“总理海军事务衙门”，简称“海军衙门”、“海署”，是清朝晚期洋务派在“海防”活动中建立起来的重要机构之一。它掌管全国海军事务，是中国历史上第一个独立于“国防部”（兵部）之外的“海军部”。在此之前，中国历代均无全国性的水师指挥机构。清代八旗军、绿营兵的水师，是归各地驻防将军、督抚统辖和指挥的专业兵种，到“总理海军事务衙门”成立之后，中国才第一次出现了全国性的海军领导机构。由此可见，“总理海军事务衙门”历史地位的重要性，是不言而喻的。
然而，对于这个机构，人们至今知之甚少。无论是在《大清会典》、《清朝续文献通考》、《清史稿》等典章史籍中，还是在诸如《清代中央国家机关概述》、《历代官制、兵制、科举制考释》等今人的研究著作中，都对“海军衙门”缺乏专门的记载和论述。《清末海军史料》的编者甚至说：“我们曾努力查找清海军衙门档案，但迄无所得。对该衙门档案究系毁于兵燹，抑或失落他处，至今仍属疑案”。
如此这般，遂使对“总理海军事务衙门”的研究，目前尚处于“雾失楼台，月迷津渡”的阶段，人们还难识其真面目。
信手拈来，就有下列一些疑点：
谁最早提议创设“海军衙门”
有人认为，最早提出设立统管全国海军事务机构的是湖南巡抚王文韶。1874年11月，清廷将总理衙门递呈的《海防亟宜切筹武备必求实际疏》和原江苏巡抚丁日昌所拟《海洋水师章程》分交沿江沿海各省督抚详细筹议，限一月内复奏。湖南巡抚王文韶在复奏中对丁日昌所拟设立北洋、东洋、南洋三洋海军一事，表示异议，认为应“如总理衙门所拟，请皇上简任知兵重望之大臣，督办海防军务，驻节天津，以固根本。即由该大臣慎选熟悉海洋情形之提镇等，不拘实任候补，作为分统，分布沿海各洋面，以资防御。”其意思实际上包含了建立全国性统一管理海军事务机构的要求。
也有论者认为，最早真正明确提出建立总理海军事务衙门的，应是洋务派大员，时任直隶总督的李鸿章。1885年，李鸿章上书朝廷，鉴于海防、海军建设缺乏集中领导和统一指挥所造成的种种弊端，建议效法西方，添设海军部或海防衙门。他说：“西国设立水师，无不统以海部，即日本亦另设海军卿以总理之。今虽分南北两洋，而各省另有疆臣，迁调不常，意见或异，自开办水师以来，迄无一定准则，任各省历任疆吏意为变异，操法号令参差不齐，南北洋大臣亦无统辖画一之权，遂至师船徒供转运之差，管驾渐染逢迎之习，耗费不赀，终无实效，中外议者多以为訾。或谓宜添设海部，或谓宜设海防衙门，有专办此事之人，有行久之章程，有一定之调度，而散处之势可归联络。若专设有衙门，筹议有成规，应手有用款，则开办后诸事可渐就绪。至办之愈久愈有裨益，一切详细纲目，须参考西国海部成例变通酌定，南北一律永久遵循，斯根柢固而事权一，然后水师可治。是在宸衷独断，破除常格，慎简深明防务之大臣，会筹妥办，自可行之以渐，持之以久。若以素不讲求者滥竿其间，各自意见不一，购造船械不一，未必不虚耗资金，而水师仍有名无实，恐永无振兴之日矣”。论者指出：李鸿章以克服分散主义，实行集中统一领导为由，建议添设海军部或海防衙门，这个建议，投合了清廷收回海军大权的愿望，对于清政府决定建立海军衙门，起了决定性的作用。
又有人认为，最先创议设立海军衙门的，不是1874年的王文韶，也不是1885年的李鸿章，而应是1882年的翰林院侍讲何如璋。光绪八年九月二十日，何如璋在奏折中提出：
“防海异于防陆，陆军可以分省设守，海军则巡防布置必须联络一气，始无兵分势散之虞。七省濒海之地，港汊纷错，互有关涉，风轮飙忽，瞬息千里。苟分省设防，则事权不一，呼应不灵，守且不能，何有于战？拟请旨特设水师衙门，以知兵重臣领之，统理七省海防，举一切应办之事，分门别类，次第经营；并将现有之兵船调齐定为等差，编成舰队，分布合操，以资练习，按年责效”。论者说，与何如璋设立海军衙门的创议相比，王文韶的提议在内容上过于含混模糊，李鸿章的奏章则在时间上要迟好几年。在此之后，才有张佩纶奏：“欲收防海之功，非设立水师衙门不可”。刘铭传也奏称：“朝廷廑念海防，似宜另设海部衙门于南北洋”。所以，在中国最早创议设立海军衙门的，应以何如璋为第一人。
海军衙门正式成立于哪一天
