热情况，生活习惯，饮食嗜好和对病情有害及有益情况，患病的规律和患病时的季节气候，周围环境的过冷、过热、过湿等情况，以及是否接触传染源等。
3．触诊
医生用手直接接触患者身体的一定部位以探索病情的方法，包括切脉和按诊。①切脉。切脉在蒙医诊断中占有很重要的地位，并为医生所必须具备的技能。分辨三根及寒热，以及脏腑的变化，气血之盛衰等，均以切脉为主。切脉通常是在病人的腕关节掌面桡动脉搏动处进行。将这一段动脉分作三部，称寸部、干部、查嘎部。切脉时患者手臂平伸，掌心向上平放，医生先以食指放在寸部，然后把中指放在干部，无名指放在查嘎部，一般指间以麦粒为隙。切脉时需要用不同指力仔细候测，寸触皮、干按肉、查嘎重按骨。寸、干、查嘎三部分分别诊察不同脏腑的病症，且左右不同。医生右手寸部诊察心脏、小肠，干部诊察脾、胃，查嘎部诊察左肾、精；左手寸部诊察肺、大肠，干部诊察肝、胆，查嘎部诊察右肾、膀胱。如果患者是女性，则医者左手寸部诊察心、小肠，右手寸部诊察肺、大肠，其他均同上。对脉象的特点可以脉位的高低、脉搏的频率、节律、强弱、大小、势态等方面来认识。正常的脉象是一次呼吸（一息）平均脉跳4～5次（相当于每分钟72～80次），不浮不沉，不大不小，往来均匀，节律一致。但这是相对的，由于人的体型、性别、年龄不同，以及机体内、外环境的影响，可出现一些生理差异。关于临床常见的异常脉象，历代蒙医所积累的经验极为丰富，对脉象的辨认非常细致，可细分为47种脉象，一般以12种脉象为基础，又归纳为寒、热两类，作为临床诊断的一个重要方面。蒙医认为，赫依病之脉象洪而中空，按之即绝；希拉病之脉象细、数而有力；巴达干病之脉象沉、缓而无力。此外，还有绝脉、怪脉，以及对脉象的几种误诊等方面的论述。②按诊。医生用手直接接触按压病人的体表或病变部位的诊察方法。按诊主要用以分辨病症之寒温、润燥、肿胀、疼痛及包块，并观察病人对按压的反应。触按四肢关节诊察有无骨折、脱臼；循脊柱触按可了解有无病理反应等。
二、治疗
蒙医学将疾病分为阴性病、阳性病两大类型。进而分为“赫依”、“希拉”、“巴达干”病三种病质。这三种病质又可分为4门，404病，1116证。经过长期临床实践，将这些病症归纳为20种基本性质。“赫依”（诸风）病的性质是糙、轻、寒、细、强、动等6种；“希拉”（火、热）病的性质是脂、锐、热、轻、臭、泄、湿等7种；“巴达干”（痰、寒、湿）病的性质是脂、寒、重、钝、柔、固、黏等7种。针对这些病质，蒙医采取多种治疗方法和手段。
1．药物治疗
在临床实践中，主要是利用药物的17种功能（柔、重、温、脂、固、寒、钝、凉、和、稀、燥、淡、热、轻、锐、涩、动）去克制病症的20种基本性质，从而达到治疗的目的。其大致情况是：克制“赫依”病质，柔→糙、重→轻、热→寒、脂→细、柔→强、固→动；克制“希拉”病质，淡→脂、钝→锐、寒凉→温热、和→轻、稀→臭燥、燥涩→湿泄；克制“巴达干”病质，淡→脂、热→寒、轻→重、锐→钝、涩→柔、燥→黏、动→固。（符号“→”表示克制，前为药物功能，后为病症性质。）
除药物治疗以外，蒙医在长期的临床实践中还逐渐摸索出一些适合于地域和民族特点的治疗方法与技术，如饮食疗法，外伤与正骨疗法、正脑术、灸疗、放血疗法等。
2．饮食疗法
