以水污染和大气污染防治为重点，实施全国主要污染物排放总量控制，有效削减污染物的产生量和排放量。新建项目不仅必须达标排放，还要争取做到“以新带老、总量减少”；结合企业技术进步，积极推行清洁生产，加快治理老污染源的步伐。
拓展工业污染防治的管理范围，加大执法力度。加强“三资”企业的环境管理，严格禁止境外污染向境内转移。加大对乡镇企业的环境执法力度，努力控制城市污染向农村转移。
工业废水污染防治。要与节水和污水资源化紧密结合，保障污水处理设施的正常运行，努力控制化学耗氧量，有效控制石油类、氰化物、砷、重金属等有害物质的排放，实现达标排放。
工业废气污染防治。要与节能紧密结合，改造落后的燃烧器具和燃烧方式，提高能源效率，提高除尘效率，发展清洁能源，改善能源结构。加快二氧化硫的治理步伐。
有效控制工业粉尘和烟尘的排放。
工业固体废物污染防治。要以减量化、资源化和无害化为核心，大力发展综合利用，积极推行废物交换，控制住工业固体废物的排放量。妥善处理处置危险废物，加强化学品进出口的环境管理，严格控制有毒化学品的生产和使用。
工业噪声污染防治。要与改善生产条件、加强劳动保护相结合，抓好工业噪声源的治理。
辐射污染防治。重点防治核辐射污染，加快放射性废物处置场、库的建设，加强放射性“三废”管理。认真做好新建核电站的环境影响评价，加强核电站辐射环境监测。
做好广播电视发射和工业高频源辐射管理。
2000年：工业废水排放量控制在300亿吨，其中县及县以上企业220亿吨，乡镇工业80亿吨。工业废水处理率，县及县以上企业达到83％，乡镇工业达到60％以上。工业废水中化学耗氧量控制在1600万吨，其中县及县以上企业770万吨，乡镇工业830万吨。
工业废气消烟除尘率，县及县以上企业达到98％，乡镇工业达到70％以上。工艺废气净化处理率，县及县以上企业达到80％，乡镇工业达到50％以上。工业二氧化硫排放量控制在2200万吨，其中县及县以上企业1550万吨，乡镇工业650万吨。工业烟尘排放量控制在1650万吨，其中县及县以上企业850万吨，乡镇工业800万吨。