光绪十一年（1885年）八月，清政府鉴于中法战争中的教训，开始越发重视海防军事，下谕宣称：“当此事定之时，惩前毖后，自以大治水师为主”。于是设立海军部或海军衙门的呼声更为强烈，措施更为具体。李鸿章说：海军没有统一机构管理，进展缓慢，成效不大，“或谓宜设海部，或谓宜设海防衙门，必有专办此事之人，事方就绪”。左宗棠要求：“请设海防全政大臣或海部大臣驻扎长江”。穆图善建议：“海部宜设天津，置尚书部曹、直、江、闽、粤四督臣，并请加海部尚书衔”。吴大贗则主张：“添设水师总理衙门在京，特派亲王总理，沿海督抚归节制，于疆吏中派一员督办水师，加总理水师衙门大臣衔”。根据上述奏议，慈禧太后于光绪十一年九月初五日发布懿旨：“著派醇亲王奕寰总理海军事务，所有沿海水师，悉归节制调遣；并派庆郡王奕寰、大学士直隶总督李鸿章会同办理；正红军汉军统领善庆、兵部右侍郎曾纪泽帮同办理。现当北洋练军伊始，即责成李鸿章专司其事。其应行创设筹议各事宜，统由该五大臣等详慎规画，拟立章程，奏明次第兴办。”有些论者，即以此懿旨任命奕寰总理海军事务，作为海军衙门的成立日期。
另一些论者指出，以九月五日慈禧太后懿旨的发布，作为海军衙门成立的日期，是不确切的。实际上，应该是到同年九月十七日，奕寰等奏请设立“总理海军事务衙门”，同日，懿旨允准，海军衙门方告正式成立。因此，海署的成立日期应是九月十七日，而非九月五日。
有些论者提出，海军衙门宣告成立之后，内部官员仍在神机营、兵部、工部等单位兼挂实衔，说明海军衙门尚无正式官职，还不具备一个经制机构的条件。至于“总理海军事务衙门”的印信，直到光绪十四年（1888年）十月十四日，《北洋海军章程》获准颁行以后，清政府才允准“颁总理海军事务衙门关防”，摆脱了对于神机营的依附，而真正具有了全国海军最高领导机关所应当具有的独立地位。
还有些论者提出了另一种看法。他们认为清朝海军管理机构早在光绪九年（1883年）即已初具规模。这一年，清政府在“总理各国事务衙门”内添设了“海防股”，这个新机构“掌南北洋海防之事，凡长江水师、沿海炮台、船厂、购置轮船、枪炮、弹药、创造机器、电线、铁路及各省矿务，皆隶属焉”。从其所掌管的事务来看，“海防股”实际上就是海军衙门的前身。
海军衙门实行何种政权结构
清朝贵族入关以后，为了拉拢汉族地主阶级，对政权结构的某些环节和职能作了相应的调整，采用了满、汉兼用的方针，对中央各部门满汉官员的名额都作了具体规定，形成了中国历史上独特的政权结构双轨制。有人认为，海军衙门设立后，也是实行满汉双轨制的。根据《清德宗实录》、《光绪朝东华录》等资料记载：在海军衙门当差的大臣，从光绪十一年到光绪十六年（1885-1890年）是：总理奕寰；会办奕寰、李鸿章；帮办善庆、曾纪泽、张曜、刘铭；从光绪十七年到光绪二十一年（1891-1895年）是：总理、奕盉；会办李鸿章；帮办刘铭传、张曙、定安、刘坤一。
所以，光绪十二年六月初八日，陕西道监察御史朱一新在奏章中称：“今海军控制七省，绵亘万里。其兵则满汉兼用之兵，其事则内外相关之事。……矧会办、帮办诸大臣固已满汉并用矣，似宜仿总署成例，额设章京若干员，俾满汉正途出身者皆得考试进”。由此可见，海军衙门大臣是实行满汉双轨制的。仿照总理衙门以王大臣为统领，则反映了清政府对这一机构的重视程度。
也有人认为，海军衙门大臣的满汉双轨制，不能说明海军衙门内部的用人结构。海军衙门的内部组织结构，官书记载不详。时任直隶按察使并参与制定《北洋海军章程》的周馥，在《醇亲王巡阅北洋海防日记》中记载：海军衙门设立后，奕寰等曾奏称：“事属创始，头绪纷繁，若待另建衙署，恐需时日。查神机营署内尚有空闲房间，稍为修茸，可敷办公，名曰‘总理海军事务衙门’。所有咨札文件，拟即借用神机营印信，以昭简易”。又奏：“派神机营全营翼长镶红旗汉军副都统花翎二等子恩佑为海军衙门总办文案翼长；派四品衔兵部郎中岫、记名知府户部郎中阿麟、内阁侍读学士云骑尉奎焕、记名御史工部员外郎常明等4员为帮总办文案；派即选主事宗室载林等22员为海军衙门章京，分掌文案等事；派营务翼长护军参领祥普等八员，用备差遣”。同日均奉懿旨允准。根据以上记载，加上现在已知的部分海军衙门官员名单，似乎可以说明，海军衙门成立之后，由于和神机营合署办公，其内部用人制度系采用满族单轨制，除会办、帮办大臣任用了一些汉族官员外，主要办事人员皆为满人，且多从神机营调。海军衙门在内部用人上的这种满族单轨制，后来究竟有无变化？史无明书，还是个谜。