蒙古族人民中流传着这样一句谚语：“病之始，始于食不消；药之源，源于百煎水。”诸如奶食、肉食、骨汤之类，只要食用适当，都可以起到滋补强身、防病治病的作用。这是古代人从长期的生活实践中总结出来的饮食疗法的前身。在《蒙古秘史》中，就有用马奶酒救治受伤大出血昏厥病人的记载。元朝饮膳太医忽思慧用汉文编著的《饮膳正要》中记载了各种食物、有关验方和蒙古族的大量饮食疗法、营养保健膳食等内容。第三卷中按米谷品、兽品、禽品、鱼品、果品、菜品以及料物共7类，收载了常用食物计203种，对这些极易得到的普通食物进行整理、归纳、阐明了每一种食物的性、味、有毒无毒以及效用，有相当的实用价值，并附有170幅插图。书中还介绍了关于“养生避忌”、“妊娠食忌”、“乳母食忌”、“饮酒避忌”、“四时所宜”、“五味偏走”等专题。此外还阐述了“服药食忌”、“食物利害”、“食物相反”、“食物中毒”等问题。此书一直在蒙医饮食疗法中使用。
3．外伤与正骨疗法
据史书记载，蒙医伤科形成较早。由于蒙古族人从事畜牧业和狩猎，骑马射箭，经常发生跌伤、骨折、脱臼、脑震荡等创伤。因此，自古以来就积累了正骨、治伤方面的经验。对于各种兵器创伤，也有不少医疗方法。如在《蒙古秘史》等历史文献中，就有用烧灼疗法来治疗流血不止的伤口；用蒸气罨的活血方法治疗内伤；用牛羊草结的退烧疗法、热罨疗法；用驼鲜血治疗箭伤等。明清时期的著名外科医生和正骨师绰尔济·墨尔根，擅长外科手术和正骨、按摩、罨疗、药浴、涂法等外治术，曾采用冰冻麻醉方法进行正骨手术。一位叫伊桑阿的医师，他的正骨术很出名。这些医家的医术代代相传，对蒙医正骨术的继承和发展有贡献。
4．正脑术
在蒙医典籍《甘露四部》中有详尽的记述。据记载，治疗方法有四种，无论何种方法均应用“以震治震”的原理。适用于牧民落乘、跌伤等外伤所致的脑震荡。治疗用具有布带、碗、筷、小锤、沙子或米。方法是先用布带将患者的头部紧紧围裹一圈，然后装满沙子或米的碗用布蒙住，倒置在患者头顶，令患者将一只筷子横咬在嘴里，医生用另一只筷子敲打所咬筷子露出的两端，作为预备性（或诊断性）治疗，然后再用小锤隔着布带在患者脑后枕部震敲3～9次即可。
5．灸疗
蒙古灸疗是在热敷疗法的基础上发展起来的，早在1000多年前藏医《四部医典》中就有“蒙古灸”的记载。蒙古灸是一种将炒黄的小茴香包裹在白净的羊毛毡中，进行烧灼、温熨；或将一小块白净的羊毛毡浸泡入黄油中煎煮后取出敷置于应灸部位。灸草用广泛生长于蒙古各地的白山蓟草。还可采用西河柳灸、火把灸、温针灸等方法进行灸疗。
6．放血疗法
将一定部位的浅部静脉切开或刺破进行手术放血，以治疗和预防疾病的一种治疗方法。多用于由血、希拉引起的热性疾病，如伤热扩散、骚热、疫热、疖肿、疮疡、痛风、索日亚（包括结核）、丹毒、黄水病等。巴达干与赫依引起的寒证，如果与血和希拉合并时，亦可采用放血治疗。放血疗法时机的选择和把握因疾病的不同而各异。如体腔出血侵及脏腑、扩散热、骚热、食物中毒等，易在发病初期及时放血施治；而身体沉重麻木，但无恶寒症状者，则宜于在疾病中期放血；当疾病因血和希拉热邪，病血漫布于脉道，易转化为其他疾病时，则在应用其他方法引发其余热后，施行放血疗法。放血方法分为术前准备和正式放血两个步骤。术前准备又分为远行和近行两种。远行即热病未成熟时，在放血前先服三天清血汤药，促使其成熟，使正血与病血分离，然后再放血施治。近行即放血前不服药，但通过晒太阳或烤火取暖驱凉、祛寒。正式放血，又包括放血前的结扎，部位选穴，具体操作，观察血色、放血量和辅助治疗等内容。体质虚弱、孕妇、产后、浮肿、胃火衰败等寒性疾病患者忌用放血疗法。儿童和老年人，用泻下法、催吐法、鼻药及灌肠法施治之后，亦禁用放血疗法。
除上述疗法外，尚有阿拉素疗法、瑟博素疗法、灌肠疗法、烫沙疗法、油脂疗法、罨敷疗法等。