顾名思义，“总理海军事务衙门”当然应当负责掌管全国海军事务，举凡海军训练、作战、后勤等等事宜均应归其办理，对此似乎不应有什么疑虑。其实不然，在这个问题上也有一些不同的见解。
有人指出，海军衙门的权限仅仅在于抓海军建设，如奕寰等奏称：“海军事宜原以精练水师为要务。既自北洋开办，而南洋闽、粤等省将来次第举行，亦须豫为之筹”。海军衙门曾主持制定《北洋海军章程》，视察检阅北洋海军，筹划北洋海军经费，审批进口海防军械等等，还曾创办昆明湖水师学堂以培养满族海军人才。但是，它对海军的作战指挥等事务，是无权过问的。例如，甲午中日战争中，所有北洋舰队的电报都直接发往军机处和总理衙门，并未递呈海军衙门，这说明海军衙门不是一级指挥机构。这可以说是清朝海军衙门与外国海军部有所不同的地方。
还有人经过考证认为，海军衙门对自己的份内事干好得不多，却干了许多“不务正业”的事情。例如，海军衙门大肆征发所谓海防捐输和海军报效，实际上都是鬻官敛财的勾当，侵犯了户部职权，屡遭时论反对。又如，海军衙门曾卷入修建铁路的事业，由它主持、筹议和过问的铁路有开平铁路、津沽铁路、津通铁路、关东铁路等等，尽管屡遭“清流”人士反对，海军衙门仍然表示：铁路一事，“关系军国要务，又不敢为众咻牵制，遽萌退诿之志”。这些虽然是由于早期铁路事业与海防建设关系密切，海军衙门也确为中国近代铁路事业做出过贡献，但是它也反映了清政府所设机构权责不明的事实。海军衙门兼管事务中最大的丑闻要算是修造颐和园工程了。慈禧太后营建颐和园，主要是通过先后担任海军衙门总理大臣的奕寰和奕讠斤筹划的，虽然园工经费并非海军衙门独自承担，但毕竟挪用了大量海军经费和海防捐输。梁启超当年曾经从颐和园外经过，“见其门栅内外，皆大张海军衙门告示”，难怪有人把海军衙门贬称为“颐和园工程处”。此外，海军衙门还曾为南海工程筹集款项，甚至以海军的名义向德国银行借款五百万马克（合银90余万两），其中营私舞弊之黑幕，也是十分肮脏的。在海军衙门对筹建园林工程尽心尽力的同时，它对于应办的海军事务却掉以轻心，甚至连北洋舰队急需的武器弹药都常告匮乏，无法补充，酿成了黄海战败的悲剧。
上述有关“总理海军事务衙门”的种种疑点，很不容易理出头绪。有兴趣的读者，不妨可以在这方面下些功夫。